رهبر معظم انقلاب در طول سالها و به ویژه در جریان فتنه سال گذشته بارها به مسجد مقدس جمکران رفته و در برخی موارد مردم نیز ایشان را مشاهده کردهاند. حجتالسلام والمسلمین کعبی، عضو مجلس خبرگان رهبری از قول سیدحسن نصرالله، دبیر کل حزبالله لبنان نقل میکند: «یک دفعه به همراه شورای حزبالله لبنان محضر رهبر معظم انقلاب بودیم. اوج سختی و تنگنایی ما بود و خیلی به حزبالله سخت میگذشت. کنفرانس شرم الشیخ هم صورت گرفته بود، همه توطئهها شده بود که حزبالله را نابود کنند. موقعی که ما با رهبر معظم جهان اسلام دیدار داشتیم، ایشان به ما امید دادند و فرمودند: «شما پیروز میشوید، این چیزها زیاد مهم نیست.» سپس اضافه کردند: «من در اداره امور کشور بعضی وقتها حل مسائل برایم دشوار میشود و دیگر هیچ راهی پیدا نمیشود. به دوستان و اعوان و انصار میگویم که آماده شوید به جمکران برویم. راه قم را پیش میگیریم و راهی مسجد جمکران میشویم. بعد از راز و نیاز با آقا، من احساس میکنم همانجا دستی از غیب مرا راهنمایی میکند و من در آنجا به تصمیمی میرسم و مشکل بدین صورت حل میشود و همان تصمیم را عملی میکنم.»
حجتالاسلام محمدحسن رحیمیان درباره اهتمام امام خامنهای برای رفتن به مسجد جمکران میگوید: «یکی از دوستان دفتر نقل میکرد که حضرت آقا هر زمانی که مثلاً احساس خستگی و ملالت میکنند، یکی از این سه کار را انجام میدهندـ حالا این نقل ایشان است، ولی مشاهدات ما هم تقریباً گویای همین استـ به زیارت امام رضا(ع) میروند، اما بهخاطر اینکه شرایط آن خیلی آسان نیست، سالی دو بار بیشتر نمیروند، و دیگری مسجد جمکران و دیدار با خانوادههای شهداست.»