هرچند پانایرانیستها هیچگاه آشکارا نشان ندادند که با دین اسلام مخالف هستند، با این حال علاقهمند بودند این دین و البته دیگر ادیان و فرق دینی موجود در ایران را در راستای همان ایدههای ناسیونالیستی، ایرانگرایی و پانایرانیستی خود تبیین و تفسیر کنند. از منظر آنان، ادیان و مذاهبی بیشتر قابل احترام بودند که با وحدت ملی و نژادی و نیز سرزمینی ایران انطباق گستردهتری داشته باشند. آنها صراحتا اظهار میداشتند، اسلام و عرب را 2 موضوع جداگانه میشمارند و ضمن اینکه فلسفه دین اسلام را میپذیرفتند، با این حال بلافاصله با ذوق و شوق اضافه میکردند، برخلاف برخی دیگر از کشورهای اسلامی هیچگاه قوم عرب که از منظر آنها نژادی بیگانه و در واقع دشمن آریانژادان به شمار میرفت، نتوانست فرهنگ، مدنیت، نژاد و استقلال سیاسی و سرزمینی ایرانیان و به اصطلاح قوم آریایی را در خود مستحیل کند. پانایرانیستها البته با صراحت بیشتری مذهب تشیع را مظهر ناسیونالیسم ایرانی قلمداد میکردند که نقش تاریخی قابل توجهی در وحدت ملی و سرزمینی ملت ایران برعهده داشته است. پانایرانیستها نسبت به دین زردشت و زردشتیان ایران و دیگر کشورهای جهان هم که بهزعم آنها از آریایینژادان بودند، با نظر مساعدتری مینگریستند، چنانکه محسن پزشکپور، دبیرکل حزب پانایرانیست یک بار در 17 تیر 1344 ضمن اشاره به اینکه ایرانیان «از قدیم خداپرست» بودهاند- مقصود او دین زردشتی بود- درباره نقش و جایگاه دین اسلام و مذهب تشیع در جامعه ایرانی چنین اظهار عقیده کرد:
«مذهب شیعه یکی از مظاهر ناسیونالیستی ملت ایران است و این ایرانیان بودهاند که فرهنگ اسلامی را به وجود آورده و بزرگترین فقها و نویسندگان اسلامی همگی ایرانی بودهاند. ما دین اسلام را قبول کردیم ولی عرب نشدیم لیکن بودند کشورهایی که پس از تسلط اعراب بر آنها ملیت خود را برای همیشه از دست دادند در حالی که ما با پذیرفتن دین اسلام هرگز به صورت یک کشور عربی درنیامدیم». پانایرانیستها پنهان نمیکردند که میتوان با تأسی و حمایت از مذهب تشیع، وحدت ملی ایرانیان را در برابر اعراب و کشورهای عربی تقویت کرد و به عبارت دیگر مذهب تشیع را در خدمت منافع ملی و ناسیونالیستی ایران قرار داد، چنانکه محسن پزشکپور در 4 آذر 1344 با اشاره به ارسال ضریح جدید بارگاه حضرت ابوالفضل علیهالسلام از ایران به عراق و استقبال پرشور شیعیان آن کشور از آن تصریح کرد: «استقبالی که از ضریح حضرت ابوالفضل در عراق از طرف شیعیان به عمل آمد، شکست بزرگی برای عارف (رئیسجمهور نظامی عراق) و طرفداران او بود. ملت ایران با این کار بار دیگر پیوند خود را با مذهب شیعه که یکی از جلوهگاههای بزرگ ناسیونالیسم ایران است، ثابت کرد». در این میان پانایرانیستها ظاهرا بهائیت را قبول نداشتند البته نه به دلیل اینکه آن دین، قلابی و برخلاف تعالیم اسلام بود، محمدرضا عاملی تهرانی، قائممقام اول حزب پانایرانیست در 14 آذر 1344 در دفتر مرکزی این حزب در تهران در این باره به مخاطبانش یادآور شد: «از نظر ما نباید دین موجب طبقهبندی یک ملت باشد و اقلیتهای مذهبی را نباید به صورت افراد جداگانه یک کشور در نظر گرفت بلکه از نظر ملیت، نژاد، تاریخ و سنن مشترک ملیتها را تقسیمبندی میکنند. زردشتیها ایرانیانی هستند که دین اسلام را قبول نکردند ولی با قبول نکردن یک مذهب که ملیت آنها از بین نمیرود. بهائیها هم چون خواستار حکومت جهانوطنی هستند و تاریخ و ملیت را فراموش کردهاند، از دشمنان اندیشه پانایرانیسم هستند». پانایرانیستها نسبت به یهودیانی که در ایران زندگی میکردند نظر مساعدی نداشتند این موضوع البته ارتباطی به نوع موضعگیری آنها در قبال دولت اسرائیل نداشت. آنها معتقد بودند فلسطین اشغالی، میهن یهودیان است. از جمله در 14 آذر 1344 یکی از رهبران حزب پانایرانیست گفته بود: «اقلیت یهود باید به میهن خودشان [بهزعم پانایرانیستها، فلسطین اشغالی] مراجعت کنند». این گفته، همان سیاستی را دنبال میکرد که صهیونیستها در جهان دنبال میکنند یعنی خروج یهودیان از سرزمینهای دیگر به سوی به اصطلاح ارض موعود.
