درگذشت شیخ تنها

محمد قوچانی
آیت الله صادق خلخالی اولین حاکم شرع جمهوری اسلامی درگذشت. وی که از بیماری قلبی و مغزی رنج می برد روز پنج شنبه ششم آذر ماه در پی یک عمل جراحی در بیمارستانی در تهران فوت کرد. تشییع جنازه وی نیز روز جمعه در قم از مسجد امام حسن عسگری به سوی صحن حرم حضرت معصومه (س) انجام شد. در این مراسم آیت الله یوسف صانعی از مراجع تقلید بر پیکر آیت الله خلخالی نماز خواند. پیکر اولین حاکم شرع جمهوری اسلامی را در یکی از مقبره های حرم (نزدیک محل دفن آیت الله مفتح) قرار دادند. مقام معظم رهبری طی پیامی به آقای رسولی محلاتی درگذشت آیت الله خلخالی را تسلیت گفتند. در حالی که ملکا رئیس دفتر مقام رهبری در قم، آیت الله توسلی از اعضای بیت امام خمینی(ره) و نماینده رئیس جمهور در تشییع ، میرهادی رئیس دفتر مهدی کروبی در قم و سعید منتظری به نمایندگی از بیت آیت الله منتظری در این مراسم حضور داشتند.
همچنین سیدعبدالواحد موسوی لاری وزیر کشور، شیخ قدرت الله علیخانی نماینده مجلس، سید سراج الدین موسوی سفیر سابق ایران در پاکستان،غلامحسین کرباسچی، هادی قابل رئیس جبهه مشارکت قم، جعفری گیلانی عضو دفتر تبلیغات اسلامی قم از جمله افرادی بودند که پیکر آیت الله خلخالی را تشییع کردند، اعضای دادگاه ویژه روحانیت قم نیز در این مراسم حضور داشتند. درگذشت آیت الله خلخالی در شبکه های خبری بازتاب های متفاوتی داشت. سایت خبری BBC آخرین مصاحبه خود با آیت الله خلخالی به همراه زندگینامه مختصری از وی را منتشر کرد. شبکه های تلویزیونی ایرانی نیز در داخل و خارج از کشور هر یک به گونه ای خبر درگذشت خلخالی را پخش کردند. در صدا و سیمای جمهوری اسلامی چندان به این خبر پرداخته نشد. اما رسانه های فارسی زبان خارج از کشور با نگاهی انتقادی این خبر را منعکس کردند. روزنامه شرق امروز طی گزارشی ویژه حیات سیاسی آیت الله خلخالی را بررسی کرده است.
محمد قوچانی: شیخ صادق خلخالی که روزی گفته بود: «بدترین مرگ ها، مرگ در رختخواب است. مرگ باید در میدان جنگ و در راه اسلام باشد. من نمی خواهم در رختخواب بمیرم.» (خاطرات، ج 2، ص 160) روز پنج شنبه ششم آذرماه در رختخواب درگذشت.شیخ فقید به هنگام مرگ 77 ساله بود. بنا به نام کاملش؛ محمد صادق گیوی مشهور به خلخالی، زاده روستای گیو از توابع شهر ترک نشین خلخال بود از پدری به نام یدالله و مادری به نام ام البنین. 17 ساله بود که راهی قم شد، درحالی که پس از اخذ مدرک کلاس ششم ابتدایی مدتی را در اردبیل درس حوزوی خوانده بود و سپس قدم به حوزه علمیه نهاد. در قم هم درس آیت الله مصطفی خمینی و شاگرد آیت الله العظمی روح الله خمینی، رهبر آینده انقلاب اسلامی ایران شد: «14 سال در درس امام خمینی شرکت جسته و اصول را، دو دوره و نیم و فقه را از اول طهارت تا حدود و سپس مکاسب بیع خواندم» (خاطرات، ج1، ص 9) او از نادر کسانی است که در دهه سی که بسیاری از چهره های روحانی کنونی جمهوری اسلامی در زمره طلاب مقدمات خوان یا سطح مقدماتی حوزه بودند تقریرات درس خارج آیت الله العظمی خمینی را نوشت و استادش نیز آن تقریرات را با خط خود اصلاح کرد و باعنوان «الدماءالثلاثه» عرضه شد. این سند نشانه تقدم خلخالی در درس و بحث و فقاهت بر دیگر روحانیان بود.
روابط خلخالی با امام خمینی همچنان ادامه یافت تا او از معتمدان رهبر انقلاب اسلامی شد به گونه ای که زبان تلخ و گزنده او راتاب می آوردند و از او همچون یاران خاص دلجویی می کردند. آیت الله خلخالی چنان با خاندان امام رفیق و شفیق بود که در روزگار تبعید آیت الله خمینی به ایشان چنین نوشت: «ما از اول با شما پیمان بسته ایم که دنباله رو شما باشیم... هیچ گاه باور نمی کردم که دل پر مهر جنابعالی از حقیرخون باشد که این روزها بعضی از طرف شما به من رسانده اند. مگر ما چوب بست... شما بوده ایم که هر جور دلشان بخواهد از ما استفاده کنند و پس از نیل به منویات خود از ما سیر شوند و ما را به آتش بسوزانند که نه دنیایی و نه دینی باقی بماند؟ حقیر معانی واقعی این جملات را باور نمی کنم و از جنابعالی که جز عطوفت و صفا و صمیمیت سراغی ندارم و جانم را فدای راه شما کرده ام این چنین تعبیرات را خیلی بعید می دانم و آرزو می کنم که این حرف ها کذب محض باشد و شاید از ناحیه رفیق سی ساله و برادر گرانقدر آقای حاج آقا مصطفی عنوان شده باشد... گمان نمی کنم که در آن لحظات حساس دل شما از ما خون باشد و ما نردبان ترقی شده ایم مگر نعوذبالله دوروبر و اطرافیان آقامحمدخان قاجار هستیم که هر حرفی درباره ما گفته شود برای مصالحی سکوت کنیم و دم نیاوریم. ...خدا شاهد است اگر حالا هم تشخیص بدهم که حرکت در پشت قدم های شما و پیروی از آن به دین و دیانتم ضرر دارد از همین حالا می برم ولی هیچ گاه باور نمی کنم که پیروی از شما به دینم ضرر دارد. بنده اگر درسی می روم می خواهم عاطل نباشم ولی تا آخرین رمق در خدمت شما خواهم بود.» (خاطرات، ج 1، ص 22) چنین خطابه ای البته خاص حواریون رهبر انقلاب بود و پاسخی درخور هم داشت که چنین بود: «شما ... در دل من مقام مخصوص دارید و همان طور که کرارا گفته ام در سختی ها و خطرها بالاتر از دیگران، شما مردانه خود را برای هدف من _ که هدف همه است ان شاءالله _ به خطر می انداخته اید ... شما مطمئن باشید که من ان شاءالله تا آخر عمر عواطف شما را فراموش نمی کنم... اینکه شما مرقوم داشته اید کانه اینجانب را مثل آقامحمد خان قجر سر سلسله قاجار تصور فرمودید باید جدا عرض کنم اشتباه فرمودید... شما بدانید که مورد علاقه اینجانب هستید و خواهید بود... ان شاءالله پس از این به حرف اشخاص گوش نکنید و تا تحقیق نفرمایید آن هم از خود اینجانب، ترتیب اثر ندهید» (همان، ص 23).
