شکوفایی حوزه علمیه قم یکی از مهم‌ترین و حیاتی‌ترین مسائل نهفته در بطن بیانیه گام دوم است و در افکار عالمانه امام خمینی(ره) و رهبرحکیم و فرزانه انقلاب ریشه دارد و با توجه به مرکزیت ایده‌پردازی و خوراک‌سازی این نهاد برای جامعه اسلامی در عصر پیشرفته کنونی بر اهمیت آن افزوده شده است.
برای شناخت بیشتر اقشار و ابعاد گوناگون حوزه، باید رشته کلام را به پیر مراد جماران، آن یگانه عصر غیبت که نام پیامبر(ص) و امیرالمؤمنین(ع) را احیا کرد، سپرد که حوزه امروز بیش از هر قشر و صنف دیگری مرهون مجاهدت‌های اوست. اگر امروز مرجعیت حرمتی دارد و دروس حوزه با حضور هزاران طلبه، با شکوه و جلال تشکیل می‌شود و دین‌داری و دین‌مداری سکه رایج جامعه است، باید مجاهدت‌های دوران نهضت و تبعید روح خدا و مبارزه یاران خمینی کبیر و قطره قطره خون شهیدان را به یاد آورد و از کوتاهی‌ها و تقصیرها و قصورها استغفار کرد. گوشه‌ای از بیانات امام خمینی(ره) و رهبر معظم انقلاب را در این زمینه که نشان از دغدغه بروز کردن حوزه علمیه دارد، متذکر می‌شویم.
«در قدیم حوزه‌ها محصور شده بود در چهار دیواری که کسی نمی‌توانست از آن بیرون بیاید. تبلیغات سوء به صورتی بود که اگر طلبه‌ای می‌خواست حرفش را بزند و در فکر تشکیلات باشد، مورد طعن قرار می‌گرفت. همیشه صحبت «نظم در بىنظمى است» مورد تأیید بود.» (صحیفه امام، ج18، ص71 )
«ما وقتى به خودمان برگردیم، خیلى فاصله داریم... امروز دنیا، دنیاى امواج است. با امواج و رایانه، همه مفاهیم از این طرف به آن طرفِ دنیا منتقل مى‌شود. ما از این دنیا عقبیم؛ دیگر چرا این را منکر شویم؟! این یک عیب قطعى است که حوزه امروز ما، آن را دارد.» (رهبر معظم انقلاب، 1374/9/13)
«یکی از نیازهای مهم حوزه علمیه در شرایط کنونی، «تدوین طرح تحول» در حوزه و برنامه‌ریزی بلندمدت، دقیق و زمان‌بندی‌شده بر اساس این طرح تحول و اهداف مورد نظر است.» (رهبر معظم انقلاب، 1395/7/11)
واقعیت این است که همچنان که حوزه علمیه یک موجود بسیط و سازمان تک‌بُعدی نیست و هر یک از عرصه‌های آن بر سایر ابعاد اثرگذار است، تحوّل در حوزه نیز پدیده‌ای بسیط و تک‌بُعدی نیست که به صورت بریده از ابعاد دیگر رخ دهد، بلکه تاثیر و تأثّر متقابل میان آنها وجود دارد. امیدواریم این بار سنگین و راه دشوار بر رزمندگان و سنگربانان این اتفاق مهم تحول در حوزه‌های علمیه که از دغدغه‌ها و انتظارات آن پیر سفر کرده جمارانی، امام بزرگوارمان خمینیِ نستوه و جانشین برحق‌شان رهبر و امام مسلمین جهان آیت‌الله‌العظمی امام خامنه‌ای بوده، به احسن وجه محقق شود و جزئیات این حرکت بزرگِ تحولی اجرایی و عملیاتی شود و به فضل خدا با پیاده شدن این طرح مهم و حیاتی، شاهد تربیت افسران کاردان در کرسی‌های علمی و مجاهدان تبیینی باشیم که در جنگ‌های ترکیبی بیش از قبل جانفشانی می‌کنند.
