قانون اساسی برای مجلس خبرگان وظایف متعددی را تعیین کرده است و اعضای خبرگان هم براساس قانون، برای پیاده کردن این وظایف، کمیسیونهایی را ترتیب دادهاند. مجلس خبرگان میتواند برای هر یک از وظایفی که به عهده دارد جهت بررسیهای مقدماتی و تهیه گزارش، کمیسیونی از اعضای خبرگان تشکیل دهد، تعداد، اعضا و مدت آن را مجلس خبرگان تعیین میکند. برای عضویت در کمیسیونی میشوند و یا این که افراد دیگر، آنها را برای عضویت در یک کمیسیون پیشنهاد میکنند. بعد به صورت مخفی رایگیری میشود و اعضای هر کمیسیون به مدت دو سال انتخاب میشوند. هر کس رای بالاتری آورد عضو اصلی و افراد دیگر عضو علیالبدل میشوند. به منظور بررسیهای کارشناسی و تهیه گزارش جهت طرح در جلسات رسمی، کمیسیونهای زیر در مجلس خبرگان تشکیل شده است:
1- کمیسیون اصل 108 قانون اساسی
به منظور بررسی و تدوین قوانین مربوط به خبرگان، از جمله انتخابات و آییننامه داخلی مجلس خبرگان، تشکیل میشود. اعضای اصلی آن، یازده نفر و اعضای علیالبدل، چهار نفرند.
2- کمیسیون امور مالی و اداری
رسیدگی به بودجه سالانه مجلس خبرگان و بررسی امور مالی و اداری مجلس خبرگان بر عهده این کمیسیون است.
3- کمیسیون اصل 107 و 109 قانون اساسی
به منظور آمادگی خبرگان برای اجرای اصل یکصد و هفتم و شناخت حدود و شرایط مذکور در اصل پنجم و یکصد و نهم قانون اساسی، کمیسیونی مرکب از یازده نفر عضو اصلی و چهار نفر عضو علیالبدل، تشکیل میشود تا درباره همه کسانی که مظان رهبری قرار دارند، تحقیق و بررسی به عمل آورد و نتایج آن را به هیات رئیس ارائه کند. این کمیسیون دو کار باید انجام دهد: شرایطی که در اصل یکصد و نهم ذکر شده بررسی کند، مثل صلاحیت فقهی، حل تعارض میان شرایط، توضیح و تشریح مفهوم بینشهای سیاسی– اجتماعی، صلاحیت افتا یا مدیریت و بحثهایی از این قبیل، کار دیگر این کمیسیون، بررسی مصادیق رهبری است. وظیفه خبرگان است که هم نسبت به تشخیص مصادیق آمادگی داشته باشد و هم نسبت به تشخیص خصوصیات مذکور در اصول قانون اساسی و شرایط مذکور در (اصل 107) به همین جهت، این کمیسیون باید درباره همه کسانی که در مظان رهبری هستند، بررسی کند و نتیجه را به صورت محرمانه در اختیار دبیرخانه بگذارد، و دبیرخانه هم در موارد لزوم در اختیار اعضای خبرگان قرار دهد. ماده 17 آییننامه مجلس خبرگان اشاره کرده است که «به منظور آمادگی خبرگان برای اجرای اصل یکصد و هفتم و شناخت حدود شرایط مذکور در اصل یکصد و نه قانون اساسی، این کمیسیون تشکیل میشود» و مربوط به شرایط و خصوصیات رهبر است. اصل 109 قانون اساسی هم در خصوص شرایط و صفات رهبری تصریح دارد:
الف) صلاحیت علمی لازم برای افتا در ابواب مختلف فقه،
ب) عدالت و تقوای لازم برای رهبری امت اسلام
ج) بینش صحیح سیاسی و اجتماعی، تدبیر، شجاعت، مدیریت و قدرت کافی برای رهبری. در صورت تعدد واجدین شرایط فوق، شخصی که دارای بینش فقهی و سیاسی قویتر باشد مقدم است.