این گونه بود که آیت الله خلخالی در معدود حواریون خاص رهبر انقلاب، همچون آیت الله مطهری، نزد ایشان مقامی برگزیده یافت و از این پس مستقیما با ایشان رابطه ای کاری و اجرایی یافت. درواقع آن چه این روحانیون از حواریون می ساخت، به سابقه حوزوی ایشان باز می گشت. اینان همان کسانی بودند که در عهد مرجعیت آیت الله العظمی بروجردی به تبعیت از آیت الله العظمی خمینی از اطرافیان آن مرحوم اجتناب می ورزیدند و خویش را در سلک تازه ای رده بندی می کردند. شیخ اکبر هاشمی رفسنجانی، از زمره این حواریون، در این باره می نویسد: «من و شماری از دوستان هم مباحثه به امام نزدیک و نزدیک شدیم هم در وارد کردن امام به جلوس در ایام عید و عزا نقش داشتیم و هم به شکلی درگرداندن بیت ایشان... با همه احترامی که برای آقای بروجردی قایل بودیم...
با این همه نوعی پرسش توام با نارضایتی از پاره ای مواضع آقای بروجردی و وضع حاکم بر حوزه داشتیم» (خاطرات دوران مبارزه، ج 1، ص 103) برخی منابع تاریخی از وجود کدورتی میان آیت الله العظمی بروجردی و آیت الله مطهری خبر داده اند و برخی دیگر عدم حمایت مرجع تقلید عام شیعه از فداییان اسلام را عامل اصلی قطع رابطه استاد (آیت الله بروجردی) و آیت الله خمینی داشته اند همچنان که شاگرد مستقیم آیت الله بروجردی، (شیخ حسینعلی منتظری) حمایت از رهبر آینده انقلاب اسلامی را بر مناسباتش با بیت مرجع تقلید عام شیعه ترجیح داد و همچنان که شیخ صادق خلخالی عضو جمعیت فداییان اسلام برخلاف نظر آیت الله بروجردی حامی ورود فداییان اسلام به قم شد: «فداییان اسلام... خیلی با اطرافیان آقای بروجردی و دستگاه شاه مخالف بودند آنها می خواستند به هر طریقی که شده مانع آوردن جنازه (رضاشاه) پهلوی به قم شوند ولی سرانجام جنازه پهلوی را با قطار از اهواز به قم آوردند و تلاش ما بی نتیجه ماند و پس از طواف به طرف حضرت عبدالعظیم حرکت دادند و در مقبره ای مخصوص (که ما بعد از انقلاب آن را خراب کردیم) دفن نمودند» (خاطرات، ج 1، ص 41).
مخالفت این گروه از روحانیون سیاسی با اطرافیان آیت الله بروجردی پس از درگذشت ایشان در قالب مخالفت با آیت الله شریعتمداری تداوم پیدا کرد. خلخالی از تمایل آیت الله شریعتمداری برای نماز خواندن بر پیکر آیت الله بروجردی و مخالفت افرادی چون خود خبر می دهد: «خواندن نماز بر جنازه یک مرجع تقلید وقت بار سیاسی پراهمیتی در بردارد. این حساسیت و بار سیاسی را ما درک می کردیم» (خاطرات، ج 1، ص 55) خلخالی پیش از این نیز گفته بود: «ما می دیدیم دست هایی در کار است تا این که امام را تنها به عنوان مدرس نه مرجع تقلید معرفی نمایند لذا ما از طریق مصاحبه، حقایق را می گفتیم» (همان، ص 50) با وجود این رهبر آینده انقلاب به امری فراتر از مرجعیت دینی می اندیشید و از این رو به هنگام نماز گذاردن فرزند بزرگ آقای بروجردی بر پیکر ایشان: «همه آقایان اقتدا کردند به جز امام که از همان در صحن از مردم جدا شده و به منزل رفته بود» (همان، ص 55) با درگذشت آیت الله بروجردی، مرجعیت شیعه گرایش های تازه ای یافت.
