نهم خردادماه سال 1379، عمادالدین باقی از شعبه 1410 دادگاه عمومی تهران با قرار بازداشت موقت روانه زندان شد. او به دنبال 13 مورد شکایت از سوی حفاظت اطلاعات، نیروی انتظامی، وزارت اطلاعات، صداوسیما، مدیرکل سابق اطلاعات قم و چندتن از اشخاص حقیقی دیگر محاکمه میشد. اتهامات او شامل، اهانت به مقدسات، اقدام علیه امنیت ملی، نشر اکاذیب، تشویق اذهان عمومی و تهمت و افترا به اشخاص حقیقی و حقوقی و نهادهای رسمی بود. باقی پس از هفت جلسه محاکمه در شعبه 1410، به هفت و نیم سال زندان محکوم شد که 5/5 سال آن با عنوان حبس تعزیری صادر شده بود.
دادگاههای باقی به صورت نیمه علنی و بدون حضور هیئت منصفه برگزار شد.
عمادالدین باقی در کنار اکبر گنجی (که وی نیز چندی پیش از باقی و به علت شرکت در کنفرانس برلین بازداشت شده بود) از مشهورترین روزنامهنگاران دو دهه گذشته بودهاند. حتی میتوان آنان را در طول تاریخ مطبوعات ایران نیز در کنار چند اسم مشهور تاریخی قرار داد.
عمادالدین باقی در ابتدای پیروزی انقلاب همچون اکبر گنجی و بسیاری از همسالان خود به عضویت سپاه پاسداران انقلاب اسلامی درآمد و در دفتر سیاسی آن مشغول به کار شد. مقالات انتقادی او علیه انجمن حجتیه که بعدها با نام حزب قاعدین زمان به صورت کتابی منتشر شد، مهمترین اثر وی در این دوران است. این مقالات در روزنامه اطلاعات منتشر میشد و بعدها که به صورت کتابی درآمد، دهها هزار نسخه از آن به فروش رفته و نایاب شد. باقی تا سال 1363 در سپاه فعال بود و پس از آن برای آموختن دروس حوزوی به قم رفت. او دوازده سال در حوزه قم مشغول به تحصیل بود. شاید شگفتانگیز باشد که باقی بعدها به علت نوشتن مقالهای درباره «قصاص و اعدام» و بیان نظری فقهی در این باره محکوم به زندان طویلالمدت شده باشد. باقی در آن سالها چندین پروژه تحقیقی هم برای موسسه نشر آثار امام خمینی(ره) که انصاری سرپرستی آن را برعهده دارد انجام داد. از جمله اتهاماتی که عمادالدین باقی درباره آن به دادگاه فراخوانده شد، طرح مسئله درگذشت مشکوک سیداحمد خمینی بود. باقی مطلبی را به نقل از نیازی از قول سیدحسن خمینی مطرح کرده بود. وقتی قاضی مرتضوی گفت که نیازی در استعلامی گفته وی را نپذیرفته است، باقی تاکید کرد که من از سیدحسن خمینی استعلام میآورم. ابتدا پیامی شفاهی از جانب سیدحسن خمینی و توسط حمید انصاری به دادگاه ارسال شد که قاضی آن را نپذیرفت و بعدها این پیام به صورت مکتوب نیز درآمد، لیکن باز هم در سرنوشت باقی اثری نداشت... عمادالدین باقی پس از آن به اتاق سکوت رفت و در طی دو سالی که از زندانی شدن وی میگذرد، بیش از آنکه خودش سخن بگوید، درباره او سخن گفته میشود. اولین بار که باقی از زندان بیرون آمد برای شرکت در مراسم جشن ازدواج فرزندش بود. پاییز سال 1379، وقتی که بالاخره محمد قوچانی پس از مدتی بازداشت آزاد شده بود، جشن ازدواج وی با فرزند باقی برگزار شد و با پیگیری رییس مجلس باقی نیز موفق شد که در اواخر مراسم به جمع خانوادهاش بپیوندد. در این مراسم، حجاریان، کدیور، علویتبار، رییس مجلس و برخی نمایندگان اصلاحطلب نیز حضور داشتند. دوم آبانماه 1379 نیز خبر رسید که محکومیت 5/7 ساله باقی در دادگاه تجدیدنظر به 3 سال کاهش یافته است. در این زمان در حالی که تاکید میشد محاکمه باقی و گنجی ربطی به پرونده قتلهای زنجیرهای ندارد، مسعود دهنمکی طی اظهارنظری پیشنهاد کرده بود «در دادگاه قتلهای زنجیرهای در کنار سعید اسلامی، موسوی و علیخانی باید حجاریان، گنجی و عمادالدین باقی هم محاکمه شوند، در این صورت رسیدگی کامل و جامع خواهد بود.»
