رهبر انقلاب در مراسم تنفیذ حکم ریاست جمهوری، بر سه جهت‌گیری اصلی دولت آینده تأکید کردند:
مقدمه:
مراسم تنفیذ حکم ریاست جمهوری دوره دوازدهم صبح پنجشنبه در حسینیه امام خمینی(ره) با حضور مسئولان نظام و شخصیت‌های لشکری و کشوری و سفرای کشورهای خارجی برگزار شد و رهبر معظم انقلاب اسلامی با تنفیذ رأی ملت، حجت الاسلام والمسلمین دکتر حسن روحانی را به ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب کردند.آیت‌الله خامنه‌ای در این حکم، انتخابات پر شور و رأی بالای شخصیتِ منتخب را نشانه تحکیم جمهوریت نظام خواندند و با تأکید بر اجرای برنامه اقتصاد مقاومتی، به رئیس‌جمهور توصیه کردند: همت خود را متوجه استقرار عدالت، و جانبداری از محرومان مستضعف، و اجرای احکام اسلام ناب، و تقویت وحدت و عزّت ملّی، و توجه به توانمندیها و ظرفیتهای عظیم کشور، و صراحت در بزرگداشت ارزشها و مبانی انقلاب اسلامی کنید.
در بخشی از متن حکم تنفیذ ریاست جمهوری که حجت‌الاسلام والمسلمین محمدی‌گلپایگانی آن را قرائت کرد، آمده است:
کد خبر: ۳۰۴۲۷۰ تاریخ انتشار : ۱۳۹۶/۰۶/۰۹