سازمان مجاهدین از بدو شکلگیری رسمی در سالهای اولیه بعد از انقلاب تا به امروز مسیر پر فراز و نشیبی را طی کرده است. حال آنکه هویت امروز آن با سازمانی که در سال 1358 اعلام موجودیت کرد تفاوت بنیادینی دارد. این گروه نیمه مخفی که در ابتدا با شعار حمایت از اصول و ارزشهای انقلاب اسلامی وارد صحنه شد، اکنون بسیاری از آن اصول و ارزشها را زیر تیغ نقادی قرار داده است. عناصر این سازمان در دولت خاتمی و مجلس ششم بسیار تاثیرگذار بودند. حضور بهزاد نبوی به عنوان نایبرئیس مجلس، محسن آرمین نایبرئیس کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس در دوره ششم، مصطفی تاجزاده معاون سیاسی وزیر کشور، محمد سلامتی معاون وزیر تعاون و فیضالله عربسرخی معاون وزیر بازرگانی، اهمیت صحنهگردانی اعضای این گروه بر عرصه سیاسی کشور را در طول هشت سال دوران اصلاحات نشان میدهد. فرآیند شکلگیری سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی را میتوان در دو مرحله قبل و بعد از انقلاب به جستار پرداخت.
الف) دوران پیش از انقلاب
پس از کودتای 28 مرداد 32 و قیام 15 خرداد 42 شیوههای مسالمتآمیز و اصلاحی نیروهای سیاسی به شیوههای براندازی و مبارزه مسلحانه تبدیل شد که در این راستا بین گروههای مارکسیستی و التقاطی با گروههای مذهبی رقابتی وجود داشت. بعد از پیروزی انقلاب، گروههای منصورون، امت واحده، موحدین، فلاح، بدر، توحیدی صف و توحیدی خلق با هم متحد شدند و سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی را تشکیل دادند.
ب) بعد از پیروزی انقلاب
این 31 سال به 5 دوره تقسیم میشود:
1- سالهای 61 - 58
2- سالهای 65 - 61
3- سالهای 76 -70
4- سالهای 84 - 76
5- سالهای 84 تاکنون
دوره اول
در این دوره سران سازمان مجاهدین بیشترین نیروی خود را صرف فعالیتهای نظامی ـ سیاسی کردند و در شکلگیری سپاه پاسداران و کمیته انقلاب اسلامی نقش قابل ملاحظهای داشتند. اعضای سازمان به واسطه آشنایی با شهید رجایی در زندانهای رژیم پهلوی با وی همکاری گستردهای جهت تشکیل دولت انجام دادند. به رغم فعالیتهای مفید و موثری که سازمان در آن سالها انجام داد به دلیل فقدان انسجام لازم فکری برای ایجاد یک تشکل سیاسی از همان روزهای نخست جرقه اختلافات زده شد، اما این اختلافات در فضای ملتهب سالهای اول انقلاب بروز و ظهور جدی نیافت تا آنکه گروههای مخالف و ضد انقلاب از عرصه سیاسی کشور حذف شدند و بنیصدر از کشور فرار کرد. این عوامل سبب شد تا درگیریهای درونی سازمان به سطح جامعه نیز کشیده شود. اعضای سازمان هر از چندگاهی برای ارائه گزارش پیش امام(ره) میرفتند و پیروامون مسائل مختلف نظر ایشان را جویا میشدند.