دیماه سال 79 کمیسیون اصل نود، گزارشی به مجلس داد و نحوه بازداشت، دادرسی و صدور حکم برای متهمان مطبوعاتی و از جمله عمادالدین باقی را نادرست ارزیابی کرد. دادگستری کل استان تهران در واکنش به این گزارش، اطلاعیهای صادر کرده و گزارش مزبور را فاقد وجاهت و استدلال معرفی کرد.
در این اطلاعیه به پرونده باقی نیز اشاره شده و با اشاره آنکه مقالات باقی در کتابی به نام تراژدی دموکراسی منتشر شده تاکید کرد که محاکمه وی ارتباطی با قانون مطبوعات نداشته است. لیکن صالح نیکبخت وکیل عماالدین باقی در گفتوگویی یادآوری کرد که همه شکایتهای پرونده باقی با استناد به مطالب مطبوعات بوده است. در آن زمان هر دو جلد کتاب «تراژدی دموکراسی در ایران» نیز جمعآوری شده بود.
در حالی که تلاش برای تخفیف محکومیت باقی ادامه داشت و حتی آیات عظام، موسویاردبیلی، صانعی، گرامی، معرفت و بجنوردی در پاسخ به استفتایی درباره مقاله اعدام و قصاص آن را مصداق اهانت به اسلام و قرآن ندانسته بودند و حتی مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم نیز اواخر مهرماه طی اطلاعیهای تاکید کرده بود که در این مقاله «هیچگونه اهانت و توهینی نسبت به مقدسات اسلام و احکام نورانی قرآن کریم مشاهده نمیشود»، با این حال برخی عناصر جناح راست اظهارات شگفتآوری میکردند. فرضا محمدرضا باهنر در اظهارنظری گفته بود: «اگر باقی و گنجی نتوانند سخنان خود را ثابت کنند، محاربند و حکم آنان اعدام است!» فاطمه کمالی، احمد سرابی، همسر باقی، که پس از دستگیری وی فعالیت زیادی برای رهایی وی انجام داده بود در واکنش به این سخنان نامهای تند نوشت که 21 آذرماه 1379 در روزنامه دوران امروز منتشر شد. او نوشته بود: «گذشته از بیصلاحیتی باهنر در این اظهارنظر خاص، [پرسش از] مسئولان قضایی این است که چرا در برابر اعمال فشارهایی چنین، از ناحیه راست، بر قوه قضاییه، سکوت کردهاند؟ سعید حجاریان به محض اعلام نظری درباره قتلهای زنجیرهای به دادگاه فراخوانده میشود و با قرار کفالت آزاد میشود. اما... و محمدرضا باهنر آزادند هر فشاری میخواهند نثار قوه قضاییه کنند...»!
یکسال گذشت. باقی و گنجی و چند روزنامهنگار دیگر که در زندان بودند از سیدمحمد خاتمی برای دور دوم ریاست جمهوری حمایت کردند. بعد از آن کمتر خبری درباره او منتشر شده است. باقی برخلاف گنجی در این مدت مقالات زیادی ننوشته است و ترجیح میدهد که کمتر سخن بگوید. در اولین نوشتهای که باقی از اوین فرستاده بود و بهمنماه 79 در پیام امروز منتشر شد، آورده بود: «زندان اوین گرچه در درون شهر تهران است اما از درون آن که نگاه میکنی چون دیار فراموششدگان است. زندانیان افراد «تنها»یی هستند که در بیرون فقط دلی در خانوادهای برای آنها میتپد. روزانه صدها اتومبیل از جلوی اوین عبور میکنند و شاید کسی با خود به آنسوی دیوار نمیاندیشد. همگان چنان در آزادی عمل خود و مسایل زندگی غرقه هستند که شاید متوجه نشوند از کنار اوین عبور میکنند و آدمهایی در این جزیره ناپیدا چون شمع آب میشوند» و در همین ماه در شماره چهارم ماهنامه جامعه نو نیز نوشته است:
«صبح دولت میدمد کو جام همچون آفتاب
فرصتی زین به کجا باشد بده جام شراب
شراب من نیز در این بیغوله و کنج اوین کار است و کتاب. روزی یکی از مسئولان زندان نزد ما آمده بود. گویی که میخواست منتی هم بر ما بگذارد. با حسرت کاذبی میگفت خوشا به حال شما، فرصت مطالعه و تحقیق دارید، از مسئولیت و دردسر و غم و غصه و گرفتاریهای بیرون هم معاف هستید. به او گفتیم آیا خودت هم باور میکنی؟ اگر اینقدر زندان مطلوب است آیا یک هفته حاضر نیستید در اینجا بمانید؟ او از شنیدن این حرف هم وحشت کرد چه رسد به عملی شدن آن... به او گفتم حکایت ما همچون ابراهیم است که برای سوزاندن او به آتشش افکندند اما آتش او سرد شد.»
