به هر حال در سال1376همزمان با کاندیدا شدن محمد خاتمی، محمدعلی ابطحی مطمئن از بازگشت به کار مجدد در صورت عدم پیروزی خاتمی، کار آموزش غریبانه! تسامح و تساهل در لبنان را رها کرده و به ستاد انتخاباتی محمد خاتمی سرک کشیده و بعد مدتی نیز به صورت تماموقت در ستاد انتخاباتی خاتمی مستقر میشود. البته پیش از آن نیز ابطحی در لبنان برای محمد خاتمی که فاقد مسؤولیت رسمی در کشور بوده خدمات ویژهای ارائه داده است. مثلا وی صادقانه اعتراف میکند: «یک بار هم آقای خاتمی به لبنان آمد و طبق معمول سخنرانیهایش اهل فکر و اندیشه لبنان را تحتتاثیر قرار داد». با پیروزی محمد خاتمی در انتخابات دور هفتم ریاستجمهوری بر ناطق نوری، ابطحی در تاریخ ۱۹ تیر ۱۳۷۶ به عنوان ریاست دفتر رئیسجمهور انتخاب و مشغول فعالیت میشود.
او که درس خویش را بهخوبی فراگرفته به همراه عطاءالله مهاجرانی سفره اباحهگری و تساهل را در کشور تئوریریزه کرده و با وجود هشدارهای مسؤولان ارشد نظام و دلخوریهای نگرانکننده متدینان، فرهنگ تسامح را با تمام وجود در عرصه فرهنگ و هنر به منصه ظهور میرسانند. با وقایع پیش آمده در دور دوم ریاستجمهوری خاتمی، ابطحی در ۱۱ شهریور ۱۳۸۰ از مسؤولیت کلیدی ریاست دفتر عزل و ناچارا به سمت معاون حقوقی و پارلمانی محمد خاتمی منصوب میشود. پس از انتخابات مجلس هفتم و تشکیل مجلس اصولگرا او که باید نقش رابط مابین دولت اصلاحطلب و مجلس اصولگرا را ایفا کند، عاجز از برقراری چنین ارتباط اساسا امکانناپذیر 3 بار از پست معاونت پارلمانی استعفا داده تا بالاخره در تاریخ ۲۱ مهر ۱۳۸۳ استعفای وی مورد قبول خاتمی قرار گرفت که پس از استعفا، ابطحی به سمت فرمایشی مشاور رئیسجمهور انتخاب میشود. ابطحی در این باره میگوید: «آقای خاتمی، مرا به عنوان ریاست دفتر رئیسجمهور انتخاب کرد. سختترین سالهای خاتمی را با وی گذراندم. این همراهی سخت برایم آموزنده بود، پس از انتخاب دور دوم، معاون حقوقی و پارلمانی رئیسجمهور شدم تا ارتباط بین مجلس و دولت را تحکیم کنم. پس از انتخابات معروف مجلس هفتم که پس از 3 بار استعفا بالاخره استعفایم مورد قبول رئیسجمهور قرار گرفت و طبق معمول حکم تشریفاتی مشاور رئیسجمهور دریافت کردم».