مرگ مرجع عام پایان سنت 200 ساله فقها از علامه مجلسی تا آیت الله بروجردی بود که در آن جدایی و در عین حال همراهی حکومت و حوزه پذیرفته شده بود و با سرعت گرفتن انقلاب اسلامی حتی تلاش های آیت الله شریعتمداری هم نتوانست اتحاد نهاد سلطنت و روحانیت را احیا کند. با در خطر افتادن جان آیت الله العظمی خمینی در پی حوادث 15 خرداد 1342 همین حواریون ایشان به تکاپو افتادند تا آن چه پس از فوت آیت الله بروجردی محقق نشد، این بار ممکن شود. با تلاش افرادی چون آیت الله منتظری برای اولین بار در تاریخ مرجعیت شیعه، مرجعیت یک فقیه به تایید مراجع دیگر رسید تا ایشان از چنگ اعدام رژیم رهایی یابد و در نامه های جمعی فضلای قم که در حمایت از مرجعیت آیت الله خمینی تهیه و منتشر شد شیخ صادق خلخالی فعال بود. این از جمله همان عواطفی است که رهبر انقلاب در نامه خویش به آیت الله خلخالی از آن به نیکی یاد می کند.رابطه آیت الله خلخالی با رهبر انقلاب بر مبنای همان نامه مهم طی سال های تاسیس جمهوری اسلامی ادامه یافت. او از جمله نخستین افرادی بود که در اولین عکس های امام خمینی همراه و همپای ایشان دیده می شد: در پاریس، در بهشت زهرا،در مدرسه رفاه و نیز مدرسه علوی. خلخالی سالیان دراز را در زندان و سپس تبعید گذرانده بود تا چنین روزی را به چشم بیند: تبعید چهار ماهه به رفسنجان، دو ماهه به لار، چهارماهه به بانه و چهار ماهه به بندر لنگه سرانجام به سفر بیست روزه به پاریس منتهی شد تا شیخ فقید داستان ما در زمره کادر های درجه اول جمهوری اسلامی قرار گیرد.
او در آن تبعید ها با رهبران آینده جمهوری اسلامی آشنا شده بود. به انارک که تبعید شده بود روحانیان بسیار دیگری از قم همچون او تبعید شده بودند: شیخ حسینعلی منتظری به طبس خراسان، حاج میرزا علی مشکینی به ماهان کرمان، محمد فاضل لنکرانی به بندر لنگه، شیخ محمد یزدی به بندر گناوه، آذری قمی به برازجان، خزعلی خراسانی به بندرگناوه ربانی املشی به شوشتر، جنتی اصفهانی به اسدآباد همدان، شیخ حسن صانعی به مشکین شهر، نعمت الله صالحی نجف آبادی به ابهر زنجان، عبایی خراسانی به بندر دیلم، و ... همه این فهرست در سال های بعد از پیروزی انقلاب اسلامی در زمره سران جمهوری اسلامی قرار گرفتند. خلخالی نیز حاکم شرع ایران شد.
اولین حکم او به قلم رهبر انقلاب 13 روز پس از پیروزی صادر شد: «جناب حجت الاسلام آقای شیخ صادق خلخالی دامت افاضاته، به جناب عالی ماموریت داده می شود تا در دادگاهی که برای محاکمه متهمین و زندانیان تشکیل می شود، حضور به هم رسانده و پس از تمامیت مقدمات محاکمه با موازین شرعیه حکم شرعی صادر کنید، روح الله موسوی الخمینی» انتخاب خلخالی برای محکمه شرعیه از میان بسیاری از روحانیون و شاگردان آیت الله خمینی مسئله مهمی است و حاکی از نگاه استادش به اوست. خلخالی می نویسد پس از دریافت حکم از سوی رهبر انقلاب «عرض کردم متشکرم اما این کار خون دارد و بسیار سنگین است.
حضرت امام فرمود: برای شما سنگین نیست، من حامی شما هستم.» (خاطرات، ج1، ص 291) و براستی رهبر انقلاب از حاکم شرع خویش حمایت کرد. یک بار که موج مخالفت ها با اعدام های صادق خلخالی اوج گرفت: «سرانجام کاسه صبرم لبریز شد و مستقیما خدمت امام رفتم و عرض کردم: ابراهیم یزدی می گوید که جزو شورای انقلاب است و نمی گذارد من به کارها رسیدگی کنم او در همه کارها دخالت می کند و مانع کار ما می شود .
امام فرمود: او جزو شورای انقلاب نیست» و زورش هم به تو نمی رسد اگر آمد آنجا (مدرسه رفاه محل محاکمات خلخالی) یقه او را بگیرد. [سپس امام یقه مرا گرفت و گفت این جوری] و از پله ها به پایین پرت کن تا بیاید پیش من و من جواب او را می دهم.» (همان، ص 361) خلخالی در این مقام بیش از 50 چهره ارشد رژیم پهلوی را اعدام کرد و بسیاری از آنها که برای مردم در صحنه انقلاب شناخته شده بودند متهم به دستور تیراندازی به تظاهرات اعتراض آمیز مردم یا شکنجه زندانیان سیاسی در زندان ساواک بودند.
شب اول قصد داشت 24 نفر را اعدام کند اما «به علت دخالت ها فقط دستور اعدام چهار نفر یاد شده: نصیری، رئیس ساواک _ خسروداد ، فرمانده هوانیروز _ ناجی، فرماندار نظامی اصفهان و رحیمی _ فرماندار نظامی تهران، را صادر کردم» ( ص 352) این 4 تن ساعت 2 بعد از نیمه شب 24 بهمن 1357 در مدرسه رفاه اعدام شدند و این تازه آغاز کار بود: «من با خوردن خون دل سرانجام توانستم در جا همان 24 نفر را نیز به تدریج اعدام کنم» (همان). رهبر انقلاب در آن شب با تعدد اعدام ها مخالفت کرده بودند «امام ما را به بردباری دعوت کرد و فرمودند تعداد اعدام ها امشب چهار یا پنج نفر بیشتر نباشد» (ص 362) در میان اعدام ها اما اعدام امیرعباس هویدا نخست وزیر سابق از همه مهم تر بود. خلخالی معتقد است مهم ترین مخالف اعدام هویدا، مهندس مهدی بازرگان بود: «آن ها همگی مخالف اعدام هویدا .... بودند.
آن ها دستور داده بودند برای محاکمه هویدا مسجد زندان قصر را آماده کنند و متین دفتری نوه دختری مصدق که به زبان فرانسه تسلط داشت به عنوان وکیل مدافع هویدا در کنار او قرار گیرد» ( ص 382) در حالی که خلخالی بارها اعلام کرده بود محاکمه قضایی به شیوه غربی را قبول ندارد: «ما در قوانین شرع و الگوی اسلامی نداریم که کسی بتواند برای خود وکیل انتخاب کند مگر این که لال باشد و کسانی که ما محاکمه می کنیم لال نیستند و عقلشان هم می رسد که جواب ها را بدهند» (خاطرات، ج 2، ص 78) خلخالی حتی معتقد بود: «از نظر شرع وقتی کسی مجرم شناخته شد غذا دادن و آب دادن به مجرم از محرمات است و باید اعدام شود» (همان، ص77) این گونه بود که در کمال ناباوری هویدا، محاکمه او ساعاتی بیش به طول نینجامید.
