دوره دوم مجلس شورای ملی در تاریخ 24 آبان سال 1288 افتتاح شد. اجلاسیه این دوره به مدت دو سال و یک ماه و نه روز ادامه داشت و به دستور ناصرالملک، نایبالسلطنه، منحل اعلام شد. مجلس دوره دوم که از میان خاکستر مجلس اول برخاست، دارای مشخصات پارلمان و نظام و جایگاه مناسب مجلس در ایران بود. اجلاس با نظم و ترتیب تشکیل شده و وکلا به نوبت با عنوان موافق یا مخالف نطق میکردند و مذاکرات، در روزنامه رسمی به وسیله چاپخانه مجلس انتشار مییافت. دوره دوم، مجلس روز بیست و چهارم آبان در مراسم باشکوهی با حضور اقشار مردم و مقامات ایرانی و خارجی، ارباب جراید و مطبوعات جهان در عمارت بهارستان با خطابه احمدشاه که به وسیله سپهدار، صدراعظم، قرائت شد، شروع گشت.
مجلس دوم با مسایل و مشکلات بسیاری روبهرو بود. بیسامانی مالیه و خزانه خالی و بودجه، مهمترین مشکل و عامل ناتوانی دولت مرکزی در مواجهه با همه امور بود. اشغال قوای نظامی استعمار روس و انگلیس از شمال تا جنوب ایران، ناامنی و نافرمانی ایلات و عشایر، قتل و غارت و شورشهای سراسر ایران (منازعات بیوکخان و شاهسون در آذربایجان و صمدخان یاغی که در شهریور سال 1290 ش. قصد تصرف تبریز را داشت به وسیله مردم و قوای دولت عقب نشست و نیز سرکشی نایب حسین کاشی در کاشان و رشیدالسلطان در ورامین، قشقاییها در جنوب، شیخ حسین زایر در تنگستان، محمدعلی نیشابوری در نیشابور و تحریکات محمدعلی میرزا و برادرش در خارج مرز) فقر، جهل، و بیسوادی مردم که معلول موانع اصلاح و پیشرفت ایران بود، از امور پیشروی مجلس بود.
در تاریخ 26 تیر 1290 ش محمدعلی میرزا، شاه مخلوع و برادرش سالارالدوله و عدهای از اطرافیانش وارد ایران شده و با قشونی که با حمایت روسیه و مخارج بسیار از میان ایلات و عشایر مناطق شرق و شمال و غرب ترتیب داده بودند به جنگ با قوای دولت مشروطه پرداختند تا پایتخت را فتح نمایند. پس از دو ماه جنگ، در خراسان در شهریور ماه قشون شاه مخلوع شکست خورد و او در اسفند 1290 از طریق استرآباد از ایران گریخت. برادرش تا مهر 1292 شمسی به آشوب و قتل و غارت ادامه داد آن گاه به سفارت روس در کرمانشاه پناه برد و با وساطت روسیه روانه اروپا شد. مجلس با تصویب قانونی برای دستگیری یا اعدام محمدعلی میرزا یکصد هزار تومان و دو برادرش هر یک، بیست و پنج هزار تومان جایزه مقرر داشته بود. مجلس دوره دوم در اولین جلسات عضدالملک را در نیابت سلطنت ابقا نموده و به دولت سپهدار اعظم رای اعتماد داد.
در دوره دوم امور اصلی کشور دارای قانون شد و در مهمات قوانین بسیار به تصویب رسید از جمله قانون جدید انتخابات در تاریخ 29 مهر سال 1290 خ، قانون معارف در تاریخ 9 آبان سال 1290 خ، قانون مالیات عمومی در تاریخ 2 اسفند سال 1289 خ و قانون دیوان محاسبات در 4 اسفند سال 1289 خ و قانون عدلیه در دوسری به تصویب رسیدند. قانون عدلیه در جزوهای با عنوان اصول تشکیلات عدلیه، به وسیله مشیرالدوله، سیدحسن مدرس و امام جمعه خوبی تهیه و تنظیم شد و توسط مجلس انتشار یافت. این قانون اولین بخش قانون تشکیلات عدلیه است که در سال 1329 ه-ق به تصویب رسید. بخش دوم قانون اصول محاکمات است که در سال 1330 ق به تصویب رسید. اصول تشکیلات قضایی و اصول آییندادرسی پس، از مذاکرات بسیار تصویب شد و تشیکلات قضایی با قوانین قضا در ایران شکل گرفت.