4- کمیسیون سیاسی – اجتماعی
به منظور آگاهی مستمر اعضای مجلس خبرگان از تحولات مهم داخلی و جهانی، بویژه در زمینه مسائل سیاسی، فرهنگی، مدیریتی، امنیتی و اقتصادی تشکیل میشود و موظف است با تشکیل جلسات با حضور نخبگان و مسوولان امور سیاسی، امنیتی، فرهنگی، اقتصادی، اجتماعی، مسائل مهم داخلی و جهانی را که به نحوی، به انجام وظایف خبرگان، بویژه وظایف مذکور در اصول یکصد و هفتم و یکصد و نهم قانون اساسی، مربوط میشود، مورد بررسی قرار دهد و گزارش آن را به هیات رئیس تقدیم کند تا در اولین اجلاسیه خبرگان، به اطلاع اعضا برسد.
5- کمیسیون تحقیق موضوع اصل 111 قانون اساسی
به منظور اجرای اصل یکصد و یازدهم قانون اساسی برای نظارت بر استمرار شرایطی که در اصل پنجم یکصد و نهم قانون اساسی برای رهبری ذکر شده است. تصمیمگیری در موارد فقدان آن، تشکیل میشود. در ماده یک آییننامه داخلی مجلس خبرگان مربوط به اصل یکصد و یازده قانون اساسی، خبرگان، با اکثریت مطلق آرا در مرحله اول و در صورت عدم تحصیل اکثریت مطلق با اکثریت نسبی در مرحله دوم از میان اعضای خود، هیات تحقیقی را مرکب از هفت نفر برای مدت دو سال با رأی مخفی انتخاب مینماید تا به وظایف مذکور در این قانون عمل نماید. این قانون تبصرههایی هم دارد. اجرای این اصل هم به یک بررسی و تحقیقات مقدماتی نیاز دارد. یعنی برای تشخیص این که رهبر به وظایف قانونیاش عمل میکند یا نه، یا از اول فاقد بعضی از شرایط بوده یا نه، همه احتیاج به بحث و بررسی دارد. تحقیقات و مذاکرات این کمیسیون، موضوع نظارت بر رهبری را به اجرا میگذارد. این کمیسیون، موضوع نظارت بر رهبری را به اجرا میگذارد. این کمیسیون، باید هر گونه اطلاعات لازم را در رابطه با اصل صد و یازده، در محدوده قوانین موازین شرعی، تحصیل کند و نسبت به صحت و سقم گزارشهای مربوطه، بررسی لازم را به عمل آورد. سایر اعضای خبرگان نیز، اطلاعات خود را درباره اصل صد و یازده، در اختیار این کمیسیون قرار میدهند. کمیسیون، بعد از بررسی و تحقیق، در صورتی که مطالب مذکور را برای تشکیل اجلاس خبرگان، کافی نداند. موضوع را با عضو یا اعضای خبرگان که اطلاعات را در اختیار گذاردهاند، درمیان میگذارد و توضیحات خود ر ا ارائه میکند و در صورتی که آنان قانع نشدند، اگر اکثریت نمایندگان، تقاضای تشکیل جلسه فوقالعاده را کنند، اجلاسیه مجلس خبرگان، برگزار میشود.
6- کمیسیون بررسی راههای پاسداری و حراست از ولایت فقیه
این کمیسیون به منظور بررسی راههای مناسب پاسداری و حراست از ولایت فقیه، تشکیل میگردد. اهم وظایف آن، ارائه پیشنهاد به هیات رئیسه در این مورد است:
الف) تحقیق و پژوهش در موضوع حکومت اسلامی، بالاخص ولایت فقیه، تالیف و نشر آن به صورتهای مناسب و پاسخ به شبهات.
ب) معرفی ولایت فقیه در مجامع علمی داخل و خارج کشور و در سطح عموم مردم
ج) بررسی شیوههای مناسب تدریس و ترویج اندیشه حکومت اسلامی و ولایت فقیه، در سطوح مختلف تحصیلی دانشآموزان و یا دانشجویان و نیز در سطح رسانههای عمومی، خصوصا صدا و سیما و ارائه راهکارهای مناسب به هیات رئیسه مجلس خبرگان.