بررسی عملکرد گروهک تروریستی نفاق (بخش دوم)

در تیرماه 1358 علاوه بر موضوع سعادتی، مواضع سازمان درباره قانون اساسی و نحوه تدوین آن نیز اعلام شد. گروه‌های جاما (دکتر سامی)، جنبش مسلمانان مبارز (دکتر پیمان)، جنبش (دکتر علی‌اصغر حاج سید‌جوادی) و ساش (سازمان اسلامی شورا) با سازمان ائتلاف رسمی داشتند و برای مجلس خبرگان بررسی نهایی قانون اساسی از تهران کاندیدا معرفی کردند. همزمان، گروه‌هایی از مردم مانع اتمام میتینگ جبهه دموکراتیک ملی (دکتر هدایت متین‌دفتری) در دانشگاه تهران شدند و کار به درگیری کشید. جبهه دموکراتیک به طور غیررسمی موتلف سازمان محسوب می‌شد و در بسیاری از مواضع سیاسی از مجاهدین خلق حمایت و با آنان همراهی می‌کرد.
این میتینگ در اول تیرماه 58 در اعتراض به تشکیل نشدن مجلس موسسان برگزار شد. میتینگ دوم جبهه دموکراتیک ملی در 21 مرداد 58 (با اعلام حمایت سازمان و 4 گروه موتلف آن) نیز با درگیری شدید و به جای ماندن صدها مجروح روبه‌رو شد. این میتینگ به عنوان «اعتراض به اختناق» و با مشارکت فعال تبلیغی و تشکیلاتی سازمان برگزار شد و اولین نمونه گسترده درگیری خشونت‌بار در د‌انشگاه تهران پس از پیروزی انقلاب بود. اندکی قبل در مجیدیه تهران یک انبار بزرگ مهمات متعلق به سازمان چریک‌های فدایی خلق به همراه چندین کارتن جزوه و صدها قبضه کلاشینکف به دست پاسداران افتاد. این موارد برای نشان دادن فضای آن روزها قابل توجه است.
هزاران نفر علیه تحصن و تظاهرات سازمان به نفع سعادتی در شهرری تظاهرات و راهپیمایی کردند. آشکار بود که کم‌کم مقابله ملی مردمی علیه سازمان منافقین شکل می‌گیرد و انرژی اقشار وسیعی از مردم برای رفع اختلافات و درگیری‌های درون کشوری به کار گرفته می‌شود. راهپیمایی وحدت به دعوت اولیه حزب جمهوری اسلامی در 26 تیرماه 1358 در تهران و شهرستان‌ها برگزار شد و تحت تاثیر فضای کشور بسیاری از گروه‌های سیاسی مانند جبهه ملی، حزب ایران، حزب جمهوری خلق مسلمان، حزب توده، جنبش، جاما، نهضت آزادی و حتی سازمان منافقین در این راهپیمایی اعلام شرکت کردند. روز قبل در 25 تیرماه، اولین جلسه دادگاه محمدرضا سعادتی تشکیل شد اما او در جلسه محاکمه حاضر نشد و اعلام شد که اگر مجددا از حضور در دادگاه خودداری کند، غیابی محاکمه خواهد شد.
از اواسط تیرماه هسته‌ها و تیم‌های تبلیغی سازمان در تهران در پیاده‌روها، چهارراه‌ها، اماکن عمومی و حتی در صف بلیت بازی‌های ورزشی اقدام به تبلیغ برای کاندیداهای مجلس خبرگان قانون اساسی می‌کردند. دستور از بالا صادر شده بود که «در تهران همه فعالیت‌ها باید در 20 روز آینده حول تبلیغ کاندیداهای سازمان باشد و از همه مهم‌تر به همه بستگان و آشنایان سفارش کنید حتما به رجوی رای بدهند». به رغم اشتراک کاندیداهای سازمان با بسیاری از گروه‌ها و حمایت تبلیغی مشترک، سازمان با ناکامی انتخاباتی آشکاری مواجه شد و نتوانست نماینده خود را در میان 10 نفر اول به درون مجلس بفرستد.
فاصله آرای بین نفر اول و دهم با نماینده سازمان بسیار زیاد بود: نفر اول آیت‌الله طالقانی بود با 851/016/2 رای – وی نامزد مشترک قریب به اتفاق فهرست‌های انتخاباتی بود و چهره‌ای فراجناحی محسوب می‌شد- و نفر دهم کارگر ناشناخته‌ای بود به نام علی‌محمد عرب که در فهرست حزب جمهوری اسلامی معرفی شده بود و با 136/305/1 رای توانسته بود یک میلیون رای بیشتر از مسعود رجوی- با 707/297 رای- کسب کند. بعد از سخنرانی رجوی در 22/5/58، شایعه حمله به ستاد مجاهدین- که بر اساس تردد چند گشتی کمیته پیرامون ستاد سازمان ساخته شده بود- در بین هواداران اوج گرفت و در این‌باره اعلامیه‌ای گزارش‌گونه و تحریک‌آمیز صادر شد. در 24 مردادماه 58 خبرنگار جمهوری اسلامی برای تحقیق حول این شایعه بعد از تماس با پاسداران کمیته به ستاد مجاهدین رفت ولی هیچ مدرک یا گزارش مستندی برای اثبات ادعای سازمان به وی ارائه نشد و رابط مطبوعاتی سازمان فقط به همان اعلامیه صادره قبلی استناد کرد.
نشریه «مجاهد» از 29 مردادماه 58 تا 23 مهرماه 58 توسط سازمان تعطیل شد و این تعطیلی در اعتراض به خفقان و مبارزه علیه ارتجاع خوانده شد. این اقدام و موارد مشابه به همراه تحلیل‌های درون‌گروهی علیه امام خمینی و روحانیت، موجب احساس بدبینی اعضا و سمپات‌ها نسبت به رهبری انقلاب می‌شد. در 29 مردادماه دادستان دادسرای انقلاب ‌اسلامی طی اطلاعیه‌ای حکم خلع‌سلاح گروه‌هایی را صادر کرد که در جریان انقلاب و حمله به پادگان‌ها و اماکن نظامی اقدام به جمع‌آوری تسلیحات کرده بودند.
کمیته‌ مرکزی پس از صدور این حکم با محاصره ساختمان مرکزی جنبش ملی مجاهدین به خلع‌سلاح آنها اقدام کرد که پس از مذاکره با نمایندگان جنبش، تحویل ساختمان مذکور و خلع‌‌سلاح، منوط به مذاکره با مقامات دولت و دادستانی انقلاب شد. لازم به توضیح است که با شرایط نظامی کردستان و ورود ارتش و سپاه برای جلوگیری از افزایش هرج و مرج، دادستان انقلاب اقدام به خلع‌سلاح گروه‌هایی کرد که به‌طور آشکار و پنهان در اغتشاشات کردستان نقش داشتند. در این روزها اخبار غیر‌رسمی نقل و انتقال تسلیحات توسط گروه‌های سیاسی – نظامی بشدت افکار عمومی را تحت تاثیر قرار داده بود.
طی یک برآورد می‌توان دریافت که در خرداد و تیر 1358 تهاجم سازمان به شکل سیاسی و تبلیغی، در تهران و شهرستان‌ها نمود بارزی‌ داشت. موضع‌گیری حضرت امام‌خمینی در قبال مطبوعاتی که در مسیر انقلاب سنگ می‌انداختند، هشدار ایشان به تفرقه‌افکنان و گروه‌هایی که برخلاف خواست ملت موجب نزاع و درگیری می‌شدند، راهپیمایی وحدت، شکل‌گیری تشکل‌های مردمی برای مقابله با گروه‌های شورشگر و موفقیت‌های نیروهای انقلاب در مقابله با تجزیه‌طلبان و اغتشاشگران در کردستان همگی باعث شدند که سازمان منافقین– در مرداد و شهریور همان سال - به مظلوم‌نمایی روی آورد، موضع دفاعی بگیرد و نشریه مجاهد را برای مدتی تعطیل کند. نشریه مجاهد – قبل از تعطیلی موقت – برای بهبود تصویر سازمان در افکار عمومی طی مطلبی در بخش ثابت نشریه تحت عنوان «مردم و مجاهدین» گوشزد می‌کند که «کسانی که خود را مجاهد معرفی می‌کنند و دست به سرقت بانک می‌زنند از ما نیستند، کسانی که تریاک می‌کشند از ما نیستند و زنان سبکسری که خود را از مجاهدین می‌دانند از ما نبوده و این توطئه‌هایی است علیه ما.»
چاپ این مطلب در حالی است که دستگیری چند چریک فدایی در مهرماه به علت آتش‌سوزی خرمن‌ها و افشای توطئه‌های آشوبگرانه گروه‌های مارکسیست‌ توسط مطبوعات و انتشار چند جزوه درباره مسائل ضداخلاقی گروه‌های سیاسی، جو افکار عمومی را در شهریور و مهرماه 1358 علیه گروه‌ها تغییر داده بود. اما از ابتدای مهر ماه 58 همزمان با باز شدن مدارس، فعالیت‌ جذب دانش‌آموزان شدت پیدا کرد و سازمان جهت تقویت پایگاه اجتماعی برای اجرای نمایش قدرت، با سرمایه‌گذاری بیشتری رو به مدارس آورد و به عنوان نمونه، در تهران در چندین مدرسه و دبیرستان شروع به جذب نیرو کرد: در هر مدرسه بیش از 3 الی 4 نفر نبود. در این مرحله سازماندهی دانش‌آموزی منافقین، تهران به 4 منطقه مرکز، شرق، جنوب و شمال تقسیم شد و هر منطقه دارای چند مدرسه بود. در راس هر منطقه یکی از اعضای قدیمی منافقین قرار داشت.
