نامه اول
روزنامه کیهان روز ششم تیرماه 1380 نامهای از آیتالله شهید دکتر سیدمحمدحسینی بهشتی خطاب به حضرت امام خمینی(ره) رهبر کبیر انقلاب اسلامی ایران چاپ کرده که در آن آمده است: «چندی است که این اندیشه در این فرزندتان و برخی برادران دیگر قوت گرفته که اگر اداره به جمهوری اسلامی به وسیله صاحبان بینش دوم را در این مقطع اصلح میدانید، ما به همان کارهای طلبگی خویش بپردازیم و بیش از این شاهد تلف شدن نیروها در جریان این دوگانگی فرساینده نباشیم.» مقصود از «صاحبان بینش دوم» در این نامه آن گونه که شهید بهشتی نوشته است «امثال آقایان بازرگان، بنیصدر و ابراهیم یزدی» هستند که در برابر «برخی برادران دیگر»ی که دکتر بهشتی به آنان اشاره میکند (احتمالاً مقصود آقایان هاشمی، باهنر، موسوی اردبیلی و آیتالله خامنهای است) قرار دارند. شهید بهشتی مواردی اختلاف را چنین توضیح میدهد: «اختلاف این آقایان با ما بیش از هر چیز به مسائلی مربوط میشود که برای حضرت عالی و ما و همه نیروهای اصیل اسلامی یکسان مطرح است. این اختلاف به خصوص در مورد رعایت و یا عدم رعایت کامل معیارهای اسلامی در گزینش افراد برای کارها و در برخورد قاطع با جریانهای انحرافی است.» دبیرکل حزب جمهوری اسلامی در این نامه پس از توضیح بینش منسوب به رهبران این حزب از تلاش آنان برای تفاهم میان دو بینش سخن میگوید: « ما در دیدار روز دوشنبه یازدهم اسفند در منزل آقای موسوی اردبیلی آنقدر با محبت و گرمی با ایشان (بنیصدر) برخورد کردیم و در حل مشکل وزیران دارایی و بازرگانی جلو رفتیم که امید داشتیم بر تفاهم افزوده شده است و هرگز باور نمیکردیم آقای بنیصدر سه روز بعد از این دیدار چنین رفتاری (در واقعه 14 اسفند 59) از خود نشان خواهد داد.» شهید بهشتی که در آغاز این نامه نوشته بود «دوگانگی موجود میان مدیران کشور بیش از آنکه جنبه شخصی داشته باشد به اختلاف دو بینش مربوط میشود: یک بینش معتقد و ملتزم به فقاهت و اجتهاد ... بینش دیگر در پی اندیشهها و برداشتهای بینابین که نه به کلی از وحی بریده است و نه آنچنان که باید و شاید در برابر آن متعبد و پایبند» در ادامه تلاشهای نهایی این جریان را چنین به حضور امام خمینی گزارش میدهد: «در تلاشهای اخیر رئیسجمهور و همفکران و این نکته به خوبی مشهود است که برای حذف مسئله رهبری فقیه در آینده سخت میکوشند. اینها در مورد شخص جناب عالی این رهبری را طوعاً یا کرهاً پذیرفتهاند ولی برای نفی تداوم آن سخت در تلاشاند. در سخنان اخیر رئیسجمهور و کلام اخیر آقای مهندس بازرگان در امجدیه در برابر شعار درود بر امید امت و امام این مطلب به خوبی مشهود است.»1
نامه دوم
