مهدی صادقی گیوی فرزند ارشد آیتالله صادق خلخالی نخستین حاکم شرع پس از انقلاب است. او به دلیل «فعالیتهای مطالعاتی» کمتر مجال حضور در فعالیتها و پستهای سیاسی داشت. صادقی درباره حوادث رخ داده در دوره آیتالله خلخالی در گفتوگو با سایت انتخاب میگوید: اوایل انقلاب بارها آقای خلخالی پستهای حساس و نان و آبداری را به بنده پیشنهاد کردند، ولی بنده هیچ کدام را نپذیرفتم و مطالعه فلسفه را به همه اینها ترجیح دادم .
صادقی همچنین در مورد «اعدامهای پس از انقلاب توسط آیتالله خلخالی» میگوید: در خصوص اعدامها بارها شاهد بحث با آقای خلخالی بودم... ایشان میگفت اگر شما جوی خون شهدای 15 خرداد در قم در چهارراه شاه و نیز کشتههای این قیام در تهران و تیرباران زندانیان سیاسی و کشتار و سرکوبهای دیگر را میدید از من بیشتر اعدام میکردید. آیا بایستی عوامل قتلعامها را آزاد میکردیم؟ وی در ادامه میافزاید: اخیرا جریان مشکوکی سعی میکند بدون ملاحظات تاریخی و شرایط قبل و بعد از انقلاب برخی از روحانیون از جمله آقای خلخالی و مصباح را کنار هم گذاشته و خشن جلوه دهد و این خشونت خیالی را منسوب به دیگران از جمله آشنایی با استاد فردید نماید.
قبل از هر چیز باید اهل فن نظر بدهند که آیا آقای خلخالی خشن بود یا نه؟ اگر اکنون خشونتی از طرف جریانی به نام دین صورت میگیرد چه ربطی به سی سال پیش و محاکمات آقای خلخالی دارد؟ مگر نام آقای خلخالی مثلا در اعترافات کسانی نظیر امیر فرشاد ابراهیمی آمده است؟ یا مثلا آقای خلخالی فتوا به خشونت داده یا وجوهی به افراد برای اعمال خشونت داده است؟ فرزند آیتالله خلخالی همچنین درباره سابقه همکاری آیتالله خلخالی با فداییان اسلام میگوید: این سابقه به سالهای قبل از کودتای 28 مرداد و صدارت مصدق باز میگردد. در این سالها نواب، واحدی و خلخالی همفکری داشتند و بعضا در آن سالها در مدرسه فیضیه قم حجره داشتند. برخی از آیات عظام از جمله آیتالله بروجردی با فعالیتهای سیاسی مخالفت میکردند.
بعدها شخصی به نام شیخ علی لر نیز سردمدار مخالفت با طلبههای سیاسی بود. در آن سالها طلاب علوم دینی باید فقط درس میخواندند و خواندن روزنامه و داشتن رادیو و یا طرح مباحث سیاسی در حوزهها رسم نبود و شهریه این افراد قطع میشد.
مهدی صادقی گیوی درباره محاکمات اوایل انقلاب نیز گفت: در اولین محاکمه چهار نفر از جمله ارتشبد نصیری و خسروداد به اعدام محکوم و در پشتبام مدرسه رفاه تیرباران شدند. از این پس آیتالله خلخالی به عنوان یک شخصیت جنجالی با عزمی آهنین مطرح شد و گرچه نامی از ایشان در مطبوعات درج نمیشد ولی همه ایشان را شناخته بودند. ایشان در کتابی که بعد از استعفا از دادگاههای انقلاب به عربی تحت عنوان قضا در اسلام در بیروت به چاپ رسید نوشتهاند که کلیه محاکمات اسلامی باید علنی و ثبت و ضبط شود. لذا به دستور ایشان از کلیه محاکمات فیلمبرداری شده و این محاکمات به صورت علنی بود و جمع کثیری در این محاکمات شرکت میکردند. یک تیم فیلمبردار از رادیو تلویزیون فیلمبرداری از محاکمات را آغاز کردند.
