روز۲۴اردیبهشت ۱۳۴۹ با یک رأیگیری در مجلس شورای ملی که با حضور هویدا ـ نخستوزیرـ انجام شد، وزارت خارجه ایران موافقت خود را با استقلال بحرین اعلام کرد. جداییخواهی در بحرین زمانی پدیدار شد که این منطقه از 1892م. تحت سلطه کامل بریتانیا درآمد. پیش از این انگلستان از طریق انعقاد قراردادهای گوناگون کوشیده بود تا این سرزمین را تحت حاکمیت خود درآورد. نخستین قیام عمومی بحرین در مارس 1895 بر ضد «شیخ عیسی بن علی» نخستین حاکم از سلسله آلخلیفه شکل گرفت. این قیام با دخالت سرهنگ «آرنولد ویلسون» نماینده انگلیس در خلیج فارس سرکوب شد و بازداشت و تبعید ناراضیان به «زباره» در شمال شبه جزیره قطر را در پیداشت و درگیریهای شدیدی را میان قطر و بحرین بهوجود آورد. این امر باعث شد قطر با انعقاد قراردادی خود را تحت الحمایه انگلیس درآورد. این رویداد نقطه آغاز بیش از یک قرن کشمکش سیاسی و نظامی میان بحرین وقطر بود. در سالهای بعد بهتدریج افکار عمومی در بحرین به ایران متمایل شد. انقراض سلسله قاجار در ایران و طرح ادعاهای ارضی رژیم پهلوی اول این تمایل را در میان مردم بحرین افزایش داد و از جانب دیگر بر حساسیت انگلیسیها در منطقه افزود و آنان را به تحکیم پایههای نفوذ و سلطه خود در بحرین سوق داد. این رخداد باعث شد انگلیسیها در 923 م. شیخ عیسی بن علی را برکنار و یکی از کارگزاران خود ـ «چارلز بلگریو» ـ را در 1926 به عنوان مشاور امیر بحرین روانه این سرزمین کنند. اقدامات این مشاور که تصمیم گیرنده اصلی در بحرین بود افزایش نفرت عمومی نسبت به سیاستهای استعماری انگلیس در منطقه را در پی داشت و «بلگریو» در مواجهه با اولین اعتراض مردم از بحرین خارج شد. در دوران بعد از جنگ جهانی دوم، تظاهرات فراگیر شد و به جنبش عمومی ضداستعماری تبدیل شد. انگلستان میدانست که کاهش کنترل بر بحرین، به از دست رفتن سراسر خلیج فارس خواهد انجامید؛ میخواست به هر بهایی، قیام مردم بحرین را سرکوب کند و در این راه دامن زدن به اختلافات مذهبی را پیشه کرد. میان شیعه و سنی تفرقه ایجاد کرد و زمینههای برخورد این دو را بهوجود آورد و در دهه 50 م. بحرین را چندبار درآستانه جنگهای خونین داخلی قرار داد. از طرفی جنگ کانال سوئز و هجوم نظامیان انگلیسی به مصر، سبب افزایش تنفر اعراب خلیج فارس بویژه مردم بحرین نسبت به انگلیس و همچنین ترویج احساسات ناسیونالیستی عربی در این کشور شد، اما این احساسات غالباً توسط پلیس غیربومی بحرین سرکوب میشد.
از اواسط قرن بیستم ادعاهای تاریخی ایران درباره حاکمیت بر بحرین جدی شد. مجلس شورای ملی در آبان 1336 لایحهای را تصویب کرد که به موجب آن بحرین استان چهاردهم ایران اعلام شد و 2 کرسی خالی برای نمایندگان «استان چهاردهم» در نظر گرفته شد. این اقدام و تهدید ایران درباره تحریم هر سازمان و مجمع بینالمللی که بحرین را به رسمیت بشناسد، موضوع را پیچیده کرد. اما فشار انگلیس به شاه به دست کشیدن ایران از ادعاهای ارضیاش نسبت به بحرین انجامید. در 1347 شاه طی دیدارش از هندگفت: «اگر مردم بحرین مایل نباشند به کشور ما ملحق شوند هرگز به زور متوسل نخواهیم شد و هر کاری که بتواند اراده مردم بحرین را به نحوی که نزد همه جهانیان به رسمیت شناخته شود، نشان دهد خوب است». ایران سعی داشت تا سرنوشت بحرین در یک همهپرسی تعیین شود، در حالی که دولت بحرین وحکومت انگلیس هریک به دلیل آنکه همه پرسی و رجوع به آرای مردم بحرین سبب نفی سلطه آنان از این کشور میشد، با آن مخالفت کردند. در نتیجه ایران و انگلستان توافق کردند تا به جای برگزاری همهپرسی، از سازمان ملل متحد خواسته شود سرنوشت سیاسی این سرزمین را از طریق یک نظرسنجی از میان گروهها و طبقات مختلف تعیین کند. حکومت بحرین که تحت نفوذ انگلیس بود برای تأثیرگذاری بر نتیجه نظرخواهی مصمم شد تا ساختار جمعیتی این سرزمین را با اکثریت دادن به عربها دگرگون سازد. در این راستا هزاران فلسطینی و نیروی کار عرب از کشورهای منطقه به بحرین هجوم آوردند. نظرخواهی از روز 10 فروردین 1349 آغاز شد و مدیر دفتر سازمان ملل در ژنو از سوی «اوتانت» ـ دبیرکل وقت سازمان ملل ـ مأمور انجام این کار شد. وی پس از پایان مأموریت 2هفتهای خود در بحرین گزارش برداشتهای خود از صحبت با مردم و گروههای بحرین را که به ادعای وی از علاقه آنان به استقلال حکایت میکرد تسلیم دبیرکل کرد. با اعطای این گزارش، شورای امنیت سازمان ملل قطعنامه 278ـ 21 اردیبهشت 1349 ـ را که خواسته مردم بحرین را تایید میکرد، صادر کرد. این قطعنامه به دولتهای ایران و انگلستان ابلاغ شد و به این ترتیب تهران و منامه در 1350 ش. مرزهای دریایی میان خود را تعیین و تصویب کرده و روابط دوجانبه را در همه زمینهها آغاز کردند. بحرین روز ۲۲ مرداد ۱۳۵۰ رسما استقلال خود را در برابر ایران اعلام کرد و در 25 آذر 1350 رسماً عضو سازمان ملل متحد شد و به عنوان یکصدوبیست و نهمین عضو آن درآمد. از آن پس تاریخ 16 دسامبر ـ 25آذر ـ به عنوان روز ملی بحرین شناخته میشود.