پیام‌ رجوی به دانش‌آموزان در 26 شهریور‌ماه 58 که مفصل‌تر و تشکیلاتی‌تر از پیام سازمان به مناسبت بازگشایی مدارس در 29 بهمن 57 بود، با برجسته کردن نقش شخص‌ رجوی برای مخاطبان دانش‌آموز، توجه بیشتر به جذب این قشر را آشکار ساخت. ترکیب سازماندهی، تشکیلات و اهمیت نهاد دانش‌آموزی و سپس دانشجویی، موید این تحلیل است که سازمان برخلاف نماد ایدئولوژیکش (در آرم سازمان، داس و چکش) برای جذب و به کارگیری دانش‌آموزان و دانشجویان بیشترین تلاش را کرد. به‌طوری که عملا هم بیشترین تلاش برای اجرای اهداف سیاسی سازمان از سوی هواداران دانش‌آموز و دانشجو بوده است. کارگران، بیکاران، کارمندان، روستاییان و طبقه متوسط شهری کمیت ناچیزی را در بین هواداران سازمان تشکیل می‌دادند و در جبهه مقابل، مخالفان سازمان، یعنی هوادارن نظام، علاوه بر قشر دانش‌آموز و دانشجو، همه اقشار متنوع جامعه را دربر می‌گرفت.
تهاجم‌های بعد از تسخیر سفارت آمریکا
بعد از تسخیر سفارت آمریکا در تهران در 13 آبان 1358 توسط دانشجویان پیرو خط امام، هواداران سازمان با انجام تظاهرات مقطعی در ضدیت با آمریکا و راه‌اندازی بحث‌های خیابانی که به مشاجره ختم می‌شد، می‌کوشیدند انفعال و عقب‌ماندگی استراتژیک سازمان را که بشدت مدعی پیشتازی در شعارهای ضدامپریالیستی بود، جبران کنند و حتی‌الامکان از نظر تبلیغ موضوع را به نفع خود مصادره کنند. اقدامات هیاهوگرانه سازمان برای تظاهر به هدایت و کنترل جریانی که هیچ نقشی در تکوین آن نداشت، برانگیختگی و اعتراض نیروهای مذهبی پیرو خط امام و مردم را در پی می‌داشت و همین امر موجب درگیری‌هایی در خیابان‌های اطراف لانه جاسوسی می‌شد. بعد از تسخیر سفارت آمریکا تعدادی از هواداران سازمان در تصرف ساختمان‌های کنسولگری‌های تعطیل شده آمریکا در اصفهان و تبریز مشارکت کردند که دانشجویان پیرو خط امام اقدام به بیرون کردن آنها کردند.
از سوی دیگر سازمان در جلب مخاطبان ایدئولوژیک خود (کارگران و کشاورزان) با ناکامی‌های جدی مواجه شد. براساس اسناد تشکیلات در طول 6 ماه کار تبلیغی در کارخانجات تهران – از خرداد تا آذر 1358– تعداد بسیار کمی از کارگران جذب سازمان شدند و سازماندهی بخش کارگری نتوانست کمیت هواداران را ارتقا دهد. در طول همین مدت که نقطه عطف تبلیغات اجتماعی سازمان بود، روستاییان و عشایر نیز جواب مثبتی به درخواست‌های سازمان ندادند و با آنکه مقالات روستایی در نشریه مجاهد حجم قابل توجهی را به خود اختصاص داده بود و حتی سرکشی و راه‌اندازی اردوهای روستایی در برنامه کار سازمان قرار گرفته بود، این تبلیغات شکست خورد.
براساس اعلامیه سیاسی- نظامی شماره 23 مورخه 2 آذرماه 1358، شاخه میلیشیا (چریک نیمه‌وقت) در سازمان تشکیل شد. سازمان برای توجیه مسلح باقی ماندن خود به بهانه تهدیدات آمریکا، هدف از تشکیل این ارتش کوچک خصوصی را مقابله با آمریکا اعلام کرد. در قسمتی از این اطلاعیه با اشاره به تحولات سیاسی- نظامی روز و ادعای قرار داشتن تحت فرماندهی عالی «امام خمینی»، ابراز امیدواری می‌شد که در راه تشکیل «میلیشیا»، سازمان از همه‌گونه مساعدت و همکاری ارتش و سپاه برخوردار باشد.
در 11 آذرماه 58 رفراندوم قانون اساسی انجام گرفت و سازمان در مخالفتی آشکار با موضع امام خمینی به قانون اساسی مصوب مجلس خبرگان رای نداد. حتی مهندس بازرگان که فردای تسخیر سفارت آمریکا از نخست‌وزیری استعفا داد و مواضع انتقادی در قبال تحولات سیاسی کشور ابراز می‌کرد از مردم درخواست کرد که «به قانون اساسی رای مثبت بدهید» و «جنبش مسلمانان مبارز» یکی از گروه‌های موتلف سازمان نیز در انتخابات شرکت کرد و به قانون اساسی رای مثبت داد. به دنبال رای منفی سازمان، اخباری حاکی از درگیری هواداران سازمان با اقشار مردم پخش می‌شد و شایعاتی مبنی بر قصد حمله سازمان به حوزه‌های انتخاباتی بین مردم رواج یافت. سازمان طی اطلاعیه‌ای ضمن ادعای «حمایت و جانبازی خالصانه خود از مواضع و خطوط ضدامپریالیستی امام خمینی» هرگونه اخلال احتمالی در رفراندوم قانون اساسی را محکوم کرد.
در مراسمی که به مناسبت 16 آذر برگزار شد، درگیری مختصری میان مردم عادی و هواداران سازمان در اطراف دانشگاه تهران به وجود آمد. در همین ماه درگیری حول موضوع ساختمان‌هایی که سازمان باید طبق حکم دادستانی آنها را تخلیه کند، ادامه داشت. مردم گاه و بیگاه از اقشار مختلف در اطراف ساختمان‌های سازمان تجمع می‌کردند و خواستار تغییر موضع آنها یا تخلیه اماکن می‌شدند. سازمان این افراد را صریحا عروسک‌های کوکی ارتجاع می‌نامید: «تضاد ما با مرتجعین یک تضاد تاریخی است با تمام ابعادش؛ جنگی است بین نیروهای خواهان استثمار و نیروهای نفی کننده هر نوع بهره‌کشی انسان از انسان.» محمدرضا سعادتی که از اردیبهشت‌ماه 58 در زندان به سر می‌برد طی نامه‌ای در چارچوب تبلیغات تشکیلاتی، مخالفان سازمان را مطابق ادبیات رسمی مجاهدین خلق، چماقدار توصیف کرد. تاکید و تکرار مستمر و گسترده واژه «چماقدار» در تبلیغات سازمان، آشکارا تحریک‌آمیز بود و گرایش شورشگرانه را دامن می‌زد.
انتخابات ریاست‌جمهوری
در دی‌ماه 58 رجوی برای ریاست جمهوری نامزد شد. این زمان اوج تبلیغات سازمان در اشکال گوناگون، مانند راهپیمایی و چسباندن پوستر بر دیوارهای شهر و راه‌اندازی سخنرانی است. این تبلیغات که در مباحثه‌های خیابانی با فحاشی به مخالفان سازمان همراه بود به درگیری‌های پراکنده تبدیل می‌شد. نمونه‌ای از مباحثه‌های خیابانی ساختگی توسط یکی از اعضای سازمان، اینگونه شرح داده شده است: خط ما در تبلیغات ریاست جمهوری رجوی، افشای ارتجاع در کار توضیحی خیابانی بود.
یکی از افراد تیم به عنوان مخالف و یکی دیگر به عنوان موافق در خیابان به مباحثه می‌پرداختند و شکل کار را با عادی‌سازی خوبی آرایش می‌دادیم. مردم کم‌کم جمع می‌شدند و طرف مخالف محکوم می‌شد و سپس طرف مخالف با فحاشی و توهین سعی می‌کرد مخالفان سازمان را افرادی بی‌سواد، هوچی و لمپن معرفی کند. در این موقعیت، افزایش غلظت تشنج‌های اجتماعی با راهکارهای زیر در دستور کار سازمان قرار گرفت:
1- بهره‌گیری از فرصت‌ها برای تشدید تضادهای اجتماعی
2- ارائه شعارهای تند رادیکالیستی برای امور اقتصادی- سیاسی کشور
3- مظلوم‌نمایی در درگیری‌های خیابانی برای افزایش احساس ترحم نسبت به سازمان
4- درونی کردن احساس تنفر در سمپاتیزان‌ها و هواداران برای حرکت‌های تند اجتماعی در آینده.
در روز 20 دی‌ماه 58، رجوی و خیابانی برای تبلیغات ریاست جمهوری در میتینگ انتخابات دانشگاه تهران سخنرانی کردند. «در این سخنرانی، گروهی ضمن دادن شعارهایی با اجتماع هواداران مجاهدین خلق به مخالفت برخاستند، اما هیچگونه اتفاقی نیفتاد». نشریه سازمان فهرست مفصلی از حمایت کانون‌ها، جمعیت‌ها، احزاب و فعالان سیاسی برای شرکت در انتخابات ریاست جمهوری به نفع کاندیدای سازمان به چاپ رساند که بیش از 400 گروه، کانون، حزب و شخص را شامل می‌شد.
