در ادامه منازعات میان دولت اصولگرای نهم و مسئولان دانشگاه آزاد، اکبر هاشمی رفسنجانی نیز که عهدهدار ریاست هیئت امنای این دانشگاه است، سکوت خود را شکست. او روز پنجشنبه، در سفری به اصفهان و در دیدار با روسا و اساتید دانشگاه آزاد، به انتقاد تند و بیپرده از منتقدان دانشگاه آزاد پرداخت و ابراز امیدواری کرد «کسانی که در پی تضعیف دانشگاه آزاد هستند، شرشان از سر این دانشگاه کم شود». بیشک این پایان منازعه بر سر دانشگاه آزاد نیست. مجادله دولت نهم با مجموعه دانشگاه آزاد، از آنجا آغاز شد که محمود احمدینژاد طی یک سخنرانی در پاییز سال گذشته، کاهش شهریههای این دانشگاه را خواستار شد.
این داستان اما ادامه پیدا کرد، تا آنجا که اکنون برخی گزارشها حکایت از تلاشهای محمود احمدینژاد برای تحت فشار قرار دادن دانشگاه آزاد از طریق شورای عالی انقلاب فرهنگی دارد. مطابق برخی اخبار و گزارشها، شورای عالی انقلاب فرهنگی با اصرار رئیس جمهوری مصوبهای را تصویب کرده است که براساس آن اعضای هیات موسس دانشگاه آزاد از 4 نفر به 9 نفر افزایش مییابند و 5 نفر جدید را شورای عالی انقلاب فرهنگی تعیین میکند. گفتنی است که پس از ارتحال حاج احمد خمینی یکی از اعضای هیات موسس دانشگاه آزاد، اکنون تعداد آن اعضا به 4 نفر رسیده است که اکبر هاشمی رفسنجانی، عبداله جاسبی، و میرحسین موسوی را شامل میشود.
شهریار مشیری، عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس نیز با تایید تصویب چنین مصوبهای در شورای عالی انقلاب فرهنگی گفته است: زمانی که شورای عالی انقلاب فرهنگی این مصوبه را تصویب کرد اعضای هیات امنای دانشگاه آزاد در دیدار با مقامات ارشد نظام این اقدام را غیرقانونی اعلام کرده و خواستار توقف آن شدند. چرا که هیات موسس به کسانی اطلاق میشود که از ابتدای تاسیس دانشگاه حضور داشته باشند و اضافه کردن افرادی دیگر؛ آن هم دو دهه پس از تاسیس، از عجایب روزگار است.
این نماینده مجلس، بدین ترتیب از لغو آن مصوبه خبر داده و گفته است که هدف نهایی طراحان آن طرح، درمرحله اول «برکناری جاسبی» و در مرحله بعدی «به زیر سیطره دولت در آوردن دانشگاه آزاد» است. پس از این ماجرا اما برخی اخبار نیز حکایت از آن دارد که دو تن از اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی از طرف محمود احمدی نژاد دیداری با هاشمی رفسنجانی، رییس هیات امنای دانشگاه آزاد داشتهاند.
گویا در آن جلسه مقرر شده است که تغییری در هیات موسس دانشگاه آزاد رخ ندهد و در مقابل اما ریاست این دانشگاه، دورهای و محدود شود. هاشمی رفسنجانی نیز روز پنجشنبه در جریان افتتاح چند ساختمان دانشگاه آزاد در اصفهان، درخصوص تغییر و تکمیل هیات موسس دانشگاه آزاد، به فوت سید احمد خمینی یکی از اعضای هیات موسس اشاره کرد و گفت: تصمیم این شده است که ظرفیت هیات موسس را پر و اعضای جدید آن را به شورای عالی انقلاب فرهنگی معرفی کنیم. او همچنین با اشاره به اینکه «مطابق اساسنامه ، هر تغییری در هیات امنای دانشگاه آزاد باید با پیشنهاد هیات موسس و تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی صورت بگیرد»، گفته است: «هیچ نهاد و شخصی حق پیشنهاد برای افزایش ظرفیت هیات موسس دانشگاه آزاد را ندارند.»
هاشمی رفسنجانی در دیدار با اساتید و روسای دانشگاه در اصفهان همچنین گفته است: «امروز شرایط طوری است که به دلیل برخی تخریبها و رقابتها، اطلاعرسانی درباره خدمات دانشگاه آزاد یک ضرورت است»، او با این حال، از آنها خواست که «به برخی اظهارات معدود توجه نکنند» و گفت: «ما هم اگر قرار بود در مقابل این موارد عقبنشینی کنیم، باید به همان اتاق طلبگی برمیگشتیم و یا در روستاهایمان برای مردم مساله میگفتیم.» گفتنی است که دانشگاه آزاد اسلامی در یکم خرداد 1361 یک روز پس از سخنرانی هاشمی رفسنجانی در نماز جمعه تهران که سخنرانیای در تبلیغ آغاز به کار آن بود، اعلام موجودیت کرد.
طرح تشکیل این دانشگاه نیز از آن اکبر هاشمی رفسنجانی است که در اتاقهای حزب جمهوری میان او، عبدالله جاسبی و برخی دیگر مورد بحث قرار گرفته است. او در آن سخنرانی گفته بود که تاسیس دانشگاه آزاد «راهی میشود که ما در سراسر این کشور حداقل در مراکز استانها، دهها مدرسه به سبک طلبهای داشته باشیم... ما میتوانیم در این دانشگاه به جای آنکه بچههایمان را به آمریکا بفرستیم و منحرف کنیم، جوانهای مسلمان را از سراسر جهان جمع کنیم و انقلاب اینگونه صادر میشود.»