پس از پیروزی انقلاب اسلامی در بهمن 1357، رسیدن به الگوی جایگزین رژیم شاهنشاهی، مهم‌ترین اولویتی بود که باید مردم تکلیف آن را تعیین می‌کردند. در این میان، هر چند حضرت امام خمینی(ره) در جایگاه پیشوای یکه‌تاز و مقبول همه ملت شناخته می‌شد و کلام و راهنمایی‌های ایشان برای همه ملت ایران حجت بود، اما در میان جریان‌های سیاسی تریبون‌ها و صداهایی بودند که گفتمان سیاسی امام(ره) را قبول نداشتند و مسیر دیگری را در پیش گرفته بودند که این مخالفت در اولین گام در همه‌پرسی جمهوری اسلامی عیان شد.
آنان برای ایجاد تشویش افکار عمومی در آن شرایط حساس انقلاب که هر گونه تکثر و واگرایی عاملی برای تضعیف نهضت نوپای ملت ایران بود، فرآیند همه‌پرسی را زیر سؤال می‌بردند و همچون سازمان پیکار مدعی بودند: «محدود كردن دایره انتخابات مردم به دو شكل رژیم سلطنتی و جمهوری اسلامی، چیزی جز محدود كردن دایره دموكراسی و انتخاب تودهها و سرپوش گذاشتن بر خواست‌ها و نظرات آن بخش از تودهها كه بر هیچ كدام از اَشكال پیشنهادی صحه نگذاشته و هر دو را مردود میشمارند، نمی‌تواند باشد.»
چریک‌های فدایی خلق خط تحریم را برگزیدند و رسماً اعلام کردند که در همه‌پرسی شرکت نخواهند کرد؛ چرا که «از آنجا که معتقدیم باید عالماً و عامداً و با آگاهی کامل به جمهوری مورد نظر خود رأی مثبت دهیم و این تنها پس از تشکیل مجلس مؤسسان تدوین قانون اساسی میسر است. از آنجا که معتقدیم هر نوع نظرخواهی از مردم باید در شرایط کاملاً آزاد و دموکراتیک صورت گیرد، و فعلاً دولت قادر به تضمین آزادی‌های سیاسی برای همه نیروها نیست و گامی هم در این جهت بر نمی‌دارد و از آنجایی که معتقدیم طرح سؤال رفراندوم به صورت آیا جمهوری اسلامی را قبول دارید یا نه؟ یک‌جانبه و مستبدانه است، باید برخلاف فرصت‌طلبان و دورویان، صادقانه و صراحتاً به مردم میهن‌مان بگوییم، در این شرایط در رفراندوم پیشنهادی دولت شرکت نمی‌کنیم.» سخنگوی سازمان چریک‌های فدائی خلق نیز پیش از این در یک مصاحبه مطبوعاتی گفته بود: «تنها پس از یک رشته اقدامات عاجل و فوری که برای تثبیت آزادی‌ها صورت می‌گیرد راه برای یک رفراندوم آزاد باز خواهد شد، بنابراین هر نوع نظر خواهی قبل از این تحولات نمی‌تواند بازگوکننده نظر واقعی مردم باشد.»
حزب دموکرات کردستان ایران نیز در بیانیه‌ای که در نهم فروردین انتشار داده بود، روشن کرد که در همه‌پرسی شرکت نمی‌کند و علت آن را غیردموکراتیک بودن همه‌پرسی و روشن نبودن محتوای جمهوری اسلامی در زمینه تأمین دموکراسی و تأمین حقوق خلق‌های ایران وصف کرد. حزب جمهوری فدراتیو خلق‌های ایران نیز معترضانه مدعی شد: «صدا و سیما دربست در اختیار تبلیغ برای نوعی خاص از جمهوری است با این شرایط آن را غیردموکراتیک اعلام می‌کنیم و در آن شرکت نمی‌کنیم.» جبهه دموکراتیک ملی به رهبری «هدایت‌الله متین‌دفتری» در خط تحریم حرکت کرد و اعلام داشت: «در رفراندوم شرکت نمی‌کنیم... فراخواندن مردم به انتخاب در مهلتی کوتاه و بی‌پیش‌بینی راه دیگر، بی‌گفت‌وگو، غیر دموکراتیک است.» «شاپور بختیار» نیز از مخفیگاه خود پیام داد: «خواهران و برادران عزیز! من به چنین جمهوری رأی نخواهم داد؛ زیرا آن را منافی پیشرفت جامعه، سربلندی کشور، شکوفایی اقتصاد و اجرای حقوق بشر می‌دانم.» سازمان پیشرو برای اتحاد و نهضت ملی مدعی شد، از آنجا که به مخالفان حق اظهار نظر نمی‌دهند، در همه‌پرسی شرکت نمی‌کنیم! سازمان سیاسی کردستان هم به دلیل نامشخص بودن ماهیت و محتوای جمهوری اسلامی، رعایت نکردن حقوق خلق‌ها، به ویژه رعایت نکردن حق تعیین سرنوشت، در همه‌پرسی شرکت نمی‌کنند.