جز افراد و گروه‌‌های شناخته شده چپگرا و حامی سازمان مانند جبهه دموکراتیک‌ ملی، حزب دموکرات کردستان و سازمان کومله، چریک‌های فدایی خلق و تعداد زیادی از اعضای کانون نویسندگان، بسیاری از نام‌های گروه‌ها اصلا وجود خارجی نداشتند و نام‌های چندین کانون را هم اعضای تشکیلات خودشان ساخته و از شهرستان‌ها به تهران ارسال کرده‌اند: «ما به صورت تلفنی از مسؤولان شهرستان‌ها می‌خواستیم فهرست بلندبالایی را تحت عناوین مختلف تهیه کنند و بفرستند، مثلا عنوان‌های این‌طوری: انجمن جوانان مسلمان گزمک، انجمن جوانان مسلمان طوس، انجمن جوانان مسلمان بندر ماهشهر، انجمن جوانان مسلمان تربت جام یا بدین صورت، جوانان مسلمان اسپه کلا، جوانان مسلمان رشکلا، جوانان مسلمان پارس‌آباد مغان، جوانان مسلمان سبزه میدان، جوانان مسلمان مشکین شهر... و سعی می‌کردیم عناوین مثل هم نباشند و گاف ندهیم.»
سرانجام در شرایطی که کاندیدای اصلی حزب جمهوری اسلامی به دلیل شبهه در ایرانی‌الاصل بودن او با نظر امام خمینی از انتخابات کناره‌گیری کرد، به علت آنکه سازمان به قانون اساسی رای نداده بود و اعلام نظر امام مبنی بر اینکه «کسانی که رای ندادند، نمی‌توانند کاندیدا شوند»، رجوی به ناچار از کاندیداتوری کناره گرفت. نشریه مجاهد طی گزارش‌های غالبا نادرست و ساختگی مدعی شد که بعد از نامزدی ریاست جمهوری رجوی «حمله سراسری ارتجاع به مراکز و هواداران مجاهدین خلق» صورت گرفته است. نحوه تنظیم این گزارش‌ها که توسط اعضا و هواداران تشکیلاتی سازمان تهیه می‌شد به گونه‌ای بود که نهادهای انقلابی و هواداران نیروهای پیرو خط امام متهم به دست داشتن در اینگونه حملات ادعایی می‌شدند. سازمان آشکارا تلاش می‌کرد از موضوع انتخابات نیز زمینه‌ای برای افزایش تنفر و کینه‌توزی هواداران علیه نظام فراهم سازد.
سیدابوالحسن بنی‌صدر مطرح‌ترین کاندیدای ریاست جمهوری، بعد از کناره‌گیری کاندیدای سازمان اعلام کرد که رجوی دارای پایگاه مردمی بوده و با کنار گذاردن او مخالف بوده است. موضع‌گیری جانبدارانه بنی‌صدر در آن زمان، تلاش آشکاری برای جلب حمایت سازمان و آرای هواداران آن به شمار می‌رفت. در واقع اولین طلیعه تعامل بنی‌صدر و رجوی با این موضع‌گیری ظاهر شد. فعالیت واحدهای میلیشیا طی دوره تبلیغات ریاست جمهوری افزایش یافت. افراد دانش‌آموز اکثریت اعضای این واحدهای سازماندهی شده را تشکیل می‌دادند. از دی‌ماه 58، میلیشیا به عنوان اهرمی در خدمت تاکتیک‌های تبلیغی و ماموریت‌های اجتماعی برای برهم زدن نظم اجتماعی بعضی محلات تهران و شهرستان‌ها به کار رفت و درگیری‌هایی، کم و بیش در تهران و شهرستان‌ها به وجود می‌آورد.
انتخابات مجلس
در بهمن و اسفند 58 سازمان درگیر تبلیغات برای انتخابات اولین دوره مجلس شورای اسلامی شد. سازمان برای تبلیغ کاندیداها میزگرد و سخنرانی راه می‌انداخت و پوسترهایش را توسط میلیشیا در خیابان‌ها و چهارراه‌ها پخش و توزیع می‌کرد و شور احساسات سازمانی را برای جبران شکست کاندیداتوری رجوی در ریاست جمهوری برمی‌انگیخت. در این میان اغلب مردم که عموما از اقشار مستضعف بودند و مخاطبان سخنرانی‌های انتقادی مساجد درباره عملکرد و وضعیت سازمان بودند، اقبالی به سازمان نشان نمی‌دادند. سازمان به عدم موفقیت در جذب مردم اینگونه اذعان و آن را توجیه می‌کرد: بخش عظیمی از توده‌ها نیز با کسب آگاهی‌های نسبی چشم از نهادهای ارتجاعی برتافته‌اند ولی هنوز نتوانسته‌اند راه‌حل قاطع و انقلابی نوین را بپذیرند. این وظیفه نیروهای انقلابی است که... به توده‌های مردم نشان دهند... چه جبهه‌ای صلاحیت حل مشکلات میهن را دارد؟
جمله «چه جبهه‌ای صلاحیت حل مشکلات میهن را دارد؟» موید آرزوی برنیاورده کسب محبوبیت اجتماعی از طریق تاکتیک‌هایی مثل قدرت‌نمایی و مظلوم‌گرایی توامان بود. رجوی به بهانه واکنش در مقابل حملات مشکوک به برخی دفاتر سازمان، در میتینگ همراه با درگیری دانشگاه تهران، در دهم بهمن 58 با تظاهر و تاکید به حمایت و اطاعت از امام خمینی و مظلوم‌نمایی افراد سازمان اینگونه زبان به تهدید گشود: بگذارید تاکید بکنیم، وای به روزی که تصمیم بگیریم مشت را با مشت و گلوله را با گلوله پاسخ دهیم. آن وقت خودتان پشیمان خواهید شد.
در دوم اسفندماه 1358 در میتینگ انتخاباتی دانشگاه تهران، بین اعضا و هواداران سازمان با افراد مختلف درگیری روی داد. موارد مشابه این درگیری‌ها همزمان در چند شهر کشور به بهانه اجتماعات اعتراضی علیه «دو مرحله‌ای شدن» انتخابات مجلس توسط سازمان رخ می‌دادند. در درگیری‌ها از سلاح سرد نیز استفاده می‌شد ولی در بیشتر برخوردها از مشت و لگد استفاده می‌شد. افراد میلیشیا که آموزش رزمی و نظامی دیده و تشکیلاتی عمل می‌کردند در درگیری‌ها مخالفان را مورد ضرب و شتم بیشتری قرار می‌دادند. در عین حال در روزنامه مجاهد مظلوم‌نمایی، خط مستمر تبلیغی بود و عکس‌هایی از مجروحان و مضروبان ادعایی سازمان چاپ می‌شد که با پانسمان‌های مختصر مشابه هم بودند.
در نیمه اسفندماه شهرهای سبزوار، اصفهان، کرج، آبادان، گرگان، قائم‌شهر، تهران و شیراز به آشوب کشیده شد. درگیری‌ها کشور را به تشنج کشانیده و همه ارگان‌ها، شخصیت‌ها، ریاست جمهوری و مطبوعات علیه درگیری‌ها اعلام موضع می‌کردند. حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی، سرپرست وزارت کشور، ضمن تقبیح شدید درگیری‌ها در اجتماعات سازمان به اعضای سازمان و مخالفان آن توصیه کرد اعتراضات خود را از طریق مقامات قانونی و قضایی طرح کنند و از حضور در درگیری‌ها اجتناب کنند. وی خطاب به سازمان و مخالفان آن گفت: مجاهدین خلق در راهپیمایی‌ها و سخنرانی‌ها سعی کنند به نظریات گروه‌های دیگر و مقامات مسؤول اهانت نشود تا موجب تحریک مردم و رویارویی با سایر گروه‌ها نشود... مردم نیز با متانت، فرصت برای گروه‌های سیاسی به منظور ابراز نظراتشان قائل باشند...
مردم نباید به اجتماعاتی که به طور قانونی ترتیب یافته است، حمله کنند. مهدی ابریشمچی در مصاحبه مطبوعاتی به نمایندگی از سازمان نسبت به افزایش واکنش خشونت‌بار هواداران سازمان در آینده هشدار داده، گفت: «این اخطار است نه تهدید که ما نمی‌توانیم کنترلمان [بر هواداران] را برای مدت زیادی ادامه بدهیم». موسی خیابانی نیز در همان مصاحبه در ادامه تهدید قبلی ضمن متهم کردن مقامات به اینکه عملا بر حملات مخالفان مهر تایید زده، تاکید کرد: «من از روی احساس مسؤولیت و نه تهدید می‌گویم که توان کنترل ما نامحدود نیست و امکان دارد که ما آنها [هواداران] را نتوانیم برای مدت زیادی کنترل کنیم».
این اظهارات با تصریح به کلمات «تهدید و خشونت» و تظاهر به اجتناب از آن، آشکارا زمینه‌سازی برای توجیه افزایش خشونت‌های رفتاری هواداران سازمان بود و همزمان با ادعای مظلومیت، قدرت‌نمایی در برابر مسؤولان نیز به شمار می‌رفت. گروه‌ها و فعالان و مسؤولان سیاسی مواضع روشنی در محکومیت درگیری‌ها ابراز می‌کردند از جمله: حزب جمهوری اسلامی: حزب ما درگیری و حمله به گروه‌ها را محکوم می‌کند. حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی: درگیری و برخورد در اجتماعات در مجموع به سود دشمن است.
در بهمن و اسفند 58، پیش از برگزاری انتخابات نخستین دوره مجلس، سازمان با موضع‌گیری شدید در مخالفت با دومرحله‌ای شدن انتخابات، تبلیغات و میتینگ‌های انتخاباتی را به گونه تحریک‌آمیز و همراه با تشنج و درگیری برگزار می‌کرد. دومرحله‌ای بودن انتخابات، که نام‌گذاری جهت‌دار مخالفان بود به مصوبه شورای انقلاب درباره انتخابات اطلاق می‌شد که براساس آن هرکاندیدا باید حائز «اکثریت مطلق آرا» (50 درصد به علاوه یک) بشود و در غیر این صورت انتخابات بین 2 برابر تعداد حائزان بیشترین آرا تجدید می‌شد که در مرحله دوم اکثریت نسبی ملاک قرار می‌گرفت.
