در شماره اول کارنامه علمی شهید مطهری که شماره 57 اندیشه حوزه می‌گردد و مربوط به فروردین و اردیبهشت 1385 است به مبانی و روش‌های استاد مطهری اختصاص یافته است. در ابتدای شماره اول کارنامه علمی استاد مطهری مقاله مدیر گروه دین‌پژوهی اندیشه حوزه، آقای دکتر علیزاده با عنوان "مطهری، دین‌پژوهی دریاصفت" آمده است. مقاله "علم‌شناسی منطقی ـ فلسفی در آرای استاد مطهری" کاوش‌های فرامعرفتی شهید مطهری را گزارش کرده است. فیلسوفان بررسی‌های برون‌نگرانه و فرامعرفتی معطوف به رشته‌ها و شاخه‌های مختلف علوم را به دو بخش کلی تقسیم می‌کند: الف‌ـ علم‌شناسی منطقی و توصیه‌ای یا علم‌شناسی در مقام بایدها ب‌ـ علم‌شناسی تاریخی و توصیفی و به سخن دیگر شناخت علم آنچنان که هست. نویسنده این مقاله پس از معرفی این دوگونه علم‌شناسی و تقسیم علم‌شناسی به عام و خاص این مدعا را پیش می‌نهد که شهید مطهری در همه حوزه‌های علم‌شناسی که اشاره شد تاملاتی داشته و آنها را در آثار خود انعکاس داده است. مقاله "روش قرآن‌پژوهی استاد مطهری" پس از گزارش روش‌های قرآن‌پژوهی که در عصر مطهری رایج بوده است، به بررسی روش قرآن‌پژوهی و متد تفسیری ایشان پرداخته است و مالا به این نتیجه رسیده است که روش شهید مطهری روش تفسیر قرآن به قرآن با رویکرد اجتماعی و سیاسی و معطوف به مقتضیات، نیازها و پرسش‌های عصری بوده است. یکی از پرسش‌های اساسی سده‌های اخیر در حوزه دین‌پژوهی کشور ما این بوده است که "آیا می‌توان در عصر صنعت و تمدن جدید که منشاء آن اروپای غربی و آمریکای شمالی است، متدین باقی ماند و در عین‌حال از مواهب صنعت و تکنولوژی جدید و دستاوردهای تمدن جدید برخوردار شد؟" متفکران ما در مواجهه با این سوال در آغاز به دو گروه تقسیم شده بودند، گروهی با تاکید بر دینداری و دین‌ورزی سنتی، دوری از مظاهر تمدن جدید را توصیه می‌کردند و خود به آن عمل می‌نمودند و گروهی دیگر با ضروری شمردن پیشرفت و برخورداری از مواهب تمدن جدید، کنار گذاشتن دین و از نوک پا تا فرق سر فرنگی شدن را تبلیغ می‌کردند. وجه اشتراک این دو گروه افراطی و تفریطی، اعتقاد آنها به ناسازگاری دین و تجددگرایی است. این دو گروه که در آغاز اکثریت بودند، کم‌کم رو به اقلیت رفتند و جای آنها را اندیشمندانی گرفتند که ضمن اعتقاد به سازگاری اسلام و تجددگرایی، برای پاسخ به سوال یادشده نظریه‌پردازی می‌کردند. این گروه اندیشمندان را که به واقع روشنفکران دینی‌اند، اصطلاحا احیاگران دینی می‌نامند. شهید مطهری یکی از احیاگران اندیشه‌های دینی است. چند مقاله از ویژه‌نامه شهید مطهری به بررسی این جنبه از اندیشه ایشان پرداخته‌اند. مقالات "مطهری و نظریه سازگاری اسلام و مدرنیته"، "وجه حاجت بشر به دین از منظر شهید مطهری" و "شهید مطهری و احیاگران فرهنگی" از آن جمله‌اند. دیگر مقاله شماره (1) ویژه‌نامه شهید مطهری اندیشه حوزه، "سازگاری ضرورت علی و معلولی بااختیار در دیدگاه شهید مطهری و استیس" است. در