بر پای نامهای که خواندید امضای محمدحسین بهشتی و تاریخ 22 اسفند 1359 قرار دارد. سه روز پس از ارسال این نامه آیتالله هاشمی رفسنجانی یکی دیگر از سران حزب جمهوری اسلامی نامهای خطاب به «امام و رهبر و مرجع تقلید عزیز و معظم» حضرت امام خمینی نوشت. مضمون این نامه تا حدودی با نامه شهید بهشتی مشابه است. با این تفاوت که به نظر میرسد لحن آن اندکی صریحتر است به خصوص آنکه در صدر نامه آن را تحت عنوان النصیحه لائمه المؤمنین» تقدیم رهبری میکند. در نامه آقای هاشمی به امام آمده است که «ما حزب جمهوری اسلامی را با مشورت با شخص جناب عالی و گرفتن قول مساعدت و تایید غیرمستقیم- من شخصاً در مدرسه علوی با شما در این باره مذاکره کردم- تأسیس کردیم و با توجه به اینکه قانون اساسی تعدد احزاب را پذیرفته فکر میکنیم یک حزب اسلامی قوی برای تداوم انقلاب و حکومت اسلامی ضرورت دارد و جناب عالی هم روزهای اول در تهران و قم مکرراً تأیید فرمودید.» آقای هاشمی رفسنجانی در ادامه به امام مینویسد: «[اما] اکنون اعتبار حزب از نفوذ شما تغذیه میشود- غیرمستقیم- ولی رنگ حمایت از روزهای اول کمتر شده. میل داریم لااقل در جلسات خصوصی نظر صریحی بفرمایید» و ادامه میدهد: «اگر مایلید ما حزب را کنار بگذاریم ما را قانع کنید و اگر لازم میدانید که حزب بماند باید جور دیگری عمل شود.» نامه آقای هاشمی رفسنجانی به حضرت امام البته از اینجا آغاز نمیشود. در بندهای پیشین نامه بارها بر خویشاوندی فکری حزب جمهوری اسلامی و رهبری انقلاب تاکید میشود: «موضع نسبتاً مکتبی امروز ما دنباله نظرات قاطع شما از اول انقلاب تا به امروز است بعد از پیروزی، معمولاً ما مسامحههایی در این گونه موارد داشتیم و جناب عالی مخالف بودید اما نظرات شما را با تعدیلهایی اجرا میکردیم شما اجازه ورود افراد تارکالصلوه یا متظاهر به فسق را در کارهای مهم نمیدادید، شما روزنامه آیندگان و ... (را) تحریم میکردید، شما از حضور زنان بیحجاب در ادارات مانع بودید شما از وجود موسیقی و زن بیحجاب در رادیو تلویزیون جلوگیری میکردید همینها موارد اختلاف ما با آنها [لیبرالها] است.» آقای هاشمی رفسنجانی میکوشد به پرسش از امام دست زند و ادامه میدهد: «آیا رواست که به خاطر اجرای نظرات جناب عالی ما درگیر باشیم و متهم و جناب عالی در مقابل اینها موضع بیطرف بگیرید؟ ... البته اگر مصلحت میدانید که مقام رهبری در همین موضع باشد و سربازان، خیر و شر جریانات را تحمل کنند ما از جان و دل حاضر به پذیرش این مصلحت هستیم ولی لااقل به خود ما بگویید. آیا رواست که همه گروه دوستان ما به اضافه اکثریت مدرسین و فضلای قم و ائمه جمعه و جماعات و ... در یک طرف اختلاف و شخص آقای بنیصدر در یک طرف و جناب عالی موضع ناصح بیطرف داشته باشید.» عضو مرکزیت حزب جمهوری اسلامی یادآور میشود که: «قبل از انتخابات