حسن یوسفی اشکوری در این باره می‌نویسد: طبق مصوبه شورای انقلاب که هنوز نقش قوه مقننه را ایفا می‌کرد، انتخابات دو مرحله‌ای اعلام شد. این امر موجب ظهور اختلاف نظری جدی شد. کسانی از آن دفاع می‌کردند و آن را سالم‌تر و صحیح‌تر می‌دانستند و در مقابل، کسانی و گروه‌هایی آن را مغایر با دموکراسی و آزادی می‌شمردند... شورای انقلاب، حزب جمهوری اسلامی و در مجموع غالب شخصیت‌ها و جریان‌های خط امامی، از آن دفاع و حمایت می‌کردند و نیروهای ملی و رادیکال غیرخط امامی در جبهه مخالف دومرحله‌ای شدن انتخابات قرار داشتند. از جمله بنی‌صدر، جبهه ملی، سازمان مجاهدین [خلق] و شماری از رجال سیاسی آن روز مخالفت خود را اعلام کردند. در بین گروه‌های مخالف انتخابات دومرحله‌ای، احزاب و گروه‌هایی مانند جاما، جنبش مسلمانان مبارز، گروه انتخاباتی همنام [ائتلاف انتخاباتی با محوریت سران نهضت آزادی]، حزب توده، سازمان چریک‌های فدایی خلق و جبهه دموکراتیک ملی نیز قرار داشتند که در کنار مجاهدین خلق و بنی‌صدر یک ائتلاف نانوشته و غیررسمی را شکل داده بودند.
سازمان نخستین گروهی بود که به موضع‌گیری علیه قانون مزبور پرداخت و با انتشار اطلاعیه‌هایی عملا پیش‌قراول این جریان شده بود. موسی خیابانی به عنوان یکی از اعضای کادر مرکزی با تاکید بر اینکه مخالفت با دومرحله‌ای شدن انتخابات یکی از مواد «قطعنامه سراسری» اجتماعات سازمان است، در مورد انگیزه تصویب قانون فوق گفت: «قصد دارند به این وسیله جلوی ورود نیروهای انقلابی و مترقی را به مجلس بگیرند». علی‌اکبر معین‌فر، وزیر نفت و عضو شورای انقلاب، در دفاع از مصوبه شورا چنین اظهارنظر کرد: دومرحله‌ای شدن انتخابات، اعتبار و وزن بیشتری به [آرای] مردم می‌دهد و به دموکراسی واقعی هم نزدیک‌تر است... فرصت بیشتری به مردم می‌دهد و آنها که اکثریت واقعی دارند انتخاب می‌شوند.
معین‌فر درباره مخالفان این قانون گفت: «کسانی که احساس می‌کنند در انتخابات دور اول و دوم قادر نیستند آرای قابل توجهی به دست آورند کوشش می‌کنند از تفرق آرا‌ و اختلافی که بین مردم هست استفاده کرده و به مجلس راه یابند». دکتر شیبانی، وزیر کشاورزی و عضو شورای انقلاب‌ نیز تاکید کرد: «کسی که رای داشته باشد از دو‌مرحله‌ای بودن [انتخابات] مجلس وحشتی ندارد». آیت‌الله دکتر بهشتی، دبیر شورای انقلاب و رئیس دیوانعالی کشور، درباره دلیل این مصوبه چنین اعلام داشت: «این تصمیم به آن جهت گرفته شده که نمایندگان مجلس شورای اسلامی تجلی اکثریت واقعی ملت باشند تا تصمیمات و مصوبات آنها حکم تصمیم و تصویب اکثریت ملت تلقی شود».
حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی، عضو شورای انقلاب، طی نامه‌ای به روزنامه کیهان که در آن زمان از مخالفان دو‌مرحله‌ای بودن انتخابات بود و از مواضع سازمان دفاع می‌کرد، نسبت به مشی جانبدارانه این روزنامه انتقاد کرده و ضمن عنوان اسامی برخی شخصیت‌های موافق مصوبه شورای انقلاب که در کیهان بیان نشده یا خلاف آن آمده تاکید کرد: «مهندس بازرگان [عضو شورای انقلاب] در شمار موافقان اکثریت مطلق [دو‌مرحله‌ای بودن انتخابات] است».
برخی از دوستان و همفکران بازرگان مانند عزت‌الله سحابی و محمدمهدی جعفری از مخالفان بودند و ابراهیم یزدی نیز به عنوان نماینده ائتلاف انتخاباتی «همنام» در مناظره‌ای پیرامون انتخابات، با مصوبه شورای انقلاب مخالفت کرد. همچنین در یک مناظره تلویزیونی با حضور 2 نماینده از سازمان مجاهدین خلق (علی زرکش و مهدی خدایی‌صفت) و یک نماینده «جاما» به عنوان مخالفان و آیت‌الله دکتر بهشتی نماینده شورای انقلاب و 2 تن از سوی حزب جمهوری اسلامی و سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی به عنوان موافقان، به تفصیل‌ دیدگاه‌های موافق و مخالف مورد بحث و بررسی قرار گرفت.
با وجود فضای مناسب در مطبوعات، مساجد و دانشگاه‌ها برای طرح نظریات مخالفان و موافقان و برگزاری چند مناظره بین نمایندگان گروه‌های سیاسی و مسؤولان رسمی، سازمان با برگزاری اجتماعات مختلف در شهرها و ایجاد فضای تحریک و تشنج، تلاش آشکاری را صورت داد تا ضمن محک زدن توان به کارگیری هواداران، از اهرم فشار اجتماعی برای پیشبرد نظریات خود بهره‌گیری کند.
در عرصه تبلیغات انتخاباتی، تقریبا تمام گروه‌های مهم چپگرا و ناسیونالیست به کمک سازمان شتافتند و از کاندیداهای آن حمایت کردند. از جمله گروه‌های چریک‌های فدایی خلق، گروه تروتسکیست راه کارگر، حزب توده، جبهه دموکراتیک ملی و جنبش مسلمانان مبارز، کاندیداهای سازمان بویژه مسعود رجوی را در فهرست‌های انتخاباتی مورد حمایت خود قرار دادند. سازمان پیکار در راه آزادی طبقه کارگر که پس از کودتای خونین تغییر ایدئولوژی در سازمان به وجود آمده بود و در اسناد رسمی سازمان پس از انقلاب با عنوان «اپورتونیست‌های چپ‌نما» خوانده می‌شود نیز طی اطلاعیه‌ انتخاباتی خود، 11نفر از فهرست انتخاباتی سازمان مجاهدین خلق را که در راس آنها رجوی بود مورد حمایت قرار داد.
یوسفی اشکوری نتیجه انتخابات را اینگونه ترسیم کرده است: «با وجود اینکه تقریبا تمام گروه‌های سیاسی (حتی حزب توده و چریک‌های فدایی خلق و...) کاندیدا داشتند و تبلیغات گسترده‌ای نیز انجام داده بودند، اما کاندیداهای طیف حزب جمهوری [اسلامی] و به اصطلاح «خط امامی» اکثریت مطلق یافتند. در مرحله اول 97 نفر از 270 نماینده (از جمله 18 نفر از 30 نفر در تهران که یکی از آنان مهندس بازرگان بود)، اکثریت مطلق را کسب کردند. این برگزیدگان از نظر گرایش فکری و سیاسی، غالبا وابسته به جناح انقلابی از نوع خط امامی بودند».
در مرحله اول انتخابات مجلس در تهران، کسی از سازمان انتخاب نشد و درگیری‌هایی بین‌ مردم و سازمان در زنجان، خراسان، خمین، آبادان، بابلسر، کرمان و اراک به وجود آمد. اینها همه در حالی بود که تجاوز نظامی آمریکا به بهانه نجات گروگان‌های آمریکایی در طبس افکار عمومی را بیش از گذشته علیه نیروهای مخالف چپ و مجاهدین خلق برانگیخته بود. نشریه سازمان چند مورد درگیری با هواداران در شهرستان‌ها را که عموما مربوط به فروردین‌ماه 59 بود، گزارش کرد. سازمان هیچ علاقه‌ای به کاهش تشنج و آشوب نداشت. سازمان، دولت و نظام و شخصیت‌های مذهبی را عامل تهاجم معرفی می‌کرد، حال آنکه مسؤولان و نظام مخالفت خود را با درگیری و تشنج اعلام کرده بودند. جای این سوال هست که آشوب‌ها بیشتر به نفع کدام گروه بود؛ دولت یا سازمان؟
بعد از تشکیل واحدهای میلیشیا (چریک نیمه‌وقت) و افزایش قدرت مانور اجتماعی سازمان، دسته‌های میلیشیا در مقاطع مختلف در آذر، بهمن و اسفند 58 و نیز در فروردین 1359 اقدام به رژه کردند. در درگیری‌ها، در مقابل این دستجات سازماندهی شده، گروه‌های مردمی فاقد تشکیلات بودند و این نشان از عدم دخالت یک سازمان منظم یا حزب تشکیلاتی در اقدامات عکس‌العملی گروه‌های مختلف مردم داشت. در 2 ماه اول 59، سازمان پس از مرحله اول انتخابات، خود را برای شرکت در مرحله دوم آماده می‌ساخت. تعداد 27 نفر از کاندیداهای سازمان در 22شهر کشور به مرحله دوم انتخابات راه یافتند. در تهران مسعود رجوی تنها کاندیدای سازمان در مرحله دوم بود که برای سازمان در صورت موفقیت، به مثابه پیروزی در کل انتخابات بود.
