حکم دیوان عالى فدرال آمریکا در مورد ممنوعیت محاکمه نظامى زندانیان گوانتانامو موجب کشمکش قضائى میان نهادهاى سیاسى آمریکا شده است. دو تن از سناتورهاى جمهوریخواه از کنگره خواستند که دیوان عالى فدرال را براى آنچه آنان ضربه زدن به سیاستهاى ضد تروریستى دولت جورج بوش مىخوانند، مهار کند. سناتور میچ مک کونیل مقام دوم حزب جمهوریخواه در سنا و سناتور جان مک کین از حکم دیوان عالى به شدت انتقاد کردند. مک کونیل هشدار داد که حکم دیوان عالى آمریکا مىتواند زمینه اعلام جرم علیه سربازان آمریکایى به اتهام جنایات جنگى را ایجاد کند. دیوان عالى فدرال آمریکا اعلام کرده که محاکمه افراد غیرنظامى زندانى در زندان گوانتانامو در محاکم نظامى برخلاف کنوانسیونهاى چهارگانه ژنو است. صدور این حکم غیرمنتظره از جانب دیوان عالى فدرال موجب شد که بحثهاى جدى در کنگره آمریکا در مورد میزان اختیارات دستگاه قضایى در صدور احکام علیه برنامههاى ضد تروریستى و همچنین پذیرش کنوانسیونهاى بینالمللى از جانب دولت آمریکا صورت بگیرد.
جمهوریخواهان معتقدند که جنگ علیه تروریسم شرایط جدیدى را در عرصههاى سیاسی، امنیتى و قضائى ایجاد کرده است و به همین دلیل باید قوانین داخلى آمریکا و تعهدات بینالمللى این کشور متناسب با این شرایط تغییر کند. به عبارت دیگر، جناح راست آمریکا از هیئت حاکمه کنونی، حزب جمهوریخواه و جنگ سالاران پنتاگون در تلاشند به تدریج آمریکا را از زیر بار تعهدات بینالمللى نظیر کنوانسیونهاى چهارگانه ژنو خارج نمایند تا از این طریق بدون نگرانى از تبعات بینالمللى و قضائی، سیاستهاى نظامىگرى خود را پیش ببرد. سه سال پیش در زمان تاسیس دیوان جنایى بینالمللى نیز همین مباحث مطرح شد و نهایتا دولت آمریکا در یک اقدام غیر دیپلماتیک، امضاى خود را از اساسنامه دیوان جنایى بینالمللى پس گرفت. به اعتقاد دولت آمریکا، هیچ قانون بینالمللى نباید بر فعالیت نظامیان این کشور نظارت داشته باشد.
این در حالى است که بر طبق کنوانسیونهاى چهارگانه ژنو که دولت آمریکا آنها را 50 سال پیش امضاء کرده است، اعضا باید با اسراى جنگى رفتار عادلانه و منصفانه داشته باشند. دولت آمریکا بعد از دستگیرى عوامل القاعده در افغانستان، آنان را جنگجویان دشمن و نه اسراى جنگى لقب داد تا از این طریق مجبور به رعایت الزامات بینالمللى در قبال این افراد نباشد. این روند فراقانونى اینک با راى عالىترین مرجع حقوقى و قضائى آمریکا به چالش طلبیده شده است. از این رو بعید به نظر نمىرسد که نهایتا دولت آمریکا خروج خود را از کنوانسیونهاى چهارگانه ژنو همانند پیمان کیوتو، پیمان منع تولید موشکهاى ضد موشک و اساسنامه دیوان جنایى بینالمللى اعلام کند.