ابطحی پس از استعفا از معاونت پارلمانی رئیسجمهور عموما به انجام فعالیتهای اینترنتی در قالب وبنوشت میپردازد. همچنین او که پیشاپیش در سال 1379 موسسه غیردولتی «گفتوگوی ادیان» را با همکاری همسرش راهاندازی کرده بود عملا برخلاف اهداف اولیه موسسه به عنوان یک سازمان مثلا مردمنهاد به موجهسازی اعتباری فعالیتهای فکری تئوریپردازان اصلی حلقه «کیان» و «آیین» که اتفاقا برخلاف تبلیغات خلاف واقعشان به منابع دولتی جریان دوم خرداد کاملا وابسته بوده و از اموال عمومی ارتزاق میکردند، میپردازد.
همچنین موسسه در ایام تاریک هجمه به ارزشهای دینی، اعتقادات و باورهای عمومی مردم و تهاجم آشکار به اصل ولایت فقیه به فراهم کردن زمینه قانونی برای انتشار مقالات دگراندیشان همت گماشته و با برگزاری سمینارهای تخصصی به شکلگیری تشکیلاتی فرهنگ تسامح و تساهل غربگرا و لیبرالمحور در حوزه دینی کمک رسانده و از زبان دگراندیشان به ترسیم زوایای جامعه مدنی پرداخته و بر درهم شکستن مرزهای اعتقادی و رفع موانع و محدودیتهای الزامآور و گریزناپذیر شرعی اصرار میورزد که در این بین بخش جوانان موسسه به مسؤولیت رضا موسوینژاد، برادر همسرش نقش پررنگی در یارگیری از نسل جوان و به بار نشستن اهداف خاص دستهای پشت پرده موسسه برعهده داشته است. به هر حال غالب کارشناسان این حوزه معتقد هستند «جریان در سایه و تصمیمساز» که هدایت پنهانی امور و مدیریت دقیق رویدادهای فرهنگی- سیاسی موسسه را برعهده داشتند به دلیل سادگیهای اختصاصی ابطحی و همچنین ریاستطلبیهای سیریناپذیر، وی را برای اداره اسمی چنین تشکیلات غیردولتی و پرهزینه گزینه بسیار مناسبی میدانند. در حقیقت اعلام واقعی نحوه تامین هزینهها و مخارج کلان و سرسامآور موسسه رگههای ناپیدای نفوذ را بهخوبی عیان خواهد کرد. به هر حال نگاهی گذرا بر فهرست هیات مدیره غیرسیاسی موسسه و از سوی دیگر بررسی شخصیتی و جهتگیریهای سیاسی خاص! اغلب مدعوین به سمینارها و ردیابی محتوایی سمینارها و جلسات تند و تنشآفرین سیاستزده موسسه مذکور گویای واقعیت تلخ یاد شده است.