هفته پیش بار دیگر نام باقی و گنجی در مطبوعات کشور مطرح شد. آنان با آیتالله نمازی دادستان کل کشور در محل حبس خود دیدار کرده بودند. باقی در این دیدار به مقاله «اعدام و قصاص» خود اشاره کرده و در آن مورد توضیحات مفصلی داده بود. از جمله گفته بود: «در همان حکمی هم که دادند و البته برای دادسرای انتظامی قضات هم نوشتم، قاضی مربوطه مرتکب انکار شده است. یعنی در دو جا حکم قصاص را منحصر به اعدام کرده است. گفتم این اصلا خلاف نص قرآن است. مجازات سه گزینهای است؛ عفو، دیه یا قصاص. در درجه اول قصاص اگر نشد دیه و نهایتا هم عفو. چطور شما میگویید که انحصار در قصاص است؟ این انکار نص آیه قرآن است». وی سپس به یک سال حبس خود درباره شکایت فلاحیان اشاره کرده و گفته بود: «آن چیزهایی که نسبت به فلاحیان و بعضی دیگر در دادگاه گفته بودم همه مدارکش موجود است. پس یک حرف بدون سند هم ارایه نکردهام». باقی تاکید میکرد که به خانوادهام گفتهام «خیالتان راحت باشد که حداقل سه سال اینجا هستم.
در ادامه این دیدار اکبر گنجی نیز به بیان وضعیت خویش پرداخت. وی گفته بود: «مشکل اصلی من و آقای باقی این بود که ما راجع به پرونده قتلهای زنجیرهای نوشتهایم.»
اکبر گنجی نیز از چهارم اردیبهشت 1379 و پس از بازگشت از کنفرانس جنجالبرانگیزی که در برلین برگزار شده بود، به زندان رفت و تاکنون در حبس بوده است، گنجی در ماههای اول به صورت انفرادی نگهداری میشد. به دنبال اعتراضهایی که نسبت به بازداشت وی صورت گرفت دادگستری تهران اطلاعیهای صادر کرد و اتهام «ارتباط با یک افسر آمریکایی و ملاقات با رهبران گروههای ضدانقلاب خارج از کشور» را نیز بر اتهامات وی افزود: اما گنجی در سومین نامهاش به رییس قوه قضاییه این اتهام را رد کرد و نوشت: «سیزده سال پیش از سوی وزارت ارشاد به مدت سه سال به رایزنی فرهنگی جمهوری اسلامی در آنکارا مامور شدم. پس از گذشت 13 سال این اتهام برای اولین بار توسط دادگستری در کیهان مطرح میشود. دستگاههای اطلاعاتی ـ امنیتی و قوه قضاییه در این مدت چه میکردند که این مسئله هیچگاه مطرح نشد.»
به دنبال انتشار این نامه دادگستری اعلام کرد که علاوه بر اتهامات پیشین، اتهامات مهمتری نیز متوجه اوست و تحقیق درباره آنها به طور گستردهای ادامه دارد. گنجی برخلاف باقی فعالیت نوشتاری خود را پس از زندان کاهش نداد. او در نامهای به فرزندانش نوشت: «فرزندان عزیزم منتظر باشید...»
پرونده گنجی جنجال بیشتری داشت. هفتم آبان 1379، غلامعلی ریاحی وکیل اکبر گنجی اعلام کرد که رییس شعبه سوم دادگاه انقلاب قرار بازداشت موقت گنجی را به هفتاد میلیون تومان وثیقه تبدیل کرده و روز بعد گنجی آزاد خواهد شد. لیکن این اتفاق نیفتاد چرا که گنجی با قرار بازداشت موقت دادگاه مطبوعات در زندان باقی ماند. به گفته ریاحی، گنجی با دو قرار بازداشت در زندان به سر میبرد. از دوازدهم آبان 79 محاکمه متهمان کنفرانس برلین آغاز شد و اکبر گنجی نیز از جلسات بعدی در دادگاه حاضر گردید. گنجی در پنجمین جلسه دادگاه که نوزدهم آبانماه برگزار شد در لحظه ورود به دادگاه فریاد میزد که با زور لباس زندان را به وی پوشاندهاند. چند روز بعد که چند تن از اعضای کمیسیون اصل نود به دیدار وی رفته بودند از اعتصاب غذای وی خبر دادند. او در همان دیدار گفته بود: «ما سوخت موتور اصلاحاتیم. میخواهیم اصلاحات در نظام جمهوری اسلامی شکل بگیرد و پایدار بماند. برای استمرار قانون حاضریم هزینه شویم.»
