بر اساس قانون اساسی، اداره کشور باید طبق شریعت اسلام و به طور مشخص فقه باشد. به عبارت دیگر، باید قوانین کشور بر مبنای فقه، به تأیید و تصویب برسد؛ اما در همان ابتدای دهه شصت، مواردی پیش آمد که مشخص شد فقه به تنهایی نمی‌تواند از پس آنها برآید. به طور مشخص دو لایحه «قانون کار» و نیز «قانون اراضی شهری» فقه را به چالش کشید. مصوبات مجلس در این دو لایحه، به تشخیص شورای نگهبان برخلاف فقه بود و اختلاف نظر بین مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان بالا گرفت تا جایی که به نامه‌نگاری با امام خمینی(ره) منجر شد. نقطه تولد مصلحت در همین جا بود.
امام(ره) در پاسخ به درخواست شورای نگهبان و مجلس برای حل این تعارض فرمودند: «آنچه در حفظ نظام جمهوری اسلامی دخالت دارد که فعل یا ترک آن موجب اختلال نظام می شود و آنچه ضرورت دارد که ترک آن یا فعل آن مستلزم فساد است و آنچه فعل یا ترک آن مستلزم حرج است پس از تشخیص موضوع به وسیله اکثریت وکلای مجلس شورای اسلامی، با تصریح به موقت بودن آن، مادام که موضوع محقق است و پس از رفع موضوع خود به خود لغو می‌شود در تصویب و اجرای آن مجازند.»
طبق این دستور، قانون‌گذار می‌تواند بر خلاف قاعده «المومنون عند شروطهم»، رابطه کارفرما و کاگر را برای حمایت از حقوق کارگر و به دلیل مصلحت نظام تنظیم کند. می‌توان گفت، امام خمینی(ره) به وسیله عنصر مصلحت، فقه را مهار زد که در غیر این صورت، اجرای فقه بدون لحاظ مصلحت، مشکلات متعددی را برای جمهوری اسلامی به وجود می‌آورد. برای نمونه، بر اساس فقه، دولت حق ندارد در رابطه و شرایطی که کارگر و کارفرما با یکدیگر توافق می‌کنند، دخالتی کند؛ اما این قضیه به صورت کلان، به تضییع حقوق کارگر منجر می‌شد و به اعمال حاکمیت نیاز بود. امام خمینی(ره) وجه اعمال حاکمیت دولت را بر اساس مصلحت نظام صورت‌بندی کردند. تصریح امام خمینی(ره) به عدم کفایت اجتهاد مصطلح در حوزه‌ها و لزوم رهایی از بحث‌های طلبگی مدارس که محصور در چارچوب تئوری‌ها است و توجه به اینکه حکومت اسلامی، فلسفه عملی برخورد با شرک و کفر و معضلات داخلی و خارجی را تعیین می‌کند، حاکی از لزوم مهار فقه سنتی به وسیله مصحلت نظام اسلامی است.
اما مصلحت نظام از نگاه امام خمینی(ره) فراتر از نزاع بین مجلس و شورای نگهبان است. در شورای نگهبان تصور بر این بود که بعد از تشخیص مصلحت از سوی کارشناسان و تصویب قانون بر اساس آن مصلحت، برای اعمال این قانون به حکم حکومتی نیاز است. لذا دبیر وقت شورای نگهبان از امام خمینی(ره) درخواست کرد بعد از تشخیص مصحلت نظام، ایشان قانون برآمده از مصلحت را به عنوان حکم حکومتی ابلاغ فرمایند؛ اما امام خمینی(ره) معتقد بودند برای اجرای چنین قانونی، به اعمال ولایت نیاز نیست و بعد از تشخیص مصحلت از سوی کارشناسان، باید قانون را تصویب و اجرا کرد. این اختلاف نظر بین دبیر شورای نگهبان و امام خمینی(ره)، به استعفای دبیر وقت شورای نگهبان منجر شد. اما سؤال اینجاست که امام خمینی(ره) در چه مواردی اعمال مصلحت را منوط به صدور حکم حکومتی می‌دانستند؟ از نظر برخی فقها تنها جایی که می‌توان حکم حکومتی صادر کرد، در محدوده احکام شرعی غیر الزامی‌ـ مثل مستحبات و مکروهات و مباحات‌ـ است. لذا در دایره احکام الزامی‌ـ واجبات و محرمات‌ـ حکم حکومتی صادر نمی‌شود؛ ولی امام خمینی(ره) و برخی دیگر از فقها، معتقدند، همه احکام شرعی‌ـ اعم از واجبات و محرمات و مکروهات و مستحبات و مباحات‌ـ در دایره اعمال ولایت قرار می‌گیرند و می توان بر اساس مصلحت نظام، حتی یک حکم شرعی الزامی را تعطیل کرد. نقطه تمایز امام خمینی(ره) با برخی از فقها در همینجاست؛ زیرا آنها معتقدند کنار گذاشتن یک حکم الزامی فقط در صورتی جایز است که آن حکم الزامی در تزاحم با حکم الزامی دیگر باشد که در اینگونه موارد باید حکم شرعی مهم‌تر را انتخاب و آن دیگری را رها کرد؛ اما امام خمینی(ره) معتقدند می‌توان در غیر حالت تزاحم نیز یک حکم شرعی الزامی مانند وجوب حج را به خاطر مصلحت اسلام و مسلمین، به مدت محدود تعطیل کرد که البته اختیار صدور چنین حکمی در دست ولی فقیه است، نه مجلس یا شورای نگهبان. ولی فقیه با رصد شرایط اجتماعی و حتی بین‌المللی، ممکن است تشخیص دهد رفتن به حج واجب در برهه‌ای از زمان، برخلاف مصلحت اسلام و مسلمین است و لذا حکم به تعطیلی موقت حج می‌دهد. این دقیقاً همان شرایطی است که امام خمینی(ره) بعد از کشتار حجاج بیت‌الله الحرام در سال 1366 تشخیص دادند و به دلیل این اتفاق ناگوار، دستور به تعطیلی موقت حج دادند.