ریاست جمهوری به شما عرض کردیم که بینش آقای بنیصدر مخالف بینش اسلام فقاهتی است که ما برای اجرای آن تلاش میکنیم و اکنون هم بر همان نظر هستیم و شما فرمودید ریاست جمهوری مقام سیاسی است و کاری دستش نیست امروز ملاحظه میفرمایید که چگونه در کار کابینه و ... میتواند کارشکنی کنه؟» حجتالاسلام و المسلمین هاشمی رفسنجانی در عین حال متذکر میشود که «ما جایز نمیدانیم که میدان را برای حریف خالی بگذاریم و مثل بعضی از همراهان سابق قیافه بیطرف بگیریم» و سپس با رعایت کمال احترام خطاب به رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت امام خمینی مینویسد: «اینجانب که جناب عالی را مثل جانم دوست دارم و روی زمین کسی را صالحتر از شما سراغ ندارم گاهی به ذهنم خطور میکند که تبلیغات و ادعاهای دیگران شما را تحت تأثیر قرار داده و قاطعیت و صراحت لازم را که از ویژگیهای شما در هدایت انقلاب بوده و در موارد فوقالذکر ضعیفتر از گذشته نشان میدهد.» 2
نامه سوم
نامه آقای هاشمی رفسنجانی به حضرت امام خمینی تقریری از یک نامه جمعی بود که توسط رهبران حزب جمهوری اسلامی؛ آیتالله شهید دکتر بهشتی، آیتالله شهید دکتر باهنر، حضرت آیتالله خامنهای، آیتالله موسوی اردبیلی و شخص ایشان در بیستوهشتم بهمن ماه 1358 (یعنی یکسال قبل از نامه آقایان بهشتی و هاشمی) نوشته شده بود و قرار بود در ملاقات دست جمعی حضرات آیات در بیمارستان قلب توسط آقای هاشمی رفسنجانی به حضرت امام تقدیم شود که ایشان «با دیدن حال امام و شنیدن حرفهای ایشان منصرف شد» وقتی رهبران حزب از اتاق خارج شدند از آقای هاشمی به تعبیر ایشان «بازخواست کردند و نمیدانم با توضیحات من قانع شدند یا نه؟ و پس از آن تاریخ یاد آن تصمیم تک روانه رنجم میداد و سرانجام با مشاهده ادامه مجادلات و احساس نیاز به انجام وظیفه النصیحه لائمه المسلمین پس از مشورت با دوستان با نوشتن نامهای دیگر و تقدیم دو نامه به امام از رنج ملامت وجدان راحت شدم. بخشی از مضامین این دو نامه را در یک جلسه تاریخی شفاها به خدمت امام عرض کرده بودیم در آن تاریخ امام برای رفع اختلافات یا اتمام حجت جمعی از شخصیتهای موثر دو طرف را به دفترشان احضار کردند و با حالت جدی و تأثیر نصایح مهمی فرمودند. من اجازه گرفتم و مطالب صریحی مطرح کردم که از طرف دوستان و به خصوص شهید بهشتی مورد تشویق و تحسین فراوان قرار گرفت.» 3
در نامه پنج فقیه برجسته خطاب به امام ضمن اشاره به سوابق تأسیس حزب جمهوری اسلامی به دشمنان و مخالفانی اشاره شده است که «تبلیغات گمراه کننده آنها موقعی کارگر شد که بعضی از نزدیکان، و منتسبان به بیت جناب عالی با آنان هم صدا شدند گرچه تأییدات گاه و بیگاه شما و روابط رسمی ما با حضرت عالی از اثر اقدامات میکاست.»