شیوه‌ها و تاکتیک‌های اجتماعی و تبلیغی سازمان بر رجوی متمرکز شد. حزب توده و چریک‌های فدایی خلق از کاندیداهای مجاهدین خلق و شخص رجوی اعلام حمایت کردند. مهم‌ترین اقدام سیاسی و تبلیغی در این مقطع که کاملاً با موارد پیشین متفاوت و متمایز بود، حمایت مهندس مهدی بازرگان، دبیرکل نهضت آزادی که در مرحله اول به مجلس راه یافته بود از کاندیداتوری رجوی بود. کیهان در این باره چنین نوشت: مهندس بازرگان نخستین نخست‌وزیر جمهوری اسلامی و عضو شورای انقلاب طی نامه‌ای خطاب به مردم از آنها خواست به مسعود رجوی رای بدهند که انتقادات زیادی را برانگیخت.
مهندس بازرگان اطلاعیه دومی هم در توضیح اطلاعیه اول خویش صادر کرد که در آن ضمن تاکید بر انگیزه خودش برای «تامین وحدت و آرامش» و با اشاره به «سوءتفاهماتی» که به وجود آمده بود، چنین نوشت: در آن اطلاعیه راجع به هیچ گروه سیاسی نفیا یا اثباتا تایید به میان نیامده و همچنین گفته نشده است به کسی رای بدهید یا ندهید... بگذاریم گروه‌های اقلیت سیاسی قانونی به تناسب جمعیت و طرفدارانشان نماینده‌ای به مجلس بفرستند... . با این اطلاعیه، به‌رغم کاربرد تبلیغی موضع‌گیری قبلی بازرگان، تلاش شد تا انتقادات موجود قدری پاسخ داده شود ولی آشکار بود که اگر قصد وی فقط ابراز امیدواری درباره انتخاب نماینده سازمان به تناسب آرای طرفداران آن ‌بود، دیگر نیازی به صدور آن اطلاعیه‌ها نبود، زیرا به طور طبیعی در صورت احراز اکثریت نسبی در مرحله دوم این اتفاق رخ می‌داد.
اعلامیه توضیحی فوق، در عمل چیزی از بار تبلیغی اقدام به سود رجوی نکاست و در نشریه مجاهد و تراکت‌های تبلیغی، اطلاعیه مهندس بازرگان در حمایت از کاندیدای سازمان انتشار می‌یافت. احمد صدرحاج سیدجوادی، عضو شورای مرکزی نهضت آزادی که در دوران مسؤولیتش بر وزارت کشور، یزدان حاج‌حمزه از مرتبطان و کاندیدای بعدی سازمان در انتخابات را به‌عنوان معاون منصوب کرده بود و 2 فرزندش از اعضای مهم سازمان بودند و برادرش جزو موتلفین و هواداران شناخته شده رجوی و سازمان محسوب می‌شد‌ نیز در اطلاعیه مستقلی مسعود رجوی را از «چهره‌های مبارز و انقلابی» برشمرد و انتخاب وی و چند کاندیدای دیگر را توصیه کرد.
بعد از اتمام انتخابات مرحله دوم، مهندس بازرگان در مصاحبه‌ای با کیهان که در آن زمان تحت سرپرستی ابراهیم یزدی بود، توضیحات بیشتری درباره اطلاعیه‌های خود درباره کاندیدای سازمان ارائه داد. در این مصاحبه بازرگان ضمن توضیح مکرر مضامین 2 اطلاعیه قبلی خود درباره التقاطی بودن سازمان، اینگونه موضع‌گیری کرد: این آقایان دارای افکار التقاطی باشند یا نباشند به عهده خودشان است و هم به عهده کسانی است که نوشتجات آنان را مطالعه کرده و به نکات التقاطی برخورد کرده‌اند، لازم است بیایند و برای مردم روشن کنند. مهندس بازرگان، ضمن تایید دوباره «پرشور و باایمان» توصیف کردن مجاهدین خلق گفت: این یک واقعیتی است. من با همه آنها آشنا و محشور نبوده‌ام ولی آنهایی را که می‌شناسم نسبت به آنچه ‌بدان اعتقاد دارند، پرشور و با‌ایمان یافتم.
به مکتب و آرمان خود ایمان دارند. امام خمینی 2 روز بعد از اطلاعیه بازرگان و چند نفر از دوستان همفکر وی، در پیامی به مناسبت مرحله دوم انتخابات تاکید کرد که مردم «کسانی را انتخاب کنند که صددرصد مسلمان و معتقد به احکام اسلام و مخالف با مکتب‌های انحرافی و معتقد به جمهوری اسلامی باشند... باید به اشخاصی که احتمال انحراف در آنان می‌رود رای ندهند؛ چه احتمال انحراف عقیدتی، اعمالی یا اخلاقی که به چنین اشخاص اعتماد نمی‌شود ‌کرد».
در پیام امام، به نظیر استدلال مهندس بازرگان اینگونه پاسخ داده شد: ... آنکه گفته شود خوب است به همه گروه‌ها چه چپی و چه انحرافی رای دهید که مجلس شورا جامع همه گروه‌ها باشد، این یک مطلب غلطی است که منحرفان درست کرده‌اند تا در مجلس با خدعه شرکت کنند. ملت به این مطالب انحرافی گوش فراندهد. بعدا مهندس بازرگان درباره پیام امام خمینی ضمن تاکید بر اینکه«فرمایشات امام بعد از اطلاعیه بنده منتشر شد» و با اشاره به صلاحیت اعتقادی فهرست گروه همنام(مورد تایید بازرگان) گفت: تاکیدهای معظم‌له [امام خمینی] اصولی و کلی بوده، نامی از گروه و فرد خاصی نبوده، تشخیص را به عهده رای‌دهندگان گذارده بودند. اشکوری پیام امام را«نقطه پایانی بر این اختلاف نظر» توصیف کرده و بعد از بیان قسمت‌هایی از آن می‌نویسد: بدین ترتیب هیچ‌یک از کاندیداهای مجاهدین [خلق] به مجلس راه نیافتند.
در اردیبهشت‌ماه 59، نتیجه انتخابات مجلس، شکست سوم انتخاباتی را برای سازمان به ارمغان آورد که این شکست باعث انفعال بخشی از هواداران شد. سازمان با صدور اطلاعیه‌ای مانند مرحله اول انتخابات، مدعی شد که در مرحله دوم نیز تقلبات انتخاباتی گسترده روی داده و نتایج آن با«خواست و رای واقعی مردم» مباینت دارد. سخنرانی رجوی در ورزشگاه امجدیه در پنجشنبه 22 خرداد 59 تحت عنوان «چه باید کرد؟» حاکی از سعی او در جهت انگیزه‌دهی به نیروهای سازمان بود. در این سخنرانی رجوی مکانیسم«دفاع مظلومانه» را به عموم هواداران پیشنهاد کرد تا با این روش، خشم و کینه را در میان اعضای سازمان تعمیق بخشد.
تشدید بحث‌ها و درگیری‌های خیابانی از اوایل سال 59
در طول 2 ماه خرداد و تیر 59، تلاش سازمان حول مظلوم‌نمایی با تبلیغات گسترده درباره ادعای چماقداری در بحث‌های خیابانی و کار تبلیغی در بین مردم به وسیله مباحثه ساختگی تیم‌های تبلیغی و انتشار اطلاعیه در جهت اثبات ظلم بر سازمان از سوی نیروهای خط امام و جذب عناصر دانشجو، دانش‌آموز، بیکاران در محلات، کارگران و زنان صورت می‌گرفت. کماکان راه‌اندازی اردوهای کار، سازندگی و آموزش سلاح از جمله جذابیت‌های اجتماعی بود که هدف آن گسترش پایگاه اجتماعی سازمان در درون مردم بود.
با سخنرانی امام خمینی(ره) در 4تیر 59 درباره سازمان و نفاق و بعد از آن موضع‌گیری برخی از چهره‌های شناخته شده مذهبی و سیاسی، شکافی عمیق بین اندیشه سیاسی نظام و سازمان به وجود آمد و سازمان در عکس‌العمل اولیه اقدام به تعطیلی نشریه و کاهش فعالیت‌های اجتماعی خود کرد تا این موج اجتماعی مخالف را بتواند از سر بگذراند. امام در شرایط افزایش درگیری‌های خیابانی و اجتماعی سازمان پس از اجتماع امجدیه در 22 خرداد 59 و همزمان با اوج‌گیری بحران سیاسی بین مقامات بالای نظام به بهانه نوار دکتر آیت که سازمان در ایجاد و توسعه موضوع و تشنجات ناشی از آن مستقیما نقش‌آفرینی کرد، طی سخنانی در جمع اعضای شوراهای اسلامی کارگران درباره غائله‌آفرینی گروه‌های سیاسی با اشاره به سازمان چنین اظهار داشت:
این گروه‌هایی که بعد از انقلاب جوشیدند و بیرون آمدند و گاهی ادعای اسلامیت می‌کنند و از شما مسلمان‌تر می‌شوند، گاهی ادعای انقلابی بودن می‌کنند و از شما انقلابی‌تر می‌شوند. و گاهی خودشان را موسس انقلاب می‌دانند. انقلاب را که این توده محروم ملت ما از کارگر و کشاورز و دانشجو و شما همه، تا اینجا به پایان رساندید و[در حالی که] آنها در خارج بودند و تماشاگر، یا در داخل بودند و تماشا می‌کردند که ببینند چه کسی غالب می‌شود... در هر مرحله‌ای [پس از انقلاب] که شما پیش رفتید، آنها هم در همان‌جا باز غائله درست کردند. در همان وقتی که مجلس شورای اسلامی تاسیس شد، مشغول به کار شدند و باز غائله درست کردند. خودشان غائله درست می‌کنند و فریاد می‌زنند، خودشان دیگران را کتک می‌زنند باز خودشان فریاد می‌زنند... .
