یونس در هنگامه فتح تهران در انقلاب مشروطه (1326ق.) در حوزه علمیه قزوین مشغول تحصیل بود و همراه سپاه مشروطهطلبان گیلانی که برای فتح تهران حرکت کرده بودند، مدتی در پی فتح قزوین در این شهر ماند. اما بیداد پادشاهان قاجاریه و بیکفایتی آنان موجب شده بود تا مردم در اندیشه قیام برآیند. ستمهای شاهزادگان که بیشتر آنها فرمانروایی استانی از کشور را در دست داشتند، عیاشیهای شاه و سفرهای پرمخارج او به فرنگ که ثمرهاش استقراض خارجی و به یغما رفتن منابع طبیعی و افزایش مالیاتهای سنگین و کمرشکن و ... بود، سبب برپایی انقلاب مشروطه به رهبری روحانیت شد.
مردم رشت از ابتدای انقلاب مشروطه دست به قیام زدند. روحانیون رشت در این قیام حضوری چشمگیر داشتند. در آن زمان آیتالله سیدعبدالوهاب ضیاءبری نایب رئیسی انجمن ایالتی گیلان بود.
یونس طلبهای جوان بود که از ابتدای انقلاب مشروطه در رشت حضوری فعال داشت. وی برای طلبهها سخنرانی میکرد و آنها را به انقلاب دعوت مینمود. حتی گفته شده است که وی به طلبهها آموزش نظامی میداد. گیلان در جنبش مشروطیت بسیار پرتلاش بود. آیتالله سیدعبدالوهاب صالح ضیاءبری رهبری روحانیون رشت را در این نهضت عظیم برعهده داشت.
مشروطهطلبان گیلان برای فتح تهران به سوی قزوین حرکت کردند. پیشتازان به فرماندهی یونس در بین راه منجیل تا قزوین بارها با قوای دولت درگیر شدند. خطشکنان مشروطهطلب به رهبری وی توانستند تا قزوین پیش روند. در قزوین با رسیدن نیروهای کمکی، جنگ سختی درگرفت. یونس در جنگهای قزوین رشادت شایانی از خود نشان داد. سرانجام دروازه قزوین گشوده شد و مشروطهطلبان آماده حرکت به سوی تهران شدند.
سران مشروطه گیلان یونس را در پی دلاوریهای درخشانش در فتح قزوین به عضویت کمیسیون جنگ انجمن ایالتی گیلان و به ریاست مجاهدین گیلان منصوب کردند. یونس در فتح تهران نیز فرماندهی شماری از رزمندگان را به عهده داشت. رزمندگان گیلانی به رهبری او در کرج و علیشاه عوض (شهریار) با سربازان حکومت مرکزی به جنگ برخاستند.
در پی نبردهای سهمگین، مشروطهطلبان گیلان پیروز شدند و در این هنگامه سپاه مشروطهطلب اصفهان نیز به نزدیک شهر تهران رسیدند. سرانجام مشروطهطلبان گیلان و اصفهان در 25 جمادیالاخر 1327ق. تهران را تصرف کرده، به استبداد خاتمه دادند و محمدعلیشاه که به روسیه گریخته بود، از سلطنت خلع و پسرش احمدمیرزا به سلطنت رسید. یونس از خلافهای برخی از سران مشروطهطلب آزرده بود. وی بدین علت پس از فتح قزوین به نشان اعتراض به رشت بازگشت.
از این هنگام تا سال 1330ق. فرصت خوبی برای قلعوقمح مشروطهطلبان و ایجاد تفرقه بین آنان بود. همچنین مجلس تعطیل شد و بسیاری از آزادیخواهان در زندان یا تبعید بودند. میرزا نیز در سالهای 1333- 1330ق. به دستور روسها در تبعید بود و حق برگشت به زادگاهش را نداشت. وی در سال 1333ق. مخفیانه به رشت بازگشت. حجهالاسلام سیدمحمود روحانی، داماد آیتالله ملامحمد خمامی با وساطت نزد کنسولگری روسیه در رشت نظر مساعد آنان را بر جواز اقامت یونس در رشت جلب کرد، البته به این شرط که وی در فعالیتهای سیاسی دخالتی نداشته باشد.
اما در حالیکه نایبالسلطنه، نخستوزیر و بسیاری از وزیران و امرای حکومت، فراماسون و نوکر انگلیس بودند و فرمانروایان گیلان نیز تنها در اندیشه خوشگذرانی بودند و سربازان روسی که در پی اولتیماتوم، شمال ایران را اشغال کرده بودند، میرزا درصدد بود تا با گردآوری مجتهدان گیلانی در یک مبارزه با اشغالگران خارجی و دولت مستبد همه گیلانیان را به قیام فراخواند. بدین منظور هیأت اتحاد اسلام را تشکیل داد.