حسین مکی به نقل از صدرالاشراف مینویسد: در سال 1328 در کابینه محمد ولیخان تنکابنی، مرحوم مشیرالدوله وزیر عدلیه شد و از مجلس و رییس دولت اجازه خواست تا شش ماه در منزل بنشیند و قوانین و تشکیلات و اصول محاکمات را تدوین نماید مجلس و دولت موافقت کردند. مشیرالدوله بعد از چند ماه قانون تشکیلات و قانون اصلاح محاکمات را نوشت و تقدیم مجلس کرد. قانون تشکیلات از تصویب گذشت ولی قانون اصول محاکمات با مخالفت شدید علمای طراز اول مواجه شد. هشت ماده پیشنهادی علما طراز اول در ابتدای قانون نوشته شد، پس از آن قانون در کمیسیون عدلیه تصویب شد و سپس به طور چهاردیواری (کلیات) از مجلس گذشت.
مهمترین مصوبات دوره دوم مجلس شورای ملی
1- قانون انحصار نمک در 10 ماده
2- قانون مالیات بلدی بر وسایط نقلیه، مجتمع بر نه ماده و یک تبصره
3- قانون حمل اسلحه در شش ماده
4- قانون تخریب و مخابرات و اجرت پستی جراید، در سه ماده
5- قانون راجب به روده در پنج ماده
6- متمم قانون وظایف، در نه ماده
7- قانون قبول و نکول بروات تجارتی، در 12 ماده
8- قانون اداری وزارت معارف و اوقاف صنایع مستظرفه، در 11 ماده
9- قانون ایجاد روزنامه رسمی، در ماده واحد
10- قانون راجع به حفظ الصحه و آبلهکوبی در دو ماده
11- قانون محاسبات عمومی مشتمل بر 57 ماده
12- قانون دیوان محاسبات مشتمل بر 141 ماده
13- قانون تحدید تریاک در شش ماده
14- قانون استقراض در 14 ماده
15- تفسیر اصل هفتم قانون اساسی در دو ماده
16- قانون ثبت اسناد، در 139 ماده
17- قانون راجع به مخارج وجه استقراض در هفت ماده
18- اصلاح قانون قبول و نکول بروات در هفت ماده
19- قانون تفتیش وجه استقراض در چهار ماده
20- قانون طبابت، در سیزده ماده
21- قانون الغای مالیات نمک، در ماده واحده
22- قانون تشکیلات ترتیبات مالیاتی مملکت ایران، مشتمل بر دوازده ماده
23- قانون تعرفه مخابرات تلگرافی، در پانزده ماده
24- ضمیمه قانون اداری وزارت معارف و اوقاف در یک ماده
25- تفسیر ماده هفتم قانون وظایف
26- قانون حکومت نظامی، در یازده ماده و دو الحاقیه
27- قانون حقوق وراث متوفیات کمتر از دو تومان
28- اجازه افتتاح نه باب مدرسه ابتداییه، در پنج ماده
29- قانون انتخابات مجلس شورای ملی، مشتمل بر پنجاه و سه ماده
30- قانون اساسی معارف، در بیست و هشت ماده
قوانین بسیاری در موارد، کنترات و استخدام، اجازه و امتیازات، مطالبی که از کمیسیون بودجه راپورت داده شده و از تصویب مجلس گذشته است و نیز سایر امور جاری، در مجلس دوره دوم به تصویب رسید.