ساعت 3 بعدازظهر جلوی میز محاکمه قرار گرفت. و هنوز آفتاب غروب نکرده بود که اعدام شد. خلخالی پیش از ظهر آن روز به قم رفته بود: «امام به من فرمود شما به حرف بازرگان ها گوش نکن» (خاطرات، ج 1، ص 379) پس از ناهار به تهران و زندان قصر آمد: «شور و هیجانی به وجود آمد و صدای پایکوبی ها در قصر پیچید آنچنان که هویدا و همپالکی هایش شوکه شدند آنها متوجه شدند که به قول خودشان خلخالی جلاد به قصر برگشته است» (همان) ساعت یک بعدازظهر هویدا را نزد خلخالی آوردند «هنگام صرف غذا من به شوخی به او گفتم اینجا مشروب زیاد است زیرا شیشه های پر از مشروب را از خانه های طاغوتیان به اینجا آورده اند، آیا میل داری؟» (همان، ص 380) خبرنگاران خبردار شدند.
درها بسته شد: «هر کس که می خواهد از در زندان قصر و یا در دادگاه به داخل بیاید مانعی ندارد ولی از بیرون رفتن آنها جلوگیری نمایید تلفن ها قطع شد: «چهار یا پنج دستگاه تلفن وجود داشت که می شد توسط آنها با خارج تماس برقرار کرد اما من همه تلفن ها را قطع و گوشی ها را در یخچال گذاشته و در آن را قفل کردم» ساعت 3 زمان محاکمه فرا رسید در حالی که هویدا هرگز از زمان محاکمه اطلاعی نداشت. پس از صدور کیفرخواست خلخالی از او در حضور احمد جنتی، آذری قمی و محمدی گیلانی خواست تا آخرین دفاع خویش را انجام دهد. هویدا اما خواستار گفت وگو با حجت الاسلام احمد خمینی شد.
خلخالی موافقت نکرد. «هویدا در حالی که عرق می ریخت گفت حضرت خلخالی من نمی گویم مرا اعدام نکنید ولی خواهش می کنم به مدت دو ماه اعدام مرا به تاخیر بیاندازید.» (همان، ص 386) خلخالی با استناد به نظریه تفکیک قوا با تکیه بر استقلال قوه قضائیه از قوه مجریه درخواست هویدا برای گفت وگو با دولت موقت را رد کرد.
با دیدار او و مادرش موافقت نکرد و بدون وصیت نامه حکم اعدام را اجرا کرد: «پس از آن من داخل زندان آمدم. افراد مسئول... به من گفتند چه باید بکنیم؟ گفتم درباره چه چیزی و چه کسی صحبت می کنید؟ گفتند درباره هویدا. گفتم کار او تمام است. هویدایی دیگر در عالم وجود ندارد.» (همان، ص 387).
جنازه هویدا 3 ماه در پزشکی قانونی ماند و سرانجام راهی فرانسه شد و این گونه بود که نام خلخالی در تاریخ ایران ثبت شد: مردی که هویدا را اعدام کرد.
آیت الله خلخالی در مقام حاکم شرع در واقع بازوی قضایی نظام اسلامی بود. آیت الله امام خمینی در واقع پیش از هر نهادی «دادگاه انقلاب» را تاسیس نموده و یکی از معتمدان خویش را به ریاست آن گماردند و بدین ترتیب پاره ای از شئون ولی فقیه (به عنوان یک مقام فقهی و حقوقی) به آیت الله خلخالی سپرده شد. خلخالی در دادگاه انقلاب فقط سلطنت طلبان را اعدام نمی کرد. گروه دیگر از محکومان او «روحانی نمایان» بودند: «افرادی بودند رفاه طلب... حرکت آنها اصولا یک حرکت عارضی بود نه خودجوش لذا با اندک بهانه ای از راه امام جدا شدند و راه قبلی خویش را که همان راه سازش با دستگاه و گرفتن وجوه و ترویج علمای ارتجاعی بود ادامه دادند» (خاطرات، ج 1، ص 169)
شاید اگر بخش های منتشر نشده خاطرات آیت الله خلخالی درباره تعدادی از روحانیون نامدار کنونی قم منتشر می شد، افشاگری های جنجال برانگیزی می گردید و به همین دلیل توسط برخی خیرخواهان او حذف شد. خلخالی در خاطرات خویش از شیخ محمود حلبی (رئیس انجمن حجتیه) آیت الله حاج آقا حسن قمی (مرجع تقلید محصور) سه برادر روحانی (محمد، صادق و مهدی روحانی)، شیخ مهاجرانی که «قصد بازداشت او را داشتیم ولی او سرانجام فرار کرد و سر از پاریس در آورد» عبدالرضا و عبدالرسول حجازی که «ما امیدوار بودیم که آنها اعدام شوند ولی به توصیه بعضی ها از زندان رها شدند» و ... نام می برد.
خلخالی چنان در اعدام ها از خود قاطعیت نشان می داد که مرحوم شیخ فضل الله محلاتی (نماینده رهبر انقلاب در سپاه پاسداران) را به ساده لوحی در فراری دادن مهدوی همدانی (یکی از روحانی نمایان عضو ساواک) متهم می کند و از جمله می نویسد: «خدا رحمت کند دکتر بهشتی را، دکتر بهشتی تلفنی به من گفت که زن و بچه ناصر مقدم (رئیس ساواک) در خانه من به تحصن نشسته اند البته... پس از تمام شدن کار ناصر مقدم بود و ما او را عصر اعدام کرده بودیم ولی بنا بود که بازرگان و جریان وابسته به او برای گرفتن عفو از امام فردای همان روز به قم بروند ما هم خیالمان راحت بود که دیگر ناصر مقدمی در روی زمین وجود ندارد» (خاطرات، ج 1، ص 391).
