حاج سیدمصطفی خمینی، نخستین فرزند امام، در ماه رجب 1349 قمری مطابق آذر ماه 1309 شمسی بدنیا آمد. در سن 15 سالگی به تحصیل علوم اسلامی پرداخته، تا حدود 22 سالگی سطح را به پایان رسانید و تقریبا در سن 27 سالگی به درجه اجتهاد رسید. استاد ایشان در مرحله اول امام خمینی و در مرحله دوم آیتالله بروجرودی بودند.
چند سالی نیز از حوزه درس آیتالله مرحوم حاج سیدمحمد داماد استفاده علمی کردند.
ایشان پیش از شهادت در حوزه علمیه نجف (تبعیدگاه خود) به تدریس خارج از اصول و تالیف و تضیف مشغول بوده و در رشتههای مختلف علوم کتابهائی نوشته که هنوز به چاپ نرسیده است و از آن جمله: «القواعد الحکمیه»، «القواعد الرجالیه»، القواعد الاصولبیه کتاب اجاره، کتاب البیع در 3 جلد، دو جلد کتاب در فقه «(مکاسب محرمه)» که در تبعیدگاه ترکیه برشته تحریر درآورده بودند، یک دوره «اصول مختصر و مفصل» که مفصلش از قرار معلوم و با تاسف به پایان نرسید، در مباحث خیارات نیز تا آخر خیار شرط نگاشته بودند، معظم مسائل کتاب صلوه که «ساواک» در یورش خود به خانه قائد بزرگ در قم آن را به یغما برد «مستندی بر تحریرالوسیله» امام خمینی نیز در دست نگارش داشتند، شرح زندگانی ائمه معصومین را نیز تا شرح زندگانی حضرت امام حسین(ع) نگاشته بودند، 1500 صفحه از تفسیر قرآن به سبک جدید تا آیه 23 از سوره بقره و...
ایشان در سال 1335 شمسی با دخت والاگرام حضرت آیتالله آقای حائری ازدواج کردند.
ساعت 3 بعد از نیمه شب 12 محرم 1383، مطابق 15 خرداد 1342 که مزدوران و دژخیمان طاغوت به خانه آقا مصطفی یورش بردند و امام را که در منزل ایشان بودند با خود بردند او که کار دیگری نمیتوانست بکند، با تمام نیرو فریاد برداشت که:
«مردم خمینی را گرفتند...»
«مردم خمینی را بردند...»
این خبر بگونهای برقآسا در سراسر قم پیچید و توفانی از خشم در میان تودههای مسلمان و انقلابی این شهر مذهبی برانگیخت. که... حاج آقا مصطفی به میان مردم رفت و با انبوه جمعیت بطرف صحن مطهر حرکت کرد و... مردم به رهبری ایشان وارد صحن حضرت معصومه(ع) شدند و از بلندگوی صحن که صدای آن تقریبا به سراسر قم میرسید به شعار دادن پرداختند و از توقیف و اسائه ادب نسبت به ساحت مقدس امام اظهار تنفر و انزجار کردند... و قیام تاریخساز امت مسلمان ایران آغاز شد.
در سپیدهدم روز 13 آبان ماه 43، اهالی شهر مذهبی قم که چشم از خواب گشودند، شهر را در اشغال دژخیمان خونآشام طاغوت دیدند... ساعت تقریبا 9 صبح فرزند برومند قائد بزرگ از منزل خارج گردید و به منظور ملاقات با مقامات روحانی قم راهی خانه آنان شد. عدهای از اهالی محل و روحانیون که توانسته بودند خود را به منزل قائل بزرگ برسانند ایشان را همراهی میکردند. آقای حاج آقا مصطفی پس از ملاقات با یکی از مقامات روحانی به تنهائی، و بیراهه جهت جلوگیری از جلبنظر ماموران ـ خود را به منزل آقای نجفی مرعشی رسانید (زیرا ماموران ـ خود را به تقاضای ملاقات فوری کرده بود) لیکن هنوز چند لحظهای از ورود ایشان به منزل آقای نجفی نگذشته بود که یکباره کماندوها و دژخیمان طاغوت از بام و دیوار وارد منزل شده حاج آقا مصطفی را دستگیر ساختند. و به شهربانی قم جلب کرده ساعتهای متمادی در آنجا تحت بازداشت نگهداشتند و عصر همان روز به تهران انتقال داده و در زندان قزلقلعه زندانی کردند: «امام خمینی در تاریخ 13 آبان ماه 1343 از ایران تبعید گردیدند.»
