امام خمینی با تاسیس هیاتهای موتلفه اسلامی در آغازین روزهای شروع نهضت خود، صرف ساعتها وقت جهت بررسی اندیشه های سازمان مجاهدین خلق که به عدم حمایت ایشان منتهی گردید، حمایت از یاران دیرینش در تاسیس حزب جمهوری اسلامی، قرار دادن نماینده در سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی و ... به صورت عملی حزب را به رسمیت شناخت. این امر در کلام وی نیز متبلور شده است، بنیانگذار کبیر انقلاب در دیدار با اعضای شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی چنین می گوید:
" از اول عالم تا حال ، دو حزب بوده است: یکی حزب الهی و یکی حزب غیر الهی و شیطانی. و آثار هر یک هم جدا بوده است و آنی که مال الله بوده ، چون مقصد ، خدای تبارک و تعالی است ، به سوی او و در راه مستقیم است و آن که بر خلاف این راه بوده ، که اکثریت هم با اینهاست ، حزبهای شیطانی هستند ، از صدر عالم تا حالا ، زمان رسول الله هم بوده است و در زمان خودمان هم حزب رستاخیز را دیدید که مقصدشان معلوم بود.
حزبهای الهی ، آثارش این است که روح خداست ؛ یعنی ، کوشش آن این است که دعوت به خود نکند و دعوت به خدا بکند ؛ دعوت به طبیعت نکند و دعوت به الوهیت و ملکوت بکند. " ( صحیفه نور جلد 17 - صفحه 192 (همانطور که پیداست مخاطب امام، جمعی از اعضای یکی از احزاب به معنای متداول آن هستند و نمی توان این سخنان را به نحوی دیگر تاویل نمود، حتی امام در ادامه می افزاید:" و آن چیزی که لازم است برای همه افراد بشر ، این است که توجه کنند که خودشان را در حزب خدا وارد کنند. انبیاء هم برای همین آمدند"( همان)
در اندیشه سیاسی حضرت امام تحزب امری جدای از حزب بازی است، ایشان به صراحت می فرمایند:" به نظر من که در صدر مشروطیت {انگلیسها} حزب را در ایران درست کردند ، حزب بازی را برای همین درست کردند که نگذارند این ملت با هم آشتی کنند. " (صحیفه نور جلد 12 - صفحه 25) این سخن امام البته در ترد حزب بازی است و ایشان تکثر احزاب به صورت منطقی آن را مورد تایید قرار می دادند؛ چنانکه در جمع اعضای سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی فرمودند:" اگر گروهها مختلف باشند ، ولی در امور عقیدتی و در اصول عقاید اسلامی تفاهم داشته باشند ، آسیب نمیبینند.
درگیری در اختلاف آرا و عقیده است. شما باید کوشش کنید با گروههای دیگری که مسلمان هستند و استقلال و آزادی و جمهوری اسلامی را میخواهند ، تفاهم داشته باشید. شما با حزب {جمهوری اسلامی} ... نزدیک باشید... مهم این است که مقصد ، مقصد واحد باشد ، هرچند از راههای مختلف به آن مقصد میرسیم و این اساس امور است. و اگر این طور نشود ، منجر به درگیری میشود." (صحیفه نور جلد 15 - صفحه 271)
امام خمینی بارها بر ضرورت مردمی بودن احزاب تاکید می نمود و احزاب دولت ساخته را مترود می دانست. در این خصوص می توان به اعلامیه مشهور ایشان پس از تشکیل حزب رستاخیز اشاره نمود:" ... درباره این حزب به اصطلاح رستاخیز ملی ایران باید گفت این عمل با این شکل تحمیلی مخالف قانون اساسی و موازین بین المللی است و در هیچ یک از کشورهای عالم نظیر ندارد. ایران تنها کشوری است که حزبی به امر ملوکانه تاسیس کرده و ملت مجبور است وارد آن شود ، و هر کس از این امر تخلف کند سرنوشت او یا حبس و شکنجه و تبعید و یا از حقوق اجتماعی محروم شدن است..." (صحیفه نور جلد 3 - صفحه 72)
امام حتی در خصوص مسائل داخلی احزاب نیز نکاتی گفته است که بیانگر دقت نظر ایشان به تحزب است. در دوران خفقان ساختار تشکلهای مرتبط با خود را با توجه به شرایط امنیتی وقت تعیین میکند و براساس خاطرات یاران در دوره آغاز نهضت به مؤتلفه اسلامی مدل جلسات ده دهی را توصیه میکنند، چیزی که امروز در شبکه هرمی یا سازمان رایها بر این اساس عمل میشود.
