هیأت رئیسه سِنّى که در اوّلین جلسه مجلس خبرگان، بر اساس سنّ نمایندگان، تعیین مىشود.هیأت رئیسه دوم، هیأت رئیسه دائم است. این هیأت، مرکَّب از رئیس، دو نایبرئیس، دو منشى و دو کارپرداز است که از میان اعضاء، براى مدّت دو سال و با رأى مخفى، انتخاب مىشوند.
مجلس خبرگان، از دو بخش هیئت رئیسه و کمیسیونها تشکیل مىشود:
الف) هیأت رئیسه؛ مجلس خبرگان، داراى دو گونه هیأت رئیسه است: هیأت رئیسه سِنّى که در اوّلین جلسه مجلس خبرگان، بر اساس سنّ نمایندگان، تعیین مىشود که مسنترین فرد از خبرگان حاضر، به عنوان رئیس سِنّى و فرد بعدى به منزله نایبرئیس و دو نفر از جوانترین خبرگان حاضر، به سِمَت منشى، معیَّن مىشوند و در جایگاه مخصوص قرار مىگیرند.
هیأت رئیسه سنّى، وظایف زیر را بر عهده دارد:
- اداره جلسه افتتاحیه؛
- انجام دادن مراسم تحلیف؛
- اجراى انتخابات هیئترئیسه دائم.
هیأت رئیسه سِنّى، با انتخاب اعضاى هیأت رئیسه دائم، به کار خود پایان مىدهد. مدّت زمان هیأت رئیسه سِنّى، فقط در اوّلین جلسه هر دوره از مجلس خبرگان است. هیأت رئیسه دوم، هیأت رئیسه دائم است. این هیأت، مرکَّب از رئیس، دو نایبرئیس، دو منشى و دو کارپرداز است که از میان اعضاء، براى مدّت دو سال و با رأى مخفى، انتخاب مىشوند.
انتخاب رئیس، با رأى اکثریّت مطلق حاضران و انتخاب نوّاب رئیس و منشیان و کارپردازان، هر کدام جداگانه و با اکثریّت نسبى و به صورت مخفى خواهد بود. در صورتى که در انتخاب رئیس، در مرحله اوّل، اکثریّت مطلق حاصل نشود، از بین دو نفرى که بیشترین رأى را کسب کردهاند، با رأىگیرى مجدّد و اکثریّت نسبى، رئیس، انتخاب مىشود. ریاست مجلس خبرگان، علاوه بر اداره جلسات مجلس خبرگان، بر کلّیّه امور ادارى، مالى، استخدامى و سازمانى مجلس خبرگان، نظارت دارد و باید با ارتباط منظَّم با رهبرى، شرایط را براى انجام دادن وظایف مجلس خبرگان آسان کند. وى، مصوَّبات قانونى مجلس خبرگان را امضا و به مراجع ذىربط ابلاغ مىکند. رئیس مجلس خبرگان، موظَّف است گزارشى سالانه از عملکرد و اقدامات هیأت رئیسه را به مجلس خبرگان ارائه کند.
ب) کمیسیونها؛ به منظور بررسىهاى کارشناسى و تهیّه گزارش جهت طرح در جلسات رسمى، کمیسیونهاى زیر در مجلس خبرگان تشکیل شده است:
1. کمیسیون اصل 108 قانون اساسى
به منظور بررسى و تدوین قوانین مربوط به خبرگان، از جمله انتخابات و آییننامه داخلى مجلس خبرگان، تشکیل مىگردد. اعضاى اصلى آن، یازده نفر و اعضاى علىالبدل، چهار نفرند.
2. کمیسیون امور مالى و ادارى
به بررسى امور مالى و ادارى مجلس خبرگان مىپردازد، داراى نه عضو اصلى و سه عضو علىالبدل است.
