شهید سیدمصطفی خمینی، اولین فرزند امام خمینی در 21 آذر 1309 شمسی مطابق با 21 رجب 1349 هجری قمری در قم دیده به جهان گشود. وی ابتدا به مکتبخانه رفت و از 7 سالگی نیز به مدرسه رفت و دوره دبستان را در مدرسههای موحدی و باقریه قم به پایان رساند. 1 سپس به دلیل علاقه شدید به علوم حوزوی قدم در عرصهطلبگی نهاد و وارد حوزه علمیه قم شد. در اثر نبوغ و استعداد فراوان دوران مقدمات، سطح و خارج را به سرعت گذراند و زودتر از زمان معمول و در سن 27 سالگی به درجه اجتهاد نایل آمد.2
اجازه اجتهاد وی از طرف امام خمینی میباشد. 3البته او با وجود کسب درجه اجتهاد، فرصتهای پیش آمده در دوران تبعید در ترکیه و بویژه عراق (نجف اشرف) را برای خوشهچینی از محضر بزرگان و اساتید حوزه مغتنم میشمرد.
شهید سیدمصطفی خمینی در سن 24 سالگی در سال 1335 با معصومه حائری دختر آیتالله العظمی شیخ مرتضی حائری و نوه آیتآلله العظمی شیخعبدالکریم حائری موسس حوزه علمیه قم ازداوج کرد که ثمره آن 4 فرزند بود که نخستین آنها به نام محبوبه در اثر بیماری منژیت درگذشت. دومین فرزند سیدحسین، سومین مریم و چهارمین آنها نیز در اثر هیجانات ناشی از حمله کماندوهای رژیم پهلوی برای دستگیری امام خمینی در 13 آبان 1343 پیش از تولد از بین رفت.4
شهید سیدمصطفی خمینی در عرصه تدریس و تالیف نیز جایگاه ویژهای در میان حوزویان دارد. سابقه تدریس وی به سالهای اولیه تحصیل در حوزه علمیه قم باز میگردد که در اثر نبوغ و مطالعه فراوان، درسهای فراگرفته شده را تدریس میکرد. او در دوران تبعید در نجف اشرف نیز تدریس داشته است. همچنین ایشان دهها عنوان تالیف نیز دارد که مربوط به دوران اقامت در ایران، ترکیه و عراق میباشد.5که در این فرصت کوتاه نمیتوان همه آنها را معرفی کرد.
او در اول آبان 1356 به طرز مشکوکی از دنیا رفت. مرگ او در رشد و گسترش انقلاب اسلامی تاثیر بسزایی داشت.