مسئله مهم دیگری که باید در جهاد تبیین از آن غافل نشد، بحث حکومت است. تشکیل دولت و حکومت در هر شرایطی، یک ضرورت اجتماعی است و نمیتوان از آن بینیاز بود و به تشکیل حکومت از مسائل جدید حیات اجتماعی انسان نیاز نیست. این ضرورت مربوط به همه دورانهای گذشته زندگی مدنی و اجتماعی بشر بوده است. بررسی آیات مربوط به احکام و ابعاد حکومت نشان میدهد، برپایی حکومت در جامعه اسلامی، امری است که به اثبات نیازی ندارد و هیچ تردیدی هم در آن وجود ندارد؛ زیرا اجرای احکام، متوقف بر وجود حکومت است یا بیانکننده تکالیف مردم است. علامه طباطبایی(ره) در این خصوص میگوید: «فطری بودن نیاز به تشکیلات حکومتی به حدی بود که وقتی پیامبر اسلام(ص) پس از هجرت به مدینه دست به ایجاد دولت اسلامی زد، مردم با وجود سؤالاتی که در زمینه حیض و هلال ماه و انفاق و دیگر مسائل عادی مطرح میکردند و از پیامبر(ص) توضیح میخواستند، در مورد تشکیل دولت هیچگونه سؤالی مطرح ننمودند و توضیحی نخواستند. حتی جریانهای پس از رحلت آن حضرت نیز با تمامی فراز و نشیب آن از همین احساس فطری سرچشمه میگرفت. هرگز شنیده نشد کسی بگوید: اصل انتصاب خلیفه لزومی ندارد یا دلیل بر لزومش نداریم، زیرا همه مبتنی بر فطرت احساس میکردند که چرخ جامعه اسلامی بدون گرداننده، خود به خود گردش نخواهد کرد و دین اسلام این واقعیت را که در جامعه اسلامی باید حکومتی وجود داشته باشد، امضای قطعی نموده است.»
رهبر معظم انقلاب در نخستین اندیشههای راهبردی در تاریخ 1389/9/10 درباره حکومت میفرمایند: «مسئله بعد، مسئله حکومت است؛ که باز در این باب هم اسلام نظرات ویژهای دارد. صلاح فردی در امر حکومت در اسلام، یک امر بسیار مهم و اساسی است. هر کسی به هر اندازهای از مدیریّت که میخواهد مباشرت کند، بایستی صلاحیّت آن را در خودش به وجود بیاورد یا در خودش ببیند و بپذیرد؛ بدون این، عمل نامشروعی انجام داده... . امیرالمؤمنین در نهجالبلاغه درباره بنیامیّه فرمودند: «یَأخُذُونَ مالالله دولا و عِبادالله خولا و دینالله دخلا بینهم». یعنی دلیل بر اینکه اینها برای حکومت صلاحیّت ندارند، این است که این خصوصیّت را دارند: «یَأخُذُون مالالله دولا»؛ یعنی اموال عمومی دست به دست بین خودشان میگردد، با اینکه مال عامّه مردم است. «و عبادالله خولا»؛ مردم را مثل بردگان خود به حساب میآورند و استخدام میکنند. «و دینالله دخلا بینهم»؛ دین خدا را هم هر جوری که دوست میدارند، دستکاری میکنند. بنابراین در حکومت، اسلام نظر دارد. این بایستی در الگوی زندگی ما برای بلندمدّت حتماً گنجانده و ملاحظه شود و همواره برای مردم تبیین گردد.»