در فاصله میان فاجعه مدرسه فیضیه و ماه محرم (2 فروردین تا 4 خرداد 42) مبارزه امام اغلب در قالب صدور اعلامیههاى متعدد بود. فرا رسیدن ماه محرم وضعیت را به یک رویارویى گسترده کشانید. ایام محرم بهترین موقع براى افشاى جنایات رژیم و برنامههاى ضد اسلامى شاه بود. ساواک که از جایگاه ویژه این ماه اطلاع داشت، پیش از آغاز آن، بسیارى از وعاظ را احضار و آنان را ملزم کرد که در محافل و مجالس:
1-'علیه شاه سخن نگویید.
2- علیه اسرائیل مطلبى نگویید.
3- مرتب به مردم نگویید که اسلام در خطر است.
امام خمینى در نشستى با مراجع و علماى قم پیشنهاد کرد در روز عاشورا هر یک از آنها براى مردم و عزاداران حسینى سخنرانى کرده و از مظالم و جنایات رژیم پرده بردارند. امام خود نیز علیرغم تهدید رژیم، در ساعت 4 بعد از ظهر عاشوراى 42 که مصادف با 13 خرداد آن سال بود براى ایراد سخنرانى به طرف مدرسه فیضیه رهسپار شد.
ایشان پس از بیان فجایع دلخراش کربلا، حمله دژخیمان شاه به فیضیه را به واقعه کربلا تشبیه نمود و آن فاجعه را به تحریک اسرائیل دانست و رژیم شاه رادست نشانده اسرائیل خواند. امام همچنین با اشاره به التزام گرفتن ساواک از وعاظ که به شاه و اسرائیل بدگویى نکرده و نگویید اسلام در خطر است اظهار داشت: «تمام گرفتاریهاى و اختلافات ما در همین سه موضوع است ا اگر ما نگوئیم اسلام در خطر است آیا در معرض خطر نیست؟ اگر ما نگوییم شاه چنین و چنان است آیا این طور نیست؟ اگر ما نگوییم اسرائیل براى اسلام و مسلمین خطرناک است آیا خطرناک نیست؟ و اصولا چه ارتباطى و تناسبى بین شاه و اسرائیل است که سازمان امنیت مى گوید از شاه صحبت نکنید، از اسرائیل صحبت نکنید؟ آیا به نظر سازمان امنیت شاه اسرائیلى است؟»
سخنان کوبنده و افشا گرانه امام، شاه را بیش از پیش نزد مردم تحقیر و رسوا کرد. دو روز پس از این سخنرانى در سحرگاه 15 خرداد 1342 امام به دستور شاه در منزل مسکونى خود در قم دستگیر و بلافاصله به تهران آورده شد وى را نخست در سلول انفرادی، زندانى و سپس به یک پادگان نظامى که تحت مراقبت کامل بود منتقل نمودند.
چگونگى قیام 15 خرداد
به دنبال انتشار خبر بازداشت امام در سحرگاه 15خرداد 1342 به مناسبت سخنرانى تاریخى امام که علیه اسرائیل و رژیم شاه بوده از نخستین ساعات روز 15خرداد، اعتراضات گستردهاى در قم، تهران، ورامین، مشهد و شیراز برگزار شد که با شعارهایى بر ضد شاه و در طرفدارى از امام همراه بود.
ماموران نظامى که در نقاط مرکزى و حساس شهرهاى قم و تهران مستقر بودند به روى تظاهر کنندگان آتش گشودند. مردم نیز با چوب و سنگ به دفاع ازخود برخاستند. تظاهرات در آن روز و دو روز بعد نیز ادامه یافت و هزاران نفر از مردم کشته و مجروح شدند. فجیعترین حادثه، قتل عام دهقانان کفنپوش ورامینى بود که در پشتیبانى از امام راهى تهران شده بودند. ماموران نظامى در سر پل باقرآباد با آنها روبرو شده و با سلاحهاى سنگین آنها را قتل عام کردند.
پس از فرو نشستن قیام، اسدا... اعلم نخستوزیر، در مصاحبهاى با روزنامه هرالد تریبون در روز 17 خرداد 42 تهدید کرد که امام و برخى دیگر از علما، محاکمه نظامى خواهند شد و ممکن است حکم اعدام آنها صادر شود. شاه نیز دو روز بعد طى سخنرانى بیانات امام و تظاهرات مردم را به تحریک و پول بیگانگان- جمالعبدالناصر- دانست زیرا جمالعبدالناصر در آن زمان به دلیل همکارى شاه و اسرائیل روابط خصمانهاى با شاه داشت. در این راستا رسانههاى رژیم ادعا کردند که شخصى به نام عبدالقیس از بیروت با هواپیما وارد فرودگاه مهرآباد شده و در گمرک مهرآباد حدود یک میلیون تومان پول از او به دست آمده و اعتراف کرده است که ناصر این پولها را براى افراد معینى در ایران فرستاده است. این ادعا مورد انتقاد بسیارى در داخل و خارج از جمله خیلى از نشریات خارجى واقع شد و رژیم هیچ دلیل و سندى در این خصوص ارائه نکرد. چند روز پس از دستگیرى امام دهها نفر از مراجع و علماى ایران به عنوان اعتراض به دستگیرى امام و اعلام پشتیبانى از وی، به تهران مهاجرت کردند.
