آیتالله حاجسیدمصطفی خمینی فرزند آیتالله سیدروحالله خمینی در شب تولد حضرت علی علیهالسلام یعنی 12 رجب 1349/آذر 1309 در شهر قم دیده به جهان گشود. تحصیلات ابتدایی را در مدارس زادگاهش باقریه و سنایی1 به پایان برد و در 15 سالگی برای ادامه تحصیل وارد حوزه علمیه شد. او در محضر علمایی چون آیتالله شیخ مرتضی حائری، آیتالله شهید صدوقی و... به فراگیری دروس سطح پرداخت و دروس خارج را نزد آیتالله بروجردی، حضرت امامخمینی و آیتالله داماد فراگرفت2 و خود نیز در حوزه به تدریس پرداخت. او فلسفه را نیز نزد استادانی چون علامه طباطبایی و آیتالله قزوینی فراگرفت و در 27 سالگی به درجه اجتهاد رسید.
سیدمصطفی از همراهان وفادار پدر گرامیاش در میدان مبارزه بود و در جریان قیام 15 خرداد 1342 امام در منزل ایشان اقامت داشت که توسط نیروهای نظامی دستگیر شد. در این هنگام حاجآقا مصطفی با تمام نیرو فریاد میزد: «مردم! خمینی را بردند...».3
پس از دستگیری امام، فرزند ایشان رهبری معترضان را عهدهدار شد و در روز 15 خرداد تظاهرات عظیمی به رهبری او شکل گرفت.
در 13 آبان سال 1343 امام دستگیر و به ترکیه تبعید شد. این بار اما رژیم اشتباه گذشته خود را تکرار نکرد و متوجه شد که فقط در صورت دستگیری فرزند امام است که از شدت مخالفتها کاسته میشود. به همین دلیل آیتالله سیدمصطفی خمینی را دستگیر و در زندان قزلقلعه محبوس ساخت. اما 57 روز بعد او را آزاد کرد و از وی خواست ایران را به قصد ترکیه ترک کند. اما فرزند امام پس از مشاوره با دیگر فضلا و علمای حوزه علمیه قم تن به این خواسته نداد و قصد اقامت در قم را داشت که توسط نیروهای نظامی مجددا دستگیر و به تهران منتقل و سپس به ترکیه نزد پدر تبعید شد.4
پس از پیوستن به پدر در شهر بورسا برای بازگشت به ایران تلاش بسیار کرد و در نامهای به رئیس سازمان امنیت شهر بورسا نوشت: «...لطفا اقدام فرمایید که بنده بتوانم به ایران مراجعت کنم چه آن که از اوضاع خانوادگی هیچ اطلاعی در دست نیست و بدین جهت هم آقای والد ناراحت هستند...»5
در این شرایط ساواک بر آن شد برای بازگشت سیدمصطفی خمینی به میهن شروطی بگذارد و او را تهدید به تبعید در بدترین مناطق آب و هوایی بکند فرزند اما به ظاهر شرایط ساواک را نیز به شرح زیر پذیرفت:
1ـ به هیچ وسیله دخالت در سیاست نکند و کاری برضد حکومت انجام ندهد.
2ـ به هیچوجه با اشخاص مخالف حکومت تماس نگیرد و با آنان ارتباط نداشته باشد.
3ـ امتناع مینماید از قبول تماس با اشخاص و جماعتی که برضد حکومت باشند اگرچه آنان تقاضا کنند. در تاریخ 21 مارس و 11 فروردین 1344.»6
اما ساواک آگاه بود که این تهعد واقعی نیست و با بازگشت فرزند امام «سیل وجوه شرعیه... مجددا به حساب خمینی سرازیر خواهد شد و معلوم است که این وجوه به وسیله سیدمصطفی به چه مصارفی خواهد رسید...»7 بنابراین صلاح را در این دیدند که تعهدنامهای دیگر تنظیم کنند که شرایط سختتری در آن گنجانده شود تا حاج سیدمصطفی از بازگشت به کشور منصرف شود، اما این تعهدنامه نیز از سوی وی پذیرفته شد. ساواک که تصور میکرد این تعهدنامه رد میشود کار را سختتر کرد و بازگشت وی را منوط به این کرد که در خمین مستقر باشد، با کسی تماس نگیرد و اگر کسی از نزدیکی منزل وی عبور کرد با تیر به وی شلیک شود.8
در مقابل این اقدامات، رژیم پهلوی از سوی مخالفان و علما تحت فشار قرار گرفت و فهمید که بهترین راهحل در تغییر دادن محل تبعید آنان است. لذا دستور تبعید به عراق را داد که موجب شادمانی امام و حاجآقا مصطفی شد. تبعیدیان با استقبال فراوان علما در نجف اشرف استقرار یافتند و حاجآقا مصطفی در حوزه آن شهر به تدریس خارج پرداخت. در خرداد 1348 سیدمصطفی از سوی شورای فرماندهی به اصطلاح انقلاب عراق به کاخ ریاست جمهوری در بغداد احضار شد. در این جلسه حسن البکر و تیمور بختیار به وی پیشنهاد همکاری مشترک علیه رژیم ایران را دادند ولی او از پذیرش این تقاضا سر باز زد و نوع مبارزه خود با رژیم پهلوی را متفاوت با مخالفتهای رژیم بعثی خواند.9
آیتالله سیدمصطفی خمینی سرانجام در 1 آبان 1356 به گونهای مشکوک بدون هیچ زمینه قبلی درگذشت لذا بسیاری از یاران اما برآنند که او از سوی ساواک به شهادت رسید. مرحوم حاج سیداحمد خمینی در این مورد میگوید: «آنچه میتوانم بگویم و شکی در آن ندارم این است که ایشان را شهید کردند زیرا علامتی که در زیر پوست بدن ایشان، روی سینه ایشان، روی سر و دست و پا و صورت ایشان [بود] و همچنین [وجود] لکههای بزرگ حکایت از مسمومیت شدید میکرد و من شکی ندارم که او را مسموم کردند اما چگونه این کار صورت گرفته؟ نمیدانم ولی همین قدر میتوانم بگویم که ایشان چند ساعت قبل از شهادت، در مجلس فاتحهای شرکت کردند که در آنجا بعضی از ایادی رژیم پهلوی دستاندر کار دادن چای و قهوه مجلس بودهاند.»10
امام، مرگ مصطفی را حادثهای جزیی و از الطاف خفیه الهی خواندند و در مقابل گرفتاری عظیمی چون رژیم پهلوی از «ذکر مصائب خویش»11 خودداری کردند.
پیکر آیتالله شهید را پس از غسل دادن با آب فرات و طواف در داخل حرم سیدالشهدا و حضرت ابوالفضل به نجف اشرف باز گرداندند و پس از طواف در حرم حضرت امیرالمومنین در مقبره علامه حلی دفن کردند.12
شهادت وی منجر به برگزاری مجالس متعدد ختم در سراسر ایران و سرآغاز برای حرکتهای پرشور مردمی شد. ساواک که از زنده بودن وی هراس داشت، حال نگران این مجالس ختم بود.