دوران طلبگی سیدعلی خامنهای در مشهد، به پایان خود نزدیک میشد. او زودتر از دیگر همردیفان خود توانست دوره سطح(10سال تحصیلی حوزه را دوره سطح میگویند) را به پایان ببرد. «تابستانها که این درسها تعطیل میشد، پدر درسهای جایگزین به جای آن تعیین میفرمود و خود تدریس میکرد. به همین دلیل بود که من بر خلاف اشخاصی که تنها در حوزههای عمومی درس میخواندند و این حوزهها محرم و صفر و ماهمبارک و قدری هم تابستان تعطیل میشد، وقفهای در تحصیل نداشتم و لذا هنوز 18 سال را تمام نکرده بودم که تمام سطح را خوانده و درس خارج را شروع
کرده بودم.»
در این دوره؛ تدریس، همراه با درسآموزی سیدعلی بود و از همان هنگامی که از دبستان فارغ شد، همواره تدریس را هم به یمن شیوه آموزش در نظام طلبگی و هم به واسطه علاقه پی گرفت. هرچند تدریس او با تقریر امثله و صرف میر به دو روضهخوان همشهری آغاز شده بود؛ اما رفته رفته شکل رسمی پیدا کرد و طلبهها دور او حلقه زدند. سیدعلی ادبیات عرب را در سه دوره ابتدایی، متوسطه و پیشرفته با کتابهای جامعالمقدمات و سیوطی و مغنی تدریس کرد. او در تدریس کتاب جواهرالبلاغه که مدتی در مشهد به جای مطول آموزش داده میشد، تبحر داشت.
کتاب شرح اسم، ص34