میرزا کوچک با مشورت دکتر حشمت که در لاهیجان طبابت میکرد، تصمیم گرفت پایگاهی در انبوه جنگلهای گیلان برای آغاز عملیات نظامی علیه روسها تأسیس کند. در ابتدا اعضای نهضت جنگل به صد نفر نمیرسیدند. سلاح آنان عبارت بود از داس، تبر، اسلحههای شکاری و تعدادی از اسلحههای قدیمی یادگار مانده از نبردهای مشروطه. اندک اندک جنگلیها با شبیخون به سربازخانههای روسی در گیلان، به تفنگ و مهمات بیشتری مجهز شدند. دولت ایران تحت فشار روسها به سرکوبی نهضت جنگل پرداخت.
روسها نیز با توپخانه و سربازان تا دندان مسلح به نبرد با جنگلیها پرداختند. جنگلیها در تلاش برای بیرون راندن اشغالگران روسی از کشور، در نبردهای سهمگینی به دشمن تلفات وارد ساختند. شمار دشمن بیش از تعداد جنگلیها بود و اسلحه و مهمات آنها هم به مراتب بیشتر. اما ایمان و شجاعت جنگلیها سبب شد تا آنها در درگیریها پیروز باشند. دولت مرکزی با اطلاعیههای فراوان مردم را از پیوستن به جنگلیها و کمک به آنها برحذر داشت. روسها نیز بهوسیله اعلامیهها به مردم گیلان اخطار کردند که از پشتیبانی جنگلیها بپرهیزند.
کسما مرکز گردهمایی جنگلیها شد. گوراب زرمخ پایگاه نظامی آنها بود. روزبهروز بر شمار داوطلبان عضویت به نهضت جنگل افزوده میشد. قوای دولتی و روسها بارها از آنان شکست خورده بودند.
پس از شکست روس در جنگ جهانی نوبت انگلیس بود تا با وارد شدن از مرز عراق در ایران یکهتازی کند. انگلیسیها به میرزا پیغام دادند که اجازه عبور آنها را از مناطقشان بدهند و در عوض حکومت میرزا را به رسمیت بشناسند که البته میرزا نپذیرفت. اما در برهههای بعدی میبینیم که با تعضیف حکومت و فشار بیشتر آن علیه نهضت، روزبهروز جنگلیها در وضعیت بدتری قرار میگیرند. قزاقان روسی و ایرانی به پشتیبانی سربازان انگلیسی کوههای گیلان را زیر پا گذاشته تا به قلعوقمح جنگلیها بپردازند.
تسلیم شدن حاج احمد کسمایی (از مشاوران میرزاکوچک و از رهبران نهضت جنگل) و تسلیم شدن و شهادت دکتر حشمت، برای میرزاکوچک و نهضت جنگل بسیار کمرشکن بود. ولی آیتالله سیدحسن مدرس در استفتایی که در جمادیالثانی 1339ق. از ایشان میشود، به پشتیبانی از نهضت جنگل میپردازد. در قسمتی از فتوای تاریخی وی آمده است، "جلوگیری از دخالت خارجه و نفوذ سیاست آنها در گیلان عملیاتی بوده بس مقدس که به هر مسلمانی لازم. خداوند همه ایرانیان را توفیق دهد که نیت و عملیات آنها را تعقیب و تقلید نمایند."
نهضت جنگل بحرانیترین وضعیت خود را در طول قیام پشت سر میگذارد. جنگلیها از جنگ و بیخانمانی خسته شده بودند. روزبهروز از شمار جنگلیها کاسته میشد. در همین هنگام فرمانده قزاقهای روسی در تهران در نامهای به میرزاکوچک خواستار تسلیم وی میشود که با پاسخ دندانشکن میرزا مواجه میشود.
تأسیس حکومت جمهوری انقلابی در گیلان ثمره پربار مبارزات نهضت جنگل است. براساس توافق میرزاکوچک و روسها، کمیتهای مرکب از جنگلیها و روسها اعضای کمیته انقلاب را تشکیل میدادند. میرزاکوچک سرکمیسر و کمیسر جنگ این کمیته انتخاب شد. با کنار رفتن هیأت اتحاد اسلام از صحنه رهبری نهضت جنگل، کمونیستها اندکاندک پستهای کلیدی را در دست میگیرند. احسانالله خان دوستدار و خالوقربان که رهبری نظامی کردهای نهضت جنگل را برعهده داشتند، دارای افکار کمونیستی بودند.
روسها به توافق خود با میرزاکوچک پایبند نبوده، در رشت به تبلیغات کمونیستی میپرداختند. مردم متدین گیلان که تا پیش از تأسیس جمهوری انقلابی در گیلان با بذل جان، مال و فرزند از هیچ کوششی در کمک به نهضت جنگل دریغ نداشتند، با دیدن تبلیغات کمونیستی از حمایت از نهضت جنگل دلسرد شدند.