روابط حزب پانایرانیست و ساواک
بنا بر شواهد موجود، حتی برخی از بلندپایهترین رهبران و اعضای حزب پانایرانیست به دلیل ارتباط نزدیکی که با ساواک داشتند، احتمالا خود عهدهدار تقدیم گزارشهای جلسات، تصمیمسازیها و موضعگیریهای حزب به این سازمان میشدند. برای نمونه در سند زیر که تاریخ تنظیم آن 28 آبان 1343 است، میتوان مشاهده کرد، چگونه «رهبران حزب» خود در حد یک منبع ساواک تنزل دادهاند و پس از به اصطلاح «تخلیه» خلیل ملکی تمام اطلاعات کسب کرده را از سیر تا پیاز را به ساواک دادهاند. هشدار ساواک در ذیل سند که «کوچکترین اقدام مستقیم موجب شناسایی منبع خواهد شد» کفایت میکند که نتیجه بگیریم گزارشدهندگان، همان مخاطبان خلیل ملکی یا به عبارت بهتر، رهبران حزب بودهاند.
«بعد ازظهر چهارشنبه 28/8/43 مجلس جشن ازدواج آقای هوشنگ طالع، عضو حزب پانایرانیست در باشگاه دانشگاه برگزار شد. در این جشن آقای خلیل ملکی (شوهرخاله آقای طالع)، محسن پزشکپور و دکتر محمدرضا عاملیتهرانی نیز حضور داشتند. ابتدا آقای محسن پزشکپور، ضمن صحبت خصوصی از آقای خلیل ملکی سوال کردند که روابط شما با جبهه ملی چگونه است، نامبرده پاسخ داد که ما به طور خیلی مخفی با آقای دکتر مصدق رابطه داریم و ایشان دستور دادهاند که کمیته دوم جبهه ملی را منحل و مشغول تدارک و تشکیل جبهه ملی سومی هستند و رهبری آن نیز با من خواهد بود. آقای پزشکپور سوال کرد که به نظر شما جبهه ملی سوم کاری از پیش خواهد برد؟ خلیل ملکی گفت از نظر ما تشکیلات بیمعنی است و توصیه و سفارشهایی که دکتر مصدق برای ما میکند این خاصیت را دارد که لکههایی را که به ما چسباندهاند پاک کرده و وجهه خوبی در اجتماع پیدا کنیم تا بتوانیم دوباره رهبری را برعهده بگیریم. در اینجا محسن پزشکپور سوال کرد شما به چه وسیله با دکتر مصدق در تماس هستید؟ ناطق افزود، من بهطور خیلی مخفی با ایشان تماس دارم. .... در اینجا درباره سوال یکی از حاضران که دوستان شما چرا زندانی شدهاند، ملکی جواب داد، آنها به دستور اینجانب خود را مسؤول کمیته دانشگاه معرفی کردند تا مسؤولان واقعی به دام نیفتند. پزشکپور سوال کرد، آیا شما در تمام جلسات کمیتهها شرکت میکنید؟ ملکی گفت من بهعنوان مشاور و راهنمای این جلسات هستم ولی هیچوقت شرکت نمیکنم».
رهبر عملیات: کوچکترین اقدام مستقیم موجب شناسایی منبع خواهد شد.