رژیم طاغوت میکوشید با مانورهای فریبنده، خشم و عصیان تودههای مسلمان ایران را که تا سرحد انفجار فزونی یافته بود تخفیف بخشد و از قبح و اهمیت احیای رژیم کاپیتولاسیون و تبعید قائد بزرگ تا حدی بکاهد درست در همان روزی که حسنعلی منصور در مجلس سنای طاغوت به دروغپردازیهائی مبنی بر موافقت امپریالیسم آمریکا با سلب مصونیت از اتباع آمریکائی در ایران در صورت تشخیص دولت ایران پرداخته بود، حاج آقا مصطفی را از زندان قزلقلعه آزاد ساخت تا حسننیت! خود را برای مردم ثابت کند... و تودهها را از شورش باز دارد. منتهی به منظور از بین بردن هرگونه اثر و نمونهای از قائد بزرگ بر آن شد که حاج آقا مصطفی را نیز بدست خود ایشان و به اسم سرکشی و دیدنی از پدر از ایران بیرون نماید. از این رو سرهنگ مولوی پیش از آزاد شدن ایشان در زندان با ایشان ملاقات کرده و پیشنهاد داد در صورتی که بخواهند میتوانند به ترکیه رفته از امام خمینی دیدن نمایند.
حاج آقا مصطفی روی نگرانیهائی که از سرنوشت ایشان داشت این پیشنهاد را پذیرفت و سرهنگ مولوی نیز بیدرنگ دستور داد برای ایشان پاسپورت صادر کرده بلیط هواپیما برای روز 29 شعبان رزرو نمودند تا پس از دیدار از خانواده خود د روز مقرر به ترکیه پرواز نمایند.
حاج آقا مصطفی پس از 57 روز زندان روز سهشنبه 24 شعبان، 8 دیماه، از زندان آزاد شده عازم قم گردید. پس از ورود به قم ایشان ابتدا به زیارت آستانه مقدسه مشرف شدند و علیرغم این که ورود ایشان به قم بدون اطلاع قبلی بود هزاران نفر از اهالی شهر و روحانیون در آستانه مقدسه در اطراف ایشان اجتماع کرده با شعارهای انقلابی ضدرژیم بار دیگر وفاداری خود را از قائد بزرگ اسلام و راه مقدس ایشان اعلام کردند و تا منزل ایشان را همراهی نمودند. این استقبال در آن شرایط خفقانبار برای رژیم خیلی گران و نگرانکننده بود و از این رو سرهنگ مولوی هنگام آزاد ساختن ایشان از زندان چندین بار تاکید کرده بود که طوری وارد قم شوند که سروصدا ایجاد نگردد! حاج آقا مصطفی پس از ورود به قم و ملاقات با اساتید و فضلای حوزه علیمه و مشاوره و تبادلنظر با آنان در مورد مسافرت خودشان به ترکیه به این نتیجه رسیدند که این مسافرت طبق خواست رژیم است که میخواهد ایشان را با پای خود و بی سروصدا تبعید نماید و بدین وسیله زمینه را جهت از بین بردن آثار و علائم قائد بزرگ اسلام بتدریج آماده سازد، از این رو از این مسافرت بکلی انصراف حاصل نمود.
سرهنگ مولوی از حاج آقا مصطفی به اصطلاح قول گرفته بود که یک روز پیش از موعدی که جهت حرکت ایشان به ترکیه معین شده در تهران حاضر شوند، آنگاه که از رفتن ایشان به تهران در موعد مقرر خبری نشد تلفنی با ایشان تماس گرفت و با لحنی بیادبانه و گستاخانه به نرفتن ایشان به تهران اعتراض کرد و از قرار معلوم پاسخ در خور و شایستهای هم دریافت داشت!