مخالفت خلخالی با بازرگان اما ریشه در همان ماجرای قدیمی داشت. آیت الله خلخالی، مهندس بازرگان را مبلغ آیت الله شریعتمداری و آیت الله شریعتمداری را مجتهد شاه می دانست و از این رو با او مخالفت می ورزید. در پاریس خلخالی به رهبر انقلاب گزارش می داد که دکتر ابراهیم یزدی با دختران دست می دهد و جایی دیگر روایت می کند که مهندس بازرگان در بانه با دختران پرستار دست می دهد.
به هنگام ورود رهبر انقلاب به ایران خلخالی تلاش بسیار کرد تا نهضت آزادی که مدافع مرجعیت آیت الله شریعتمداری بود اداره امور استقبال از رهبر انقلاب را به دست نگیرد: «زیرا نهضت آزادی و پشت سر آنها جبهه ملی قصد داشتند که امام را مانند آقای کاشانی محاصره کنند و دست ما را از دامن ایشان کوتاه نمایند.» (خاطرات، ج 1، ص 274) اقدامات عملی خلخالی در روز 12 بهمن نیز چنین بود که «آقای صباغیان و آقای ابراهیم یزدی نیز می خواستند با حاج احمد آقاسوار (ماشین رهبر انقلاب) شوند اما من به مرحوم حاج مهدی عراقی گفتم که نگذارد اینها سوار شوند امام هم در حالی که سوار ماشین شده بود به این صحنه نگاه می کرد. در نهایت نگذاشتیم که آن دو با امام سوار شوند (خاطرات، ج 1، ص 275) در شهر اما تلاش آقایان آن بود که رهبر انقلاب را از مدرسه رفاه به مدرسه علوی منتقل کنند تا از نفوذ نهضت آزادی در امان بمانند. «به امر آقایان من جلوتر دویدم و خود را به مدرسه علوی رساندم...
این امر در واقع یک کودتا بود و ما امام را از چنگ نهضت آزادی و جبهه ملی در آوردیم» (خاطرات، ج 1، ص 277) خلخالی تا اندازه ای با بازرگان بد بود که حتی دکتر سنجابی رهبر جبهه ملی را بر او ترجیح می داد: «آقای سنجابی خیلی بهتر از آقای بازرگان بود چون آقای سنجابی به نزد شاه رفت و رک و صریح گفت باید از ایران بروید ولی چنین صراحتی را کسی در بازرگان سراغ ندارد.» (همان، ص 295) خلخالی و بازرگان یک بار نیز رودرروی یکدیگر درگیر شدند: 25 روز قبل از محاکمه هویدا در دفتر امام در قم، بازرگان از مصافحه با خلخالی خودداری کرد و گفت: «شما بی خود و بی جهت افراد را و... محاکمه می کنی. گفتم من اصلا تو را قبول ندارم... سروصدا بالا گرفت او گفت: امام مرا امین می داند و مملکت را به دست من سپرده است گفتم اگر امام تو را امین مال این مملکت می داند مرا هم امین جان این مردم می داند و جان مردم مهمتر از مال مردم است.» (همان، ص 382). در این مجادله البته در نهایت خلخالی بود که برنده شد. استعفای بازرگان پس از حادثه 13 آبان 1358 (تسخیر سفارت آمریکا در تهران) پذیرفته شد در حالی که از جمله دلایل استعفای او عملکرد دادگاه انقلاب بود.
محمد قوچانی: خلخالی نوشته است که «امام حاضر بود استعفای آقای بازرگان را بپذیرد و حتی یک بار گفته بود بگویید آقای بنی صدر بیاید و حکومت را تشکیل دهد.» (همان، ص 284) خلخانی معتقد بود «امام به بنی صدر علاقه داشت» و شاید به همین دلیل بود که خلخالی در اولین دوره انتخابات ریاست جمهوری اسلامی از ابوالحسن بنی صدر دفاع کرد. در حالی که بنی صدر در خاطرات خود «درس تجربه» مدعی شده، خلخالی انتظار نخست وزیری از او داشته است. با وجود این وقتی معلوم شد «بنی صدر اصولا نمی تواند با روحانیون کنار بیاید» (همان) خلخالی هم در زمره مخالفان او قرار گرفت. پس از حادثه 8 شهریور ماه و ترور شهید رجایی و باهنر، خلخالی در دفتر هاشمی رفسنجانی بود: «به ایشان پرخاش کرده و گفتم بالاخره نمی گذارید ما این گروهک را پاکسازی کنیم و بعد به گریه افتادیم.
آقای هاشمی گفت با این حال بیرون نرو. گفتم بر اعصابم مسلط هستم.» (همان، ص 329) نهم شهریور ماه خلخالی در پناه شعار: «دادگاه خلخالی ایجاد باید گردد» برای مردم روبه روی مجلس صحبت کرد. «گفتم که از این عمل کسانی مانند بنی صدر و رجوی که خیانتشان به ملت ایران مسلم شده است خوشحال می شوند اما آنها باید بدانند که اگر بخواهند به ایران برگردند ملت آنها را محاکمه و محکوم به اعدام خواهند کرد.» (همان، ص 33) خلخالی پیش از این نیز با بنی صدر درگیر شده بود و آن هنگامی بود که قصد داشت با تخریب مقبره رضاخان در حرم شاه عبدالعظیم به آرزوی دیرین فداییان اسلام جامه عمل بپوشاند: «شاید شما ندانید که این مقبره را تا چه حد محکم ساخته بودند ما آن را مثقال، مثقال می کندیم و بلدوزر و گریدر، و وسایل تخریب عادی بدان کارگر نبود.
