شاید بتوان ریشه ماجرای یارانه پنهان را به سال ۱۳۸۴ و تصویب سیاست‌های کلی اصل ۴۴ ارجاع داد؛ نقطه‌ای که نظام تصمیم گرفت از اقتصاد دولتی فاصله گرفته و با خصوصی‌سازی، مسیر جدیدی برای توسعه ترسیم کند. این روند از سال ۱۳۸۶ با واگذاری صنایع بزرگ تسریع یافت. هرچند ساختار معیوب اجرایی، پدیده‌ای به‌نام «خصولتی‌سازی» را به‌وجود آورد، اما تغییری بنیادی در نقش دولت در اقتصاد رقم خورد. پیش از این تحولات، دولت خود منابع را تولید و با قیمت پایین به مردم عرضه می‌کرد؛ مدلی که با وجود مزایای کوتاه‌مدت، موجب هدر رفت گسترده منابع و ایجاد مانع در مسیر رشد اقتصادی می‌شد. با تغییر وضعیت، مسئله مهم، نحوه تنظیم رابطه بین دولت و شرکت‌های خصوصی بود تا هم کارآمدی اقتصادی تضمین شده و هم رفاه مردم حفظ شود.
بر این اساس، برای بهره وری بیشتر و ارتقای رفاه مردم قانون هدفمندی یارانه‌ها تدوین شد؛ قرار بود انرژی به قیمت منطقه‌ای محاسبه و یارانه به مصرف‌کننده نهایی پرداخت شود؛ اما در عمل، یارانه‌ها ثابت ماندند و قیمت انرژی برای صنایع هم‌راستا با رشد دلار افزایش یافت، بدون آنکه سازکاری برای تطبیق آن با درآمد مردم وجود داشته باشد. از همین‌جا، یارانه‌ها ثابت ماند، ولی با افزایش تورم، قیمت انرژی نیز افزایش یافت و عملاً مفهوم «یارانه پنهان» شکل گرفت؛ دولتی که خود در ایجاد تورم و کاهش ارزش پول نقش دارد، حال مدعی است مردم از یارانه‌ای بهره‌مندند که در حقیقت، اصل ماجرا نوعی از سوءمدیریت اوست.
از نگاه منطقی، یارانه به معنای تفاوت میان قیمت تمام‌شده کالا و قیمت فروش آن به مصرف‌کننده، پدیده‌ای واقعی است که وجود آن در اقتصاد ایران انکارناپذیر است، اما نحوه محاسبه و تفسیر آن اغلب دچار خطا و ساده‌انگاری است. یکی از ایرادات اصلی، اتکا به قیمت‌های جهانی به‌جای هزینه‌های واقعی تولید داخلی است؛ در حالی که ایران در برخی حوزه‌ها، مانند انرژی، مزیت تولید ارزان دارد. همچنین، با مقایسه قیمت دلاری کالاها با درآمدهای ریالی مردم، تصویری اغراق‌آمیز از میزان یارانه پنهان ارائه می‌دهد. استفاده از قیمت‌های متفاوت ارز (نیمایی یا آزاد) نیز موجب نتایج متناقض و ناپایدار می‌شود. تناقض عجیب آنجاست که دولت نرخ آزاد را قاچاق می‌داند، اما در محاسبات رسمی به آن استناد می‌کند. افزون بر این، بی‌توجهی به ابعاد اجتماعی و رفاهی یارانه‌ها، سبب می‌شود سیاست‌های اصلاحی به زیان طبقات ضعیف تمام شود.
در این خصوص سخن بسیار است اما در مجموع دولت باید توجه داشته باشد که اگر چه یارانه پنهان وجود دارد اما نباید گرفتار محاسبات اشتباه شود؛ اصلاح نظام یارانه‌ای باید با محاسبات شفاف، معیارهای بومی و در نظر گرفتن عدالت اجتماعی همراه باشد تا اجرای آن منجر به ضد رفاه نشود.