سازمان دانشجویان پیشگام دانشگاه‌ها و مدارس عالی و سازمان دیگری با عنوان «معلمین پیشگام تهران» فراهم نبودن شرایط دموکراتیک برای انجام انتخابات را بهانه شرکت نکردن در همه‌پرسی دانستند. گروهی با عنوان «زنان مبارز» نیز اعلام داشتند: «هر نوع پاسخگویی، چه مثبت و چه منفی به این سؤال و شرکت رفراندوم را تأیید اقدام غیردموکراتیک دولت موقت می‌دانیم و اعلام می‌کنیم در رفراندوم شرکت نمی‌کنیم.» در دیگر سو احزاب دیگری نیز بودند که هر چند از منظر مشی و مرام، تفاوت‌های جدی با خط امام(ره) داشتند، اما با تحلیل دقیق‌تری از وضعیت خیلی خوب متوجه شدند که تحریم همه‌پرسی دستاوردی برای آنان نداشته و تنها موجب جدایی بیشتر بین آنان و توده‌های انقلابی خواهد شد. لذا در نهایت به صف حامیان برگزاری همه‌پرسی پیوستند. سازمان «مجاهدین خلق» از جمله این گروه‌ها بود که هر چند مدعی بود به جمهوری اسلامی رأی خواهد داد، اما چنین شبهه‌افکنی می‌کرد که «چرا باید طوری عمل شود که انعکاس درستی نداشته باشد و این شبهه را ایجاد کند که ما را فقط میان رژیم سلطنتی و جمهوری اسلامی مخیر کرده‌اند و لاغیر!... چرا باید در همین قدم اول و حتی قبل از استقرار خود جمهوری اسلامی بوی اکراه و اجبار به مشام برسد.»
حزب «ملت ایران» اما در صف حامیان بر آمد و اعلام کرد، به جمهوری اسلامی رأی می‌دهد و چنین نوشت: «انقلاب کنونی ملت ایران، محصول تلاش معجزه‌آسای ملتی است که اسلام را 1300 سال پیش در یک شرایط خاص اجتماعی و تاریخی پذیرفت. طبیعی است چنین ملت مسلمانی انقلاب خود را اسلامی بشناسد.» «به آذین» دبیرکل حزب اتحاد دموکراتیک مردم ایران نیز توضیح داد، برای حفظ وحدت در مقابل امپریالیسم، به جمهوری اسلامی رأی می دهیم. وی معتقد بود: «باید شکل حکومت و نهادهای حکومتی به یک اندازه و به یک صورتِ برابر بدون توجه به جنسیت‌شان زن و یا مرد بدون توجه به زبان‌شان‌ـ مذهب‌شان‌ـ به قومیت‌شان و دیگر چیزهایی که معمولا می‌تواند باعث تبعیض بشود بتوانند در زندگی کشور و جامعه شرکت برابر داشته باشند. من این را خواستم و هنوز هم اگر بگویم که به جمهوری اسلامی رأی می‌دهم، به همین عنوان است. یعنی من از جمهوری اسلامی یک چنین استنباطی دارم و یک چنین چیزی را از جمهوری اسلامی می‌خواهم که برای مردم ما در شرایط آزادی، برابری کامل تأمین کن.»
نکته قابل ملاحظه دیگر آنکه رسانه‌های کشور تماماً در اختیار جریان‌های مخالف خط امام(ره) بود و روزنامه‌هایی چون کیهان، اطلاعات و آیندگان از سوی این جریان‌ها اداره می‌شدند. روزنامه جمهوری اسلامی نیز در آن زمان هنوز متولد نشده بود. به واقع کل ارکان مطبوعاتی کشور در اختیار جریانی بود که مدعی بود آزادی لازم برای برگزاری همه‌پرسی وجود ندارد و مردم نمی‌توانند صدای مخالف خط امام(ره) و حضرت امام(ره) را بشنوند و درست انتخاب کنند!