پیش از حدود یک ساعت و اندی از تلفنی با ایشان تماس گرفت و با لحنی نگذشته بود که یکی از مامورین عالیرتبه ساواک وارد قم شد و به ملاقات حاج آقا مصطفی شتافت و برای راضی کردن ایشان به سفر ترکیه کوشش فراوان بعمل آورد، ولی هر چه بیشتر کوشش کرد کمتر موفق شد، و بالاخره نومید و مایوس از همان راهی که آمده بود بازگشت!
رژیم شاه که نمیخواست احساسات و عواطف ملت ایران را با تبعید رسمی حاج آقا مصطفی جریحهدار سازد کوشید که با واسطه انداختن و پندواندرز خیرخواهانه! و بعنوان دلسوزی ایشان را راضی کند که با پای خود روانه تبعیدگاه شوند! و در نظم و امنیت!! کشور اخلال نکنند! ولی ایشان این اندرزهای دلالظلمه را نمیپذیرفت.
سرانجام در روز 29 شعبان 84 قمری سرهنگ بدیع رئیس ساواک قم همراه با عدهای از ماموران خود که همگی لباس سویل بر تن داشتند حدود ساعت 2 بعدازظهر که رفت و آمد در خیابانها کمتر بود وارد خانه قائد بزرگ اسلام شده حاج آقا مصطفی را دستگیر و بیدرنگ روانه تهران ساختند. و از آنجا به ترکیه تبعید نمودند. یورش ددمنشانه ساواکیها به خانه ایشان باعث وحشت خانواده ایشان و سقط جنین و کسالت ممتد همسر مکرمهشان همراه بود.
تبعیدگاه ایشان به همراه حضرت امام در تاریخ 9 جمادیالثانی 1385 قمری از ترکیه به عراق انتقال یافت.
این فرزند رشید و برومند اسلام در نجف به سن 47 سالگی به گونه مرموزی به شهادت رسید:
او نه اولین شهید از خاندان خمینی بود که جد بزرگوار او، آیتالله شهید مرحوم سید مصطفی، پدر امام نیز بدست مزدوران دوران سیاه رضاخان سفاک و در سن 47 سالگی به شهادت رسیده بود، و نه اولین فرزند شهید امام خمینی و اسلام، که از آغاز نهضت تاکنون فرزندان ارزندهای چون: بخارائی، امانی، سعیدی، غفاری، حنیفنژاد، مشکینفام، شریف واقفی صمدیه لباف... و شریعتی را به میدان شهادت تقدیم داشته است... و مسلما نه آخرین شهید شاهد مکتب اسلام، که هماکنون نیز فرزندان برومندی از این مکتب در راه مبارزه با کفر طاغوتچهای چون صدام شهادت میگزینند و شاهد پیروزی جاودانه حق را در آغوش میکشند.
مجاهد شهید حاج آقا مصطفی خمینی که در مدرسه انقلابی امام خمینی اسلام را شناخته بود قهرا خطر بزرگی برای رژیم طاغوت بشمار میآمد. آن شهید مجاهد روی شناخت اصول انقلابی اسلام علاوه بر داشتن روحیه و افکار انقلابی به قیام مسلحانه ایمان ویژه داشت. و تا آنجا که میتوانست افرادی را که با او سروکار داشتند بفرا گرفتن فنونی نظامی و پارتیزانی تشویق و تحریک میکرد و نیز وسائل و امکانات آن را تا حدودی برای افراد فراهم میساخت و این از نظر رژیم طاغوت پوشیده نبود، و نمیتوانست در برابر آن بیتفاوت بماند، و نماند. ولی آنچه دست آخر نماند خود رژیم و دستگاه طاغوت بود و آنچه ماند و میماند راه و مکتب آن شهید و تمام شهیدان پاکباخته اسلام است، چرا که اسلام دین حق است و حق همیشه پیروز و باطل رفتنی.
یاد این شهید مجاهد و تمامی شهیدان شاهد حقانیت و پیروزی اسلام گرامی و روان پرفتوح و پاکشان شاد.