اوایل آذرماه 79 نامه حجاریان و کدیور خطاب به گنجی منتشر شد که از وی خواسته بودند اعتصاب غذای خود را بشکند و او نیز چنین کرد. دوازدهم آذرماه که گنجی بار دیگر به دادگاه رفته بود درباره قتلهای زنجیرهای نیز صحبت کرد و نامهایی را بر زبان آورد. روز بعد روزنامه رسالت در سرمقاله خود با انتقاد از قاضی به علت «ارایه ژست دادگاهی باز و دموکراتیک» نوشته بود: «البته جلسه دادگاه گنجی تنها یک حسن داشت و آن معرفی شاه کلیدی بود که امثال گنجی ماهها افکار عمومی را برای شناختن آن سرکار گذاشته بودند. چرا که مخاطبان اینگونه پیامها به دنبال بالاتر از فلاحیان بودند و با شنیدن سخنان گنجی میتوانستند به فریبخوردگی خود به خوبی پی ببرند!» بیستم آذرماه نیز روزنامه جمهوری اسلامی تکذیبیه درینجفآبادی را منتشر کرد. وزیر مستعفی اطلاعات پیرامون اظهارات گنجی گفته بود: «همانطوری که قبلا به اطلاع ملت شریف رساندم، بنده در جریان این مسئله نبودم و هرگونه اطلاعی در این رابطه را تکذیب میکنم.»
وی همچنین تاکید کرده بود: در این مسئله نه حکمی بوده و نه فتوایی، متهمین خود باید پاسخگوی اعمال خویش باشند. اما دادگاه گنجی واکنشهای دیگری هم داشت. رییس دادگستری استان تهران درباره اعتراض گنجی به نحوه پوشاندن لباس گفته بود: مگر جلسه دادگاه علنی نبود؟ مگر مصلحین و علما به خاطر حفظ اسلام خود را حتی به کشتن نمیدهند؟ فرضا که دادگاه به او ظلم کرده و او را کتک زدهاند که به خدا قسم نزدهاند، آیا او باید در جلوی دوربین خبرنگاران داخلی و خارجی حیثیت دادگاه اسلامی را زیر سئوال ببرد که رادیو اسراییل آن خبر را اعلام کند؟
وی افزود: بعد میگویید چنین فردی انقلابی و مصلح است؟ بنده اعلام میکنم اینها اصلاحطلب نیستند و مفسدند!
محسنیاژهای نیز در واکنشی به سخنان گنجی گفته بود: «به زودی درباره ادعای گنجی درباره قتلهای زنجیرهای پاسخ خواهم داد.» و ترجمه آیهای از قرآن را نیز خوانده بود: «این مومنان هرگاه فاسقی خبری برای شما آورد درباره آن تحقیق کنید.»
جالب آنکه محمدجواد لاریجانی نیز به سخنان گنجی واکنش نشان داده و طی سخنانی وی را عضو باند مهدی هاشمی معرفی کرد. گنجی از این سخن لاریجانی شکایتی نیز به دادگاه کرده است. چندی بعد یکی از نشریات راست شایعه خودکشی گنجی را منتشر کرد. سوم دیماه 1379، گنجی نسبت به انتشار این شایعه واکنش نشان داد. او تاکید میکرد که این شایعات زمینهسازی برای آینده است. روز بعد یکی از نمایندگان محافظهکار مجلس طی سخنانی از «عدهای دوستان نادان و دشمنان دانا که خود را پرچمدار اصلاحات میدانند» انتقاد کرده و گفته بود: «به دفاع از سروش و کدیور به چهره مصباح و هاشمی جنگ میزنند، به حمایت از عبدی و گنجی به یزدی و شاهرودی اهانت میکنند و به جانبداری از ملوس و منوچ علیه خزعلی و جنتی قیام میکنند.» اواخر دیماه بود که کمیسیون اصل نود صدور قرار بازداشت موقت برای باقی، شمس، گنجی و زیدآبادی را دارای اشکال معرفی کرد.