از آنجا که امکان ارتباط مستقیم با حضرت امام در درازمدت وجود نداشت، راستی کاشانی به عنوان نماینده امام(ره) در سازمان منصوب شد. جناح چپ سازمان اما این انتصاب را برنتافته و با بهانهگیریهای پی در پی بر آن بود که شخص دیگری را جایگزین وی نمایند اما امام در مقابل مباحث مطروحه بر تداوم حضور نماینده خود تاکید کردند پس از آن جریان چپ در حدود اختیارات راستی کاشانی تشکیک میکند و بین نظر و حکم وی فرق قائل میشود. اسفند 60 امام(ره) فرمانی را مبنی بر عدم عضویت کادرهای نظامی و انتظامی در احزاب و گروهها صادر نمودند. پاسداران و بسیاری اعضای جناح راست، نظیر عبدالله ذوالقدر، محسن رضایی و حسین نجابت از سازمان استعفا کرده و به سپاه پیوستند. در نقطه مقابل برخی از اعضای چپ نظیر بهزاد نبوی، تاجزاده، هاشم آغاجری و مرتضی الویری که در نهادهای نظامی و انتظامی عضویت داشتند فعالیت در سازمان را برگزیدند و از آن نهادها استعفا دادند. این وضعیت موجب شد تا جریان چپ حرکات خود را بیش از پیش شدت بخشد. اما امام همچنان بر تداوم مسئولیت راستی کاشانی تاکید میکند. نماینده امام(ره) نیز شورای مرکزی را منحل و شورای جدیدی را به طور موقت مسئول اداره سازمان کرد. امام برای شنیدن نظرات موافق و مخالف، آیتالله موسویاردبیلی را مامور کرد. با انتقال نظرات به حضرت امام، ایشان نظر به ادامه نمایندگی راستی کاشانی دادند. پس از مدتی طیف چپ به بهانه مبهم بودن اختیارات نماینده امام، مجمع عمومی را تشکیل دادند و ضمن انجام انتخابات آزاد، خواستار تفسیر و تبیین مفهوم نظارت و حدود اختیارات نماینده ولی فقیه شدند. جدال دو طرف به اینجا ختم نشد و راستی کاشانی در تاریخ 11/5/61 طی پیامی علاوه بر رد شورای مرکزی 10 نفره جدید، مفاد جلسه مذکور را فاقد اعتبار اعلام کرد. سرانجام وی در 13 شهریور 61 با امام(ره) دیدار میکند و نظر ایشان را جویا میشود که امام میفرمایند: «نظارت آن است که نظر ناظر دخیل باشد. شما محکم بگیرید هر کس خواست میماند و هر کس نخواست دنبال کار دیگری میرود.» به دنبال روشن شدن نظر صریح حضرت امام در مورد حدود اختیارات نماینده خود، در دی ماه 61 سی و هفت نفر از اعضای چپ سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی استعفا دادند.
دوره دوم
با خروج اعضای چپ از تشکیلات و تثبیت نظام، فعالیتهای اجرایی و نظامی سازمان به سردی گرایید و فعالیتها در زمینه سیاسی محدود شد. در این مقطع زمانی به فعالیتهای حزبی با دید تردید نگاه میشد و از سویی با توجه به شرایط جنگی و اهتمام اعضای فعال سازمان به مساله جنگ فعالیتهای سازمان دچار رکود میشود. سرانجام راستی کاشانی طی نامهای در مهم 65 از محضر امام تقاضای موافقت با استعفای خویش و انحلال سازمان کرد که شش روز بعد امام طی نامهای موافقت خود را اعلام نمودند.
دوره سوم
استعفای اکثریت جناح چپ از سازمان موجب نشد که آنها پراکنده شوند، بلکهب ا تشکیل جلسات به رد و بدل اخبار و تحلیل اوضاع و شرایط میپرداختند. پس از خاتمه جنگ و رحلت حضرت امام(ره)، این افراد با هدف کسب مدارک آکادمیک به ویژه در رشتههای علوم انسانی و علوم اجتماعی وارد دانشگاه شدند. در کنار اقدامات مذکور جلساتی به صورت منسجم در قالب فعالیتهای تحقیقاتی مرکز مطالعات استراتژیک نهاد ریاست جمهوری برگزار میشد. از اوایل دهه 70 گروه مستعفی سازمان مجاهدین انقلاب به حلقه کیان پیوستند و فصل جدیدی را در فعالیتهای خود آغاز کردند در 10 آبان 70 این گروه از وزارت کشور مجوز تشکیل سازمانی را تحت عوان سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ایران گرفت و 22 دی 70 طی بیانیهای پیرامون نظم نوین جهانی اعلام کرد.
