سال 1359 همزمان با آغاز به کار اولین دولت جمهوری اسلامی و مجلس شورای اسلامی، حضرت امام(ره) از همه مسئولان کشور خواستند تا در مسیر تحقق قانون اساسی تلاش کنند. ایشان در مراسم افتتاحیه اولین دوره مجلس شورای اسلامی به طور خاص از نمایندگان مجلس خواستند: «همه روی قانون عمل بکنند. این قانونی که ملت برایش رأی داده است. همین رأی نداده است که توی طاقچه بگذارید و کاری به آن نداشته باشید، بروید مشغول کار خودتان بشوید. این قانون باید دست همه باشد و همه حدود را قانون معین بکند. قانون برای مجلس حدود معین کرده است، تخلف از این حدود نشود. برای رئیس‌جمهور تحدید کرده، حدود قرار داده، او هم تخلف نکند. برای نخست وزیر و امثال اینها و دولت‌ها حدود معین کرده. آنها هم نباید خارج بشوند. هر که خارج بشود از حدود، باید این را تنبه بدهند، هدایت کنند آن را.»
حضرت امام(ره) به خوبی می‌دانستند که نظامی نوپا هنوز در مرحله اجرا با مشکلات متعددی مواجه خواهد بود و تعریف حدود وظایف و اختیارات دستگاه‌های گوناگون در عمل با همپوشانی‌هایی همراه است که می‌تواند به اختلاف و درگیری و تنش بینجامد. بنابراین، تلاش می‌کردند همه مجموعه‌های نظام را که حیات‌شان برای بقا و تداوم نظام جمهوری اسلامی ضروری بود، به مدارا با یکدیگر و عمل به قانون دعوت کنند. قانونی که هنوز بخش عمده‌ای از آن نوشته نشده بود و این وظیفه مجلس شورای اسلامی نوپا بود که مبتنی بر قانون اساسی، قوانین جزئی هر یک از دستگاه‌ها را تدوین و تصویب کند.
در همین وضعیت، سال 1359 مملو از تنش‌های ایجاد شده بین مجموعه‌هایی است که هر یک برای خود اختیاراتی قائل هستند و مرزهای اختیارات‌شان هنوز متداخل، محل اختلاف، مبهم و ناپیداست. در این وضعیت، حضرت امام(ره) تلاش دارند تا قانون را به مثابه فصل‌الخطاب در جامعه جا بیندازند و همه را به رعایت آن دعوت کنند. در همین ایام، فرماندهان نیروهای سه‌گانه ارتش، روز سوم مرداد 1359 با امام خمینی(ره) در جماران دیدار کردند. در این دیدار، امام خواهان عمل کردن همه نهادها و اشخاص به وظایف قانونی خود و مداخله نکردن در امور یکدیگر شدند و فرمودند: «قانون برای همه وظیفه معین کرده، اگر یکی دست از قانون بردارد و بخواهد دخالت دیگری بکند، برخلاف شرع عمل کرده.»
طبیعی بود که پس از آغاز به کار مجلس، زمان برای تشکیل کابینه اصلی رئیس‌جمهور فرا رسیده باشد. در این میان، چگونگی انتخاب نخست‌وزیر از جانب رئیس‌جمهور، خود موجباتی از سوءتفاهمات را فراهم کرد. در 31 تیرماه 1359، مراسم تحلیف ابوالحسن بنی‌صدر در مجلس شورای اسلامی برگزار شد و از آن پس مسئله انتخاب نخست‌وزیر کلید خورد که تفاهم بین اکثریت مجلس و رئیس‌جمهور به درازا کشید و بر سر گزینه‌های مطرح، از جمله جلال‌الدین فارسی و مصطفی میرسلیم توافق حاصل نشد و کار به تشکیل هیئت حل اختلاف انجامید. این هیئت مأمور بررسی وضع چهارده نفر از داوطلبان پست نخست‌وزیری بود که در نهایت به محمدعلی رجایی رسید و با وجود اکراه بنی‌صدر، رجایی با رأی مجلس نخست‌وزیر شد.