مجتهدان گیلانی که بنیانگذار هیأت اتحاد اسلام و رهبران نهضت جنگل و از ابتدای نهضت همراه نهضت بودند، به کنج مسجد و حوزههای علمیه پناه آورده، خود را کنار کشیدند. صدها نفر از کمونیستهای روسی به گیلان آمده، به تبلیغات کمونیستی پرداختند. بهدنبال اوجگیری تبلیغات کمونیستی در گیلان و اقدامات خودسرانه روسها و کمونیستهای ایرانی در گیلان و طرح نقشه ترور میرزا و دستگیری همفکرانش، میرزاکوچک در روز جمعه 22 شوال 1338ق. (18/4/1299 ش.) به نشان اعتراض به فومن رفت و اعلام کرد تا زمانی که جلو اقدامات کمونیستها گرفته نشود، به رشت برنخواهد گشت.
کودتای سرخ در رشت از سوی روسها شکل گرفت. بسیاری از یاران میرزاکوچک دستگیر شدند. هیأت دولت انقلابی جدید در رشت تشکیل شد و احسانالله خان به سمت سرکمیسر و خالوقربان به عنوان کمیسر جنگ پیشهوری بهعنوان کمیسر کشور انتخاب شد. کمونیستهای ایرانی درصدد اجرای کمونیسم در ایران و تأسیس جمهوری سوسیالیست در گیلان بودند.
کودتاچیان کمونیست در پی دستگیری و کشتن همه همفکران میرزاکوچک برمیآیند و کودتاگران در جنگلهای گیلان به جنگ با یاران میرزاکوچک میپردازند. میرزاکوچک در نامههایی به رهبران کمونیستها در شوروی، جنایتهای کمونیستهای ایرانی در گیلان و شرح کودتای آنها را بازگو مینماید.
در سوم اسفند 1299ش. قزاقان ایرانی، به فرماندهی رضاخان از قزوین به تهران حمله برده، پایتخت را تصرف میکنند. کودتای سوم اسفند را انگلیسیها طرح و رهبری کرده بودند. سیدضیاء که تمایلات شدید انگلیسی داشت، به نخستوزیری و رضاخان به عنوان سردار سپه انتخاب میشود. احسانالله خان و خالوقربان به فومن میآیند و با میرزاکوچک آشتی میکنند. کمیته جدید انقلاب به ریاست میرزاکوچک در مرداد 1300 ش. تشکیل میشود. در این کمیته روسها هیچ پستی ندارند. قرار میشود کمیته جدید انقلاب، هفتهای یکبار در روستای "ملاسرا" برگزار گردد.
میرزاکوچک در فومن بهسر میبرد و شماری اندک از جنگلیها باقی میمانند. گروهی از آنها شهید، زخمی یا دستگیر شده و بسیاری هم رفاه را برگزیده، دست از جنگ میکشند. خالوقربان و حیدخان عمواوغلی در پی توطئهای دیگر برای کشتن میرزاکوچک و بهدست گرفتن قدرت برمیآیند. اما اینبار میرزا پیشدستی کرده، توطئه را در نطفه خفه میکند. بدینسان میرزاکوچک با تعدادی انگشتشمار از یارانش به جنگلهای انبوه گیلان پناه میبرد.
رضاخان با تمام قوا در پی سرکوبی نهضت جنگل میآید و رشت را از تصرف کردها بیرون میآورد. خالوقربان خود را به رضاخان تسلیم میکند و به درجه سرهنگی مفتخر میشود. سیدجلال چمنی و سیدمحمد تولمی نیز تسلیم میشوند. اینک رضاخان با همراهی نیروهایی که تاروپود جنگل را میشناسند و سالیانی در کنار میرزاکوچکاند، بهدنبال دستگیری میرزاکوچک برمیآید.
پاییز 1300ش. بسیار زرد و فصل برگریزان بود. یاران همه رفته بودند و میرزا تنها مانده بود. تنها تنی چند از یاران وفادارش با او بودند. میرزا در یکی از آخرین نامههایش به یکی از دوستان مینویسد: "اتکای من و همراهانم به خداوند دادگری است که در بسیاری از این ممالک حفظم نموده است ... افسوس میخورم که مردم ایران مرده پرستند و هنوز قدر این جمعین را نشناختهاند ...
میرزا در آذر 1300ش، به سوی کوههای خلخال به راه افتاد تا بتواند در آنجا دوستان قدیمش را گرد آورد و دوباره قیام را آغاز نماید. اما برف بیامان میبارید. شلاق بادهای سرد کوههای بلند گیلان بر صورت رنجکشیدهاش فرود میآمد. سرانجام سردار جنگل در یازدهم آذر 1300ش، در کوههای گیلوا، جان به جانآفرین تسلیم کرد. پیکرش در زیر برف و بوران یخ زده بود. ساعتی بعد به دستور خان طالش سرش را از تن جدا کرده، به رشت آوردند.
خالوقربان، یار دیروز میرزا سرش را به تهران آورد و به رضاخان تسلیم نمود. سر میرزا را در گورستان حسنآباد تهران دفن کردند. پس از آن، یکی از یاران میرزا، مخفیانه سرش را به رشت آورد، در کنار پیکرش در "سلیمان داراب" رشت به خاک سپرد.