خانوادهاش در اصل از روستای زرنوقه در اراضی اشغال شده سال 1948 م هستند که در اثر تجاوز صهیونیستها مجبور به ترک دیار خود شده، سرانجام در نوار غزه اقامت گزیدهاند.
فتحی شقاقی در سال 1951 م در اردوگاه رفح در غزه (اردوگاه آوارگان فلسطینی) چشم به جهان گشود. پس از پایان تحصیلات دوره متوسطه، در دانشگاه بیرزیت در رشته علوم و ریاضیات مشغول به تحصیل شد.
سپس در قدس به تدریس پرداخت. آنگاه به مصر رفت و در دانشگاه اسکندریه مصر به تحصیل در رشته پزشکی پرداخت و پس از پایان تحصیلات برای طبابت به قدس بازگشت.
مبارزات سیاسی وی به نیمه دهه شصت که مصادف با نوجوانی وی بود برمیگردد. در سال 1968 م به جنبش اسلامی فلسطین پیوست و سرانجام در پایان دهه هفتاد با همراهی جمعی از دوستانش، جنبش جهاد اسلامی فلسطین را تأسیس کرد.
در سال 1979 به خاطر نشر کتابی درباره انقلاب اسلامی ایران از سوی دولت مصر بازداشت شد. در فلسطین نیز بارها در سال 1983م و 1986م بازداشت و زندانی شد تا اینکه در پی انتفاضه مردمی فلسطین در اگوست 1988م وی را به اتهام "رهبری کردن جنبش جهاد اسلامی از داخل زندان" به لبنان تبعید کردند.
از آن زمان فعالیت خود را در پایتختهای جهان اسلام برای استمرار جهاد علیه صهیونیستها ادامه داد دکتر فتحی شقاقی، مهمترین نظریهپرداز جهاد مسلحانه علیه صهیونیستها به شمار میرود.
وی مدتها پیش از سایر رهبران گروههای فلسطینی به این نتیجه رسیده بود که تنها راه نجات فلسطین "جهاد مسلحانه و مکتبی" است، از دیدگاهی مثبت نسبت به انقلاب اسلامی ایران برخوردار بود و همواره از مجاهدان شیعه جنوب لبنان با اعجاب و تحسین یاد میکرد. در مورد مسایل داخلی فلسطین نیز بر ضرورت همدلی میان گروههای فلسطین تأکید داشت. وی در عین حالیکه یک مبارز و یک شخصیت سیاسی بود، متفکر و اندیشمند نیز به شمار میرفت.
آخرین بار وقتی برای پیگیری مشکل آوارگان فلسطینی به لیبی رفته بود در راه بازگشت در 26 اکتبر 1995م توسط عوامل موساد در مالت به شهادت رسید.
وی هنگام شهادت متأهل و دارای 3 فرزند بود.
پیکرش را پس از تشییع باشکوه در اردوگاه آوارگان فلسطینی در سوریه (اردوگاه یرموک) به خاک سپردند.