بنی‌صدر در همین حین در روزنامه انقلاب اسلامی علیه مخالفان خود موضع‌گیری می‌کرد و بر اختلافات می‌افزود. او در اجتماع مردم مشهد این‌گونه علیه مخالفان خود جبهه گرفت: «امروز نیز کسانی که بویی از مکتب نبرده‌اند، به منتخب مردم و فردی که عمر خویش را در مطالعه مکتب گذرانیده و کوشیده است نظام پراکنده شده اسلامی را جمع‌آوری کند، ایستاده‌اند و به نام مکتب با او می‌ستیزند.»
حضرت امام(ره) در این میان با دعوت به رعایت قانون، بر حل اختلافات از طریق مدارا و برادری تأکید داشتند و خود از دخالت مستقیم در امور پرهیز می‌کردند. برای نمونه، وقتی قرار بود در کمیته حل اختلاف مجلس و رئیس‌جمهور، امام(ره) نیز نماینده‌ای داشته باشند، ایشان نپذیرفتند و کار را به خودشان واگذار کردند. در این میان، ایشان همچنان نقش هدایت‌گری خود را تداوم بخشیدند و بر رعایت قانون تأکید داشتند. از جمله در دیدار با اقشار مردم فرمودند: «همه نهادها هم باید خودشان مقررات را به طوری که در هر نهادی مقررات هست عمل بکنند و خلاف مقررات، خلاف شرع است، نباید عمل بکنند و هیچ طایفه‌ای و هیچ نهادی در نهاد دیگری نباید دخالت بکند.»
همانطور که معلوم بود، انتخاب رجایی به نخست‌وزیری پایان اختلافات نبود، بلکه مناقشات سیاسی جدی‌تری آغاز شده بود. وجود ابهامات فراوان میان حدود اختیارات رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر، خود عاملی برای تشدید این وضعیت بود. تعیین وزرای کابینه دولت گام دیگر اوج گرفتن مناقشات بود که خیلی زود زمان آن فرا رسید. رجایی در اول شهریور ۱۳۵۹ اسامی وزیران پیشنهادی خود را به بنی‌صدر تقدیم کرد و با او به بحث و تبادل نظر نشست. روز سوم شهریور بنی‌صدر طی نامه‌ای اعلام داشت، با وزیرانی که پیشنهاد شده کاری ندارد، تنها وزرای دفاع و کشور به لحاظ حساسیت وضع کشور باید از تصویب وی بگذرد؛ اما باز هم در همان روز نظر خود را عوض کرد و طی نامه بلندی رجایی و همفکرانش را به جوسازی برای گرفتن کشور از دست رئیس‌جمهور متهم کرد و استقامت خود را لازم شمرد و از اینکه وی درباره انتخاب وزیران با او مشورت نکرده، گلایه کرد. بنی‌صدر برای حل این مشکل نامه‌ای به امام(ره) نوشت و در آن به اختلافاتش با نخست‌وزیر در مورد انتخاب وزیران اشاره کرد و نوشت: «معلوم شد که اعضای هیئت‌وزیران مثل خود نخست‌وزیر یتغیرند.» وی در پایان‌نامه از حضرت امام(ره) خواست که هر تصمیمی که صلاح می‌داند اعلام کند، اما امام باز هم بر دخالت نکردن تأکید داشتند و خواهان حل مشکلات از طرق قانونی و تفاهم بودند. ایشان در جواب نوشتند: «اینجانب دخالت در این امور نمی‌کنم. موازین همان بود که کراراً گفته‌ام و سفارش من آن است که آقایان تفاهم کنند و اشخاص مؤمن به انقلاب و مدیر و مدبر و فعال انتخاب کنند.» اختلافات همچنان تداوم یافت و تا ماه‌ها تکلیف برخی وزارت‌خانه‌ها مشخص نشد؛ برای نمونه، تا عزل بنی‌صدر از ریاست‌جمهوری، فردی برای وزارت امور خارجه معرفی نشد و شخص نخست‌وزیر خود این مسئولیت را بر عهده داشت.