مقاله نامبرده بنا به راه‌حل این دو اندیشمند در مورد این پرسش که: "آیا با اطلاق قانون علی بر رفتار انسان می‌توان همچنان به اختیار و آزادی در عمل برای انسان را به نحو معقول پذیرفت؟" ریشه ناسازگاری ظاهری میان اختیار انسان و ضرورت علی به تعریف نادرست از اختیار برمی‌گردد. در شماره دوم کارنامه علمی شهید مطهری که شماره 58 اندیشه حوزه می‌گردد و مربوط به خرداد و تیر 1385 است به راهبردهای استاد مطهری پرداخته شده است. در مقاله آغازین این شماره، آقای دکتر بیوک علیزاده مقاله‌ای با عنوان "مطالعات میان رشته‌ای دین" از منظر استاد مطهری سامان داده است. مقاله دکتر علیزاده نام واحدی را پیش می‌نهد که غالب آثار دین‌پژوهانه شهید مطهری را پوشش می‌دهد و ضمن مروری بر کارنامه استاد مطهری در این حوزه (مطالعات میان رشته‌ای)، دیدگاه دین‌شناختی ایشان را در باب خاستگاه گرایش دینی که در آثاری همچون علل گرایش به مادیگری و فطرت مطرح شده است، به چالش می‌کشد. در مقاله "دین‌شناسی استاد مطهری" مولف مقاله، تلاش دارد تا برخی از مباحث اساسی دین‌شناسی همچون تعریف دین، منشاء دین، قلمرو دین، کثرت دین و خاتمیت دین را از منظر استاد مطهری بحث و بررسی نماید. مقاله "مبانی دین و توسعه در اندیشه شهید مطهری" دیگر مقاله‌ای است که در پی اشاره به این مطلب است که در نگرش توحیدی انسان آفریده‌ای است "ذات‌مند"، "دوساحتی"، "مختار"، "مسئول" و "هدفمند" از این رو رسالت انسانی او در آن است که جامعه و نظام اجتماعی خود را به سوی کمال حقیقی (الی الله المصیر) سیر دهد و این سیر در عین‌حال هماهنگ و همگام با حرکت طبیعت نیز باشد. زیرا انسان با شناخت و قدرتی که از قوانین طبیعی دارد، می‌تواند آگاهانه، با انتخاب خود، با استفاده از قوانین طبیعی بر جهت حرکت جامعه تاثیر گذاشته و آن را در جهت مطلوب و مقصود خود قرار دهد و به تعبیر شهید مطهری انسان‌ها با اراده خودشان و با اختیار خودشان با طرح‌ریزی خودشان برای جامعه‌شان راه تکامل یا توقف و یا عقب‌گرد را برگزیده‌اند.
در شماره سوم کارنامه علمی شهید مطهری که شماره 59 اندیشه حوزه می‌گردد و مربوط به مرداد و شهریور 1385 است، به احیاگری دینی، فلسفی و فرهنگی استاد مطهری اختصاص یافته است. مقاله آغازین این شماره اندیشه حوزه با عنوان "چرا مطهری" آغاز می‌شود که به مسئله حجاب معاصرت پرداخته است؛ به این ترتیب که حجاب معاصرت پرده‌ای است که جلوی درخشش افراد را در زمان خودشان می‌گیرد. حجاب معاصرت پرده‌ای که برای هر اندیشمند و متفکری مطرح است که سبب می‌شود علاقمندان به فکر و اندیشه آن متفکر یا اندیشمند نتوانند با چهره عریان اندیشه آنان آشنا شوند ولی حقیقت این است که زمان این حجاب را کنار می‌زند و در مورد استاد مطهری هم دقیقا این قصه رخ داده است. به این معنا که استاد مطهری در زمان خود به علت حجاب معاصرت ناشناخته ماند ولی بعدها به علت گذشت زمان، این حجاب از شخصیت استاد مطهری کنار