هرچند دو پهلو سخن گفتن از ویژگیهای اصلی آقای خاتمی است اما برخی سخنان او میتواند مقصودش را در مواضع خاص روشن کند، یکی از موارد این بحث، اظهارنظر آقای خاتمی درباره نقش روحانیون و علماء یهود در شکلگیری تمدن اسلامی است. آقای خاتمی در سال 79 در دیدار با سران یهود ایران جملاتی را اظهار داشت که ظاهراً در مقابل دیدگاه قرآنی است. وی در این سخنان از نقش علما و اندیشمندان و بزرگان یهودی، مسیحی و زرتشتی در شکلگیری تمدن اسلامی تمجید و تقدیر میکند. (روزنامه اطلاعات 5/6/1379، ص 2) و اکنون مناسب است که به نقش روحانیون یهود در مخالفت با اسلام از قرآن گواه بگیریم:
1- الذین اتیناهم الکتاب یعرفونه کما یعرفونه ابناءهم (بقره ،144 و انعام 20)
2- لتجدن اشد الناس عداوه للذین آمنوا الیهواد( مائده 82 )
همانگونه که از دو آیه فوق استفاده میشود یهود و به خصوص روحانیون یهود کاملاً پیامبر را میشناختند و به خوبی میدانستند که او پیامبر خداست ولی با این حال شدیدترین دشمنیها و توطئهها را با پیامبر و حکومت اسلامی به کار گرفتهاند.
با این حال چگونه آقای خاتمی از نقش مثبت آنها در تمدن اسلامی سخن میگوید؟! و با این سخنان رضامندی و دوستی چه کسی را میطلبد؟ « لاتتخذوا عدوی و عدوکم اولیاء تلقون الیهم بالموده» (ممتحنه،1).
البته آنگاه که از موضع و نگرش آقای خاتمی و همفکران نسبت به یهود و .... یاد میشود نباید از یاد برد که در بودجه مصوب مجلس شورای اسلامی برای سال 80 در مجموع برای یهودیان ایران سه ردیف بودجه مصوب شد و حتی برای تعمیر کنیسههای آنان نیز ردیف بودجه تعیین گردید. درحالی که بودجه ساخت مساجد روستاها حذف گردید و نیز نسبت به نهادهای دینی همانند حوزه علمیه و دیگر مراکز اسلامی، یا اصل بودجه پیشنهادی حذف و یا با کاهش چشمگیر مواجه شد.