اینها را ببینید چه می‌کنند، ممکن است من هی بگویم اسلام، هی بگویم فدایی اسلام و فدایی خلق و هی بگویم مجاهد اسلام و مجاهد خلق، این حرف‌ها را بزنم لیکن وقتی که شما اعمال را ملاحظه بکنید ببینید که از اول مخالفت کردم. در هرجا تفنگ کشیدم و مخالفت کردم... . هر روزی که این نهضت بخواهد یک قدم بردارد، می‌خواهد مجلس شورا مفتوح بشود، می‌بینیم که یک بساطی در امجدیه می‌آید، یک غائله درست می‌شود و مع‌الاسف جوان‌های ما مطلع نیستند که اینها دارند چه می‌کنند... خیال می‌کنند که مساله چماقدار است و تظاهرکننده. نه مساله این نیست. این یک ظاهری است برای آشوب درست کردن. مساله عمق دارد... . امام خمینی در بخش دیگری از سخنان خود ضمن تاکید بر ضرورت بررسی و مطالعه سابقه و محتوای کتاب‌ها و تبلیغات گروه‌هایی مانند مجاهدین خلق، با اشاره به روش‌های فریبکارانه سازمان، خاطره ملاقات نماینده سازمان را با خود در نجف یادآوری کردند: اینها همه را گول می‌زنند.
اینها می‌خواستند مرا هم گول بزنند. من در نجف بودم اینها آمده بودند که مرا گول بزنند... مع‌الاسف از ایران هم بعضی از آقایان که تحت تاثیر آنها واقع شده بودند خداوند رحمتشان کند، آنها را هم اغفال کرده بودند و آنها هم به من کاغذ سفارش نوشته بودند... آمده بود که مرا بازی بدهد و من همراهی کنم با آنها... اینها با خود قرآن و نهج‌البلاغه می‌خواهند ما را و قرآن و نهج‌البلاغه را از بین ببرند... باید ما ببینیم که عمل اینها چیست... منافق‌ها هستند که بدتر از کفارند، آن کسی که می‌گوید مسلمان هستم و به ضد اسلام عمل می‌کند و می‌خواهد به ضد اسلام عمل بکند، درباره آنها در قرآن بیشتر از دیگران تکذیب شده است.
همچنین امام به مساله نفوذ گروه‌هایی مانند سازمان در بین روحانیت، نهادهای انقلابی و نظامی به تفصیل هشدار داد. ابراهیم یزدی طی سرمقاله‌هایی در روزنامه کیهان ضمن «تاریخی» توصیف کردن سخنان امام و تفسیر آنها چنین نوشت: ایراد بزرگ به سازمان مجاهدین خلق که امام برای نخستین‌بار با صراحت حد و مرز آنها را روشن ساخت در 2 چیز است: اول، ایراد و انتقاد و اشکال در مکتب، در اندیشه مجاهدین است که التقاطی است. امام خاطره خود را در این زمینه بیان داشتند. احساس و درک خود را از التقاطی بودن اندیشه مجاهدین منعکس ساختند. در همان زمان [پیش از انقلاب] ما نیز با همان اشخاص در بیروت همراه با برادرمان دکتر چمران در همین زمینه یعنی التقاط و انحراف در اندیشه و فکر سازمان مجاهدین بحث‌ها کردیم... دوم، ایراد بر خط‌مشی سیاسی سازمان کنونی [مجاهدین خلق] است که مجاهدین هرگز خود را مسؤول و متعهد برای استقرار و حفظ نظام جمهوری اسلامی و دستاوردهای آن ندانسته‌اند و نمی‌دانند.
یزدی در یکی دیگر از همین سرمقاله‌های کیهان تاکید کرد: امام برای نخستین‌بار[با] صراحت درباره سازمان مجاهدین خلق تکلیف را روشن ساخته‌اند که التقاطی هستند، منافق هستند، منحرف هستند. چرا امام بر این نکته تکیه بیشتری کرده‌اند؟ برای آنکه خطر چپ انحرافی بیشتر است... مجاهدین خلق، متشکل و متمرکز و سازمان‌یافته و با کوله‌باری از سوابق؛ سوابقی که می‌تواند خمیرمایه توجیه آنها برای بسیاری از نوجوانان و ساده‌اندیشان باشد... اینگونه سازمان‌ها، بیشتر می‌توانند نیروها را جذب کنند- هرچند برای مدت کوتاهی- و با طرح شعارهای ذهنی‌گرایانه ولی جذاب سیاسی که فقط هدفش جذب نیروهاست، انقلاب را دچار سردرگمی بکنند و لذا خطرناک‌تر هستند.
در مقاله دیگری که کیهان در پاسخ به نامه سازمان منتشر ساخت به قلم سردبیر، درباره خط‌مشی و عملکرد سازمان اینگونه تحلیل شد:
بدون در نظر گرفتن مواضع خاص آن سازمان در طول تکوین انقلاب مبنی بر«حاضر نبودن شرایط لازم برای پیروزی»، پس از پیروزی انقلاب اسلامی، این سازمان مکررا مواضعی را اتخاذ کرده که مغایر با جهت ایدئولوژیک انقلاب یا مبارزه ضداستعماری آن بوده است و از آن جمله است مترقی دانستن روزنامه وابسته به صهیونیسم آیندگان، دفاع از واماندگان«سوسیال دموکرات» منشعب از جبهه ملی و سازمان‌ها و نهادهایی از این قبیل که جز استمرار حیات سرمایه‌داری وابسته و ایجاد وجدان طبقاتی برای آن، رسالتی نداشته‌اند. در تمام طول این یک سال و نیم مبارزه ضداستعماری خلق دلیر ایران پس از پیروزی انقلاب، آن سازمان تلویحاً (اگر نه مستقیما) با برقراری مراسم مشترک یا فعالیت‌های دیگر یا حداقل سکوت کامل خود موید بسیاری از عملکردهای سازمان چریک‌های فدایی خلق بوده است... .
در این یک سال و نیم که از انقلاب اسلامی ایران می‌گذرد، سازمان مجاهدین خلق از طریق تاکتیک‌های سیاسی چون قهرمان‌نمایی، چپ‌نمایی، مظلومیت و ... الخ دست به جذب نیروهای بیشتر زده است و این را به بهای تضعیف ثبات سیاسی ایران و فراهم آوردن زمینه‌های تجزیه اجتماعی و قطبی کردن جامعه به انجام رسانیده است. دانشجویان مسلمان پیرو خط امام نیز با صدور یک اطلاعیه مفصل در تایید و تبیین مواضع امام در قبال سازمان، دیدگاه‌ها و مواضع صریح و روشنی علیه سازمان اتخاذ کردند. در این اطلاعیه با انتقاد از واکنش سازمان نسبت به سخنان امام درباره ایدئولوژی و مواضع آن، چنین اعلام نظر شد: این حقیقت نه بر اعضای سازمان پوشیده است و نه بر ملت ایران که اسلام سازمان مجاهدین خلق غیر از اسلامی است که امام از آن سخن می‌گوید و امت نیز بدان معتقد است، لذا همیشه دیده‌ایم و می‌بینیم که عملکرد این سازمان غیر از عملکرد امام و امت است... .
آیا اصول و مبانی اسلامی که شما [مجاهدین خلق] مدعی آن هستید در ریشه و عمق، غیر از اصول مارکسیسم چیز دیگری است؟... آیا شما به این دلیل مدعی اسلام راستین هستید که پس از پیروزی انقلاب همه دشمنان انقلاب مانند چریک‌های فدایی خلق و سران حزب دموکرات یا دشمنان رسمی اسلام که تکنوازی می‌کنند شما را تایید می‌کنند؟... اگر کادر رهبری سازمان بعد از بیانات امام از انحراف خود دست برندارند و به آغوش اسلام و ملت برنگردند یا شهامت آن را ندارند که به مارکسیست بودن خود اعتراف کنند، در برخورد با هواداران خود بی‌صداقتند... .
همه می‌دانند و سازمان نیز به خوبی می‌داند که رژیم شاهنشاهی و دست‌نشانده آمریکا در ایران به دست امت اسلام به رهبری امام سقوط کرد... رهبران این سازمان که پیش از سقوط رژیم با امام مخالف بودند زیرا مواضع سازمان را نپذیرفته بودند و این مخالفت[علیه امام] را همه جا بویژه در زندان اعلام کرده بودند و پس از سقوط رژیم نیز با امام و روش‌های او مخالف بوده و هستند. در این صورت آیا سازمان مجاهدین خلق در برابر امپریالیسم آمریکا ایستاده است یا در برابر سرسخت‌ترین دشمن آمریکا که امتی نیز پشت‌سر اوست؟... .
در اطلاعیه دانشجویان مسلمان پیرو خط امام خطاب به سران سازمان اینگونه توصیه شده بود: بیایید و این نصایح پدرانه امام را بشنوید. بیایید و به آغوش اسلام و ملت برگردید. بیایید و به خون جوانان این ملت که با ایثار و فداکاری‌هایشان به این سازمان آبرو بخشیدند احترام بگذارید... بیایید و داستان خوارج را در تاریخ اسلام تکرار نکنید. بیایید و با اصلاح وضع خود اجازه ندهید سازمانی که با خون جوانان صادق و پاکباخته و مسلمان رنگین است، به کانونی برای استفاده افراد و دسته‌جات ضدانقلاب تبدیل شود.
