بر اساس گزارش سازمان حسابرسی کشور شرکت فرودگاهها و ناوبری هوایی ایران در سال گذشته 95510746 میلیون ریال معادل 9550 میلیارد تومان درآمد عملیاتی داشته که تقریباً دو برابر درآمدهای سال 1400 است.
بهای تمام شده درآمدهای عملیاتی شرکت فرودگاهها در سال 1401 بالغ بر 40677995 میلیون ریال (حدود 4000 میلیارد تومان) بوده است.
در سال 98 موافقتنامه با یک شرکت خارجی جهت وصول مطالبات ارزی امضا و در همین رابطه تاکنون 14 میلیون و 757 هزار یورو وصول شده است. در این خصوص صورت تطبیق فیمابین در فواصل زمانی معین تهیه نشده و تضامین مناسبی در ارتباط با موضوع قرارداد اخذ نشده است.
در بخشی از گزارش سازمان حسابرسی به موضوع خرید هواپیمای فلایتچک در دولت دوازدهم اشاره شده است؛ «به شرح یادداشت توضیحی 1-9-11 بابت خرید یک فروند هواپیمای فلایتچک در سال 99 به مبلغ 5 میلیون و 800 هزار دلار و 317 هزار و 371 یورو معادل 1469 میلیارد ریال و مبلغ 241 میلیارد ریال معادل 950 هزار و 223 دلار مازاد بر قرارداد از طریق یک صرافی (کارگزار وصول مطالبات ارزی شرکتهای خارجی) به فروشنده پرداخت، اما هواپیمای مزبور تاکنون تحویل شرکت نشده است.»