همچنین، حکم گنجی در رابطه با کنفرانس برلین نیز اعلام شد. گنجی به ده سال حبس و پنج سال تبعید به منطقه بشاگرد محکوم شده بود.
اواخر اسفند 79 نیز خبری مبنی بر فوت گنجی بر تلکس ویژه خبرگزاری منتشر شده بود که به سرعت تکذیب شد. از اواسط اردیبهشت 80 و با نزدیکتر شدن انتخابات هشتم ریاست جمهوری، علی فلاحیان که به عنوان نامزد انتخابات در جلسات مختلفی شرکت میکرد بارها از جانب شرکتکنندگان درباره قتلهای زنجیرهای مورد سئوال قرار گرفت. یکبار در جلسهای که در قم برگزار شده بود دانشجویی به وی گفته بود: «شما گفتهاید گنجی رماننویس است. آیا رماننویس نباید در بوته نقد قرار گیرد و لااقل بتواند از خود دفاع کند؟ پس چرا رماننویس ما در حال پوسیدن است؟» فلاحیان در حالی که حضار کف میزدند گفته بود: «ایشان براساس جرایم دیگر در زندان هستند و در رابطه با خودم، من هیچ شکایتی از وی ندارم.»
در آستانه انتخابات باز هم شایعه آزادی گنجی با سپردن وثیقه منتشر شد لیکن این حادثه محقق نشد، حکم گنجی در دادگاه تجدیدنظر از 10 سال حبس و 5 سال تبعید به 6 ماه تقلیل یافته بود. در همان زمان خبر حمایت گنجی و باقی و شمس از سیدمحمد خاتمی در انتخابات ریاست جمهوری منتشر شد. باقی در نوشته اخیرش در جامعه نو، آورده است: «پس از 18 خرداد 80 به برکت انتخاب مجدد آقای خاتمی و به پاس حمایت جمع ما زندانیان و خانوادههایمان از نامزدی وی از بند 325 که ساختمانی قدیمی و متعلق به سیدضیا بود و درختان زیبا و رعنای چنار سایبانش بود به زیرزمین قرنطینه منتقل شدیم.» که تاکنون هم در آنجا ماندهاند.
پس از انتخاب خاتمی، شایعه آزادی گنجی نیز منتفی شد. 25 تیر ماه 1380، مجددا در رای دادگاه گنجی تجدیدنظر شده بود و اینبار حکم وی 6 سال اعلام شد. قاضی دادگاه تجدیدنظر خواستار مناظره با قاضی دوم شد لیکن علیزاده، رییس دادگستری تهران آن را نپذیرفت.
قوامی، رییس کمیسیون قضایی مجلس در اعتراض به حکم جدید گفته بود: دادگاه تجدیدنظر بدون شنیدن دفاعیات گنجی، حکم او را تشدید کرد.
گنجی در سال 80 نیز همچنان خبرساز بود. انتشار مقالات متعددی از وی که در سال 81 حتی در روزنامه ایران نیز منتشر شد میزان فعالیت وی را نشان میدهد.
روز شنبه، چهارم خرداد، اظهارات گنجی در دیدار با دادستان کل کشور منتشر شده است. آیتالله نمازی پس از شنیدن سخنان باقی و گنجی گفته است: «برای داوری و تظلمخواهی، بهترین مرجع مقام ولایت است. پیشنهادم این است که به جای آنکه پناهنده شوید یا چیزی به کفار بنویسید که عمق کینه ما در دلشان است، به مقام ولایت تظلمخواهی کنید. نباید از اسلام و انقلاب مایوس شد.»
زمانی احمد بورقانی، در اولین سالگرد زندانی شدن گنجی نوشته بود: «گنجی و گنجیها از میان مردم برآمدهاند، با مردم زیستهاند، عهد و پیمان بستهاند برای مردم قلم بزنند. گنجی و گنجیها را میتوان حبس کرد اما آیا اندیشه را نیز میتوان به حبس کشاند؟ دشوار نخواهد بود که مخالفان همین دوره یک ساله حبس گنجی را نقد و بررسی کنند. اگر ثمر و بهرهای در آن دیدند، راهی را که برگزیدهاند تداوم بخشند. اگر نه، اطمینان داشته باشند هیچ منصفی ایشان را برای بازنگری در رفتار و کردارشان ملامت نخواهد کرد. فرصتها چون ابر بهاری میآیند، فرو میریزند و میگذرند و نمیتوان امید داشت که فردا نیز بازآیند.»