شورای روابط خارجی آمریکا در گزارشی اعلام کرد: ایران در افغانستان دخالت نمیکند. در این گزارش آمده است: برخی از مقامات آمریکایی مانند رابرت گیتس، وزیر دفاع این کشور و ژنرال دان مکنیل، فرمانده نیروهای ناتو در افغانستان، ایران را به ارسال کمک نظامی برای نیروهای طالبان برای نبرد با دولت افغانستان و نیروهای ائتلاف متهم میکنند، اتهامی که همواره از سوی مقامات رسمی ایران رد شده است. ایران با رد این اتهامات آن را بخشی از پروژه تقابل با ایران و ادعایی برای توجیه ضعف نیروهای غربی در برقراری امنیت در افغانستان میداند. سرهنگ کریستوفر لانگتون، عضو موسسه بینالمللی تحقیقات استراتژیک میگوید که حتی اگر روی این سلاحها نشانی مبنی بر ساخت آنها در ایران باشد، باز هم میتوان تعبیرهای متفاوتی از این موضوع داشت. شاید این سلاحها توسط گروههای سازمانیافته جنایتکار که در مرز دو کشور قرار گرفتهاند به افغانستان منتقل میشود یا اینکه گروههای خاصی در ایران و نه دولت این کشور در این مساله دخالت دارند به علاوه کارخانههای اسلحهسازی پاکستان در شمال غرب این کشور و در مرز با افغانستان هم قادرند سلاحهایی با نشان ساخت ایران تولید و به افغانستان صادر کنند. پترتامسن، سفیر پیشین آمریکا در افعانستان در پاسخ به این پرسش که ایران چرا باید از طالبان حمایت کند، میگوید: «یک دولت ضعیف در افغانستان باعث میشود تا این دولت فکر همپیمان شدن با آمریکا علیه ایران را از سر خود بیرون کند.» امین تادزی، یک تحلیلگر سیاسی افغان میگوید: «توانایی برهم زدن امنیت در افغانستان میتواند به عنوان یک اهرم در مذاکرات هستهای ایران در برابر غرب به کار این کشور آید.
ایران در عراق حامی اکثریت شیعه است، اما در برخی موارد از سنیها نیز حمایتهایی را به عمل آورده است. این کشور گروههای سنیای چون حماس و جهاد اسلامی را در فلسطین مورد حمایت قرار میدهد. این مساله برای ایران استراتژیک است نه ایدئولوژیک سرهنگ لانگتون در پاسخ به این پرسش که آیا ایران علاقهمند به بازگشت طالبان به قدرت است، میگوید: جمهوریاسلامی و طالبان در افغانستان هیچگاه با یکدیگر کنار نیامدند. من کاملاً مطمئنم که ایران دوست ندارد حکومتی به سبک طالبان در همسایگیاش حضور داشته باشد. ایران همواره نسبت به اتحاد میان طالبان و پاکستان بدبین بوده است و یکی از دلایل تقویت روابط ایران و هند همین است. ایران همچنین در رقابت با پاکستان روابط اقتصادی مهمی را با افغانستان برقرار کرده است و اتفاقاً همین موضوع اهرم فشاری است در قبال آمریکا، اگر ایران مرزهای خود را با افغانستان ببندد، اقتصاد افغانستان نابود خواهد شد. اما علایق واقعی ایران در افغانستان چیست؟ مقامات ناتو و سازمان ملل متحد همواره حمایت ایران از دولت فعلی افغانستان را تایید کردهاند. حجم صادرات ایران به افغانستان نیز نشان میدهد که ایران بهخاطر دلایل تجاری خواستار ثبات و امنیت پشت دروازه شرقی کشور خود است. اینها باعث میشود که حجم عظیم کمکهای ایران به بازسازی افغانستان از سال2001 (که براساس گزارش وزارت خارجه ایران به 600 میلیون دلار میرسد) توجیه شود. ایران همچنین امیدوار است که 900 هزار نفر آواره افغان که در این کشور زندگی میکنند، روزی به کشور خود باز گردند. به علاوه بحران اعتیاد در ایران که میلیونها نفر را در کام خود برده است، باعث میشود تا ثبات و امنیت در افغانستان که مواد مخدر از آن وارد ایران میشود، اهمیت بیشتری پیدا کند.
سامی میگوید: «بازسازی افغانستان و تبدیل این کشور به مکانی با ثبات که باعث بازگشت پناهندگان افغان و پایان کشت خشخاش میشود برای ایران بسیار مهم است.» در مورد ریشههای روابط فرهنگی و اجتماعی میان دو کشور، سایت شورای روابط خارجی مینویسد: «ایران روابط نزدیک زبانی و فرهنگی با افغانستان دارد و این روابط به خصوص با اهالی استان هرات و سایر استانهای غربی و مرکزی که به زبان فارسی دری سخن میگویند، نزدیکتر نیز هست. همچنین روابط نزدیکی میان مبارزان افغان ضداشغالگری شوروی در دهه80 میلادی و ایران وجود دارد. بهعلاوه، آیتالله خامنهای، رهبر ایران رفتار طالبان را وهن به دین اسلام دانسته بود. قتل 11 دیپلمات ایرانی در مزارشریف در دوران تسلط طالبان بر افغانستان حتی ایران را تا آستانه جنگ با طالبان پیش برد. پس از سقوط طالبان ایران با شرکت در گروه شش به علاوه دو با غرب برای طراحی دوران پس از طالبان همکاری کرد. البته ری تکیه، تحلیگر برجسته شورای روابط خارجی آمریکا معتقد است که رفتار ایران در برخی مناطق افغانستان باعث خشم مردم شده است: «روحیه استقلالطلبی شدید افغانها به طور تاریخی در برابر توهم اشغالگری ایرانیها صفبندی کرده است.»