زده شد. مولف این مقاله بیان می‌دارد: "اینک با گذشت نزدیک به سه دهه از شهادت این استاد فرزانه بهتر از گذشته می‌توان از ورای حجاب معاصرت به او نگریست و به این سوال پاسخ داد که چرا باید مطهری را شناخت و چگونه می‌توان مطهری را شناخت؟" مقاله "نگاهی به کارنامه فلسفی شهید مطهری و بررسی مهمترین اثر فلسفی او" به میراث فلسفی برجای مانده از استاد مطهری اشاره دارد. در این مقاله آمده است که بخشی از آثار فلسفی استاد مطهری، محصول آموزش‌هایی است که در حوزه و دانشگاه داشته و در طی آن متونی همچون منظومه حاج ملاهادی سبزواری، اسفار ملاصدرا، الهیات شفا و اشارات تنبیهات و نجات ابن‌سینا را تدریس می‌کرد و بخشی دیگر حاصل تاملات و پژوهش‌های فلسفی وی است، همچون مقالات فلسفی که عمدتا در مجله مقالات و بررسی‌ها چاپ می‌شد و اینک در قالب سه جلد کتاب توسط انتشارات صدرا منتشر شده است و مقدمات و تعلیمات وی بر مجموعه مقالات استادش علامه طباطبایی در کتاب اصول فلسفه و روش رئالیسم نکات برجسته و چشمگیر در کارنامه فلسفی شیهد مطهری قرائت نظام‌مندی وی از فلسفه و فلسفه‌ورزی در پارادایم نظام فلسفی ملاصدرا و بهره‌گیری از این فلسفه برای فهم و دفاع از دین اسلام است. در این مقاله نویسنده مقاله پس از بررسی ویژگی‌های یادشده در کارنامه فلسفی شهید مطهری، کتاب اصول فلسفه و روش رئالیسم با عنایت به حواشی و تعلیقات شهید مطهری بر آنکه به گمان نگارنده مقاله مهمترین اثر فلسفی شهید مطهری است، معرفی و بررسی شده است. در مقاله "استاد مطهری و احیاگری دینی"، مولف آن کوشیده است تا توصیفی دقیق از احیاگری استاد مطهری و اصول و مولفه‌های آن را ارائه نماید. در مقاله "خرافه‌ستیزی در اندیشه دینی از دیدگاه شهید مطهری" که در دو بخش تنظیم شده است، مولف در بخش اول مقاله خود به چند نمونه جاری از نوع مفاهیمی که با تعریف در معنای اصلی آنها چهره خرافی بدانها بخشیده شده است، می‌پردازد. مفاهیمی مانند شفاعت، ملیت، امتیازات جاهلی، سعد و نحس ایام و فال بد زدن و در همین رابطه خرافه نحوست عدد سیزده و... عمده مطالب این بخش است که استاد مطهری در ابتدا این خرافات را که در بین مردم رواج داشته را تقریر نموده است و در بخش دوم نگارنده مقاله به ارائه راهبردها و راهکار مقابله با این عارضه از منظر استاد مطهری پرداخته است. در مقاله "مطهری، مرزبان اندیشه دینی" از استاد مطهری به عنوان سنگربانی بیدار یادشده که به پاسداری از حریم دیانت و به مقاله علمی برهانی، معرفتی، شهودی، فلسفی و سیاسی و... یاد شده است و در این مقاله مولف به تعدادی از این سنگربانی‌های استاد مطهری در باب مفاهیم دینی اشاره کرده و آنها را مورد مداقه خود قرار داده است. در مقاله "شناخت کارکردی دین و تاثیر آن بر احیای ارزشها از منظر شهید مطهری" تلاش شده است تا گاهی هرچند کوتاه در جهت دستیابی به شناخت پیوند موردنظر در بعد توسعه و رفاه اجتماعی بر مبنای اندیشه شهید مطهری بردارد.
