حدود یک ماه پس از آنکه غلامحسین الهام خبر توقف «اقدام انقلابی یا غیرانقلابی» دولت در مورد دانشگاه آزاد را اعلام کرد، رئیسجمهور از آغاز «اصلاحات» در این دانشگاه غیردولتی سخن گفت و همزمان با آن اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس هیات امنای دانشگاه آزاد اسلامی اعلام کرد: «توفیقات دانشگاه آزاد در عرصه فرهنگی پاسخی مناسب به شیطنتهای برخی است.» اظهارات محمود احمدینژاد در جمع دانشجویان دانشگاه علم و صنعت و هاشمی رفسنجانی در ستاد اقامه نماز و پژوهش قرآنی دانشگاه آزاد اسلامی، عرصه اختلافات رئیسجمهور و رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام را عیان کرد؛ اختلافی در انتقاد و دفاع از دانشگاهی که رئیسجمهور گفته بود با اقدامات انقلابی مواجه خواهد بود و پس از توقف اقدام انقلابی که به گفته سخنگوی دولت بنا به دلایل و مصالح صورت گرفت، امروز از اصلاحات آن سخن میرود. احمدینژاد و هاشمی رفسنجانی از دو پایگاه دانشگاهی خود سخنشان را اعلام کردند؛ یکی از تریبون دانشگاهی که دانشجو، عضو انجمن اسلامی، استاد و عضو هیات علمی آن است گفت: «وقتی میگوییم دانشگاه آزاد، منظورمان دانشجویان و اساتید آن نیست. دیدم که یک نفر گفته بود هر کس ضد دانشگاه آزاد است کافر است. من روزانه صدها نامه از دانشجویان و پدر و مادران دانشجویان دریافت میکنم که از بابت شهریهها گلهمند هستند و میگویند نمیتوانیم شهریه دانشگاه را بپردازیم.» و دیگری در دیدار با ستاد اقامه نماز و پژوهش قرآنی دانشگاهی که عضو هیات موسس و رئیس هیات امنای آن است، میگوید: «توفیقات دانشگاه آزاد در عرصههای فرهنگی و کسب مقام اول در دو مسابقههای پیدرپی در خصوص نماز و همچنین در مسابقات قرآنی نشان از توجه به جایگاه فرهنگ دینی در این دانشگاه است.» هاشمی رفسنجانی این موفقیتها را پاسخی مناسب به شیطنتهای برخی در خصوص وارد کردن اتهام کمتوجهی این دانشگاه به مسائل فرهنگی و دینی، عنوان کرد و گفت: افراد منصف وقتی که از زبان داوران مستقل در اینگونه جشنوارهها و مسابقات مطلع میشوند که دانشگاه آزاد اسلامی برترین عنوانها را کسب کرده است، دیگر ادعا و حرفی در این خصوص نباید داشته باشند.
این اولین بار نیست که احمدینژاد از وجود برخی فشارها در برخورد با دانشگاه آزاد اسلامی سخن میگوید؛ چنانچه در شهریورماه هم گفته بود: «در دانشگاه آزاد اسلامی سعی کردیم برخی مسائل در این دانشگاه را اصلاح کنیم به همین جهت طرحی به شورای عالی انقلاب فرهنگی دادیم، ولی آنها این مسائل را برنتابیدند به همین جهت سعی کردند در بخشهای دیگر مانند هستهای به ما فشار بیاورند.» و اولین بار هم نیست که هاشمی رفسنجانی از وجود شیطنت و شرارتهایی درباره این دانشگاه صحبت میکند؛ هاشمی رفسنجانی آذر سال قبل در سخنانی به شدت از عملکرد دانشگاه آزاد دفاع کرد و انتقادات از این دانشگاه را شرارت خوانده و گفته بود: «امیدواریم شرارتهایی که میشود دانشگاه آزاد به عنوان واحد ملی و جهانی را تضعیف کند، شرش را از سر دانشگاه کوتاه کنیم.» رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام مردادماه سال جاری گفت: «در طول این سالها که از تاسیس دانشگاه آزاد میگذرد نیش زبانها خیلی شنیدیم، اما خدمت کردن از این چیزها هم دارد و امروز در مقابل مردم و قضاوت تاریخ سربلندیم و باید این راه پرافتخار را همچنان ادامه دهیم.» وی با اشاره به سیرصعودی موفقیتهای دانشگاه آزاد خطاب به حاضران گفت: برخی اقدامات که نسبت به دانشگاه آزاد آغاز شده است، شکست خواهد خورد و شما باید مقاومت کنید، ما هم اگر قرار بود در مقابل این موارد عقبنشینی کنیم، باید به همان اتاق طلبگی برمیگشتیم و یا در روستاهایمان برای مردم مساله میگفتیم.