اکبر گنجی با ارسال یادداشتی به اظهارات اخیر علی فلاحیان وزیر پیشین اطلاعات پاسخ گفت. فلاحیان مطالب گنجی را داستان خوانده بود. در بخشهایی از این یادداشت آمده است:
آقای فلاحیان گفته است: «همه میدانند هر آنچه را که اکبر گنجی مینویسد بر پایه تخیلات اوست و عمدتاً جنبه داستانی دارد و شاید داستانهای او که از دروغ نشأت گرفته به بعضیها هیجان ببخشد. کتاب تاریکخانه اشباح او نیز غلو و دروغ محض است».
آقای فلاحیان حتماً سخن دوست هم فکر هم مدرسهای خود، روحالله حسینیان، را دروغ و داستان نمیداند که گفته سعید امامی صدها عملیات موفق در خارج از کشور داشته است و معتقد بود که مخالفان را باید از دم تیغ گذراند. از طرف دیگر آقای فلاحیان این سخن آقای هاشمیرفسنجانی را که سعید امامی موشک به بلژیک برد تا روابط ایران و اروپا را تخریب کند را نیز دروغ نمیدانند. آقای هاشمی رفسنجانی آن دوران را تمیزترین دوران وزارت اطلاعات خواندهاند و آقای فلاحیان میگویند: «زمانی که من در رأس کار بودم امامی آدم بدی نبود».
بله در تمیزترین دوران، آدم خوبی چون سعید امامی دهها تن از دگراندیشان را به قتل رساند. مشکلات شخصی شاه کلید (سیامک سنجری و فاطمه قائممقامی) را از میان برد تا آبروی وجود نداشته شاه کلید ظاهراً حفظ شود.
[...]
آقای فلاحیان سخنان مرا داستان تخیلی خوانده است، اما بهتر است ایشان توجه داشته باشند که این داستان بخشهای شنیدنی ناگفتهای دارد [...] به عنوان نمونه [...] میخواستم مسئله قتل رضا مظلومان را مطرح کرده و روشن کنم که رضا مظلومان عامل چه کسی بود و چگونه به فرمان شاه کلید به قتل رسید و آن فرد شش ماه تحقیق میکرد تا بفهمد چه کسی رضا مظلومان را به قتل رسانده است؟ تا این که یکی از فرنگیکاران سابق نزد او رفته و اثبات کرد که رضا مظلومان به دستور شاه کلید به قتل رسیده است.
در یکی از بخشهای داستان تخیلی ـ واقعی من، اصلاحطلبان مجلس ششم با تشکیل «کمیته ملی حقیقتیاب»، شاه کلید را علناً به پرسش خواهند گرفت و با بر ملا کردن حقایق، نشان خواهند داد که آن عاشق گوشت آهو که از حیاط خوفیه برای نگهداری آهوی زنده مطبوع طبع استفاده میکرد، در راه هوسهای شخصی زندگی چه کسانی را به باد داد.