رهبران حزب جمهوری اسلامی میافزاید «حذف حزب جمهوری اسلامی از جریانات انتخابات ریاست جمهوری که با مقدمات حساب شدهای پیش آمده مخالفان را جری و امیدوار کرد. ... پخش شایعاتی حاکی از خشم امام نسبت به حزب جمهوری اسلامی و به ما در چنین شرایط اوج گرفت و هیچ چیز نبود که بتواند کذب شایعات را ثابت کند» انتهای همین بند از نامه (بند نهم) است که با اشاره به «اظهارات برادر (آیتالله پسندیده) و نوه (سید حسین خمینی فرزند مرحوم حاج آقا مصطفی خمینی) و داماد و افرادی دیگر از نزدیکان» امام مقصود از آن نزدیکان و منتسبان به بیت در بند پیشین نامه روشن میشود. رهبران حزب جمهوری اسلامی در ادامه به جلوگیری «از ذکر نام ما پنج نفر در خبر آمدن شورای انقلاب به قم برای انتقال شما [امام] به تهران» اشاره میکنند و ضمن پذیرش «دستور جناب عالی(امام) که در خصوص حمایت از رئیسجمهور منتخب» متذکر میگردد که مبادا «از داشتن مجلس مستقل و حافظ اسلام در مقابل انحراف احتمالی مجریان محروم گردیم.» نامه حضرات آقایان بهشتی، موسوی اردبیلی، خامنهای، باهنر و هاشمی (به ترتیب امضا) با یک هشدار پایان میپذیرد: «خلاصه: علائم تکرار تاریخ مشروطه به چشم میخورد. متجددهای شرقزده و غربزده علیرغم تضادهای خودشان با هم در بیرون راندن اسلام از انقلاب همدست شدهاند.»4
حزب جمهوری اسلامی در واپسین روز حیات رژیم پهلوی و پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفت. آقای هاشمی رفسنجانی در این باره مینویسد: «اولین چیزی که در آن شرایط به ذهن همه ما رسید خلاء تشکیلات بود. همه دوستان احساس کرده بودند که اگر ما تشکیلات درستی داشتیم دچار این آشفتگیها نمیشدیم. پیش از این و در همان روزهای آزادی من از زندان بحث حزب شده بود و تلاشی هم برای فراهم کردن مقدماتش کرده بودیم اما با مخالفت امام روبهرو شده بود امام از اول نسبت به حزب بدبینی خاص داشتند و آن را موجب تفرقه میدانستند امام که در عراق بودند آقای طاهری خرمآبادی سفری به آنجا برای نظرخواهی از ایشان داشتند که پاسخ امام منفی بود. من رفتم خدمت امام و مطرح کردم که همه به این نتیجه رسیدهایم که نقص اساسی ما نداشتن حزب است امام گفتند بروید تشکیل بدهید. در همان روزهای اول پیروزی، تشکیل حزب اعلام شد که محل اصلی ثبت نام «کانون توحید» بود و سپس در مساجد و مراکز دینی دیگر هم ثبت نام داوطلبان انجام شد.» 5 حزب جمهوری اسلامی توسط پنج فقیه برجسته و مبارز تأسیس شد: آیتالله سیدمحمد حسینی بهشتی، آیتالله سیدعلی حسینی خامنهای، آیتالله سیدعبدالکریم موسوی اردبیلی، آیتالله محمدجواد باهنر و آیتالله علیاکبر هاشمی رفسنجانی و پنج فقیه هر یک به شهری تعلق داشتند: اصفهان، مشهد، اردبیل، کرمان و رفسنجان. اما همه در قم درس آموخته و تحت تاثیر امام خمینی قرار گرفته بودند. این نسل از روحانیون در حقیقت چهرههایی بودند که به نوعی تحت تأثیر سالهای پس از نهضت ملی و به خصوص قیام 15 خرداد از روحانیت سنتی جدا شدند و روحانیت مبارز نامیده شدند. در جمع سران حزب جمهوری اسلامی یک فقیه دیگر نیز به عضویت در مرکزیت حزب دعوت شده بود که به دلیل عدم اعتقاد به تشکیل حزب از سوی روحانیت از این کار سرباز زد. این شخص آیتالله محمدرضا مهدوی کنی بود که تاکنون اعتقاد خود را حفظ کرده و حتی از اینکه «جامعه روحانیت مبارز» تبدیل به حزب شود، انتقاد کرده است. آیتالله مهدوی کنی به همین جهت در سال 1376 از دبیر کلی این گروه استعفا داد و صریحاً گفت روحانیت نباید حزب تشکیل دهد چرا که نسبت آن با جامعه نسبت پدر و فرزند است.