بر اثر اعتراض علما و فشار افکار عمومى سرانجام امام پس از دو ماه بازداشت در پادگان نظامى به منزلى در شمال شهرتهران منتقل گشت و تحت نظر قرار گرفت. از نخستین ساعات روز بعد مغازه داران تهران و شهرستانها به مناسبت آزادى نسبى امام بر سر در مغازههاى خود پرچم نصب کرده و چراغانى نمودند و به مردم شیرینى و شکلات دادند. یک روز پس از انتقال امام (12 مرداد) روزنامههاى کثیرالانتشار کشور چیزى رابه دستور ساواک منتشر کردند. تا در نظر مردم چنین وانمود کنند که انتقال امام از زندان به محل جدید به دلیل تفاهمى بوده که میان ایشان و مقامات انتظامى بوجود آمده است. این خبر که شایعهاى بیش نبود و امام بعدا پس از آزادى کامل و بازگشت به قم در اولین فرصت طى یک سخنرانى آنرا به شدت تکذیب کرد. شاه که تصور مىکرد با سرکوب قیام 15 خرداد، دستگیرى امام، کوتاه آمدن برخى از علما و از همه مهمتر شایعه تفاهم امام را منزوى ساخته است بتدریج در جهت عادى نشان دادن اوضاع حرکت کرد. از اینرو اسداا علم را در 17 اسفند 42 برکنار ساخت و وانمود کرد او مسبب حوادث اخیر بوده و عزل وى به دنبال تفاهم با امام تحقق یافته است.
بعد از اعلم، حسنعلى منصور به نخستوزیرى رسید. او طى نطقى با تمجید از اسلام، از آن به عنوان «یکى از مترقىترین و برجستهترین ادیان جهان» یاد کرد و بر «مراحم و عطوفت خاص شاه: مقامات روحانى تاکید نمود. دو روز پس از سخنان منصور امام بدون اطلاع قبلى در شب 18 فروردین 43 وارد قم شد و به تدریج مورد استقبال علما و مردم قرار گرفت. در همان روز، روزنامه اطلاعات در مقالهاى تحت عنوان انقلاب سفید شاه و امریکا» نوشت «چقدر جاى خوشوقتى است که جامعه روحانیت نیز در واکنش اکنون باهمه مردم، همگام در اجراى برنامههاى انقلاب شاه و مردم شده است.» امام خمینى در واکنش به این اتهام در 21 فروردین طى سخنانى مطالب روزنامه اطلاعات را به شدت تکذیب نمود و اظهار داشت:
«خمینى را اگر دار بزنند تفاهم نخواهد کرد. من از آن آخوندها نیستم که در اینجا بنشینم و تسبیح به دست بگیرم. من پاپ نیستم که فقط روزهاى یک شنبه مراسمى انجام دهم و بقیه اوقات خود سلطانى باشم و به امور دیگر کارى نداشته باشم. پایگاه استقلال اسلامى اینجاست باید این مملکت را از این گرفتاریها نجات داد.
آثار قیام 15 خرداد
به طور کلى قیام 15 خرداد آثار عمدهاى از خود برجاى نهاد:
1- رهبرى حرکتهاى مخالف رژیم را به مذهبیها منتقل کرد و چپىها را به حاشیه راند.
2- کشتار مردم در قیام 15 خرداد، چهره مزدورانه شاه را که تا آن زمان تقصیرها را به گردن نخست وزیران مىانداخت افشا نمود و انقلابیون پس از آن به راههاى اصلاح طلبانه پشت کرده سرنگونى نظام سلطنتى را خواستار شدند.
3- از آن پس طرد همه قدرتهاى بیگانه از ایران مورد توجه قرار گرفت و سرانجام قیام 15 خرداد و نقطه آغاز نهضت بازگشت به خویشتن در کشور شد. از آن پس انجمنهاى اسلامى در نقاط مختلف پدید آمدند و جو غیر اسلامى در دانشگاهها و دیگر مجامع به آرامى شکسته شد.