سرانجام ما مجبور شدیم که با دینامیت مقبره را به تدریج خراب کنیم.» (همان، ص 347) خلخالی معتقد است که این تصمیم به پیشنهاد او در دفتر امام گرفته شد. (همان، ص 341) اما بنی صدر با این پیشنهاد که مقبره به موزه دیکتاتورهای جهان تبدیل شود با تحقق رویای فداییان اسلام مخالفت می کرد. خلخالی اما مطابق معمول قاطع بود و در نتیجه بنی صدر حکمی که برای او به عنوان پیگیر پرونده قاچاقچیان مواد مخدر صادر کرده بود را تعدیل و اعلام کرد: «آقای خلخالی صرفا مامور بازداشت قاچاقچیان است و حق ندارد آنها را محاکمه کند.» (همان، ص 351)
خلخالی در هنگام عزل بنی صدر نماینده مجلس شورای اسلامی بود. قدرت بازرگان و بنی صدر در برابر رهبر انقلاب ناچیز شده بود. اما هنوز دشواری هایی وجود داشت. در تابستان 1359خلخالی راهی تبریز شد. تبریز پایگاه سنتی آیت الله شریعتمداری بود اما آیت الله می گوید استقبالی که از او شد در تاریخ 70 سال اخیر تبریز بی سابقه بوده است. خلخالی طی مقاله ای (که خود آن را جنجالی خوانده است) بر این چالش تاریخی نقطه پایانی گذارد و از آیت الله شریعتمداری خواسته به داستان حزب جمهوری خلق مسلمان خاتمه دهد: «عنوان کردن دو حزب (جمهوری اسلامی و جمهوری خلق مسلمان) در میان جامعه ما ... به هیچ وجه صلاح مصلحت رهبران و جامعه اسلامی ما نیست.» (خاطرات، ج 2،ص 182) با ظاهر شدن آیت الله شریعتمداری در تلویزیون جمهوری اسلامی و اعتراف صادق قطب زاده به طراحی کودتا علیه رهبر انقلاب این پرونده نیز ظاهرا بسته شد.
نطق 22 فروردین 1361 خلخالی و مجلس صورت دیگری از این تقابل را رقم زد و آن تداوم برخورد در قالبی جدید بود: «آقای سامی و بازرگان و ابراهیم یزدی که در مجلس نشسته اند به مراتب بدتر از آنها (هواداران شریعتمداری) هستند و باید تکلیفشان را ملت ایران روشن نماید.» (خاطرات، ج 1، ص 406)
خلخالی به تدریج از یک قاضی به سیاستمداری روحانی تبدیل می شد اما هنوز یک کار دیگر در کارنامه اش باقی مانده بود. با کسب ماموریت از رهبر انقلاب راهی کردستان شد. در پاوه 9 نفر از مخالفان جمهوری اسلامی را اعدام کرد. دادگاه این بار صحرایی بود. سپس راهی سنندج و مریوان شد و 20 نفر را در این دو شهر اعدام کرد. 20 نفر دیگر نیز در سقز اعدام شدند. خلخالی در پیامی به همه گروه های ضدانقلاب اعلام کرد اگر سلاح خود را تحویل ندهند حکم راهزنان را درباره آنان اجرا خواهد کرد. (خاطرات، ج2، ص 102)
آیت الله خلخالی در این هنگام از دادگاه انقلاب استعفا کرده بود. قضاوت را کنار نهاده بود اما در سیاست فعال بود. طی سالیان نمایندگی پارلمان از قم دشمن جدید او جناح راست و انجمن حجتیه شد چرا که معتقد بود: «حضرت امام به طور مرتب تاکید می کرد که پست های کلیدی را به انجمن حجتیه و افراد وابسته به آن ندهید. آنها نیز در اوایل انقلاب فعالیت هایی داشتند و حتی رئیس آنها به نام آقای حلبی گاه و بی گاه اعلامیه صادر می کرد. تعداد بی شماری از آنها که قدرتی نیز داشتند... به مقامات بالایی نیز دست یافتند اما به تدریج لو رفتند و شناخته شدند. آنها تظاهر می کردند که به انقلاب و راه امام اعتقاد دارند ولی در اعماق دلشان شاه را از امام امت بهتر می دانستند و می دانند.» (خاطرات، ج 1، ص، 29) از سوی دیگر خلخالی با برخی افراد نزدیک به انجمن مانند آیت الله خزعلی نیز درگیر بود. مهم ترین برخورد این دو به هنگام اعدام سرلشکر شمس تبریز فرماندار نظامی خوزستان بود که با اعتراض آیت الله خزعلی مواجه شد (همان، ص 400) در جریان انتخابات دومین دوره مجلس شورای اسلامی در قم آیت الله خزعلی سخنرانی تندی علیه خلخالی ایراد کرد و جامعه مدرسین قم نیز در برابر خلخالی قرار گرفت. شاید به همین دلیل بود که خلخالی توانست آرای مردم را جلب کند و دوباره نماینده مجلس شود. با وجود این هنگامی که رهبر انقلاب نیز از انجمن حجتیه انتقاد کردند، آیت الله خلخالی طی نطقی در مجلس (11 مرداد 1362) خطاب به انجمن گفت: «آن کس که راضی از اعمال شماست امام زمان نیست بلکه شیطان زمان آمریکاست.»
خلخالی طی دو مجلس بیش از پیش با جناح راست درگیر شد تا اندازه ای که به هنگام انشعاب مجمع روحانیون مبارز از جامعه روحانیت مبارز به گروه تازه تاسیس پیوست و در فهرست انتخاباتی آنان قرار گرفت. با پایان مجلس سوم (که اکثریت آن در اختیار مجمع روحانیون مبارز بود) خلخالی نیز به پایان دوره نمایندگی و بلکه سیاست ورزی اش رسید. نه تنها مردم در مجلس چهارم به او رأی ندادند بلکه شورای نگهبان صلاحیت او را برای ورود به مجلس خبرگان رهبری رد کرد این در حالی بود که خلخالی عضو مجلس اول خبرگان رهبری بود اما با رحلت امام و پایان یافتن حمایت ایشان از خلخالی عمر سیاسی او نیز پایان یافت.