در شماره چهارم کارنامه علمی شهید مطهری که شماره 60 اندیشه حوزه می‌گردد و به مهر و آبان 1385 می‌گردد به احیاگری فرهنگی، سیاسی، اجتماعی و اقتصادی استاد مطهری اختصاص یافته است. مقاله "شهید مطهری و احیاگری فرهنگی" که در دو بخش سامان یافته است در بخش اول نگاهی گذرا به شخصیت و شان دینی و علمی استاد مطهری شده است تا روشن شود که آنچه در منظر اندیشه و افکار استاد از مفهوم فرهنگ قرار داشته همانا شاخصه دینی بودن آن است و نه همه آنچه مورد علاقه ارباب جامعه‌شناسی به عنوان فرهنگ است. در بخش دوم به تک نمودهایی از نمونه کار احیاگری فرهنگ دینی استاد پرداخته شده است. "رابطه علم با فرهنگ و تمدن اسلامی از دیدگاه شهید مطهری" پس از تبیین علم، مشخص می‌شود که مراد از علم در این بحث علوم تجربی، اعم از طبیعی و انسانی است و بعد از آن به ذکر معنا و مفهوم تمدن و فرهنگ و تفاوت بین این دو می‌پردازد و به این نکته هم اذعان دارد که تمدن و فرهنگ در یکدیگر تاثیر و تاثر متقابل دارند و فرهنگ زیربنای تمدن به شمار می‌آید ولی با این حال به تعبیر استاد مطهری، علم با فرهنگ مساوی نبوده و با آن فرق‌ها دارد. نکته اساسی که این مقاله به آن می‌پردازد که استاد مطهری آن را پرورانیده است این است که اسلام خود سازنده فرهنگ و تمدن است و علم و دانش پایه اصلی این فرهنگ و تمدن غنی است. در مقاله "اندیشه سیاسی شهید مطهری" که از استاد مطهری به عنوان یک متفکر سیاسی نیز یاد می‌کند مباحثی سیاسی که استاد آنها را شرح و بسط داده مانند مسئله دین و سیاست، مشروعیت حکومت، نسبت دین و دموکراسی، مسئله آزادی و عدالت، بحث و بررسی شده است.
"مطهری، نسبت عدالت و آزادی" دیگر مقاله‌ای است که به یکی دیگر از اندیشه‌های سیاسی استاد مطهری اشاره دارد. در این مقاله کوشیده شده است که سازوکار نسبت آزادی و عدالت با توجه به اندیشه‌های استاد بازنمایانده شود. برای این مهم نویسنده مقاله نخست معنا، ماهیت و ریشه آزادی و فرق آزادی در انگاره مطهری با آزادی در مکتب لیبرال به تحلیل در آمده و سپس لوازم و برآیندهای این جستار به تفصیل بازگو شده است و در عین همین مراحل و نگاه در باب عدالت نیز دنبال گردیده است و در درون و تمامی مراحل جستار از آغاز تا پایان مقاله نسبت به آزادی و عدالت تبیین و تشریح شده است. "رهیافتی به نظام اقتصادی در اندیشه استاد مطهری" آخرین مقاله این چهار شماره اختصاص یافته به کارنامه علمی و فلسفی استاد مطهری است که به بررسی نظام اقتصادی اسلام و عناصر تشکیل‌دهنده آن از منظر استاد پرداخته شده است و پرسش‌هایی از این قبیل که انگیزه فعالیت‌های اقتصادی در نظام اسلامی چیست؟ مالکیت بر عوامل تولید از آن کدام بخش است؛ خصوصی، عمومی، دولتی یا ترکیبی از اینها. جایگاه انسان و آزادی‌های او و نیز جایگاه ارزش‌های انسانی کجاست؟ بر دستگاه اقتصادی که استاد مطهری در آثارش چیده شده است داده شده تا نتیجه و بازدهی آن پس گرفته می‌شود.
در خاتمه این مطلب را متذکر می‌شوم که استاد مطهری از جمله نوادر روزگار ما در زمینه اندیشه‌های دینی بود که چهره حقیقی اسلام را با آثارش برای ما نمایان ساخت لذا این وظیفه بر دوش مراکز علمی و تعلیمی (چه دانشگاهیان و حوزیان و مدارس در مقاطع مختلف) است که آثار این استاد را به جد مطالعه و مورد مداقه خود قرار دهند. البته این پافشاری به معنای این نیست که در مطهری بمانیم و به اصطلاح از او به عنوان خاتم اندیشه دینی یاد نماییم که بطلان این امر اخیر واضح است و استاد خود با روشی که در آثار خود آن را پیاده نموده است اصلا این داب را نداشته است. ما باید این تعبیر امام خمینی(ره) را در مورد استاد مطهری به یاد آوریم که می‌فرمود: "او (مطهری) با قلمی روان و فکری توانا در تحلیل مسائل اسلامی و توضیح حقایق فلسفی با زبان مردم و بی‌قلق و اضطراب به تعلیم و تربیت جامعه پرداخت. آثار قلم و زبان او بی‌استثنا آموزنده و روانبخش است و مواعظ و نصایح او که از قلبی سرشار از ایمان و عقیدت نشات می‌گرفت، برای عارف و عامی سودمند و فرح‌زاست."