با پیروزی انقلاب اسلامی در سال ۱۳۵۷، دانشگاهها هنوز مرکز گروههای وابسته به کمونیستها و غربگرایان بود و شکل انقلابی و اسلامی به خود نگرفته بود تا اینکه سال ۱۳۵۹ امام(ره) با فرمان تاریخی خود مبنی بر انقلاب فرهنگی در دانشگاهها راه را به همه نشان دادند.
به دلیل حضور جریانهای مارکسیستی، غربی، لیبرالها و گروههای ملی ـ مذهبی دانشگاه مرکز توطئه و تجمع علیه انقلاب شده بود و لذا برخیها در راستای تکمیل پروژه ضدیت با انقلاب تعطیلی مدارس و دانشگاهها را مطرح کردند. برخی اعلام کردند چون روحانیت بر سر کار است، میخواهند دانشگاه را به مرکز علوم قدیمی فقه و فلسفه تبدیل کنند.
این رفتارها برای انحراف انقلاب و ادراکسازی در بین مردم بود تا به مردم و دانشگاهها بفهمانند که اسلام مخالف علم و پیشرفت است؛ از این رو کجفهمی و انحراف اصول انقلاب از ابتدای نهضت بزرگ مردم ایران از جانب عدهای خاص با رفتار روشنفکرمآبانه در جریان بود و هنوز ادامه دارد.
امام خمینی(ره) برابر نظر شورای انقلاب در ۲۹ فروردین ۱۳۵۹ در دیدار با دانشجویان اعلام کردند، دانشگاههای ما وابسته به غرب است و نمیتواند انسان در تراز اسلام تربیت کند و از ستاد عملیاتی گروهها باید خارج شود. کار تا جایی پیش رفته بود که برخی از گروهها، مانند مجاهدین خلق و نهضت ملی مذهبی و مارکسیستها با سلاح در دانشگاهها تردد میکردند و دانشگاه را به اتاق جنگ برای کسب قدرت تبدیل کرده بودند.
امام خمینی(ره) پس از سخنرانی خویش در ۲۹ فروردین با دانشجویان و اتمام حجت با گروهها و جریانها در ۲۳ خرداد سال ۱۳۵۹ دستور تصفیه دانشگاه را از گروهها صادر کردند. امام(ره) فرمودند: «دانشگاه باید اسلامی شود، وقتی میگوییم دانشگاه باید اسلامی شود عدهای فکر میکنند که مثلاً علم دو بخش است: اسلامی و غیر اسلامی، فیزیک اسلامی و غیر اسلامی و هندسه نیز همین جور! اینها فکر میکنند که در دانشگاه همان علوم قدیمیه فقه فلسفه تدریس شود و بقیه علوم را تعطیل کنیم؛ در حقیقت این گونه نیست خروجی دانشگاه باید به نفع اسلام و ایران باشد.
علم بدون ایمان منشأ بسیاری از شقاوتهاست، وقتی در دانشگاههای کشور انسان تربیت نشود فارغالتحصیل دانشگاه شریف میشود مریم رجوی و مسعود که ۱۷ هزار هموطن خویش را قتل عام میکند، در کنار صدام و دشمنان به خاک کشور حمله نظامی، و تمام مؤلفههای قدرت کشور را همگام با بیگانه مورد تعرض قرار میدهد.
امروز دانشگاههای ما باید انسان تربیت کند و در تراز اسلام و ایران نیرو و کادرسازی کند. اساتید با گرایش غربی جز خود تحقیری و نابودی مغزها فایدهای برای کشور ندارند، بلکه در حقیقت برپا دارندگان سلطه ابرقدرتها در ممالک محروم هستند.»