خلخالی نامه ای سرگشاده به تاریخ دهم مهر ماه 1369 به مردم ایران نوشت و گفت: «آیا کار انقلاب به جایی رسیده که بچه های خودش را مانند حیوانات وحشی طعمه خود قرار می دهد؟ و اصولا آیا وقت آن ایام شوم حالیه فرا رسیده است؟ من که این همه زجر کشیده و اسیر و در به در زندان ها و تبعیدها بوده ام و بچه های من و زوجه بنده علویه محترمه زمستان و تابستان برای دیدن من از بانه گرفته تا بندر لنگه و از لار گرفته تا انارک و رودبار با چند بچه قد و نیم قد سرگردان اتوبوس ها بودند جزایم این است که از خبرگان محروم و به جای ما چند نفر خلق مسلمان و ... صلاحیت داشته باشند؟» (خاطرات ، ج 2 ، ص 199) خلخالی در همان نامه یادآوری کرد که اختلافات او با آیت الله خزعلی سبب رد صلاحیت اش شده است و فاش ساخت آیت الله یزدی (هم تبعیدی آیت الله خلخالی) به همراه آقای شرعی (از جامعه مدرسان حوزه علمیه قم) تلاش بسیاری برای عزل او از حاکم شرعی در آغاز انقلاب به خرج می دادند. خلخالی همچنین متذکر شده که شورای نگهبان در دوره دوم مجلس نیز صلاحیت وی را رد کرده بود اما امام به آیت الله امامی کاشانی پیام داد که من صلاحیت خلخالی را تایید می کنم.
و نیز یادآور شد جلال الدین فارسی و احمد کاشانی (فرزند آیت الله کاشانی و نزدیک به حزب زحمتکشان مظفر بقایی) در مجلس دوم با اعتبار نامه او مخالفت کردند. در واقع گر چه خلخالی میدان عمل سیاسی بسیاری از رجال و گروه های لیبرال را محدود کرده بود اینک این همسنگران قدیمی او بودند که عمر سیاسی او را به پایان می رساندند. خلخالی از آغاز دهه 70 از صحنه سیاست عملا حذف شد. همزمان با حذف او جناح چپ به سرعت اصلاح طلب می شد و خلخالی که سوابقی چپ گرایانه داشت خود را به این جناح نزدیک تر می دید. در قم به تدریس و تالیف رساله عملیه پرداخت و خود را در شمار مراجع صاحب رساله قرار داد.
در دی سال 1373 پس از درگذشت آیت الله العظمی اراکی،با ارسال نامه ای به هاشمی رفسنجانی رئیس جمهور وقت حمله به بیت آیت الله منتظری را محکوم کرد. این اقدام خلخالی در سال 77 نیز تکرار شد اما این بار مخاطب نامه مقامی عالی تر بود. خلخالی در انتخاب ریاست جمهوری 1376 از سید محمد خاتمی (که هم گروه وی در مجمع روحانیون مبارز بود) حمایت کرد در حالی که مشی سیاسی این دو فاصله بسیاری با یکدیگر داشت با وجود این خلخالی نیز تغییر کرده بود. او که خود به قطب زاده و یزدی و بازرگان به دلیل دست دادن با بانوان خرده می گرفت، در واپسین سالیان عمر طی فتوایی به حلیت این کار رای داد. خلخالی اما هرگز از اعدام هایش ابراز تاسف نکرد. در سرآغاز جلد دوم خاطراتش (که با شعری از نیما یوشیج آغاز شد) نوشت: «من حاکم شرع بودم و پانصد و چند نفر از جانیان و سرسپردگان رژیم شاه را اعلام کردم و صدها نفر از عوامل غائله های کردستان و گنبد و خوزستان و شماری از عوامل اشرار و قاچاقچیان مواد مخدر را هم کشتم و اکنون در مقابل این اعدام هایی که کردم نه پشیمانم و نه گله مند و نه دچار عذاب وجدانم. تازه معتقدم که کم کشتم خیلی ها سزاوار اعدام بودند که به چنگم نیفتادند».
نباید فراموش کرد که این اعدام ها در اوایل انقلاب اعدام های انقلابی لقب گرفته در مورد حمایت بسیاری از مردم و حتی گروه های سیاسی کمونیست و غیره قرار گرفت که بعدها خودشان به صف دشمنان جمهوری اسلامی پیوستند اما طرفه اینجاست که خلخالی گذشته از شاه و خاندان سلطنت در جایی از خاطراتش عباس امیر انتظام را نیز مستحق اعدام دانسته است: «دادگاه حد وسط را گرفت و امیر انتظام را به حبس ابد محکوم کرد ما هم اصرار می کردیم که امیر بایستی اعدام شود ولی قبول نکردند اگر در زمان پیامبر اسلام بود امیر انتظام مفسد فی الارض شناخته می شد.» (خاطرات، ج 1، ص 297)
خلخالی اما در این باره هم در سال های پایانی عمرش آرایی متضاد (حداقل در نظر) ارائه کرد. هنگامی که عمادالدین باقی با تفکیک حکم اعدام و قصاص مورد اعتراض منتقدان و تحت عنوان اتهام توهینی به مقدسات مورد محاکمه قوه قضائیه قرار گرفت خلخالی از جمله فقهایی بود که اعلام کرد تفکیک این دو از هم را به معنای توهین به مقدسات نمی داند. خلخالی در عین خونسردی در سال های پایان عمر از بی مهری رنج می برد. سال ها پیش وقتی خبرنگاری از او پرسید که آیا احکام را خودتان اجرا می کنید به خدا سوگند می خورد که حکم اعدام هیچ کس را اجرا نکرده است و حتی تیر خلاص هویدا را او شلیک نکرده است. (خاطرات، ج 2، ص 160) او به هنگام اعدام آرزوهای نشکفته هم داشت: «اشهدبالله من آرزو داشتم که حتی یک نفر چه یک سرلشکر و چه یک درجه دار از جای خود برمی خاست و از شاه دفاع و جمهوری اسلامی ایران را محکوم می نمود و سپس به پای چوبه دار می رفت اما هیچ یک از آنهایی که در دادگاه ها محاکمه می شدند این چنین شهامتی نداشتند.» (خاطرات، ج 1، ص 263) خلخالی زودتر از آنکه گمان می کرد بازنشسته شد. او روزی گفته بود «اسلام بازنشستگی ندارد پیغمبر تا آخرین لحظه جنگیده بود» اما در دوران بازنشستگی اش نیز عصر سختی را سپری کرد. بیماری پارکینسون تمام بدنش را به رعشه انداخته بود وقتی از مجلس ختم خواهر یکی از علما در قم (نوروز 1381) خارج می شد کمتر توجه کسی را برمی انگیخت. چه مدت ها بود هیچ کس حاضر نبود دفاعی تام از او انجام دهد. گرچه عضو مجمع روحانیون مبارز بود اما نامش در جایی بدین صفت برده نمی شد. جامعه روحانیت مبارز یا جامعه مدرسین حوزه علمیه قم اما از همان آغاز از او پرهیز داشتند.