با وجود این حزب جمهوری اسلامی خالی از چهرههای غیرروحانی نبود. میرحسین موسوی در رأس جناح چپ حزب و اسدالله بادامچیان در رأس جناح مقابل آن قرار داشت. موسوی نماینده روشنفکران مسلمان و جوانی بود که تحت تأثیر آموزههای دکتر علی شریعتی به اتحاد با روحانیت رسیده بود و بادامچیان نماینده بازاریان انقلابی و مسلمانی بود که پس از شکست نهضت ملی و قیام 15 خرداد به مبارزه مسلحانه روی آورده بود. در کنار جریان ریاست چهرههایی چون دکتر حسن آیت قرار داشت که از هواداران مرحوم آیتالله کاشانی و مخالفان مرحوم دکتر مصدق به شمار میرفتند. آیت در سال 1360 ترور شد. از دیگر چهرههای حزب که تا مرز ریاست جمهوری نیز پیش رفت جلالالدین فارسی بود. فارسی که به صورت مستقل و به تناوب با اکثر گروههای اسلامی از نهضت آزادی تا مؤتلفه اسلامی همکاری داشت در نخستین انتخابات ریاست جمهوری نامزد حزب جمهوری اسلامی برای این مقام شد. در واقع نامزدی فارسی محصول منعی بود که حضرت امام خمینی برای نامزدی روحانیان مقرر کرده بودند.
امام خمینی عملاً روحانیان را تا شهادت مرحوم رجایی از کاندیداتوری ریاست جمهوری منع کرده بودند. جلالالدین فارسی در خاطراتش از هنگامی میگوید که غیرایرانی بودن او مطرح شد: «به اتفاق حجتالاسلام هاشمی رفسنجانی به خدمت امام شرفیاب شدیم فرمودند خدا میداند یا خدا شاهد است برایم فرقی نمیکنم که شما رئیسجمهور بشوید یا آقای بنیصدر. اولین رئیسجمهور ما نباید شبههای قانونی در موردش باشد. ... به امام عرض کردم ما به عبدالناصر ایراد میگرفتیم که همسرش بدون روسری ظاهر میشود هر چند پیراهن آستین بلند میپوشید شما میدانید که همسر و مخصوصاً دختر آقای بنیصدر در پاریس از لحاظ پوشش چه وضع زنندهای داشتهاند! فرمودند: بالاخره هر کس یک عیبی دارد. آقای هاشمی یادآور شدند این ضربه بزرگی است که به حزب فرود میآید امام در حالی که میخواستند همراه ما از اتاق خارج شوند به آقای هاشمی فرمودند شما، حزب، بروید با بنیصدر همکاری کنید.»
فارسی ادامه میدهد: «در راه بازگشت به تهران راه حل مشکل را این میدیدم که امام نظرشان را دائر بر اینکه رئیسجمهور غبرروحانی باشد تغییر دهند در این صورت آیتالله دکتر بهشتی نامزد ریاست جمهوری شده کشور از سیئات و مفاسد ریاست بنیصدر نجات مییافت اما به نظر میرسید که امام بر نظر سابقشان پافشاری خواهند کرد در این افکار بودم که آقای هاشمی پرسید شما چه کاری را قبول میکنید؟ به گمان اینکه منظور در بخش اجرایی و زیر نظر بنیصدر است گفتم هیچ کاری. گفت: نمیشود مملکت را به او بسپرد گفتم همینطور است به زودی یقین کردم که ایشان، شهید بهشتی و دیگران با قاطعیت و استحکام تمام تصمیم دارند در برابر انحرافات و زیادهطلبی بنیصدر بایستند.» 6
