میرزافتحعلی آخوندزاده صاحبرأیی کمنظیر در میان منورالفکران عهد قاجاریه به شمار میرود. کمنظیری وی نه به خاطر دانش شگرف و مبارزات سیاسیش است، زیرا در دانش ملکمخان سرامد روشنفکران این عصر بود و در وادی مبارزات سیاسی نیز رهتوشۀ شایستهای به همراه نداشت. یگانگی آخوندزاده را باید در رویکرد وی نسبت به دردشناسی و درمانگری احوال پریشان ایرانیان جستجو کرد.
از بررسی آرا و نظریات وی چنین استنباط میشود که او «دیسپوتیزم» و «فناتیک» را دو بنیاد مهم در عقبماندگی ایرانیان میانگارد. آخوندزاده دیسپوتیزم را نوعی از حکومت میداند که سلطان به هیچ قاعده و قانونی مقیّد نباشد و بر جان و مال مردمان تسلط تام و تمام داشته باشد. در چنین حکومتی، مردمان عبد دنی و رذیلاند و از حقوق آزادی و بشریت به کلی محروم. نکته حائز اهمیت در این میان، تحلیل وی از نحوۀ پیدایش حکومت خودکامه در ایران است. آخوندزاده ظهور حکومت دیسپوتیستی را با یورش تازیان و زوال دولت پارسیان قرین میداند. از نظر وی تمام فرمانروایان عصر اسلامی، کلاً دیسپوت و شبیه حرامی باشیان بودهاند. برخلاف حکومتگران عهد باستان که به خودسری، فرمان نراندند و امور کشور را با رأی شورای طبقات مردم اداره کردند. از اینرو با فردوسی همزبانی میکند که:
کزین پس شکست آید از تازیان
ستاره نگردد مگر بر زیان
این طرز تلقی چهرۀ یک ملّی باور (ناسیونالیست) باستانگرا و ضدعرب را از وی ترسیم میکند. ملّیگرایی رؤیارویی که برای اثبات فرضیۀ خود به دفاع از حکومتهای پیش از اسلام میپردازد و آنها را دموکرات قلمداد میکند.
از دیدگاه آخوندزاده، واپسگرایی (فناتیک) به عنوان دومین عامل پریشاناحوالی ایرانیان، آمیزهای از اندیشه و عمل دینداران را تشکیل میدهد که براساس آن، خرافات و پندارهای خیالی رنگ حقیقت به خود میگیرند و انسانها را افسون میکنند. افسونی که افیون تودههاست و زبانی جز خشونت با مخالفان و کشتار بیرحمانۀ آنان نمیشناسد. وی با تذکر این موضوع در بخشی از مکتوبات خود اشاره میکند که: «نتیجۀ بشارتی که سعد وقاص خبر داده بود این شد! تنها اهل ایران نیست خود عربها به چه روز رسیدند. حالا در دنیا کمنامتر و بدبختتر از عربها طایفهای نیست. پس چرا دین اسلام مایۀ سعادت ایشان نشد... هرگاه در بتپرستی باقی میبودند یحتمل به روزی میرسیدند. احتمال زیاد میرود که افسانههای عقاید اسلامیه، آن بیچارگان را نیز از طوایف «سیویلزه» شده عقب انداخت» از این عبارات معلوم میشود که منظور او از واپسگرایی، خرافاتی به نام دین نیست، بلکه خرافاتی در قالب دین است. شاید در دورۀ معاصر وی نخستین فردی باشد که چنین بیمحابا تمام عقاید اسلامی را بافتههای ذهنی میپندارد و باور به آنها را عامل پریشاناحوالی ایرانیان میداند.
اینک باید درمانگری آخوندزاده را نظاره کرد و چارهجوییهای وی را مورد توجه قرار داد. او برای نجات ایرانیان تحقق پنج اصل را اجتنابناپذیر میداند. اصول پنجگانۀ آخوندزاده چنیناند: تشکیل حکومتی قانونی، دفع عقاید دینیه و تحدید قدرت روحانیان، احیای روحیۀ وطنخواهی و ناسیونالیسم باستانگرا، گسترش علوم جدید و فرهنگ آزادیخواهی (لیبرالیستی) و جدایی دین از سیاست (سکولاریستی) و سرانجام تغییر الفبای عرب و برگزیدن الفبای لاتین.
برای دستیابی به علوم جدید، تشکیل مجمعها و فراموشخانه را ضروری میداند. آخوندزاده در این باره میگوید: «چه فایده، این حالت برای تو میسر نمیشود مگر با علم و علم حاصل نمیگردد مگر با ترقی و ترقی صورت نمیپذیرد مگر با لیبرال و لیبرال بودن نمیشود مگر با رستن از عقاید، چه فایده، مذهب تو و عقاید تو به لیبرال بودن تو مانعست.» بهعلاوه تنها طریق فائق آمدن بر واپسگرایی را در رونق دانشهای جدید میپندارد که به موازات آن باید روحانیون را محدود ساخت و دستگاه قضاوت را عرفی نمود و محاکم شرعی را تماماً برچید. دین جدیدی که وی مروج آن است، هویتسازی نو را اجتنابناپذیر میکند. پس باید ملّیگرایی بر بنیاد مفاخر باستانی به میدان آید و ایمانی به دیانت جدید بر این پایه فراهم آورد. دربارۀ تغییر الفبا نیز آخوندزاده را عقیده بر این است که دشواری آموختن الفبای عرب عامل، مهمی در بیسوادی و در نتیجه نادانی مردمان میباشد و گسترش واپسگرایی، ریشه در این وضعیت دارد. برای درمان این درد خانمانسوز باید بدون اتلاف وقت دست به کار شد و الفبای فرنگستان را به کار بست و به سرعت آموختن سواد را آغاز کرد.