تلاشهای مستمر مردم کشورهای آسیای مرکزی برای احیا و بازسازی تاریخ خود پس از کسب استقلال از شوروی سابق در سال 1991 میلادی منجر به افزایش علاقمندی آنها به دین شد.
خلاء ایدئولوژیکی بوجود آمده ناشی از حاکمیت 70 ساله شوروی سوسیالیستی بر این کشورها؛ باعث آغاز گسترده تعلیمات دین در سطح سازمانهای رسمی و غیررسمی گردید.
در سالهای 1991 تا 1992 میلادی در وادی "فرغانه" ازبکستان به ویژه در شهر نمنگان، با پشتیبانی مالی سازمانهای دینی برخی کشورهای اسلامی اتحادیههای اسلامی مانند "توبه"، "عدالت" و "سپاهان اسلامی" به وجود آمد.
هدف اصلی آنها تشکیل کشور اسلامی از طریق تغییر قانون اساسی موجود در کشورهای منطقه بود.
گروه "عدالت" در شهر نمنگان در ماه ژانویه سال 1991 میلادی با هدف"حفاظت" از نظر عمومی و مبارزه با جنایتهای خیابانی تشکیل شد.
افراد این گروه تخلفات کوچک از سوی اتباع محلی را شناسایی و آنها را براساس قوانین شریعت مجازات میکردند.
"سپاهان اسلامی" به رهبری "طاهر یولداش اف"که در این زمان در شهر نمنگان تشکیل شده بود از لحاظ روح و برنامه به گروه "عدالت" نزدیک بود.
فعالیت اصلی این گروه تشکیل گردهماییهای عمومی و راهپیماییهای غیرمجاز خیابانی و اشغال ساختمانهای دولتی بود.
"عبدالولی یولداش اف" یکی از رهبران گروه «توبه» بود که در سال 1999 در ناحیه "باتکن" قرقیزستان کشته شد و با کشته شدن وی اهداف اصلی آن آشکار شد.
فعالیت گروه "توبه" در سال 1992 میلادی به حالت مخفی درآمد و فعالان آن ترجیح دادند ازبکستان را ترک و فعالیت خود را به مناطق مرزی انتقال دهند.
در سال 1995 میلادی "نهضت رستاخیز اسلامی" در ازبکستان تشکیل شد، قرارگاه این نهضت اول در پیشاور پاکستان قرار داشت و بعدها به کابل در افغانستان منتقل شد.
در سال 1998 میلادی این سازمان به "نهضت اسلامی ازبکستان" تغییر نام یافت و با عنوان "امیر" به رهبری"طاهر یولداش اف" با نام مستعار محمدطاهر و محمد فاروق در سالهای 1999 و 2000 میلادی با انجام عملیات ضددولتی در تاشکند و چند عملیات مسلحانه در خاک قرقیزستان و ازبکستان خود را معرفی کرد.
در اوایل سال 2001 میلادی اطلاعاتی پخش شد که"نهضت اسلامی ازبکستان" یک حزب جدید افراط گرای دیگری تحت عنوان"نهضت اسلامی ترکستان"را با هدف تشکیل خلافت اسلامی در سرزمینهای آسیای مرکزی و ناحیه خودمختار"سین کیانگ" در ایغورستان چین تشکیل داده است.
مرکز این حزب در شهر"دهدادی" واقع در جنوب مزار شریف مرکز استان بلخ افغانستان تشکیل شد.
رهبران "نهضت اسلامی ترکستان" طاهر یولداش اف"متولد سال 1967 میلادی و"جمعه بای حاجی اف" (جمعه نمنگانی) متولد سال 1969 میلادی بودند.
طاهر یولداش اف قبلا عضو فعال سازمان "توبه" بود وی در سال 1992 میلادی به دلیل ارتکاب عملیات ضددولتی تحت پیگرد قرار گرفته بود.
وی با عبور از تاجیکستان در جنگ داخلی این کشور به عنوان معاون "عبدالله نوری" رییس حزب"نهضت رستاخیز اسلامی تاجیکستان" شرکت کرد و پس از انفجارهای ماه فوریه سال 1999 میلادی در تاشکند خود را به عنوان رهبر سیاسی"نهضت اسلامی ازبکستان" که بعدها به نام "نهضت اسلامی ترکستان" تغییر نام یافت، معرفی کرد.