پس از محاکمه امیرعباس هویدا و استعفای ایشان، در زمین چمن دانشگاه تهران یک راهپیمایی عظیم توسط فداییان خلق در اعتراض به استعفای ایشان برگزار شد و گروهها و اقشار دیگر خواستار ادامه محاکمات ایشان بودند. در آن روزها هر کس حتی از زندانیان سیاسی که بنده را میشناختند میپرسیدند که چرا آقای خلخالی به اعدامها ادامه نمیدهد؟ به آقای خلخالی گقتم بچههای زندان معترض کاهش اعدامها هستند. آقای خلخالی اعلام کرد هر کسی از محکومین شکایت دارد شخصا به دادگاه مراجعه کند. در جو انقلابی آن روزها بسیاری حتی آقای خلخالی را به مسامحه متهم میکردند. در خصوص محاکم سریع سران رژیم پهلوی آقای خلخالی چندین بار گفتند که ما تجربه تلخ کودتای 28 مرداد را دیدیم و نمیگذاریم این حادثه تکرار شود. مخالفت ایشان با مرحوم بازرگان هم از همین جا ناشی میشد. یک روز آقای خلخالی به پادگان نیروی هوایی رفت و طی حکمی 60 نفر از سران این نیرو را اخراج کرد. مخالفت دیگر در خصوص پرداخت حقوق دلاری امرا و بازنشستگان ارتش در خارج از کشور توسط دولت بازرگان بود که طی حکمی از طرف آقای خلخالی این پرداختها پس از چند ماه لغو شد.
در همان روزهای شلوغ و انتقال زندانیان به زندان قصر، بختیار و ارتشبد قرهباغی به شکل مرموزی از زندان فرار کردند. مردم میگفتند مرغ توفان از مرز بازرگان گذشت. آقای خلخالی میگفت اگر اعدامها صورت نمیگرفت ما هر روز با طرح کودتای نوژه دیگری مواجه میشدیم. تعداد اعدامهای آقای خلخالی از 24 بهمنماه 57 تا فروردین سال بعد صد نفر نرسید. لذا روزی چند هزار نفر اعدام و اعدامهای ده دقیقهیی و از این نوع مطالب ساخته و پرداخته مخالفین است. در زندان قصر یک ساختمان دو طبقه وجود داشت و سی چهل نفر شب و روز مشغول بررسی سوابق اعدامیها و جنایتکاران بودند و هیچ اعدامی بدون داشتن پرونده نبوده است. اینکه برخی گفتهاند باید هر زندانی وکیل مدافع میداشت، اساسا مطالب درستی است.
ولی در شرایطی که هر آن احتمال کودتا و حمله به زندانها میرفت و ضد انقلاب مسلح بود و خلاصه سر هر کوچه حاکمیتی برقرار شده بود نمیتوان انتظار داشت برای کسانی نظیر ارتشبد نصیری و فرماندهان نظامی که دستور به قتلعامها داده بودند صبر میکردند تا وکیل مدافعی پیدا شود. طبیعی است ضد انقلاب میخواست با طرح این مسائل، زمینه را برای فرار و رها شدن بسیاری از جنایتکاران از محاکمات فراهم سازد. این جوسازیها از طرف کسانی که اساسا خواستار مطرح شدن و نامجوییاند مطرح میشود و این قصه سر دراز دارد.
فرزند ارشد آیتالله خلخالی درباره فعالیتهای سیاسی آیتالله خلخالی بعد از رحلت امام خمینی(ره) نیز میگوید: بعد از فوت امام و بعد از انتخابات دوره چهارم مجلس، شورای نگهبان بیش از پنجاه نفر از نمایندگان دوره سوم از جمله ایشان را فاقد صلاحیت کاندیداتوری دوره چهارم مجلس اعلام کرده بود. برای مجلس خبرگان هم شورای نگهبان اعلام کرده بود که کاندیداها باید امتحان اجتهاد بدهند. آقای خلخالی با خنده میگفت عجیب است کسانی که فاقد درجه اجتهاداند، میخواهند از مجتهدین آزمون اجتهاد بگیرند. در هر حال ایشان با اعتراض به سیاستهای گذشته و محاکمات در زندانها که در صورت مذاکرات مجلس به تفصیل درج شده و در مطبوعات هم به چاپ رسید خانهنشینی را ترجیح دادند. از عجایب دیگر به قول ایشان لزوم فرستادن رسالههای علمیه به وزارت ارشاد و کسب اجازه چاپ بود. آقای خلخالی از وزیر ارشاد وقت پرسیده بود که در وزارتخانه شما کیست که علمش از مجتهدین صاحب رساله بیشتر است؟ بنظر آقای خلخالی باب اجتهاد در سنت به علت ترس علما از اظهار نظر در قرن چهارم بسته شد.