تقویم تاریخ انقلاب اسلامی به گونه‌ای رقم خورد که نظام جمهوری اسلامی را در یک پیچ تاریخی قرار داد. بنی‌صدر در جایگاه رئیس‌جمهور کشور به رهنمودهای امام(ره) اعتنایی نمی‌کرد.اعضای شورای سه نفره حل اختلاف تخلفات رئیس‌جمهور محرز شد و دادستان انقلاب اسلامی مرکز نشریاتی، مانند آرمان ملت، انقلاب اسلامی، جبهه ملی، میزان، نامه مردم و عدالت را به دلیل نشر مقالات تشنج‌آفرین تا اطلاع ثانوی توقیف کرد. وقتی بنی‌صدر خبر تعطیلی روزنامه انقلاب اسلامی خود را شنید، اطلاعیه تحریک‌آمیزی صادر کرد که در قسمتی از آن آمده بود: «رئیس جمهوری شما همچنان در انجام رسالت خطیری که شما ملت مسلمان ایران به عهده او گذارده‌اید، استوار ایستاده است. پیام و کارنامه خود را به هر شکل، از جمله نوار، اعلامیه و... به اطلاع شما خواهد رسانید و به دعوت شما که هر روز او را به مقاومت و استقامت می‌خوانید، صمیمانه لبیک می‌گوید.» او در ادامه این تحریک‌ها در همدان تشکیلات جدیدی را افتتاح کرد و در بین جمعیت حاضر سخنرانی کرد و گفت: «همه جوانان در سراسر کشور باید مقابل این قانون‌شکنی آشکار به مقاومت و استقامت برخیزند. در همه جا باید بازگوکننده نظرها و کارنامه ریاست‌جمهور خود باشید. سرتاسر ایران باید در مقابل تمایل شدید به استبداد مقاومت کند. هر کدام از شما جوانان یک شماره انقلاب اسلامی بشوید...» در پایان این سخنرانی عده‌ای شعارهایی در حمایت بنی‌صدر سر دادند و علیه دکتر بهشتی، رئیس قوه قضائیه وقت و رجایی، نخست‌وزیر وقت هم شعار دادند که در نهایت به درگیری و زد و خورد انجامید. در چنین فضای ملتهبی، برخی اشخاص سیاسی هم وارد می‌شدند و با انتشار نامه و بیانیه از مواضع بنی‌صدر حمایت و پشتیبانی می‌کردند؛ برای نمونه، مهندس مهدی بازرگان که مدتی سمت نخست‌وزیری دولت موقت را داشت و در آن ایام نماینده مردم تهران در مجلس بود و تعداد اقلیتی از نمایندگان با او همراهی داشتند، نامه‌ای بلندبالا خطاب به حضرت امام خمینی(ره) صادر کرد که در واقع موقعیت و مواضع بنی‌صدر را تقویت می‌کرد. مسعود رجوی، سرکرده گروهک سازمان منافقین خلق هم هر روز پیام‌ها و بیانیه‌های کوتاه و تندی علیه مسئولان نظام می‌داد. به عبارتی، عقربه زمان به سمت حذف بنی‌صدر در حرکت بود. در این راستا، گروهک منافقین درگیری‌های خیابانی را به شکل جنگ داخلی دنبال می‌کرد تا از فرصت اختیارات نظامی و امنیتی بنی‌صدر استفاده کند. در اینجا امام خمینی(ره) بسیار هوشیارانه در تاریخ 1360/3/20 در یک حکم دو جمله‌ای تکلیف آن را روشن کردند و مرقوم فرمودند: «ستاد مشترک ارتش جمهوری اسلامی ایران، آقای بنی‌صدر از فرماندهی کل نیروهای مسلح بر کنار شدند.» از لحظه انتشار این حکم، بنی‌صدر از کلیه اقتداراتش عزل شد و محل سکونت و محل کار وی به تصرف سپاه پاسداران و کمیته‌های انقلاب اسلامی درآمد. در پی این اقدام، سازمان منافقین خلق اطلاعیه‌ای صادر کرد و در بخشی از آن آورد: «در این شرایط حمایت از شخص رئیس‌جمهور و حفاظت از جان او را یک وظیفه مبرم انقلابی در سراسر کشور تلقی می‌کنیم.» این پیام‌ها و بیانیه‌های منافقین نشان‌دهنده اتحاد و همبستگی بنی‌صدر با آنها بود.