بدون شک، مهمترین رسالت مجلس خبرگان رهبری انتخاب رهبری است، در بزنگاه حساسی که در جابهجایی قدرت هر نظام سیاسی آسیبپذیر است و چگونگی این انتقال قدرت میتواند در حفظ و ثبات سیاسی مؤثر باشد. رهبر معظم انقلاب اسلامی در دیدار با اعضای مجلس خبرگان رهبری به این مهم چنین اشاره دارند: «احتمال اینکه این دورهای که تازه شروع خواهد شد، مبتلا بشود به این آزمایش، احتمال کمی نیست؛ آن وقتیکه بناست رهبر انتخاب بشود، ملاحظات و رودربایستیها را کنار بگذارند؛ خدا را در نظر بگیرند، وظایف را در نظر بگیرند، نیاز کشور را در نظر بگیرند؛ بر این اساس رهبر انتخاب بشود؛ مهمترین وظیفه به نظر ما این است؛ مراقبت کنند. اگر در این مرحله و در این وظیفه بزرگ کوتاهی انجام بگیرد، در اساس کار مشکل به وجود خواهد آمد؛ این مهمترین مسئله است که بایستی مورد توجه قرار بگیرد.» (1394/12/20)
به منظور آمادگی خبرگان برای اجرای اصل یکصدوهفتم و شناخت حدود و شرایط مذکور در اصل پنجم و یکصدونهم قانون اساسی، کمیسیونی مرکب از یازده نفر عضو اصلی و چهار نفر عضو علیالبدل، تشکیل میشود تا درباره همه موارد مربوط به شرایط و صفات رهبر و در باره همه کسانی که در مظان رهبری قرار دارند، تحقیق و بررسی به عمل آورد و نتایج آن را به هیئت رئیسه ارائه کند. گزارش این کمیسیون، سرّی تلقی میشود و به صورت اسناد طبقهبندی شده، حفاظت میشود و بدون تصویب مجلس خبرگان، در اختیار دیگری قرار نمیگیرد، مگر رهبری که عنداللزوم به اطلاع وی میرسد.
از سالها پیش بود که موضوع تشکیل کمیتهای محرمانه برای گزینههایی دارای صلاحیت رهبری بر سر زبانها افتاد. آیتالله محسن اراکی درباره این کمیسیون گفتهاند: «کمیسیون ویژهای است و وظیفهاش این است که تمام کسانی را که در معرض واجدیت شرایط رهبری باشند، شناسایی کند و لیستی از آنها تهیه کند. این لیست به این کمیسیون داده میشود. حتی خود اعضای مجلس خبرگان میتوانند پیشنهادات خود را بدهند. این لیست بررسی میشود و افرادی را که واجد شرایط رهبری برای آینده بدانند، این افراد به طور خیلی سری و محرمانه، اسمشان ثبت خواهد شد تا هر وقت مورد نیاز باشد به مجلس خبرگان عرضه شود تا مجلس خبرگان درباره آنها اظهارنظر کند».
آیتالله سیداحمد خاتمی در این باره گفته بود: «این مسئله اتفاق جدیدی نیست؛ زیرا از خبرگان اول کمیتهای در این رابطه تشکیل شده و گروهی ازبرجستگان و خبرگان از کمیسیون اصل ۱۰۹ و ۱۱۱ انتخاب شدهاند، البته نه برای تعیین رهبر، بلکه برای تعیین کسانی که در مظان رهبری هستند را بررسی کنند.»