یکی از مشکلاتی که شرکت‌های نوپا و اغلب دانش‌بنیان، به‌ویژه در سال‌های ابتدای حیات با آن مواجه هستند، بحث تأمین مالی فعالیت‌های آنهاست. حال با کمکی که به تازگی به آنها شده است، اگر شرکت‌های دانش‌بنیان به ترخیص کالا از گمرک نیاز داشته باشند، برای تضمین پرداخت حق ورودی گمرکی و ترخیص کالا لازم نیست از ضمانت‌نامه بانکی و وجه نقد استفاده کنند؛ بلکه ضمانت‌نامه‌هایی که به‌صورت مستقیم از سوی صندوق نوآوری و شکوفایی، صندوق‌های پژوهش و فناوری و صندوق ضمانت صادرات صادر می‌شود هم جزء تضمین‌های معتبر و قانونی به شمار می‌آید و گمرک موظف است ضمانت‌نامه‌های این صندوق را بپذیرد.