نیمه شب اول آبان 1356، آیت الله سیدمصطفی خمینی (قدس سره) به شکل مرموزانهای به شهادت رسید. شهادتی که به فرموده حکیمانه حضرت امام(ره) از «الطاف خفیه الهی» بود و موجب شد امواج انقلاب اسلامی خروشی دیگر یابد. سیدمصطفیخمینی در آذرماه سال 1309 شمسی در قم متولد شد. تحصیلات ابتدایی را در مدرسه «باقریه» و «سنایی» به پایان رساند. سپس به تحصیل علوماسلامی در حوزه پرداخت و در سال 1330 سطح را به پایان رساند و در درس خارج پدربزرگوارشان امام خمینی (ره) و آیتالله العظمی بروجردی حضور یافت و دیری نپایید که به درجه اجتهاد رسید.
در سال 41 همگام با پدر قدم در راه مبارزه علیه رژیم پهلوی نهاد. در سال 42 در دورانی که امام(ره) در قیطریه تهران زیرنظر بودند، رئیس وقت شهربانی کل کشور(سپهبد نصیری) او را به شهربانی جلب و هشدار داد که اگر از فعالیتهای سیاسی و مبارزاتی دست نکشد، تحت پیگرد قرار میگیرد. ایشان پس از تبعید امام(ره) به ترکیه به اعتراض علیه آن برخاست و از مراجع وقت خواستار اقدام برای آزادی امام(ره) شد. پس از آن ساواک دستور جلب ایشان را به شهربانی قم صادر کرد. ایشان به مدت 57 روز در زندان قزلقلعه و اغلب در سلول انفرادی زندانی شدند. در تاریخ 8 دی 1343، از زندان آزاد شد و در 13 دی که تنها پنج روز از آزادی او میگذشت، مأموران رژیم به خانه وی در قم یورش بردند و بار دیگر ایشان را دستگیر کردند.
سرانجام روز 14 دی ایشان را به ترکیه تبعید کردند. در 13 مهر 1344، امام(ره) و فرزندش از ترکیه به عراق برده شدند و روز 23 مهر 1344 در میان استقبال پرشکوه حوزههای علمیه عراق در نجف سکونت گزید. در 21 خرداد 1348 به دنبال یک سلسله فعالیتها و کوششها در راه برانگیختن آیتالله حکیم علیه رژیم ضداسلامی عراق، بعثیها او را دستگیر کرده و به بغداد بردند. رئیس جمهور وقت عراق (احمد حسن البکر) به ایشان هشدار داد در صورت ادامه فعالیت برضد حکام بغداد، با واکنش شدید روبه رو خواهد شد.
در نیمه شب یکشنبه اول آبان 1356 اعلام شد که حاج آقا مصطفی به شکل مرموزانهای دارفانی را وداع گفته است. پیکر ایشان توسط یاران و شاگردانش به کربلا منتقل شد. پیکرش را با آب فرات غسل داده و در محل خیمهگاه امام حسین(ع) کفن کردند و پس از طواف در حرم مطهر حضرت سیدالشهدا(ع) و حضرت عباس(ع) به نجف برگردانده و با شرکت انبوهی از علما، فضلا، کسبه واصناف از مسجد بهبهانی تشییع شد. امام(ره) در مسجد بهبهانی حضور یافت و پس از توقفی کوتاه و خواندن فاتحه، با قامتی استوار به خانه بازگشت و در مراسم تشییع و خاکسپاری شرکت نکرد. آیتالله العظمی خویی در صحن مطهر امام علی(ع) بر جنازه شهید نماز خواند و پیکر فرزند امام در کنار مقبره علامهحلی به خاک سپرده شد.
این شهادت، نهضت اسلامی پانزده ساله ایران را جان تازهای بخشید و تا پانزده ماه منتهی به پیروزی انقلاب امواج اعتراضات ضد استبدادی را تقویت کرد. پس از آن مراسم بزرگداشت حاج مصطفی خمینی در اقصی نقاط کشور برگزار شد که قیام خونین 19 دی 1356 اوج این تظاهرات و راهپیماییهای مردمی بود. این شهید عالیقدر دارای آثار و تألیفات فراوانی است.
مرحوم حاج سیداحمد خمینی درباره برادر شهیدش گفته است: «معمولاً افراد در بازدهی علمی و اجتماعی و یا تخصصی خودشان نیازمند طی مراحلی هستند که بعد از آن مراحل میتوانند تز و یا اجتهاد خود را در معرض بهرهبرداری دیگران قرار دهند که متأسفانه ایشان، پس از اتمام مراحل لازم و درآغاز تقریر و بیان نظرات علمی و اجتهادی خود به شهادت میرسد و در عین حال کتابهایی از ایشان باقی مانده است...»
از تألیفات آن بزرگوار میتوان به موارد ذیل اشاره کرد: القواعد الحکمیه، کتابالبیع، تحریرات فیالاصول، شرح زندگانی ائمه معصومین علیهماالسلام تا زندگانی امام حسین علیهالسلام، مستند تحریرالوسیله، تعلیقهای بر عروه الوثقی، تفسیر قرآن الکریم در سه جلد، مبحث اجاره، کتاب الاصول، القواعد الرجالیه و کتابی در مبحث نکاح.