بنیانگذار کبیر انقلاب در خصوص عدم عضوگیری از دیگر احزاب جهت حفظ مؤتلفه و نیز دیگر امور تشکیلاتی آن دستورالعملهایی دقیق و عملیاتی صادر میکردند. به عنوان نمونه دیگر میتوان به راهنمود معظمله برای ممانعت از انشعاب اشاره کرد که از ضرورت اقناع اقلیت توسط اکثریت در جلسات و ترک جد حتی درباره موضوع حق به عنوان ضرورت کار تشکیلاتی سخن گفته بودند.
پس از انقلاب نیز با توجه به شرایط روز دستور العملهایی دارند. به عنوان نمونه در خصوص عضو گیری به سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی تاکید می کند که :" مساله مهم دیگر قضیه عضوگیری است. شما باید سوابق افراد را قبل و بعد از انقلاب بررسی کنید. اینکه خانوادهاش کیست ، بعد از انقلاب چه جوری بوده است ؛ این را باید حتی الامکان ، دقت کنید ... البته رعایت چنین امری در سراسر مملکت مشکل است ، اما اگر مسامحه شود کار مشکلتر میشود. باید از افرادی صحیح که میدانید ریشه فاسدی ندارند ، عضوگیری کنید. " (صحیفه نور جلد 15 - صفحه 272) حرکت امام در احیای تحزب اسلامی حتی در خصوص حکمیت داخلی احزاب نیز تداوم یافت که می توان به حل اختلاف میان اعضای جامعه روحانیت مبارز با موافقت با استقلال یافتن اقلیت آنروز این تشکل اشاره نمود. نمونه ای که خود بیانگر موافقت امام با تکثر عقاید حزبی در چهارچوبهای قانونی است.
از موضوعات مورد تأکید امام خمینی در تحزب کادرسازی بود. خلف صالح ایشان، امام خامنهای در دیدار با جوانا در 13/11/1377 در پاسخ به سوالی این موضوع را چنین بازشکافتند: "در هنگامی که امام مبارزه را شروع کردند، من نمیتوانم بگویم که مثلاً در سالهای چهل و یک و چهل و دو ایشان کادرهای لازم را داشتند؛ لیکن امام کادرسازی میکردند... اطراف ایشان را جمعی از جوانان لایق و مؤمن احاطه کرده بودند. با قشرهای دیگر هم ایشان ارتباط داشتند.
اما با پیامهای خود، با بیانهای خود، به معنای حقیقی کلمه انسانها را تربیت و تصحیح میکردند؛ هم تربیت فکری، هم تربیت روحی و اخلاقی، یک کادر برجسته و لایق، کسانی نیستند که لزوماً درس مدیریت یا دورهی علوم سیاسی را گذرانده باشند؛ کسانی هستند که هدفها را خوب بفهمند، راهها را خوب تشخیص دهند، بتوانند خوب تصمیم بگیرند و خودب اقدام کنند. این با تربیتهای مداوم انجام میگیرد... امام جوانان را تربیت میکردند و به آنها روحیه خودباوری میدادند... شیوهی امام عبارت بود از شیوهای که پیامبران آن را میپیمودند؛ یعنی تزریق ایمان و باور عمیق، همراه با بصیرت و آگاهی و تأمل و فکر در مخاطبان خود. چنین روشی به طور طبیعی استعدادها را شکوفا میکند و کادرها را پرورش میدهد."
امام خمینی تحزب صحیح را تا چنان حدی ضروری می دانست که پس از شهادت یاران قدیمش در حزب جمهوری اسلامی – همانها که بارها درباره جایگاهشان و فوایدشان برای نظام سخن گفته بود - یکی از فواید این شهادت را اصلاح تفکر عموم مردم نسبت به حزب آنها معرفی نمود: "و البته خیلی خسارت به ما وارد شد...افرادی را که از دست میدادیم البته مهم بودند ، لکن در راه هدف... اگر این مسائل واقع نشده بود ، شما ، حزب شما هم میدانید چه جوری بود وضعش بین مردم؟
بین مردم شماها را یک صورت کریهی ... نشان میدادند که شاید مردم غیر آگاه ، همه شاید قبول میکردند که مساله این است و اینها هستند که دارند انحصار طلبی (میکنند) ... شما دیدید که صبح آن روزی که مرحوم آقای بهشتی و آن هفتاد نفر مظلوم در آنجا ، آن طور به وضع فجیع شهید شدند ، مردم فرق کردند ؛ یک دفعه تمام صحبتها برگشت... و به نفع ایشان شد..." (صحیفه نور جلد 15 - صفحه 199)
در مجموع از سخنان امام بزرگوار چنان بر می آید که ایشان با تحزب که مسیر الهی را بپیماید موافق بوده و بلکه به آن توصیه نموده اند ولی در برابر احزاب و گروه هایی که مضر برای جامعه اند همچون حزب رستاخیز در سالهای پیش از انقلاب و حزب توده، سازمان مجاهدین خلق و ... در سالهای پس از انقلاب به صراحت به مخالفت پرداخته اند.