مهندس بازرگان نیز طی مصاحبه‌ای درباره سازمان اینگونه اظهارنظر کرد: همان‌طور که می‌دانید و گفته‌اند سازمان مجاهدین خلق از جوجه‌ها و فرزندان نهضت آزادی ایران بودند... عده‌ای از کتاب‌های من از جمله «راه طی شده» و همچنین تفسیر«پرتوی از قرآن» مرحوم طالقانی جزو کتاب‌های اصلی و تعلیماتی مجاهدین بود... مجاهدین به مبارزه مسلحانه معتقد شدند و مبارزه مسلحانه جزو برنامه و رئوس [مرامنامه] نهضت آزادی نبود. از طرف دیگر اینها مقداری از نظریات و کتاب‌های ما را می‌گرفتند ولی صرفا این نبود... بعضی از کتاب‌هایشان را چه آن موقع و چه بعد خوانده بودم. البته باید بگویم که با همه کتاب‌هایشان موافق نبودم. از همان اول باید گفت که یک خرده‌انحرافی (نه انحرافی که آنها را از دین خارج کند و نه انحرافی که آنها را از عقیده[اسلامی] خارج سازد) به طرف مبانی مارکسیسم وجود داشت...
افکار مارکسیستی در دنیا و در ایران و در میان جوانان حتی مسلمان‌ها بوده و به همین دلیل از جهاتی اینها یعنی مجاهدین، میل داشتند خودشان را توی آن خط بیندازند و از آن خط به وظایف خود عمل کنند... نمی‌گویم که اینها [مجاهدین خلق اولیه] ضد دین بودند، منافق بودند، نه...[درباره مجاهدین خلق پس از انقلاب] افکار و نظریاتشان را نمی‌توانم تایید بکنم. اختلافاتی هم هست، بهشان گفتم بیایید اینها را روشن بکنید. البته گو اینکه بعضی از کتاب‌هایشان را به من دادند ولی متاسفانه فرصت نکردم که درست بخوانم و عمیقا بتوانم انتقاد کنم... به طور کلی با هرگونه انحراف اسلام از آن حالت اصیل، مخالف بوده و هستم و در آن، خطر می‌دیدم.
کودتای نوژه و سازمان
در 19 تیر 1359 خبر کشف یک کودتای نظامی منتشر شد. این کودتا که قرار بود در روز 18 تیر آغاز شود و بعدها به «کودتای نوژه» شهرت یافت از سوی سازمان جاسوسی آمریکا برنامه‌ریزی و تدارک شده بود. مطابق برنامه کودتاچیان، قرار بود عملیات از پایگاه هوایی شهید نوژه(1) همدان آغاز شود و هدف آن استقرار یک حکومت سوسیال- دموکراسی به ریاست شاهپور بختیار، آخرین نخست‌وزیر رژیم شاه و در صورت امکان اعاده سلطنت پهلوی بود.
به نوشته کتاب«کودتای نوژه»: این کودتا از لحاظ تجهیزات نظامی که قرار بود از داخل و خارج در جریان آن به کار گرفته شود در تاریخ کودتاهای جهان بی‌سابقه بود و چنان دقیق طرح‌ریزی شده بود که سیا موفقیت آن را قطعی می‌دانست... و به جرات می‌توان ادعا کرد که کودتای 28 مرداد 32 در مقایسه با آن بازی کودکانه‌ای بیش نبود.
حجت‌الاسلام ری‌شهری، در 15 مرداد 59، طی مصاحبه‌ای درباره ارتباط چند گروه سیاسی با عاملان کودتا، به ارتباط آنان با سازمان اشاره کرد و چنین اظهار داشت: [بر اساس اعترافات گردانندگان کودتا]... سازمان‌ها و گروه‌هایی مانند پان‌ایرانیست‌ها، جبهه ملی، سازمان چریک‌های فدایی خلق و سازمان مجاهدین خلق ایران در جریان این طرح قرار داشته‌اند و مطالعات و بررسی‌هایی نیز در زمینه همکاری یا موافقت[با] هر یک از این گروه‌ها صورت‌ گرفته بوده است... ضمن بررسی‌های انجام شده توسط چند تن از افراد شرکت‌کننده در این طرح[کودتا]، قدرت رزمی سازمان مجاهدین در تهران 800 نفر و سازمان چریک‌های فدایی خلق، 300 نفر اعلام شد. پس از این بررسی‌ها تصمیم گرفته شده است که با این 2 سازمان صحبت شود و از آنها قول گرفته شود که علیه یا له عاملان این طرح وارد عمل نشوند و در عوض، پس از پیروزی[کودتا] و اجرای کامل طرح، امتیازات خوبی به آنها داده شود.
در همین مصاحبه آقای ری‌شهری برای تسهیل تحقیقات بعدی و جلوگیری از فشارهای سیاسی تاکید کرد: «هیچگونه تضمینی بر اینکه مطالب عنوان شده توسط این افراد صحت داشته باشد، وجود ندارد. ما صرفا به این دلیل که ملت مسلمان را در جریان وقایع آنچه که در دادگاه‌های ویژه ارتش می‌گذرد قرار داده باشیم، این مطالب را بازگو می‌کنیم». در متن بازجویی یکی از سران کودتا به نقل از مسؤولان سیاسی کودتا آمده است که مذاکره با سازمان مجاهدین خلق به نتیجه رسیده بود: می‌گفت که ما این قول را از مجاهدین خلق گرفته‌ایم که آن روز [روز کودتا] بی‌طرف بمانند. در عوض اینکه آن روز بی‌طرف می‌مانند، بهشان قول داده‌ایم که آزادی فعالیت سیاسی داشته باشند. به نوشته کتاب کودتای نوژه: از سوی دیگر سازمان منافقین به واسطه قدرت اطلاعاتی خود که ناشی از وجود عناصر نفوذی‌اش از جمله میان‌ کودتاچیان و همچنین ستاد خنثی‌سازی کودتا بود به ارزیابی احتمالات و سرانجام کودتا پرداخت.
اطلاعاتی که عناصر نفوذی سازمان در میان کودتاگران از روند و حجم وسیع کودتا در اختیار سازمان قرار می‌دادند، سازمان را متقاعد ساخت تا رضایت خود را از وقوع کودتا و همکاری در خفا اعلام کند... تحلیل سران سازمان منافقین اینگونه بود که سرنگونی حکومت کودتا به دلیل فقدان اعتقادات اصولی و مناسبات تشکیلاتی پیچیده، آسان‌تر از نظام جمهوری اسلامی است و براساس این تحلیل، سازمان تصمیم گرفت با طرحی بسیار پیچیده ضمن شرکت در کودتا و تقویت کودتاچیان، برنامه مناسبی را نیز برای مواجهه بی‌خطر با وجه عدم موفقیت کودتا تدارک ببیند. سازمان منافقین با سرعت و شتاب زیاد تعدادی از افراد نظامی را که تا آن هنگام در ارتش شناسایی و جذب کرده بود فراخواند و 2 محور اساسی زیر را به عنوان دستور کار سازمانی به آنها ابلاغ کرد:
الف- نفوذ در تشکیلات کودتا و ارزیابی نیرو و امکانات کودتاچیان و سنجش قطعیت انجام کودتا.
ب- با استفاده از شناسایی‌های قبلی سازمان از ناراضیان داخل ارتش، ضمن تشکیل تیم‌های جداگانه، افراد ناراضی را جذب کرده و در پوشش چندین تیم عمل‌کننده در اختیار کودتاچیان قرار گیرند. تعدادی از این افراد از جمله استوار ایرج بهی و گروهبان یکم حمیدرضا ترکپور و چندنفر از تیپ 23 نوهد مرتبط با سازمان مامور انجام این ماموریت شدند... سازمان نتیجه کودتا را هرچه می‌بود به نفع خود ارزیابی می‌کرد... در صورت مشاهده علائم شکست کودتا می‌توانست با محور ساختن تماس‌های خود، اطلاعات خود را در اختیار رئیس جمهور گذارده تا ضمن مرعوب ساختن او نسبت به توان تشکیلاتی و اطلاعاتی خود، سازمان را در برابر اعترافات کودتاگران بیمه سازد و همین گونه نیز شد. پس از انتشار مفاد بازجویی‌ها و برخی مصاحبه‌های سران کودتا مبنی بر تماس آنان با سازمان، آنها «همیشه این ادعا را داشتند که بله، ما داخل کودتاچیان نفوذی داشتیم و اطلاعات آنها را در اختیار رئیس‌جمهور بنی‌صدر می‌گذاشتیم».
در پی پخش تلویزیونی مصاحبه یکی از افسران دستگیر شده در کودتای نوژه، در تاریخ 22 شهریور 59، مبنی بر تماس کودتاچیان با سازمان و توافق درباره عدم اقدام بر ضد کودتا از سوی سازمان، مسعود رجوی و موسی خیابانی در یک مصاحبه مشترک با خبرنگاران ضمن تکذیب شدید این موضوع، اسناد و مدارکی دال بر همکاری با مقامات کشور در کشف کودتا ارائه دادند. همچنین یک ویژه‌نامه 6 صفحه‌ای نشریه مجاهد به این موضوع اختصاص یافت و اطلاعیه رسمی سازمان نیز در این‌باره منتشر شد. در ویژه‌نامه‌ مزبور، تایید بنی‌صدر، رئیس‌جمهور مبنی بر نقش سازمان در کشف کودتا و تصویر چند نامه درج شده بود. مطابق اسناد ادعایی سازمان در 2 روز 17 و 18 تیر، نامه‌هایی خطاب به رئیس‌جمهور و رونوشت به دفتر امام درباره اطلاع طرح کودتا ارسال شده بود، حال آنکه این اطلاعات در زمان ارائه عملا سوخته و بی‌فایده بوده‌اند و کودتا، قبل از اطلاع سازمان کشف و خنثی شده بود.