دوره چهارم
عضویت برخی اعضای سازمان در کابینه میرحسین موسوی سبب شد تا آنان نیز همچون مجمع روحانیون از آخرین نخستوزیر برای حضور در انتخابات ریاست جمهوری هفتم دعوت کنند. میرحسین اما دست رد بر سینه آنان زد تا خاتمی کاندیدای چیگرایان ایرانی باشد. پس از استقرار دولت اصلاحات تاجزاده عضو برجسته سازمان همراه سعید حجاریان، عضو غیر رسمی این گروه، نقش موثری را در تاسیس حزب مشارکت ایفا کردند. سازمان از این سال مواضع خود را به کلی تغییر میدهد و با کنار گذاشتن ضدیت با امپریالیسم و لیبرالیسم، راست سنتی را دشمن اصلی خود میداند و نهضت آزادی را به عنوان اپوزیسیون قانونی به رسمیت میشناسد. در سال 78 بهزاد نبوی و محسن آرمین، دو عضو موثر سازمان به مجلس ششم راه یافتند و و به ترتیب پستهای کلیدی نایب رئیس مجلس و نایبرئیس کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی را در اختیار گرفتند. همزمان با فرا رسیدن انتخابات ریاست جمهوری هشتم سازمان مجاهدین بار دیگر از سیدمحمد خاتمی برای تصدیق پست ریاست جمهوری حمایت کرد. 29 خرداد 81 در دانشگاه تربیت معلم همدان به مناسبت سالروز درگذشت دکتر شریعتی،هاشم آغاجری عضو برجسته سازمان سخنرانی کرد. او در سخنرانی خود دین را افیون تودهها خواند و پیروان مراجع تقلید را میمون نامیدند. وی پس از مدتی به اتهام توهین به اسلام، تحت تعقیب قرار گرفت و به اعدام محکوم شد. سازمان نیز در بیانیهای از او حمایت کرد که البته بعدها حکم اعدام او لغو شد. از اتفاقات مهم این دوره تحصن نمایندگان مشارکت و مجاهدین در اعتراض به رد صلاحیت کاندیداهای جریان اصلاحات برای انتخابات مجلس هفتم بود. سازمان مجاهدین در ماجرای تحصن و استعفای نمایندگان مجلس ششم نقشی اساسی داشت، چنانکه بهزاد نبوی در تهیه بیانیهها و نیز راهبری این جریان از شخصیتهای اول و تاثیرگذار بود.
در انتخابات ریاست جمهوری نهم سازمان مجاهدین همراه با حزب مشارکت از ابتدا از کاندیداتوری مصطفی معین حمایت کرد اما با راهیابی هاشمیرفسنجانی و احمدینژاد به مرحله دوم، همچون دیگر اصلاحطلبان اعلام کرد که از هاشمیرفسنجانی حمایت میکند.
دوره پنجم
اسفند 85 سازمان مجاهدین انقلاب که نتوانسته بود در انتخابات شورای شهر به موفقیتی دست یابد طی بیانیهای این انتخابات را ابهامآلودترین انتخابات پس از انقلاب خواند. یک سال بعد سازمان مجاهدین انقلاب در نامهای به مقام معظم رهبری از تخریب اصلاحطلبان انتقاد کرد. پس از برگزاری انتخابات مجلس هشتم نیز سازمان آن را بیسلیقهترین و تاملبرانگیزترین انتخابات در جمهوری اسلامی خواند. قبل از انتخابات دهم ریاست جمهوری دبیر کل سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی در تیر ماه اعلام کرد: «سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی هم مثل مجمع روحانیون و برخی احزاب اصلاحطلب در جلسات داخلی بحث کرده و به این نتیجه رسیده که از سیدمحمد خاتمی در انتخابات حمایت کند.» امام سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ایران پس از نامزدی میرحسین موسوی در دهمین دوره انتخابات، ریاست جمهوری طی بیانیهای از وی حمایت کرد. بعد از انتخابات، سازمان در بیانیهای به نتایج انتخابات اعتراض کرد و آن را به رسمیت نشناخت که در همین اثنا برخی اعضای سازمان از جمله بهزاد نبوی دستگیر و احکام قضایی برای آنان صادر شد. 23 فروردین ماه 89 کیسیون ماده 10 احزاب با بررسی سوابق و عملکرد حزب مشارکت و سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، پروانه فعالیت این دو حزب را توقیف شده اعلام کرد و برگزاری مجمع، تشکیل جلسه، میتینگ، صدور بیانیه و هر گونه موضعگیری با عناوین منتسب به حزب را غیر قانونی خواند.