از ریاست جمهوری، الهام علیاف در پیام تسلیت شهادت رهبر عظیم الشان انقلاب اسلامی به مسعود پزشکیان و ملت ایران تصریح کرد: آیتالله سید علی خامنهای سالهای زیادی نقش مهمی در حیات دولت و جامعه ایران ایفا کردند و جایگاه ویژهای در حیات سیاسی و مذهبی کشورشان داشتند. درگذشت ایشان ضایعه بزرگی برای ایران است.
رئیس جمهور آذربایجان تصریح کرد: ما عمیقترین تسلیت خود را به شما و مردم دوست ایران در این فقدان بزرگ ابراز می کنیم و برای شما صبر و شکیبایی آرزو می کنیم.