یکی از مسائلی که از شکل‌گیری مشروطه تا پیروزی انقلاب اسلامی به دغدغه جدی بسیاری از علما و مراجع عظام تقلید و روحانیت مبارز و انقلابی تبدیل شده بود، این بود که چطور می‌توان تضمینی برای حاکمیت ایجاد کرد که در جامعه مسلمان معتقد به مکتب فقهی امام جعفر صادق(ع)، قوانین کشوری مبتنی بر شریعت اسلامی تدوین شده باشد؟
این دغدغه همواره در طول مبارزه به منزله یکی از مطالبات حضرت امام(ره) مورد توجه قرار داشت و طبیعی بود که پس از پیروزی انقلاب و شکل گیری جمهوری اسلامی، اجرای قوانین اسلام در رأس وظایف دولت اسلامی قرار گیرد. این خواسته به واقع مطالبه همه ملت ایران بود که سعادت و پیشرفت کشور را در عمل به اسلام می‌دانستند.
حقیقت آن است که از نگاه حضرت امام(ره) ایده تحقق حکومت اسلامی و نظریه ولایت فقیه به این حقیقت اشاره دارد که تحقق اهداف حکومت، اعم از تأمین امنیت، آزادی، رفاه و آبادانی، استقلال، اخلاق و معنویت و ... تنها از طریق عمل به شریعت ممکن خواهد بود.
حضرت امام(ره) از پیش از انقلاب در خلال کتاب «کشف‌الاسرار» درباره قانون اسلام و این مطلب که تنها قانونی که خدای آگاه از جهان و انسان و مصالح و سعادت آدمی وضع کرده است، قابل پیروی است، می‌فرمایند: «بدانید که قانون گذار باید کسی باشد که از نفع بردن و شهوت‌رانی و هواهای نفسانی و ستمکاری برکنار باشد و درباره او احتمال این گونه چیزها ندهیم و آن غیر خدای عادل نیست.» چنین اعتقادی به انحصار قانون‌گذاری نزد خداوند و منشائیت قائل شدن برای آن است که در عرصه اجتماعی نیز قانون‌گذاری را معادل اجرای شریعت اسلامی می‌دانست. البته در عرصه‌هایی که قانون اسلام مشخص نیست نیز قوانینی باید وضع شود که با شریعت اسلامی در تعارض نباشد. این تأکیدات را به طور خاص می‌توان در تصویب قانون اساسی جمهوری اسلامی مشاهده کرد. حضرت امام(ره) به مناسبت آغاز به کار مجلس خبرگان رهبری طی پیامی اعلام می‌دارند: «قانون اساسی و سایر قوانین در این جمهوری باید صددرصد بر اساس اسلام باشد و اگر یك ماده هم برخلاف احكام اسلام باشد، تخلف از جمهوری و آرای اكثریت قریب به اتفاق ملت است. بر این اساس هر رأی یا طرحی كه از طرف یك یا چند نماینده به مجلس داده شود كه مخالف اسلام باشد، مردود و مخالف مسیر ملت و جمهوری اسلامی است و اصولاً نمایندگانی كه بر این اساس انتخاب شده باشند، وكالت آنان محدود به جمهوری اسلامی است و اظهار و رسیدگی به پیشنهادهای مخالف اسلام یا مخالف نظام جمهوری، خروج از وكالت آنهاست.»
حضرت امام(ره) در آن پیام خطاب به علمای اسلام حاضر در مجلس تأکید دارند که اگر ماده‌ای از پیش‌نویس قانون اساسی یا پیشنهادهای وارده را مخالف با اسلام دیدند، لازم است با صراحت اعلام دارند و از جنجال روزنامه‌ها و نویسندگان غربزده نهراسند، که اینان خود را شکست خورده می‌بینند و از مناقشات و خرده‌گیری‌ها دست بردار نیستند.
حضرت امام(ره) در مقابله با منتقدان و مخالفان عملکرد نمایندگان مجلس خبرگان قانون اساسی در تصویب قوانین اسلامی می‌فرمایند: «وقتی ما جمهوری اسلامی می‌خواهیم، مردم می‌فهمند کی را باید برای تشخیص احکام اسلام توی مجلس ببرند. شما می‌خواهید که مردم بیایند شما را تعیین کنند که اعتقاد به اسلام ندارید! یا اگر دارید، یک اسلام خشکی که اصلش کار نداشته باشد به هیچ کاری، شما را بیایند و تعیین بکنند؟! ملت تعیین کرده، شما چه می‌گویید؟»
در مسئله قانون‌گذاری نیز دغدغه‌های حضرت امام(ره) نسبت به التقاط همچنان باقی است. امام(ره) خواهان آن است که قوانین برآمده از اسلام ناب محمدی(ص) در کشور برقرار شود؛ چرا که چنین قوانین حقیقی و اثرگذاری است که راه سعادت جامعه اسلامی را تضمین خواهد کرد. به همین دلیل با صراحت اعلام می‌دارند: «من با کمال تأکید توصیه می‌کنم که اگر بعضی از وکلای مجلس تمایل به مکاتب غرب یا شرق داشته یا تحت تأثیر افکار انحرافی باشند، تمایل خودشان را در قانون اساسی جمهوری اسلامی دخالت ندهند و مسیر انحرافی خود را از این قانون جدا کنند؛ زیرا صلاح و سعادت ملت ما در دوری از چنین مکتب‌هایی است که در محیط خودشان هم عقب‌زده شده و رو به شکست و زوال است. از گفته‌ها و نوشته‌های بعضی از جناح‌ها به دست می‌آید افرادی که صلاحیت تشخیص احکام و معارف اسلامی را ندارند، تحت تأثیر مکتب‌های انحرافی، آیات قرآن کریم و متون احادیث را به میل خود تفسیر کرده و با آن مکتب‌ها تطبیق می‌نمایند و توجه ندارند که مدارک فقه اسلامی براساسی مبتنی است که محتاج به درس و بحث و تحقیق طولانی است و با آن استدلال‌های مضحک و سطحی، و بدون توجه به ادله معارض و بررسی همه‌جانبه معارف بلندپایه و عمیق اسلامی را نمی‌توان به دست آورد و من انتظار دارم محیط مجلس خبرگان از چنین رویه‌ای به دور باشد.»
حضرت امام(ره) تأکیدات مشابهی را خطاب به نمایندگان مجلس نیز دارند و از آنان می‌خواهند که بر اسلامیت نظام تاکید ورزند. در بخشی از پیام امام(ره) به مناسبت افتتاح اولین دوره مجلس شورای اسلامی آمده است: «لازم است طرح‌هایی كه در مجلس میگذرد مخالف با احكام مقدسه اسلام نباشد و با كمال قدرت، با پیشنهادهای مخالف با شرع مقدس كه ممكن است از روی ناآگاهی و غفلت طرح شود شدیداً مخالفت نمایید، و از قلم‌های مسموم و گفتار منحرفین هراسی نداشته باشید و سخط خالق را برای رضای مخلوق تحصیل نكنید و خداوند قاهر و قادر را حاضر و ناظر بدانید.»
این منطق حضرت امام(ره) تا پایان عمر پربرکت ایشان تداوم یافت و ایشان همواره پرچمدار مراقبت از تحقق اسلام در جامعه بودند.