خلخالی عضو موسس مجمع مدرسین حوزه علمیه قم (نزدیک به اصلاح طلبان) شد اما این تشکیلات نیز برای او امتیازی محسوب نمی شد. انتشار خاطراتش در روزنامه سلام پس از اعتراض گسترده چپ و راست از مهندس بازرگان تا اسدالله بادامچیان ناتمام ماند و این اواخر فقط روزنامه کیهان بود که گاهی نظر او را جویا می شد. انتشار بیوگرافی هویدا به قلم دکتر عباس میلانی پیرمرد را بیش از پیش در افکار عمومی مورد پرسش قرارداد. دکتر میلانی در کتابش او را به شیوه مینیاتوری و با تعریض تصویر کرده بود: «روستازاده بود و تحصیل چندانی نداشت به قم آمده بود تا درس طلبگی بخواند چهره گردش، لبان برآمده اش، ابروان پرپشتش، چشمان ریزش، ریشش که از چانه برآمده اش بیرون می زد و بالاخره عمامه گل و گشادش هم او را به هیأت یکی از سوارانی درمی آورد که در اغلب مینیاتورهای ایرانی دیده می شود.» (معمای هویدا، ص 417)
خلخالی در واپسین سالیان عمر گوشه نشین شده بود. یکبار با BBC مصاحبه کرد غافل از آنکه آن رادیو کار خودش را می کند و در فکر اعاده شهرت این قاضی بازنشسته نیست. خلخالی اما به آرامی تجدیدنظرهایی هم کرده بود که حتی به چشم BBC هم نمی آمد. او از معدود روحانیانی بود که نامه سرگشاده پس از استعفای آیت الله طاهری اصفهانی از امامت جمعه اصفهان را مورد تأیید قرار داد در حالی که مضمون نامه وی با گذشته سیاسی خلخالی تفاوتی روشن داشت. سال 1373 به هنگام درگذشت مهندس بازرگان، خبرنگار مجله ایران فردا شگفت زده شده وقتی در قم او را در جمع تشییع کنندگان نخست وزیر دولت موقت دید: «یکی از افرادی که دیدن او جلب توجه می کند آیت الله خلخالی است که می گوید در آن موقع در زمان شاه که خیلی از روحانی ها و روحانی نماها در انزوا زندگی می کردند مهندس بازرگان در وسط مبارزه بود و لذا مابه ایشان علاقه داشتیم و به اینکه سر قبرش آمده ایم افتخار می کنیم، ویژگی بازرگان این بود که مرد علم و عمل بود آدم محکم و با استقامتی بود و از تحقیقات خود دست برنمی داشت حالا ممکن بود در تحقیقات بعضی اشتباهات هم داشته باشد کیست که اشتباه ندارد شاید اشتباه ایشان خیلی کمتر از اشتباه دیگران بود.» (ایران فردا؛ 16 بهمن 73) خلخالی در خاطراتش همین دیدگاه را تکرار کرد (ج 2، ص 11) تا نشان دهد او نسبت به سرسخت ترین مخالفان خود هم برخوردی صادقانه دارد.آخرین دیدگاه های خلخالی در خاطراتش منتشر شد.
خاطراتی که حتی ناشرش نیز مجبور شد بر آن حاشیه بزند و بنویسد «هیچ مسئولیتی را در قبال رد یا پذیرش مطالب آن بر عهده نمی گیرد و طبیعی است که هر نوع داوری متوجه نویسنده است و بس» خلخالی اما خاطراتش را حاوی نکات مهمی می دانست: «باید از خودم دفاع نمایم که این حق مشروع می باشد... چگونه خاطرات بختیار و قره باغ و سفیران انگلیس و آمریکا و اشرف و ثریا و فرح و... منتشر می شود ولی خاطرات حقیر که در جریان انقلاب بوده ام شرم آور می باشد؟
مردم اگر این واقعیت تلخ را بدانند که هویدا که متصدی پست ریاست الوزرایی در طول 13 سال بوده ختنه نشده بود، آیا نوشتن این گونه مطالب در خاطرات شرم آور است؟ » (خاطرات، ج 1، ص 13) در همین کتاب بود که خلخالی فهرست معدومین را چاپ کرد و درباره یکی از آنها (که موفق نشده بود اعدامش کند) نوشت: «او با حقه بازی از دست ما فرار کرد شاید خداوند به خاطر این تسامح ما را ببخشد.»آیت الله خلخالی در پایان عمر آمیزه ای از پافشاری برگذشته و تجدیدنظر در آن بود و همین قضاوت درباره او را سهل و ممتنع می کند. مهمتر از همه اینها اما تنهایی او بود. قریب به 10 سال پایانی زندگی خلخالی (همان گونه که خودش نوشته) در انزوا گذشت. مردی که روزی حمایت همه از حزب توده تا حزب جمهوری اسلامی را داشت سرانجام حمایت همه را از دست داد.خلخالی در خاطراتش از اشعاری استفاده کرده که در عین خونسردی او، دلخوری اش از زمان را نشان می دهد:
بودیم و کسی پاس نمی داشت که هستیم
باشد که نباشیم و بدانند که بودیم
او خود را صاحب انقلاب می دانست و با افسوس می نوشت:
نازک آرای تن ساقه گلی
که به جان پروردم و به جان دادمش آب
ای دریغا به برم می شکند
خلخالی روز پنج شنبه ششم آذرماه درگذشت. روزی خطاب به بنیانگذار جمهوری اسلامی گفته بود: «آقا من حاضرم با شما تا کنار جهنم هم بیایم ولی داخل جهنم نمی شوم» امام فرمودند مگر در دادگاه شما جهنم هم وجود دارد؟گفتم: بله ایشان پرسیدند: جهنم چیست؟گفتم: اگر اینها را اعدام نکنیم جهنم است». بدین ترتیب خلخالی کاری کرد تا به جهنم نرود.