در اکتبر 1812 جنگ خونینی میان قوای ایران و روس در اصلاندوز در گرفت که به شکست سنگین عباس میرزا منجر شد. آنچنان که ولیعهد، خود در آستانه اسارت قرار گرفت و به زحمت از ارس گذشت و جان به در برد. سپس قوای روس، ایروان را محاصره کردند و با تصرف لنکران، تمام سواحل غربی دریای مازندران را به دست آوردند.
در این موقع انگلستان که نگران تسخیر ایران توسط روسها بود فتحعلیشاه را برای صلح با روسیه تحت فشار قرار داد و حتی تهدید کرد که در غیر این صورت کمک مالی انگلستان قطع خواهد شد. فتحعلیشاه نیز ناگزیر به انعقاد پیمان صلح تن داد و مذاکرات صلح در قریه گلستان در قرهباغ آغاز شد که به امضای عهدنامه گلستان انجامید. به موجب این قرارداد، دربند، ماکو، شیروان، قرهباغ و قسمتی از طالش از خاک ایران جدا و به روسیه منظم شد اما چون خط مرزی میان 2 کشور صریحا تعیین نشد. این امر منشا اختلافات و جنگهای بعدی شد. در این دوران فتحعلی شاه به تلاشهای سیاسی وسیعی دست زد تا اراضی از دست رفته را بار دیگر به کف آورد اما تمامی مساعی او با شکست مواجه شد.
در دسامبر 1817 نماینده روسیه برای حل اختلافات مرزی به ایران آمد و کمیسیون مرزی 2 کشور تشکیل شد ولی مذاکرات به نتیجه نرسید و کمیسیون تعطیل شد. در این هنگام، جنگ بین و ایران و عثمانی در گرفت که 2 سال به درازا کشید. در اثنای این جنگ، روسها با فرصتطلبی، چند قطعه از خاک ایران را تصرف کردند. با مشاهده این وضع، عباس میزرا هیاتی را به سرپرستی فتحعلیخان رشتی برای تعیین سرحداث 2 کشور به تفلیس فرستاد. فتحعلیخان در مذاکراتش به توافقی با روسها رسید که طبق آن گوگچای به روسها واگذار میشد و ناحیه قپان به ایران تعلق گرفت حال آن که ناحیه مذکور به ایران تعلق داشت و اصلا مورد دعوی نبود. عباسمیرزا این توافقنامه را نپذیرفت و روسیه هم به عنوان تلافی، بقیه ناحیه گوگچای را اشغال کرد.
آغاز دوره دوم جنگها
در این شرایط، انگلستان مایل بود ایران به عنوان سنگر و سپر هندوستان در مقابل روسیه عمل کند و از پیشرفت روسها در ایران نگران بود و ترجیح میداد ایرانیان جلو روسها را سد کنند لذا قلبا با شروع مجدد جنگ موافق بود.
به این ترتیب دوره دوم جنگهای ایران و روس در 1826 آغاز شد. در ابتدای جنگ، ایرانیان پیروزیهای چشمگیری به دست آوردند و با مساعدت مردم در مناطق اشغالی توانستند در عرض 3 هفته بخش اعظم آن مناطق را باز پس بگیرند.
فتحعلیشاه که از ادامه جنگ با روسها بیمناک بود با کسب این پیروزیها تصمیم به صلح با روسیه گرفت و نمایندهای را به سنپترزبورگ فرستاد ولی چون فرمانده قوای روس اجازه عبور او را از میان نیروهای خود نداد، ناچار شد از مسیر عثمانی و لهستان به سمت سنپترزبورگ برود و در میان راه نیز مدتی معطل فعالیتهای سیاسی برای یافتن میانجی شد. در همین اثنا نیروهای روس جدید سازمان یافته و اقدام به حمله متقابل کردند که با توجه به اختلافاتی که میان فتحعلیشاه و عباسمیرزا بروز یافته بود آنها پیروز شدند و اراضی آزاد شده را باز هم اشغال کردند.
فتحعلیشاه که از شکست عباسمیرزا سخت نگران شده بود، مستقیما وارد مذاکره با نماینده روسها شد ولی آنها شرط ترک مخاصمه را واگذاری کلیه اراضی ماورای ارس تعیین کردند که مورد قبول قرار نگرفت.
در آوریل 1827 نیروهای ایران درگیر مشکلات عدیده داخلی و از جمله اختلاف شاه و عباسمیرزا بودند. در این شرایط روسها با اغتنام فرصت، ایروان را اشغال کردند و به این ترتیب تمام ماوراء قفقاز به دست روسیه افتاد ولی آنها به این بسنده نکردند و برای اشغال تبریز به سوی این شهر سرازیر شدند ودر 24 اکتبر 1827 تبریز را نیز تصرف کردند. اینک آنها درصدد اشغال تهران بودند. عباس میرزا که استقلال ایران را به شدت در خطر میدید به مذاکره مستقیم با فرمانده قوای روس پرداخت و شرایط آنها را برای متارکه جنگ استفسار کرد. فرمانده روسی الحاق تمامی سرزمینهای شمال ارس و پرداخت 5/7 میلیون تومان غرامت جنگ را شرط اساسی شروع مذاکرات قرار داد. در این هنگام انگلستان نیز که بسیار نگران منافع خود در هند شده بود پیشنهاد میانجیگری داد و مذاکرات طرفین در دهکده ترکمانچای آغاز شد و به عقد قراردادی انجامید که به موجب آن علاوه بر آنچه در عهدنامه گلستان به روسها تعلق گرفته بود ایالات نخجوان، ایروان، طالش، قراباغ و شوره گل هم به روسیه واگذار شد. همچنین 5 میلیون تومان غرامت هم به روسها پرداخت شد و حتی عبور و مرور کشتیهای جنگی در خزر به انحصار روسیه درآمد و از همه بدتر رژیم کاپیتولاسیون برای اتباع روس به ایران تحمیل شد.