حزب جمهوری اسلامی ریاست جمهوری را به بنیصدر واگذار کرد اما با به دست آوردن اکثریت نخستین دوره مجلس شورای اسلامی توانست بر اساس قانون اساسی اول جمهوری اسلامی دولت و مقام نخستوزیری را نیز در اختیار بگیرد. نخستوزیر پیشنهادی حزب شهید محمدعلی رجایی بود در حالی که بنیصدر در پی نخستوزیری یکی از همفکران خود به نام احمد سلامتیان بود. در نهایت بنیصدر کوشید با پیشنهادی حزب و مجلس را در وضعیت دشواری قرار دهد. پیشنهاد او برای نخستوزیری حجتالاسلام والمسلمین مرحوم سیداحمد خمینی بود. امام که تاکتیک بنیصدر را دریافته بود از این کار جلوگیری کردند. در واقع ایشان از همان زمان تنفیذ حکم ریاست جمهوری بنیصدر به او هشدار داده بودند و از سوی دیگر با هرگونه تصدی امور توسط فرزندان خود مخالفت بودند. به گونهای که حتی با عضویت محروم سیداحمد خمینی در حزب جمهوری اسلامی مخالفت کردند: «امام گفتهاند که او به حزب نرود و به طور کلی امام ایشان را از پذیرش هر نوع مسئولیت رسمی در نهادها و ارگانها منع میکنند و تاکنون هم علت آن را بیان نکردهاند.»7 این در حالی بود که در دوم خرداد 1361 با تصویب شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی مرحوم سیداحمد در این حزب پذیرفته شده و در نهم خرداد ماه 1361 در اولین جلسه شورای مرکزی به همراه آقای ناطق نوری شرکت کرده بود.8 با وجود این حجتالاسلام سیداحمد خیمنی در ماههای بعد همکاری نزدیکی- این بار به عنوان رئیس دفتر حضرت امام- با حزب داشت. این در حالی بود که تا سال 1360 چنین نزدیکیای وجود نداشت. در 23 فروردین 60 آقای هاشمی رفسنجانی در خاطراتش نوشته است: «اطلاع یافتم حاج احمد آقا خمینی مصاحبه مطبوعاتی انجام داده و برخلاف مصاحبههای گذشته ایشان با خط امام نسبتاً هماهنگ نشان داده و موضعگیری خوبی کرده است. حسین آقا اخویزادهاش را محکوم کرده و توضیحی از معنای خط سوم داده است.» 9 شاید ابوالحسن بنیصدر بنا به همین تصور چنین پیشنهاد رندانهای را مطرح کرده بود و میکوشید با اعلام در روزنامهها امام و حزب را در موضع دشواری قرار دهد اما با نظر رهبر انقلاب این تاکتیک خنثی شد. مرحوم سیداحمد نیز به تدریج به سوی حزب جمهوری اسلامی متمایل شد و نگرانی برطرف شد و میان بیت و حزب همکاری نزدیک ایجاد شد. بنیصدر سرانجام نخستوزیری شهید رجایی را پذیرفت اما در همه دوران نخستوزیری آن مرحوم با وی و دولت حزب جمهوری سر ناسازگاری داشت. از جمله کسانی که بنیصدر مانع از راهیابی آنان به دولت به دلیل عضویت در حزب جمهوری اسلامی شد، مهندس میرحسین موسوی بود که بنیصدر با تصدی مقام وزارت خارجه توسط او مخالفت کرد.