جمعه نمنگانی رهبر دسته نظامی "نهضت اسلامی ترکستان" نیز از سال 1992 میلادی تحت پیگرد نیروی انتظامی ازبکستان قرار گرفته بود که با عبور از خاک تاجیکستان به "طاهر یولداش اف" پیوست.
نمنگانی در ماه فوریه سال 1993 میلادی دوباره به افغانستان رفت و در اردوگاههای مجاهدان در مناطق"طهار" و"قندوز" آموزش ویژه دید.
دستههای نمنگانی در عملیات جنگی بعد از حوادث 11 سپتامبر 2001 آمریکا به همراه گروه طالبان افغانستان علیه نیروهای آمریکا شرکت کردند و گفته میشود که نمنگانی در این درگیریها کشته شد ولی دلایل مستندی از مرگ وی تاکنون منتشر نشده است.
مقامات امنیتی ازبکستان معتقدند: فعالیت "نهضت اسلامی ترکستان" در زمان حاضر به عنوان یک حزب غیرقانونی از طریق حمایتهای خارجی و قاچاق بینالمللی مواد مخدر در مسیر افغانستان به آسیای مرکزی، روسیه، کشورهای مشترکالمنافع و اروپا تامین میشود.
آنان ازبکهای مقیم خارج از نیز یکی از مهمترین منابع تامین مالی"نهضت اسلامی ترکستان" میدانند که براساس آمارهای رسمی 700 هزار مسلمان از وادی فرغانه ازبکستان در عربستان سعودی و حدود دو میلیون ازبک نیز در افغانستان اقامت دارند.
مسؤلان ازبکستان، فعالیت "نهضت اسلامی ترکستان" و اجرای برنامههای راهبردی رهبران این نهضت را، اشغال مسلحانه مراکز دولتی و تلاش برای تغییر اجباری نظام قانون اساسی در کشورهای آسیای مرکزی عنوان کردهاند.
"نهضت اسلامی ترکستان" صرفنظر از تلفات قابل ملاحظهای که طی عملیات آمریکا و متحدان آن در افغانستان متحمل شد همچنان مانند گذشته به عنوان یک عامل تخریبی برای آمریکا و رهبران کشورهای آسیای مرکزی قلمداد میشود.
بخش عمدهای از نیروهای ماهر و آموزش دیده این نهضت در عملیات جنگی در افغانستان از بین رفت و بخشی نیز عنوان نیروهای طالبان تسلیم نیروهای ائتلاف ضدتروریستی افغانستان شدند.
گفته میشود برخی از آنان نیز در مناطق جنوبی قرقیزستان، ازبکستان و شمال تاجیکستان فعالیت مخفی دارند.
کمیته خدمات امنیتی ازبکستان میگوید: پس از صدور فرمان "اسلام کریم اف" رییسجمهوری این کشور در سال 1999 میلادی در مورد "عفو و بخشودگی اتباع ازبکستان که اشتباها وارد ترکیب گروههای تروریستی شدند" بیش از 600 تن از جنگجویان سابق "نهضت اسلامی ترکستان" به گناه خود اقرار کرده و به ازبکستان بازگشتهاند.
این کمیته معتقد است وابستگان و فرستادگان ویژه "نهضت اسلامی ترکستان" به منطقه آسیای مرکزی، دوباره با کمک مالی "القاعده" اقدامات جذب نیرو و افزایش قدرت جنگی خود را شروع کردهاند.
در گزارش کمیته امنیت ملی ازبکستان تصریح شده است که فرستادگان ویژه "نهضت اسلامی ترکستان"برای فعال کردن فعالیت تخریبی خود در منطقه آسیای مرکزی با سازمانهای دینی و افراطگری از جمله "حزب التحریر" همکاری میکنند.
این کمیته احتمال داده است که گروههای اسلامی در یک اقدام نمایشی و تخریبی عملیاتی علیه اتباع و موسسات آمریکایی مقیم آسیای مرکزی انجام دهند.
کمیته امنیت ملی ازبکستان معتقد است که جنگجویان "نهضت اسلامی ترکستان" با به گروگان گرفتن خارجیان به ویژه آمریکاییان به حرکت ستیزهجویی خود انگیزه سیاسی دهند و خود را در جلو چشم جامعه جهانی به عنوان "مبارزان با ایمان آزادی" معرفی کنند.