پس از پیروزی احمدینژاد در انتخابات ریاست جمهوری، و کسب رأی اعتماد محمدمهدی زاهدی به عنوان وزیر علوم و تحقیقات و فنآوری از مجلس که تنها با اختلاف یک رأی از حد نصاب لازم رخ داد، نگرانیهایی از امکان اتخاذ سیاستهای تندروانه توسط وزیر جدید، از سوی جامعه دانشگاهی ابراز شد.
مدت زمان زیادی از آغاز وزارت زاهدی نگذشته بود که مشخص شد این انتقادات چندان بیجا نبوده است. رؤسای انتخاباتی دانشگاهها جای خود را به رؤسای انتصابی داده و زمزمههایی مبنی بر امکان سختگیریهای بیشتر در قبال اساتید اصلاحطلب شنیده شد.
انتصاب حجتالاسلام عمید زنجانی به عنوان رییس دانشگاه تهران اعتراضاتی را در پی داشت. در همین حال در روزهای انتهایی خرداد ماه سال گذشته دکتر درودیان، دکتر آشوری، دکتر رییس طوسی، دکتر ساعی، دکتر صفایی و دکتر عراقی، از اعضای هیأت علمی دانشکده حقوق و علوم سیاسی دانشگاه تهران، به طرز غیر مترقبهای، قبل از پایان ترم بازنشسته شدند. در دانشکده الهیات نیز بازنشسته کردن محمد مجتهدی شبستری استاد برجسته و توانمند این دانشکده خبرساز شد.
در آن زمان بسیاری بر این اعتقاد بودند که سیاست غیر آشکاری برای حذف اساتید آغاز و در ابتدای راه هم از شیوههایی مانند بازنشستگی استفاده شده است. با این وجود زاهدی وزیر علوم و زنجانی رئیس دانشگاه تهران این استدلال را رد کرده و بازنشستگی اساتید را بر طبق قوانین موجود کشور ارزیابی نمودند. در چنین شرایطی در مهر ماه سال گذشته در آیین بازگشایی دانشگاهها احمدینژاد با انتقاد از اساتید لیبرال و دگراندیشی که دانشجویان ارزشی را با اهرم نمره تحت فشار قرار میدهند، عنوان نمود که دانشجویان باید بر سر اینگونه اساتید فریاد بزنند. این سخنان به نوعی حمایت از حذف اساتید منتقدی قلمداد میشد که با اندیشههای سیاستی دولت و وزیر علوم همخوانی نداشتند. در همین زمان دامنه تغییرات از دانشگاه تهران فراتر رفت و به دیگر دانشگاهها کشیده شد. در دانشگاه تربیت مدرس تهران، دکتر مسعود غفاری ریاست دانشکده علوم انسانی مجبور به استعفا شد و حجتالاسلام اکبریان از شاگردان آیتالله مصباح یزدی جایگزین وی گردید.
پس از آن بود که در آبان ماه 85 محسن کدیور از شورای فلسفه و سعید حجاریان از شورای علوم سیاسی دانشگاه تربیت مدرس به صورت همزمان کنار گذاشته شدند.
با این تصمیم ارتباط سعید حجاریان با دانشگاه تربیت مدرس قطع شد ولی محسن کدیور به عنوان عضو هیأت علمی به تدریس ادامه داد. در همین ایام محسن کدیور ضمن اعتراض به حذف خود از شورای گروه فلسفه پیشبینی کرد این اقدام زمینه سازی برای اخراج او از دانشگاه است. کدیور این برخورد را در ادامه برخوردهای صورت گرفته با دانشگاهیان و بازنشسته کردن اساتید ارزیابی و معتقد بود چون از نظر سنی در حدی نیست که بازنشسته شود، برخورد را با این شیوه آغاز کردهاند. چند ماه پس از آن نیز در اقدامی عجیب و بیسابقه چند تن از اعضای گروه فلسفه و حکمت دانشگاه تربیت مدرس طی نامهای به رئیس دانشکده علوم انسانی دانشگاه تربیت مدرس با این استدلال که حضور محسن کدیور در این گروه "محیط آرام و خالی از تنش گروه" را بر هم میزند، خواستار اخراج او از این گروه شدند. در چنین شرایطی اخبار و شواهد از احتمال قطع همکاری دانشگاه تربیت مدرس با دکتر مسعود غفاری رئیس سابق دانشکده علوم انسانی حکایت دارد، دکتر غفاری 53 ساله فارغالتحصیل دکترای علوم سیاسی از دانشگاه رادفورد انگلستان از فعالین سیاسی اصلاحطلب نیز محسوب میگردد. در همین حال بیگدلی معاون سابق آموزش دانشگاه، ابوالفضل شکوری، حجتالاسلام محمد علی مهدوی راد عضو گروه علوم قرآن و حدیث، نوبری عضو گروه باستانشناسی، مهریزی عضو گروه مطالعات زنان نیز در آستانه حذف از دانشگاه قرار دارند. اما بازنشستگی و حذف اساتید به دانشگاه تربیت مدرس خلاصه نشده است در این میان میتوان از دکترحاتم قادری، دکترهاشم آغاجری و دکترمحمدعلی حاضری، دکترهادی خانیکی، دکترمرتضی مردیها، دکترجوادکاشی، دکترمحمد محمدی گرگانی نیز نام برد. موارد مذکور تنها بخشی از مسائلی است که این روزها اساتید با آن روبرو هستند. اما همین موارد نیز بخوبی مؤید این نکته است که دانشگاههای ایران دستخوش تغییرات به ظاهر آرامی است که از آن بعنوان انقلاب فرهنگی خزنده یا تازه یاد میکنند که در نهایت حذف دانشجویان و اساتید اصلاحطلب را دنبال مینماید.