در واقع سازمان کوشیده بود با برجای گذاردن این اسناد، هم امکان پاک کردن ردهای احتمالی خود را فراهم سازد و هم دلیلی برای سهم‌خواهی و ادعای نقش اساسی در کشف کودتا داشتن، ساخته شود. بعدها همچنین فاش شد که کودتاچیان توافق‌های مشخص دیگری نیز با سازمان داشته‌اند: طبق اسناد و مدارکی که به دست آمده، تماس‌هایی میان کودتاگران و موسی خیابانی صورت گرفته بود و ضمن پیشنهادی که رهبران کودتا به سازمان مجاهدین داده بودند، موافقت شده بود که سازمان مجاهدین در مقابل پستی که به مسعود رجوی واگذار می‌شود، به نفع کودتاگران از موضع‌گیری در مقابل عمل کودتا خود را کنار بکشد. گازیوروسکی در مقاله خود درباره کودتای نوژه که بر اساس صدها ساعت مصاحبه با افراد مختلف ایرانی و خارجی مرتبط با کودتا در نقاط مختلف جهان تهیه کرده تصریح می‌کند که کودتاچیان با مسعود رجوی تماس گرفته و همکاری وی را به کودتا جلب کرده بودند.
در ستاد ضدکودتا عوامل نفوذی سازمان تا سطوح بالا حضور داشتند و توانستند بسیاری از سرنخ‌ها و ردپاهای همکاری سازمان با کودتاچیان را از بین ببرند. بنابر اطلاعات منتشره مسعود کشمیری، عضو سازمان و عامل انفجار سازمان نخست‌وزیری در شهریور 1360، و جواد قدیری از اعضای قدیمی سازمان و وفاداران رجوی در زندان و همسر زهره عطریانفر در ستاد خنثی‌سازی کودتا همکاری داشتند. بخشی از اطلاعات و اسناد مربوط به عملیات ضدکودتای نوژه را بعدها قدیری سرقت کرد و به خارج از کشور گریخت. وی یکی از طراحان انفجار مسجد ابوذر در 6 تیر 1360 بود که به مجروح شدن شدید حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای منجر شد.
گازیوروسکی معتقد است که«علی‌رغم قلع و قمع شدید عوامل کودتا، تنها حدود یک چهارم رهبران و یک سوم عوامل آن دستگیر شدند». همکاری برخی اعضای دفتر ریاست‌جمهوری بنی‌صدر با کودتاچیان نیز بعدها افشا شد. نقش بنی‌صدر هم در این کودتا پیچیده و چند وجهی بود. حجت‌الاسلام ری شهری در مصاحبه‌ای تاکید کرد: متاسفانه باید عرض کنم 51 نفر که در این رابطه[کودتای نوژه] دستگیر شده بودند بدون مجوز قانونی به دستور آقای بنی‌صدر آزاد شدند.
وی در همین مصاحبه اعلام کرد:«به پرونده 500 نفر از دستگیرشدگان[کودتای نوژه] رسیدگی و رای دادگاه‌های انقلاب ارتش درباره آنها به اجرا گذارده شده است». باتوجه به مجموع موارد مذکور و شرایط خاص سیاسی کشور در آن زمان و آغاز تجاوز نظامی گسترده عراق به ایران در شهریور 59، عوامل سازمان و دفتر بنی‌صدر با نفوذی که در مراکز حساس سیاسی و امنیتی از جمله ستاد ضدکودتا داشتند، توانستند شرایطی را ایجاد کنند که عملا پیگیری نقش سازمان در کودتای نوژه متوقف و در پاییز سال 59 همکاری و مشارکت سازمان در این کودتا با ابهام روبه‌رو شود و حقایق آشکار نشود.
البته مسؤولان بالای کشور باتوجه به همان میزان اطلاعات به دست آمده و مواضع و عملکرد منفی سازمان تا آن زمان،‌ غالبا به دیدگاه روشنی رسیده و دیگر کمترین اعتمادی به سازمان مجاهدین خلق نداشتند، ولی وقوع جنگ و حمایت بنی‌صدر در موضع رئیس‌جمهور از سازمان، مانع تمرکز کافی امنیتی و اطلاعاتی نهادهای انقلابی بر سازمان شد و عملا شرایط مناسبی برای تجدید فعالیت و حضور مجدد سازمان در عرصه سیاسی و تبلیغاتی پدید آمد. از یک سو سازمان خود را برای رویارویی تمام عیار نظامی و شورش مسلحانه کاملا آماده می‌ساخت و از سوی دیگر با شتاب افزون‌تری به جذب هواداران و اعضای بیشتری برای عملیات آتی در پوشش فعالیت ظاهرا علنی و مجاز می‌پرداخت.
آماده‌سازی برای خیز مجدد
سازمان در پی وقایع تیرماه 59 و تظاهر به عقب‌نشینی به انتظار زمان مناسب برای خیز مجدد در فعالیت‌های اجتماعی نشست و با تلاش وسیع در جهت حفظ هواداران و اجتناب از مواجهه با سوالات و ابهامات پدید‌آمده فراوان درباره ماهیت و عملکرد خود مدتی به پیله انزوا فرو رفت. در این دوره، فعالیت‌های پنهان اطلاعاتی و تحکیم روابط با رئیس‌جمهور بنی‌صدر و دیگر گروه‌های مخالف فعال، یک وجه اصلی اقدامات سازمان را تشکیل می‌داد. در شهریور و مهرماه 1359 به تدریج تشکیلات پنهانی‌تر عمل کرده و شناسایی افراد حزب‌اللهی در درون محلات و شهرها را شروع کرد و مردم نیز در سطح خانواده‌ها به آن عده از بستگانشان که نسبت به سازمان گرایش داشتند اقدام به تذکر، نصیحت و هشدار کردند. از این پس، اصناف مردم در مقابله با سازمان قوی‌تر و با اطمینان بیشتر عمل می‌کردند.
در این 2 ماه، درگیری در اطراف مراکز سازمان که ظاهرا تعطیل شده بودند، کاهش یافت و علت آن کاهش تبلیغات تحریک‌کننده سازمان بود. این تجربه نشان می‌دهد که سازمان هرگاه که خود مایل بود و می‌خواست، می‌توانست امکان بروز درگیری‌ها را به حداقل یا چیزی برابر صفر برساند. مکانیسم درگیری‌های طراحی شده سازمان به این صورت بود که یک جرقه اولیه صورت می‌گرفت و 3 یا 6 نفر اقدام به هیاهو در خیابان کرده و مردم را به دور خود جمع و اقدام به درگیری می‌کردند. پس از آن مردم از اطراف به سوی درگیری می‌آمدند و چون جانب مخالفان سازمان را اغلب می‌گرفتند، طرف سازمان اقدام به دادخواهی و شعار علیه ظلم، ستم و اختناق می‌کرد و اگر در سخنرانی بود، همگی شعار «ارتجاع نابود است، خلق ما پیروز است» را سر می‌دادند.
سرانجام دو‌طرف خسته شده یا با ضرب و شتم یکدیگر از هم جدا شده یا با دخالت کمیته و سپاه درگیری خاتمه می‌یافت. افراد کمیته بعضا معتقد بودند درگیری‌ها را خود سازمان برپا می‌کند ولی در آن زمان مدارک کافی به دست نمی‌آمد. فقط یک الگوی تحلیل، کمک به این فرضیه می‌کرد و آن اینکه سازمان قصد جذب نیرو و کسب قدرت داشته و در انتخابات‌ نتوانسته موفق شود. در نتیجه با آشوب و تخریب روابط و مناسبات اجتماعی قصد تقلیل پشتوانه ملی نظام و تضعیف سیاسی آن و گسترش پایگاه مردمی خود را داشت.
بعدها – یعنی پس از سال 60- برخی از زندانیان اعتراف کردند که بسیاری از درگیری‌ها بویژه در سطح تهران به وسیله سازمان طراحی و هدایت می‌شده‌اند. در ماه‌های مهر و آبان 59 با شروع جنگ تحمیلی افکار عمومی حول دفاع از انقلاب و میهن و بسیج برای دفاع شکل گرفت. سازمان در شاخه‌های شهرستان‌ها و تهران هنوز به صورت نیمه‌علنی روابط هواداران را حفظ می‌کرد. فضای جامعه دگرگون شد و حول مساله جنگ تحرک اجتماعی و سیاسی گروه‌ها شکل جدیدی یافت. به علت اعزام نیروهای کمیته، سپاه و مردم به جبهه‌ها و کاهش اهمیت مسائل داخلی در افکار عمومی، محدودیت‌های اجتماعی و مردمی در شهرها برای فعالیت گروه‌هایی مانند سازمان کاهش یافتند.
در آذرماه 59 بعد از تعطیل 5 ماهه نشریه مجاهد، این نشریه همراه با افزایش فعالیت بیرونی و علنی سازمان منتشر و دور جدیدی از درگیری‌ها آغاز شد. محور اساسی تاکتیک سازمان خروج از انزوا، طرح مجدد و انسجام روابط تشکیلاتی و کسب مشروعیت اجتماعی بود. هرچند در تحلیلی از اوضاع سیاسی، سازمان بر این فرض بود که نیروهای پیرو خط امام درصدد کسب اهرم‌های قدرت برآمده و مقابله با آنان و دفاع از بنی‌صدر در دستور کار قرار گرفت. محورهای تبلیغی سازمان در این 2 ماه عبارت بود از شکنجه هواداران، چماقداری و تهاجمات، موضوع گروگانگیری و تبلیغ بر موضوع آوارگان.