3. کمیسیون اصل 107 و 109 قانون اساسى
به منظور آمادگى خبرگان براى اجراى اصل یکصدوهفتم و شناخت حدود و شرایط مذکور در اصل پنجم و یکصدونهم قانون اساسى، کمیسیونى مرکّب از یازده نفر عضو اصلى و چهار نفر عضو علىالبدل، تشکیل مى شود تا در باره همه موارد مربوط به شرایط و صفات رهبر و در باره همه کسانى که در مظانّ رهبرى قرار دارند، تحقیق و بررسى به عمل آورد و نتایج آن را به هیأت رئیسه ارائه کند. گزارش این کمیسیون، سرّى تلقى مىشود و به صورت اسناد طبقهبندى شده، حفاظت مىگردد و بدون تصویب مجلس خبرگان، در اختیار دیگرى قرار نمىگیرد، مگر رهبرى، که عنداللزوم به اطّلاع وى مىرسد.
4. کمیسیون سیاسى - اجتماعى
به منظور آگاهى مستمر اعضاى مجلسخبرگان از تحوّلات مهمِّ داخلى و جهانى، به ویژه در زمینه مسائل سیاسى، فرهنگى، مدیریّتى، امنیّتى و اقتصادى تشکیل مىشود و موظَّف است با تشکیل جلسات با حضور نخبگان و مسئولان امور سیاسى، امنیّتى، فرهنگى، اقتصادى، اجتماعى، مسائل مهم داخلى و جهانى را که به نحوى، به انجام وظایف خبرگان، به ویژه وظایف مذکور در اصول یکصدوهفتم و یکصدونهم قانوناساسى، مربوط مىشود، مورد بررسى قرار دهد و گزارش آن را به هیأت رئیسه تقدیم کند تا در اوّلین اجلاسیّه خبرگان، به اطّلاع اعضا رسد.
5. کمیسیون تحقیق موضوع اصل 111 قانون اساسى
به منظور اجراى اصل یکصد و یازدهم قانون اساسى و براى نظارت بر استمرار شرایطى که در اصل پنجم و یکصدونهم قانون اساسى براى رهبرى ذکر شده است و تصمیمگیرى در موارد فقدان آن، تشکیل مىشود.
تحقیقات و مذاکرات این کمیسیون، محرمانه است. مجلس خبرگان، به وسیله این کمیسیون، موضوع نظارت بر رهبرى را به اجرا مىگذارد. این کمیسیون، باید هرگونه اطّلاعات لازم را در رابطه با اصل صدویازده، در محدوده قوانین و موازین شرعى، تحصیل کند و نسبت به صحّت و سُقْم گزارشهاى مربوطه، بررسى لازم را به عمل آورد. سایر اعضاى خبرگان نیز، اطّلاعات خود را در باره اصل صدویازده، در اختیار این کمیسیون قرار مىدهند. کمیسیون، بعد از بررسى و تحقیق، در صورتى که مطالب مذکور را براى تشکیل اجلاس خبرگان، کافى نداند، موضوع را با عضو یا اعضاى خبرگان که اطّلاعات را در اختیار گذاردهاند، در میان مىگذارد و توضیحات خود را ارائه مىکند و در صورتى که آنان قانع نشدند، اگر اکثریّت نمایندگان، تقاضاى تشکیل جلسه فوقالعاده را کنند، اجلاسیّه مجلس خبرگان، برگزار مىشود.
6. کمیسیون بررسى راههاى پاسدارى و حراست از ولایت فقیه
به منظور بررسى راههاى مناسبِ پاسدارى و حراست از ولایت فقیه، تشکیل مىگردد. اهم وظایف آن، ارائه پیشنهاد به هیأت رئیسه در این امور است:
1. تحقیق و پژوهش در موضوع حکومت اسلامى، بالاخص ولایت فقیه، تألیف و نشر آن به صورتهاى مناسب و پاسخ به شبهات؛
2. معرّفى ولایت فقیه در مجامع علمى داخل و خارج کشور و در سطح عموم مردم؛
3. بررسى شیوههاى مناسب تدریس و ترویج اندیشه حکومت اسلامى و ولایتفقیه، در سطوح مختلف تحصیلى دانش آموزان و دانشجویان و نیز در سطح رسانههاى عمومى، خصوصاً صدا و سیما و ارائه راهکارهاى مناسب به هیئت رئیسه مجلس خبرگان.