سازمان موتلفه و سازماندهی تشکیلاتی آن، مانند سایر تشکلهای موسوم آن زمان نبود و ابتکاری بود.
انگیزه تشکل، مانند تشکلها و احزاب و سازمانهای مادیگرا، قدرتخواهی و موقعیتطلبی و شهرتجویی نبود و مانند آنهایی نبود که درصدد بدست آوردن حکومت هستند. بلکه انگیزه تشکل موتلفه خداخواهی و خدمت بیتوقع بود و پذیرش همه رنجها و سختیها که در راه خدا و خدمت به مکتب و بندهگان خدا پیش میآید و انجام تکلیف شرعی اعم از اینکه زندان و تبعید و گذشت از همه مواهب زندگی باشد، یا مسئولیتپذیری و حکومت، و در هر حال اینها ابزار انجام وظیفه و تکلیف الهی برای آنها بود و به فرمود شهید بهشتی شیفته خدمت بودند نه تشنه قدرت.
بیشترین نظر در این تشکل همانطور که در بند 4 اهداف تشکیل در اساسنامه آمده است انتخاب کردن راهی روشن و علمی برای بوجود آوردن یک جامعه نمونه اسلامی که در عین پاکی، برنده و متحرک و فعال باشد، بود بر همین اساس عضوپذیری بعنوان برادریابی در این تشکل مطرح شد. برای پذیرش عضو قبل از هر چیز تدین و تعهد و سوابق فرد بررسی میشد و اگر افرادی بودند که متدین و متعهد و مصمم به تبعیت از امام و مراجع بودند دعوت میشدند و تکلیف شرعی را برای آنها تبیین میکردند و اگر قبول میکردند با هم بکار میپرداختند و تلاش میکردند برادروار با هم در راه رشد و کمال الهی و بدست آوردن رضای خداوند متعال همفکری و همکاری داشته باشند.
لذا دعوت از افراد، دعوت به تشکل موتلفه نبود. در حقیقت دعوت به خدا بود و اینکه انجام وظیفه را بطور متشکل انجام دهند تا ثمرات بهتری عاید شود و همین امر باعث میشد که شور و علاقه و ایمان و اعتقاد و صفا و صمیمیت در حوزهها و در بین برادران موتلفه اسلامی موج بزند و صداقت و خلوص و فداکاری روزافزون باشد و اگر خدای نکرده ناخالص و نفاقی در بین برخی افراد نفوذ کند سریع آشکار شود و اصلاح شوند و یا کنار بروند و همین امر باعث شد که ساواک مخوف شاه و سایر دستگاههای اطلاعاتی و امنیتی و ضداطلاعاتی او نتوانند در این تشکل نفوذ نمایند و حتی پس از دستگیری گسترده سران بخش سیاسی و بخش نظامی موتلفه، نتواند اسرار و اطلاعات و اسامی اعضا آنها را بدست بیاورند.
سازمان موتلفه عبارت بود از: شورای مرکزی، سازمان مالی، سازمان تبلیغات و ارتباطات، شورای تصمیمگیری، حوزههای مسئولان و سرمسئولان، رابطین آموزشی، و نیز حوزههای اعضا.
و حوزهها هر کدام دربرگیرنده 10 نفر از افراد متدین و متعهد بودند که ابتدا توسط رابط تشکیل و اداره میشدند و سپس مسئول خود را از بین خود انتخاب و با تصویب مرکزیت منصوب میگردید. تعداد 10 نفر در هر حوزه، بنا به توصیه امام بود که فرموده بودند جمع شوید 10 نفر، 10 نفر، یا کمتر، لذا موتلفه هیاتهای ده نفره هم نامیده میشد.
البته موتلفه در بین تودههای مردم، تعداد عظیمی طرفدار داشت و ارتباط قوی و تنگاتنگ با روحانیت محترم در سراسر کشور برقرار کرده بود و از همه قشرها و طبقات مختلف جامعه در آن عضویت داشتند و بنابر اساس برادری اسلامی هر کس از هر قشر و صنف و در هر حد از تحصیل و موقعیتهای اجتماعی که دارای ویژگیهای اسلامی بود با هم همراهی میکردند و از افکار تنگنظرانه و اختلافافکن وارداتی از شرق و غرب، و اتهامات دلسردیآور که هنوز متاسفانه در برخی از دیدگاهها و اشخاص وجود دارد، خبری نبود.
اصول عقیدتی و آموزشی و محورهای اصلی تبلیغاتی و امور سیاسی موتلفه برخاسته از فقه و فقاهت و تحت نظر شورای محترم روحانیت موتلفه بود و آنچه مورد تایید فقها و اسلامشناسان جامعالشرایط و مورد تایید امام خمینی بود مورد پذیرش و آموزش قرار میگرفت.