پدر امام خمینی، سیدمصطفی خمینی فرزند سیداحمد در رجب سال 1278 ق در شهر خمین دیده به جهان گشود. او در مکتب خانههای خمین، خواندن و نوشتن را فراگرفت و به منظور ادامه تحصیل به اصفهان و نجف اشرف رفت و پس از تلمذ نزد علمای نجف چون آیتالله سعید گلپایگانی و... به خمین بازگشت و به ترویج دین و امر به معروف و نهی از منکر پرداخت و در همین مسیر با حاکمان ظالم منطقه درگیر شد.
مقاومت او در مقابل کسانی همچون حشمتالدوله به زندانی شدن وی منجر شد؛ اما یکی از صاحبنامان دیگر این شهر یعنی حاج رضای ریحانی با سواران خود نزد حشمتالدوله رفت و او را از برخورد با سیدمصطفی برحذر داشت. حشمتالدوله حاج مصطفی را آزاد کرد، ولی درگیری بین آنان ادامه داشت.
حاج مصطفی در سال1320 ق برای حل مشکل وجود این زورگیران قصد کرد که به همراه 10 الی 15 سوار و تفنگچی به اراک نزد عضدالسلطان والی برود؛ اما عوامل حشمتالدوله تا قبل از رسیدن آنان به اراک در میان راه، او و همراهانش را غافلگیر کردند و با شلیک تیری به قلب آیتالله خمینی او را به شهادت رساندند. جنازه سیدمصطفی توسط علمای اراک تشیع و به نجف انتقال یافت. شهادت او بازتاب گستردهای داشت و از جمله در تهران، خمین، اصفهان و گلپایگان مردم به عزاداری پرداختند. در خمین، خانه قاتلان را آتش زدند و اموالشان غارت شد و خود نیز توسط قوای دولتی دستگیر و حبس شدند.
سال 1321 خانواده شهید برای دادخواهی به اراک و تهران رفتند و با پیگیریهای آنان بود که در سال 1324 سرانجام قاتل اعدام شد.
روزنامه ادب در مورد شهادت این روحانی معظم نوشت: «در حوالی عراق، سیدجلیل عالم فاضل بزرگوار، مرحوم سیدمصطفی مجتهد کمره [را] که سن شریفش 43 سال زیادتر نبود... بعضی اشرار از کسانش به ضرب گلوله تفنگ به درجه رفیع شهادت رسانید[ند]، جنازه سید بزرگوار را به طرف عراق حمل نمودند. تمام اهالی از علماء و سادات و سایر مسلمانان با کمال زاری و سوگواری جنازه شریفه را استقبال نمودند... .
آیتالله سیدمصطفی خمینی دارای 3 پسر و 2 دختر بودند که کوچکترین آنها حضرت امام خمینی بود که در زمان شهادت پدر 6 ماه بیشتر نداشت.