با اوج گرفتن نزاع میان رئیسجمهور و دیگر اجزای حاکمیت (مجلس، دولت و قوه قضاییه که توسط حزب جمهوری اسلامی و به ریاست هاشمی رفسنجانی، شهید رجایی و شهید بهشتی اداره میشد) سرانجام این بنیصدر بود که بازنده شد. حضرت امام خمینی تا آخرین لحظات خواستار همزیستی مسالمتآمیز دو جناح بودند. امام خمینی در اردیبهشت ماه 1360 (یک ماه قبل از عزل رئیسجمهوری) در دیدار با انجمنهای اسلامی درباره بنیصدر فرمودند: «رئیسجمهور یک شخص است پسر بنیصدر همدانی یک ملای همدان حال هم که هست از آن یال و کوپالدارها نیست و از خود مردم است.»10 در این تعابیر ضمن آنکه نوعی تمجید وجود دارد تذکری دقیق نیز وجود داشت که از همان آغاز تنفیذ حکم ریاست جمهوری بنیصدر در بیمارستان قلب تهران وجود داشت. امام(ره) در دوازدهم فروردین ماه 1360 گروهی 3 نفره مرکب از آقایان شهابالدین اشراقی (نماینده بنیصدر) محمد یزدی (نماینده حزب جمهوری اسلامی) و محمدرضا مهدوی کنی (نماینده خودشان) را مأمور حل اختلاف کردند که به فرجامی نرسید. سرانجام در 27 خرداد 1360 طرح عدم کفایت سیاسی بنیصدر با 140 رأی در مجلس شورای اسلامی مطرح شد و روز شنبه 30 خرداد 1360 در دستور قرار گرفت. 177 نفر از نمایندگان مجلس با این طرح موافقت کردند در حالی که تنها یک نفر رای مخالف داده بود. امام نیز در ذیل نامه آقای هاشمی رفسنجانی به عنوان رئیس مجلس بدون آنکه به شخص خاصی خطاب شود نوشتند: «پس از رأی اکثریت قاطع نمایندگان محترم مجلس شورای اسلامی مبنی بر اینکه آقای ابوالحسن بنیصدر برای ریاست جمهوری ایران کفایت سیاسی ندارند ایشان را از ریاست جمهوری اسلامی ایران عزل نمودم. اول تیر 1360 روح الله الموسوی الخمینی. اندکی پس از عزل بنیصدر در هفتم تیر 1360 حزب جمهوری اسلامی دبیر کل خود دکتر بهشتی را از دست داد. شهادت آن مرحوم و بسیاری از اعضای حزب از جمله شهید محمد منتظری به دست سازمان منافقین حزب را در وضعیت دشواری قرار داد. محمد منتظری نیز از جمله کسانی بود که در آغاز از مخالفان حزب به شمار میرفت اما سرانجام در کنار مرکزیت آن جای گرفت. با شهادت دکتر بهشتی، دیگر عضو ارشد حزب دکتر باهنر دبیر کل حزب شد. دولت جدید توسط او به عنوان نخستوزیر و مرحوم رجایی به عنوان رئیسجمهور پس از بنیصدر تشکیل شد اما در هشتم شهریور همان سال حزب دومین دبیر کل خود را از دست داد و حضرت آیتالله خامنهای دبیر کل حزب شدند. کسب مقام ریاست جمهوری توسط دبیر کل جدید و تشکیل دولت از سوی مهندس میرحسین موسوی جایگاه حزب با تثبیت کرد. این در حالی بود که ریاست دیوان عالی کشور بر عهده آیتالله موسوی اردبیلی (جانشین شهید بهشتی) و ریاست مجلس شورای اسلامی همچنان بر دوش آیتالله هاشمی رفسنجانی (هر دو از رهبران حزب) بود. با وجود این اختلافهای درونی حزب به تدریج میان دو جناح چپ و راست آغاز شد. جناح چپ که پس از سردبیری میرحسین موسوی در روزنامه ارگان حزب (جمهوری اسلامی) با حمایتهای حضرت امام اداره دولت را در دست گرفت و جناح راست که توسط اسدالله بادامچیان سازمان شهرستانهای حزب (به جز دفتر اصفهان) را در اختیار داشت به سوی نهادهای پیرامونی دولت (به ویژه شورای نگهبان) گرایش یافت. اختلاف نظر در حزب تا آنجا پیش رفت که در سال 1366 هاشمی رفسنجانی آن را دو حزب در داخل یک حزب خواند. در همین سال فعالیت حزب بنا به پیشنهاد رهبران آن و موافقت حضرت امام متوقف شد. حزب جمهوری اسلامی تجربه خروج روحانیت از وضعیت سنتی تشکیلات و ایجاد تشکل نو و انقلابی بود. با توقف فعالیتهای حزب جمهوری اسلامی، تنها تجربه فقهی تحزب در تاریخ ایران خاتمه یافت اما هنوز روحانیت قویترین حزب ایران است.